src/gdcmParsePixels.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmParsePixels.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/10/12 04:35:46 $
   7   Version:   $Revision: 1.12 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmCommon.h"
  20 #include "gdcmFile.h"
  21
  22 namespace gdcm
  23 {
  24
  25 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  26
  27 //-----------------------------------------------------------------------------
  28 /**
  29  * \ingroup File
  30  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  31  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  32  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  33  * \       (some of them do not)
  34  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  35  *
  36  */
  37 bool File::ParsePixelData(void) {
  38 // DO NOT remove the printf s.
  39 // The ONLY purpose of this method is to PRINT the content
  40    FILE* fp;
  41
  42    if ( !(fp=GetHeader()->OpenFile()))
  43       return false;
  44
  45     if ( fseek(fp, GetHeader()->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  46       GetHeader()->CloseFile();
  47       return false;
  48    }
  49
  50    if ( !GetHeader()->IsDicomV3()                             ||
  51         GetHeader()->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  52         GetHeader()->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  53         GetHeader()->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  54         GetHeader()->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  55
  56         printf ("File::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  57         return false;
  58    }
  59
  60    int nb;
  61    std::string str_nb=GetHeader()->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
  62    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  63       nb = 16;
  64    } else {
  65       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  66       if (nb == 12) nb =16;
  67    }
  68    //int nBytes= nb/8;   //FIXME
  69
  70    //int taille = GetHeader()->GetXSize() * GetHeader()->GetYSize() * GetHeader()->GetSamplesPerPixel();
  71
  72    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  73
  74    uint16_t ItemTagGr,ItemTagEl;
  75    int ln;
  76    long ftellRes;
  77    //char * destination = NULL;
  78
  79   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  80
  81    if( !GetHeader()->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  82
  83       // JPEG Image
  84       ftellRes=ftell(fp);
  85       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  86       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  87       if(GetHeader()->GetSwapCode()) {
  88          ItemTagGr=GetHeader()->SwapShort(ItemTagGr);
  89          ItemTagEl=GetHeader()->SwapShort(ItemTagEl);
  90       }
  91       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  92                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  93       ftellRes=ftell(fp);
  94       fread(&ln,4,1,fp);
  95       if(GetHeader()->GetSwapCode())
  96          ln=GetHeader()->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
  97       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
  98             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
  99       if (ln != 0) {
 100          // What is it used for ??
 101          char * BasicOffsetTableItemValue= new char[ln+1];
 102          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 103          uint32_t a;
 104          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 105             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],uint32_t);
 106             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 107          }
 108       }
 109
 110       ftellRes=ftell(fp);
 111       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 112       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 113       if(GetHeader()->GetSwapCode()) {
 114          ItemTagGr=GetHeader()->SwapShort(ItemTagGr);
 115          ItemTagEl=GetHeader()->SwapShort(ItemTagEl);
 116       }
 117       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 118             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 119
 120       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 121
 122          ftellRes=ftell(fp);
 123          fread(&ln,4,1,fp);
 124          if(GetHeader()->GetSwapCode())
 125             ln=GetHeader()->SwapLong(ln);    // length
 126          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 127                 (unsigned)ftellRes, ln,ln);
 128
 129         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 130         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 131         //     destination,destination );
 132
 133          // ------------------------
 134          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 135          // ------------------------
 136
 137          ftellRes=ftell(fp);
 138          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 139          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 140          if(GetHeader()->GetSwapCode()) {
 141             ItemTagGr=GetHeader()->SwapShort(ItemTagGr);
 142             ItemTagEl=GetHeader()->SwapShort(ItemTagEl);
 143          }
 144          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 145                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 146       }
 147
 148    } else {
 149
 150       // RLE Image
 151       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 152       uint32_t nbRleSegments;
 153       uint32_t RleSegmentOffsetTable[15];
 154       ftellRes=ftell(fp);
 155       // Basic Offset Table with Item Value
 156          // Item Tag
 157       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 158       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 159       if(GetHeader()->GetSwapCode()) {
 160          ItemTagGr=GetHeader()->SwapShort(ItemTagGr);
 161          ItemTagEl=GetHeader()->SwapShort(ItemTagEl);
 162       }
 163       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 164                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 165          // Item Length
 166       ftellRes=ftell(fp);
 167       fread(&ln,4,1,fp);
 168       if(GetHeader()->GetSwapCode())
 169          ln=GetHeader()->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
 170       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
 171             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
 172       if (ln != 0) {
 173          // What is it used for ??
 174          char * BasicOffsetTableItemValue= new char[ln+1];
 175          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 176          uint32_t a;
 177          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 178             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],uint32_t);
 179             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 180          }
 181       }
 182
 183       ftellRes=ftell(fp);
 184       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 185       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 186       if(GetHeader()->GetSwapCode()) {
 187          ItemTagGr=GetHeader()->SwapShort(ItemTagGr);
 188          ItemTagEl=GetHeader()->SwapShort(ItemTagEl);
 189       }
 190       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 191             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 192
 193       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 194       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 195       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 196          ftellRes=ftell(fp);
 197          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 198          if(GetHeader()->GetSwapCode())
 199             fragmentLength=GetHeader()->SwapLong(fragmentLength);    // length
 200          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 201                 (unsigned)ftellRes, (unsigned)fragmentLength,(unsigned)fragmentLength);
 202
 203           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 204
 205          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 206          if(GetHeader()->GetSwapCode())
 207             nbRleSegments=GetHeader()->SwapLong(nbRleSegments);
 208             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 209
 210          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 211             ftellRes=ftell(fp);
 212             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 213             if(GetHeader()->GetSwapCode())
 214                RleSegmentOffsetTable[k]=GetHeader()->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 215             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 216                     (unsigned)ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 217                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 218          }
 219
 220           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 221              for(unsigned int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 222                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 223                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 224                 ftellRes=ftell(fp);
 225                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 226                            k,(unsigned)RleSegmentLength[k],(unsigned)RleSegmentLength[k], (unsigned)ftellRes);
 227                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 228              }
 229           }
 230           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 231                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 232           ftellRes=ftell(fp);
 233           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 234                            nbRleSegments,(unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],
 235                            (unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],(unsigned)ftellRes);
 236
 237           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 238
 239          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 240
 241          ftellRes=ftell(fp);
 242          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 243          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 244          if(GetHeader()->GetSwapCode()) {
 245             ItemTagGr=GetHeader()->SwapShort(ItemTagGr);
 246             ItemTagEl=GetHeader()->SwapShort(ItemTagEl);
 247          }
 248          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 249                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 250       }
 251    }
 252    return true;
 253 }
 254
 255 //-----------------------------------------------------------------------------
 256 } // end namespace gdcm
 257