src/gdcmParsePixels.cxx

   1 // gdcmParse.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 //This is needed when compiling in debug mode
   4 #ifdef _MSC_VER
   5 // 'type' : forcing value to bool 'true' or 'false' (performance warning)
   6 //#pragma warning ( disable : 4800 )
   7 // 'identifier' : class 'type' needs to have dll-interface to be used by
   8 // clients of class 'type2'
   9 #pragma warning ( disable : 4251 )
  10 // 'identifier' : identifier was truncated to 'number' characters in the
  11 // debug information
  12 #pragma warning ( disable : 4786 )
  13 #endif //_MSC_VER
  14
  15 #include "gdcmFile.h"
  16 #include "gdcmUtil.h"
  17
  18 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  19
  20 //-----------------------------------------------------------------------------
  21 /**
  22  * \ingroup gdcmFile
  23  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  24  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  25  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  26  * \       (some of them do not)
  27  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  28  *
  29  */
  30 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  31 // DO NOT remove the printf s.
  32 // The ONLY purpose of this method is to PRINT the content
  33    FILE *fp;
  34
  35    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
  36       return false;
  37
  38     if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  39       Header->CloseFile();
  40       return false;
  41    }
  42
  43    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
  44         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  45         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  46         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  47         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  48
  49         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  50         return false;
  51    }
  52
  53    int nb;
  54    std::string str_nb=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
  55    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  56       nb = 16;
  57    } else {
  58       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  59       if (nb == 12) nb =16;
  60    }
  61    int nBytes= nb/8;
  62
  63    int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() * Header->GetSamplesPerPixel();
  64
  65    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  66
  67    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  68    int ln;
  69    long ftellRes;
  70    char * destination = NULL;
  71
  72   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  73
  74    if( !Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  75
  76       // JPEG Image
  77       ftellRes=ftell(fp);
  78       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  79       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  80       if(Header->GetSwapCode()) {
  81          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  82          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  83       }
  84       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  85                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  86       ftellRes=ftell(fp);
  87       fread(&ln,4,1,fp);
  88       if(Header->GetSwapCode())
  89          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
  90       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (??) %d x(%08x)\n",
  91             ftellRes,ln,ln);
  92       if (ln != 0) {
  93          // What is it used for ??
  94          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  95          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  96          guint32 a;
  97          for (int i=0;i<ln;i+=4){
  98             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  99             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 100          }
 101       }
 102
 103       ftellRes=ftell(fp);
 104       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 105       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 106       if(Header->GetSwapCode()) {
 107          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 108          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 109       }
 110       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 111             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 112
 113       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 114
 115          ftellRes=ftell(fp);
 116          fread(&ln,4,1,fp);
 117          if(Header->GetSwapCode())
 118             ln=Header->SwapLong(ln);    // length
 119          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 120                 ftellRes, ln,ln);
 121
 122         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 123         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 124         //     destination,destination );
 125
 126          // ------------------------
 127          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 128          // ------------------------
 129
 130          ftellRes=ftell(fp);
 131          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 132          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 133          if(Header->GetSwapCode()) {
 134             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 135             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 136          }
 137          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 138                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 139       }
 140
 141    } else {
 142
 143       // RLE Image
 144       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 145       guint32 nbRleSegments;
 146       guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
 147       ftellRes=ftell(fp);
 148       // Basic Offset Table with Item Value
 149          // Item Tag
 150       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 151       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 152       if(Header->GetSwapCode()) {
 153          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 154          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 155       }
 156       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 157                 ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 158          // Item Length
 159       ftellRes=ftell(fp);
 160       fread(&ln,4,1,fp);
 161       if(Header->GetSwapCode())
 162          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
 163       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (??) %d x(%08x)\n",
 164             ftellRes,ln,ln);
 165       if (ln != 0) {
 166          // What is it used for ??
 167          char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
 168          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 169          guint32 a;
 170          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 171             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
 172             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 173          }
 174       }
 175
 176       ftellRes=ftell(fp);
 177       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 178       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 179       if(Header->GetSwapCode()) {
 180          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 181          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 182       }
 183       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 184             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 185
 186       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 187       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 188       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 189          ftellRes=ftell(fp);
 190          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 191          if(Header->GetSwapCode())
 192             fragmentLength=Header->SwapLong(fragmentLength);    // length
 193          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 194                 ftellRes, fragmentLength,fragmentLength);
 195
 196           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 197
 198          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 199          if(Header->GetSwapCode())
 200             nbRleSegments=Header->SwapLong(nbRleSegments);
 201             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 202
 203          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 204             ftellRes=ftell(fp);
 205             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 206             if(Header->GetSwapCode())
 207                RleSegmentOffsetTable[k]=Header->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 208             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 209                     ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 210                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 211          }
 212
 213           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 214              for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 215                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 216                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 217                 ftellRes=ftell(fp);
 218                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 219                            k,RleSegmentLength[k],RleSegmentLength[k], ftellRes);
 220                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 221              }
 222           }
 223           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 224                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 225           ftellRes=ftell(fp);
 226           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 227                            nbRleSegments,RleSegmentLength[nbRleSegments],
 228                            RleSegmentLength[nbRleSegments],ftellRes);
 229
 230           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 231
 232          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 233
 234          ftellRes=ftell(fp);
 235          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 236          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 237          if(Header->GetSwapCode()) {
 238             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 239             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 240          }
 241          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 242                ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 243       }
 244    }
 245    return true;
 246 }
 247
 248 //-----------------------------------------------------------------------------