src/gdcmParsePixels.cxx

   1 // gdcmParse.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmCommon.h"
   4 #include "gdcmFile.h"
   5
   6 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
   7
   8 //-----------------------------------------------------------------------------
   9 /**
  10  * \ingroup gdcmFile
  11  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  12  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  13  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  14  * \       (some of them do not)
  15  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  16  *
  17  */
  18 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  19 // DO NOT remove the printf s.
  20 // The ONLY purpose of this method is to PRINT the content
  21    FILE *fp;
  22
  23    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
  24       return false;
  25
  26     if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  27       Header->CloseFile();
  28       return false;
  29    }
  30
  31    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
  32         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  33         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  34         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  35         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  36
  37         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  38         return false;
  39    }
  40
  41    int nb;
  42    std::string str_nb=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
  43    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  44       nb = 16;
  45    } else {
  46       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  47       if (nb == 12) nb =16;
  48    }
  49    //int nBytes= nb/8;  //FIXME
  50
  51    //int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() * Header->GetSamplesPerPixel();
  52
  53    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  54
  55    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  56    int ln;
  57    long ftellRes;
  58    //char * destination = NULL;
  59
  60   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  61
  62    if( !Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  63
  64       // JPEG Image
  65       ftellRes=ftell(fp);
  66       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  67       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  68       if(Header->GetSwapCode()) {
  69          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  70          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  71       }
  72       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  73                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  74       ftellRes=ftell(fp);
  75       fread(&ln,4,1,fp);
  76       if(Header->GetSwapCode())
  77          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
  78       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
  79             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
  80       if (ln != 0) {
  81          // What is it used for ??
  82          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  83          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  84          guint32 a;
  85          for (int i=0;i<ln;i+=4){
  86             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  87             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
  88          }
  89       }
  90
  91       ftellRes=ftell(fp);
  92       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
  93       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
  94       if(Header->GetSwapCode()) {
  95          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  96          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  97       }
  98       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
  99             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 100
 101       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 102
 103          ftellRes=ftell(fp);
 104          fread(&ln,4,1,fp);
 105          if(Header->GetSwapCode())
 106             ln=Header->SwapLong(ln);    // length
 107          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 108                 (unsigned)ftellRes, ln,ln);
 109
 110         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 111         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 112         //     destination,destination );
 113
 114          // ------------------------
 115          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 116          // ------------------------
 117
 118          ftellRes=ftell(fp);
 119          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 120          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 121          if(Header->GetSwapCode()) {
 122             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 123             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 124          }
 125          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 126                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 127       }
 128
 129    } else {
 130
 131       // RLE Image
 132       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 133       guint32 nbRleSegments;
 134       guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
 135       ftellRes=ftell(fp);
 136       // Basic Offset Table with Item Value
 137          // Item Tag
 138       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 139       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 140       if(Header->GetSwapCode()) {
 141          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 142          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 143       }
 144       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 145                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 146          // Item Length
 147       ftellRes=ftell(fp);
 148       fread(&ln,4,1,fp);
 149       if(Header->GetSwapCode())
 150          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
 151       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
 152             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
 153       if (ln != 0) {
 154          // What is it used for ??
 155          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
 156          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 157          guint32 a;
 158          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 159             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
 160             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 161          }
 162       }
 163
 164       ftellRes=ftell(fp);
 165       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 166       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 167       if(Header->GetSwapCode()) {
 168          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 169          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 170       }
 171       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 172             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 173
 174       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 175       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 176       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 177          ftellRes=ftell(fp);
 178          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 179          if(Header->GetSwapCode())
 180             fragmentLength=Header->SwapLong(fragmentLength);    // length
 181          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 182                 (unsigned)ftellRes, (unsigned)fragmentLength,(unsigned)fragmentLength);
 183
 184           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 185
 186          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 187          if(Header->GetSwapCode())
 188             nbRleSegments=Header->SwapLong(nbRleSegments);
 189             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 190
 191          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 192             ftellRes=ftell(fp);
 193             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 194             if(Header->GetSwapCode())
 195                RleSegmentOffsetTable[k]=Header->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 196             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 197                     (unsigned)ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 198                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 199          }
 200
 201           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 202              for(unsigned int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 203                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 204                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 205                 ftellRes=ftell(fp);
 206                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 207                            k,(unsigned)RleSegmentLength[k],(unsigned)RleSegmentLength[k], (unsigned)ftellRes);
 208                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 209              }
 210           }
 211           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 212                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 213           ftellRes=ftell(fp);
 214           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 215                            nbRleSegments,(unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],
 216                            (unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],(unsigned)ftellRes);
 217
 218           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 219
 220          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 221
 222          ftellRes=ftell(fp);
 223          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 224          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 225          if(Header->GetSwapCode()) {
 226             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 227             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 228          }
 229          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 230                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 231       }
 232    }
 233    return true;
 234 }
 235
 236 //-----------------------------------------------------------------------------