src/gdcmParse.cxx

   1 // gdcmParse.cxx
   2
   3 //This is needed when compiling in debug mode
   4 #ifdef _MSC_VER
   5 // 'type' : forcing value to bool 'true' or 'false' (performance warning)
   6 //#pragma warning ( disable : 4800 )
   7 // 'identifier' : class 'type' needs to have dll-interface to be used by
   8 // clients of class 'type2'
   9 #pragma warning ( disable : 4251 )
  10 // 'identifier' : identifier was truncated to 'number' characters in the
  11 // debug information
  12 #pragma warning ( disable : 4786 )
  13 #endif //_MSC_VER
  14
  15 #include "gdcmFile.h"
  16 #include "gdcmUtil.h"
  17
  18 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  19
  20 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  21 /**
  22  * \ingroup gdcmFile
  23  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  24  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  25  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  26  * \       (some of them do not)
  27  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  28  *
  29  */
  30 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  31
  32    if ( !OpenFile())
  33       return false;
  34
  35     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  36       CloseFile();
  37       return false;
  38    }
  39
  40    if ( !IsDicomV3()                             ||
  41         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  42         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  43         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  44         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  45
  46         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  47         return 0;
  48    }
  49
  50    int nb;
  51    std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  52    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  53       nb = 16;
  54    } else {
  55       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  56       if (nb == 12) nb =16;
  57    }
  58    int nBytes= nb/8;
  59
  60    int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
  61
  62    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  63
  64    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  65    int ln;
  66    long ftellRes;
  67    char * destination = NULL;
  68
  69   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  70
  71    if( !IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  72
  73       // JPEG Image
  74
  75       std::cout << "JPEG image" << std::endl;
  76       ftellRes=ftell(fp);
  77       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  78       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  79       if(GetSwapCode()) {
  80          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
  81          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
  82       }
  83       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  84                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  85       ftellRes=ftell(fp);
  86       fread(&ln,4,1,fp);
  87       if(GetSwapCode())
  88          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
  89       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
  90             ftellRes,ln,ln);
  91       if (ln != 0) {
  92          // What is it used for ??
  93          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  94          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  95          guint32 a;
  96          for (int i=0;i<ln;i+=4){
  97             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  98             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
  99          }
 100       }
 101
 102       ftellRes=ftell(fp);
 103       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 104       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 105       if(GetSwapCode()) {
 106          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 107          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 108       }
 109       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 110             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 111
 112       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 113
 114          ftellRes=ftell(fp);
 115          fread(&ln,4,1,fp);
 116          if(GetSwapCode())
 117             ln=SwapLong(ln);    // length
 118          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 119                 ftellRes, ln,ln);
 120
 121         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 122         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 123         //     destination,destination );
 124
 125          // ------------------------
 126          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 127          // ------------------------
 128
 129          ftellRes=ftell(fp);
 130          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 131          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 132          if(GetSwapCode()) {
 133             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 134             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 135          }
 136          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 137                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 138       }
 139
 140    } else {
 141
 142       // RLE Image
 143
 144       std::cout << "RLE image" << std::endl;
 145       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 146       guint32 nbRleSegments;
 147       guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
 148       ftellRes=ftell(fp);
 149       // Basic Offset Table with Item Value
 150          // Item Tag
 151       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 152       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 153       if(GetSwapCode()) {
 154          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 155          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 156       }
 157       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 158                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 159          // Item Length
 160       ftellRes=ftell(fp);
 161       fread(&ln,4,1,fp);
 162       if(GetSwapCode())
 163          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
 164       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
 165             ftellRes,ln,ln);
 166       if (ln != 0) {
 167          // What is it used for ??
 168          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
 169          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 170          guint32 a;
 171          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 172             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
 173             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 174          }
 175       }
 176
 177       ftellRes=ftell(fp);
 178       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 179       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 180       if(GetSwapCode()) {
 181          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 182          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 183       }
 184       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 185             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 186
 187       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 188       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 189       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 190          ftellRes=ftell(fp);
 191          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 192          if(GetSwapCode())
 193             fragmentLength=SwapLong(fragmentLength);    // length
 194          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 195                 ftellRes, fragmentLength,fragmentLength);
 196
 197           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 198
 199          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 200          if(GetSwapCode())
 201             nbRleSegments=SwapLong(nbRleSegments);
 202             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 203
 204          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 205             ftellRes=ftell(fp);
 206             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 207             if(GetSwapCode())
 208                RleSegmentOffsetTable[k]=SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 209             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 210                     ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 211                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 212          }
 213
 214           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 215              for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 216                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 217                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 218                 ftellRes=ftell(fp);
 219                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 220                            k,RleSegmentLength[k],RleSegmentLength[k], ftellRes);
 221                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 222              }
 223           }
 224           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 225                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 226           ftellRes=ftell(fp);
 227           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 228                            nbRleSegments,RleSegmentLength[nbRleSegments],
 229                            RleSegmentLength[nbRleSegments],ftellRes);
 230
 231           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 232
 233          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 234
 235          ftellRes=ftell(fp);
 236          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 237          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 238          if(GetSwapCode()) {
 239             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 240             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 241          }
 242          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 243                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 244       }
 245    }
 246    return 1;
 247 }