src/gdcmParse.cxx

   1 // gdcmParse.cxx
   2
   3 //This is needed when compiling in debug mode
   4 #ifdef _MSC_VER
   5 // 'type' : forcing value to bool 'true' or 'false' (performance warning)
   6 //#pragma warning ( disable : 4800 )
   7 // 'identifier' : class 'type' needs to have dll-interface to be used by
   8 // clients of class 'type2'
   9 #pragma warning ( disable : 4251 )
  10 // 'identifier' : identifier was truncated to 'number' characters in the
  11 // debug information
  12 #pragma warning ( disable : 4786 )
  13 #endif //_MSC_VER
  14
  15 #include "gdcmFile.h"
  16 #include "gdcmUtil.h"
  17
  18 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  19
  20 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  21 /**
  22  * \ingroup gdcmFile
  23  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  24  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  25  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  26  * \       (some of them do not)
  27  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  28  *
  29  */
  30 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  31
  32    FILE *fp;
  33
  34    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
  35       return false;
  36
  37     if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  38       Header->CloseFile();
  39       return false;
  40    }
  41
  42    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
  43         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  44         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  45         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  46         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  47
  48         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  49         return 0;
  50    }
  51
  52    int nb;
  53    std::string str_nb=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  54    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  55       nb = 16;
  56    } else {
  57       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  58       if (nb == 12) nb =16;
  59    }
  60    int nBytes= nb/8;
  61
  62    int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() * Header->GetSamplesPerPixel();
  63
  64    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  65
  66    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  67    int ln;
  68    long ftellRes;
  69    char * destination = NULL;
  70
  71   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  72
  73    if( !Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  74
  75       // JPEG Image
  76       ftellRes=ftell(fp);
  77       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  78       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  79       if(Header->GetSwapCode()) {
  80          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  81          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  82       }
  83       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  84                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  85       ftellRes=ftell(fp);
  86       fread(&ln,4,1,fp);
  87       if(Header->GetSwapCode())
  88          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
  89       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
  90             ftellRes,ln,ln);
  91       if (ln != 0) {
  92          // What is it used for ??
  93          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  94          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  95          guint32 a;
  96          for (int i=0;i<ln;i+=4){
  97             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  98             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
  99          }
 100       }
 101
 102       ftellRes=ftell(fp);
 103       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 104       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 105       if(Header->GetSwapCode()) {
 106          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 107          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 108       }
 109       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 110             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 111
 112       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 113
 114          ftellRes=ftell(fp);
 115          fread(&ln,4,1,fp);
 116          if(Header->GetSwapCode())
 117             ln=Header->SwapLong(ln);    // length
 118          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 119                 ftellRes, ln,ln);
 120
 121         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 122         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 123         //     destination,destination );
 124
 125          // ------------------------
 126          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 127          // ------------------------
 128
 129          ftellRes=ftell(fp);
 130          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 131          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 132          if(Header->GetSwapCode()) {
 133             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 134             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 135          }
 136          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 137                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 138       }
 139
 140    } else {
 141
 142       // RLE Image
 143       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 144       guint32 nbRleSegments;
 145       guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
 146       ftellRes=ftell(fp);
 147       // Basic Offset Table with Item Value
 148          // Item Tag
 149       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 150       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 151       if(Header->GetSwapCode()) {
 152          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 153          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 154       }
 155       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 156                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 157          // Item Length
 158       ftellRes=ftell(fp);
 159       fread(&ln,4,1,fp);
 160       if(Header->GetSwapCode())
 161          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
 162       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
 163             ftellRes,ln,ln);
 164       if (ln != 0) {
 165          // What is it used for ??
 166          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
 167          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 168          guint32 a;
 169          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 170             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
 171             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 172          }
 173       }
 174
 175       ftellRes=ftell(fp);
 176       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 177       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 178       if(Header->GetSwapCode()) {
 179          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 180          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 181       }
 182       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 183             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 184
 185       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 186       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 187       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 188          ftellRes=ftell(fp);
 189          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 190          if(Header->GetSwapCode())
 191             fragmentLength=Header->SwapLong(fragmentLength);    // length
 192          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 193                 ftellRes, fragmentLength,fragmentLength);
 194
 195           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 196
 197          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 198          if(Header->GetSwapCode())
 199             nbRleSegments=Header->SwapLong(nbRleSegments);
 200             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 201
 202          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 203             ftellRes=ftell(fp);
 204             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 205             if(Header->GetSwapCode())
 206                RleSegmentOffsetTable[k]=Header->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 207             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 208                     ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 209                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 210          }
 211
 212           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 213              for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 214                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 215                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 216                 ftellRes=ftell(fp);
 217                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 218                            k,RleSegmentLength[k],RleSegmentLength[k], ftellRes);
 219                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 220              }
 221           }
 222           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 223                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 224           ftellRes=ftell(fp);
 225           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 226                            nbRleSegments,RleSegmentLength[nbRleSegments],
 227                            RleSegmentLength[nbRleSegments],ftellRes);
 228
 229           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 230
 231          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 232
 233          ftellRes=ftell(fp);
 234          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 235          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 236          if(Header->GetSwapCode()) {
 237             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 238             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 239          }
 240          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 241                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 242       }
 243    }
 244    return 1;
 245 }