src/gdcmParse.cxx

   1 // gdcmParse.cxx
   2
   3 //This is needed when compiling in debug mode
   4 #ifdef _MSC_VER
   5 // 'type' : forcing value to bool 'true' or 'false' (performance warning)
   6 //#pragma warning ( disable : 4800 )
   7 // 'identifier' : class 'type' needs to have dll-interface to be used by
   8 // clients of class 'type2'
   9 #pragma warning ( disable : 4251 )
  10 // 'identifier' : identifier was truncated to 'number' characters in the
  11 // debug information
  12 #pragma warning ( disable : 4786 )
  13 #endif //_MSC_VER
  14
  15 #include "gdcmFile.h"
  16 #include "gdcmUtil.h"
  17
  18 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  19
  20 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  21 /**
  22  * \ingroup gdcmFile
  23  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  24  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  25  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  26  * \       (some of them do not)
  27  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  28  *
  29  */
  30 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  31
  32 // DO NOT remove the printf s.
  33 // The ONLY purpose of this methos is to PRINT the content
  34
  35    FILE *fp;
  36
  37    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
  38       return false;
  39
  40     if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  41       Header->CloseFile();
  42       return false;
  43    }
  44
  45    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
  46         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  47         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  48         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  49         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  50
  51         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  52         return false;
  53    }
  54
  55    int nb;
  56    std::string str_nb=Header->GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  57    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  58       nb = 16;
  59    } else {
  60       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  61       if (nb == 12) nb =16;
  62    }
  63    int nBytes= nb/8;
  64
  65    int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() * Header->GetSamplesPerPixel();
  66
  67    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  68
  69    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  70    int ln;
  71    long ftellRes;
  72    char * destination = NULL;
  73
  74   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  75
  76    if( !Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  77
  78       // JPEG Image
  79       ftellRes=ftell(fp);
  80       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  81       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  82       if(Header->GetSwapCode()) {
  83          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  84          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  85       }
  86       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  87                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  88       ftellRes=ftell(fp);
  89       fread(&ln,4,1,fp);
  90       if(Header->GetSwapCode())
  91          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
  92       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
  93             ftellRes,ln,ln);
  94       if (ln != 0) {
  95          // What is it used for ??
  96          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  97          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  98          guint32 a;
  99          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 100             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
 101             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 102          }
 103       }
 104
 105       ftellRes=ftell(fp);
 106       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 107       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 108       if(Header->GetSwapCode()) {
 109          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 110          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 111       }
 112       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 113             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 114
 115       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 116
 117          ftellRes=ftell(fp);
 118          fread(&ln,4,1,fp);
 119          if(Header->GetSwapCode())
 120             ln=Header->SwapLong(ln);    // length
 121          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 122                 ftellRes, ln,ln);
 123
 124         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 125         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 126         //     destination,destination );
 127
 128          // ------------------------
 129          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 130          // ------------------------
 131
 132          ftellRes=ftell(fp);
 133          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 134          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 135          if(Header->GetSwapCode()) {
 136             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 137             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 138          }
 139          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 140                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 141       }
 142
 143    } else {
 144
 145       // RLE Image
 146       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 147       guint32 nbRleSegments;
 148       guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
 149       ftellRes=ftell(fp);
 150       // Basic Offset Table with Item Value
 151          // Item Tag
 152       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 153       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 154       if(Header->GetSwapCode()) {
 155          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 156          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 157       }
 158       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 159                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 160          // Item Length
 161       ftellRes=ftell(fp);
 162       fread(&ln,4,1,fp);
 163       if(Header->GetSwapCode())
 164          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
 165       printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
 166             ftellRes,ln,ln);
 167       if (ln != 0) {
 168          // What is it used for ??
 169          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
 170          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 171          guint32 a;
 172          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 173             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
 174             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 175          }
 176       }
 177
 178       ftellRes=ftell(fp);
 179       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 180       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 181       if(Header->GetSwapCode()) {
 182          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 183          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 184       }
 185       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 186             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 187
 188       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 189       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 190       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 191          ftellRes=ftell(fp);
 192          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 193          if(Header->GetSwapCode())
 194             fragmentLength=Header->SwapLong(fragmentLength);    // length
 195          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 196                 ftellRes, fragmentLength,fragmentLength);
 197
 198           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 199
 200          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 201          if(Header->GetSwapCode())
 202             nbRleSegments=Header->SwapLong(nbRleSegments);
 203             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 204
 205          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 206             ftellRes=ftell(fp);
 207             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 208             if(Header->GetSwapCode())
 209                RleSegmentOffsetTable[k]=Header->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 210             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 211                     ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 212                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 213          }
 214
 215           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 216              for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 217                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 218                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 219                 ftellRes=ftell(fp);
 220                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 221                            k,RleSegmentLength[k],RleSegmentLength[k], ftellRes);
 222                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 223              }
 224           }
 225           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 226                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 227           ftellRes=ftell(fp);
 228           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 229                            nbRleSegments,RleSegmentLength[nbRleSegments],
 230                            RleSegmentLength[nbRleSegments],ftellRes);
 231
 232           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 233
 234          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 235
 236          ftellRes=ftell(fp);
 237          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 238          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 239          if(Header->GetSwapCode()) {
 240             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 241             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 242          }
 243          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 244                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 245       }
 246    }
 247    return true;
 248 }