src/gdcmParsePixels.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmParsePixels.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/09/27 08:39:07 $
   7   Version:   $Revision: 1.11 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmCommon.h"
  20 #include "gdcmFile.h"
  21
  22 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  23
  24 //-----------------------------------------------------------------------------
  25 /**
  26  * \ingroup gdcmFile
  27  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  28  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  29  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  30  * \       (some of them do not)
  31  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  32  *
  33  */
  34 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  35 // DO NOT remove the printf s.
  36 // The ONLY purpose of this method is to PRINT the content
  37    FILE* fp;
  38
  39    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
  40       return false;
  41
  42     if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  43       Header->CloseFile();
  44       return false;
  45    }
  46
  47    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
  48         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  49         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  50         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  51         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  52
  53         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  54         return false;
  55    }
  56
  57    int nb;
  58    std::string str_nb=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
  59    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  60       nb = 16;
  61    } else {
  62       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  63       if (nb == 12) nb =16;
  64    }
  65    //int nBytes= nb/8;   //FIXME
  66
  67    //int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() * Header->GetSamplesPerPixel();
  68
  69    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  70
  71    uint16_t ItemTagGr,ItemTagEl;
  72    int ln;
  73    long ftellRes;
  74    //char * destination = NULL;
  75
  76   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  77
  78    if( !Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  79
  80       // JPEG Image
  81       ftellRes=ftell(fp);
  82       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  83       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  84       if(Header->GetSwapCode()) {
  85          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  86          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  87       }
  88       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  89                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  90       ftellRes=ftell(fp);
  91       fread(&ln,4,1,fp);
  92       if(Header->GetSwapCode())
  93          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
  94       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
  95             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
  96       if (ln != 0) {
  97          // What is it used for ??
  98          char * BasicOffsetTableItemValue= new char[ln+1];
  99          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 100          uint32_t a;
 101          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 102             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],uint32_t);
 103             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 104          }
 105       }
 106
 107       ftellRes=ftell(fp);
 108       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 109       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 110       if(Header->GetSwapCode()) {
 111          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 112          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 113       }
 114       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 115             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 116
 117       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 118
 119          ftellRes=ftell(fp);
 120          fread(&ln,4,1,fp);
 121          if(Header->GetSwapCode())
 122             ln=Header->SwapLong(ln);    // length
 123          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 124                 (unsigned)ftellRes, ln,ln);
 125
 126         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 127         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 128         //     destination,destination );
 129
 130          // ------------------------
 131          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 132          // ------------------------
 133
 134          ftellRes=ftell(fp);
 135          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 136          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 137          if(Header->GetSwapCode()) {
 138             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 139             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 140          }
 141          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 142                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 143       }
 144
 145    } else {
 146
 147       // RLE Image
 148       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 149       uint32_t nbRleSegments;
 150       uint32_t RleSegmentOffsetTable[15];
 151       ftellRes=ftell(fp);
 152       // Basic Offset Table with Item Value
 153          // Item Tag
 154       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 155       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 156       if(Header->GetSwapCode()) {
 157          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 158          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 159       }
 160       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 161                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 162          // Item Length
 163       ftellRes=ftell(fp);
 164       fread(&ln,4,1,fp);
 165       if(Header->GetSwapCode())
 166          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
 167       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
 168             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
 169       if (ln != 0) {
 170          // What is it used for ??
 171          char * BasicOffsetTableItemValue= new char[ln+1];
 172          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 173          uint32_t a;
 174          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 175             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],uint32_t);
 176             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 177          }
 178       }
 179
 180       ftellRes=ftell(fp);
 181       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 182       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 183       if(Header->GetSwapCode()) {
 184          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 185          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 186       }
 187       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 188             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 189
 190       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 191       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 192       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 193          ftellRes=ftell(fp);
 194          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 195          if(Header->GetSwapCode())
 196             fragmentLength=Header->SwapLong(fragmentLength);    // length
 197          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 198                 (unsigned)ftellRes, (unsigned)fragmentLength,(unsigned)fragmentLength);
 199
 200           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 201
 202          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 203          if(Header->GetSwapCode())
 204             nbRleSegments=Header->SwapLong(nbRleSegments);
 205             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 206
 207          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 208             ftellRes=ftell(fp);
 209             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 210             if(Header->GetSwapCode())
 211                RleSegmentOffsetTable[k]=Header->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 212             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 213                     (unsigned)ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 214                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 215          }
 216
 217           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 218              for(unsigned int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 219                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 220                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 221                 ftellRes=ftell(fp);
 222                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 223                            k,(unsigned)RleSegmentLength[k],(unsigned)RleSegmentLength[k], (unsigned)ftellRes);
 224                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 225              }
 226           }
 227           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 228                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 229           ftellRes=ftell(fp);
 230           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 231                            nbRleSegments,(unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],
 232                            (unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],(unsigned)ftellRes);
 233
 234           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 235
 236          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 237
 238          ftellRes=ftell(fp);
 239          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 240          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 241          if(Header->GetSwapCode()) {
 242             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 243             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 244          }
 245          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 246                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 247       }
 248    }
 249    return true;
 250 }
 251
 252 //-----------------------------------------------------------------------------