src/gdcmParsePixels.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmParsePixels.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/07/02 13:55:28 $
   7   Version:   $Revision: 1.8 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.htm for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmCommon.h"
  20 #include "gdcmFile.h"
  21
  22 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  23
  24 //-----------------------------------------------------------------------------
  25 /**
  26  * \ingroup gdcmFile
  27  * \brief   Parse pixel data from disk and *prints* the result
  28  * \        For multi-fragment Jpeg/Rle files checking purpose *only*
  29  * \        Allows to 'see' if the file *does* conform
  30  * \       (some of them do not)
  31  * \        with Dicom Part 3, Annex A (PS 3.5-2003, page 58, page 85)
  32  *
  33  */
  34 bool gdcmFile::ParsePixelData(void) {
  35 // DO NOT remove the printf s.
  36 // The ONLY purpose of this method is to PRINT the content
  37    FILE *fp;
  38
  39    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
  40       return false;
  41
  42     if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
  43       Header->CloseFile();
  44       return false;
  45    }
  46
  47    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
  48         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  49         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
  50         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
  51         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
  52
  53         printf ("gdcmFile::ParsePixelData : non JPEG/RLE File\n");
  54         return false;
  55    }
  56
  57    int nb;
  58    std::string str_nb=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
  59    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  60       nb = 16;
  61    } else {
  62       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  63       if (nb == 12) nb =16;
  64    }
  65    //int nBytes= nb/8;   //FIXME
  66
  67    //int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() * Header->GetSamplesPerPixel();
  68
  69    printf ("Checking the Dicom-encapsulated Jpeg/RLE Pixels\n");
  70
  71    uint16_t ItemTagGr;
  72    uint16_t ItemTagEl;
  73    int ln;
  74    long ftellRes;
  75    //char * destination = NULL;
  76
  77   // -------------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels
  78
  79    if( !Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
  80
  81       // JPEG Image
  82       ftellRes=ftell(fp);
  83       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  84       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  85       if(Header->GetSwapCode()) {
  86          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  87          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  88       }
  89       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  90                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  91       ftellRes=ftell(fp);
  92       fread(&ln,4,1,fp);
  93       if(Header->GetSwapCode())
  94          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
  95       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
  96             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
  97       if (ln != 0) {
  98          // What is it used for ??
  99          char * BasicOffsetTableItemValue= new char[ln+1];
 100          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 101          uint32_t a;
 102          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 103             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],uint32_t);
 104             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 105          }
 106       }
 107
 108       ftellRes=ftell(fp);
 109       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 110       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 111       if(Header->GetSwapCode()) {
 112          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 113          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 114       }
 115       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 116             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 117
 118       while ( ( ItemTagGr==0xfffe) && (ItemTagEl!=0xe0dd) ) { // Parse fragments
 119
 120          ftellRes=ftell(fp);
 121          fread(&ln,4,1,fp);
 122          if(Header->GetSwapCode())
 123             ln=Header->SwapLong(ln);    // length
 124          printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
 125                 (unsigned)ftellRes, ln,ln);
 126
 127         // destination += taille * nBytes; // location in user's memory
 128         //printf ("      Destination will be x(%x) = %d \n",
 129         //     destination,destination );
 130
 131          // ------------------------
 132          fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping (not reading) fragment pixels
 133          // ------------------------
 134
 135          ftellRes=ftell(fp);
 136          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 137          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 138          if(Header->GetSwapCode()) {
 139             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 140             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 141          }
 142          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 143                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 144       }
 145
 146    } else {
 147
 148       // RLE Image
 149       long RleSegmentLength[15],fragmentLength;
 150       uint32_t nbRleSegments;
 151       uint32_t RleSegmentOffsetTable[15];
 152       ftellRes=ftell(fp);
 153       // Basic Offset Table with Item Value
 154          // Item Tag
 155       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  //Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
 156       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  //Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
 157       if(Header->GetSwapCode()) {
 158          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 159          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 160       }
 161       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
 162                 (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 163          // Item Length
 164       ftellRes=ftell(fp);
 165       fread(&ln,4,1,fp);
 166       if(Header->GetSwapCode())
 167          ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Length
 168       printf("at %x : Basic Offset Table Item Length (\?\?) %d x(%08x)\n",
 169             (unsigned)ftellRes,ln,ln);
 170       if (ln != 0) {
 171          // What is it used for ??
 172          char * BasicOffsetTableItemValue= new char[ln+1];
 173          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 174          uint32_t a;
 175          for (int i=0;i<ln;i+=4){
 176             a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],uint32_t);
 177             printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
 178          }
 179       }
 180
 181       ftellRes=ftell(fp);
 182       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 183       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 184       if(Header->GetSwapCode()) {
 185          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 186          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 187       }
 188       printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 189             (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 190
 191       // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
 192       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 193       // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
 194          ftellRes=ftell(fp);
 195          fread(&fragmentLength,4,1,fp);
 196          if(Header->GetSwapCode())
 197             fragmentLength=Header->SwapLong(fragmentLength);    // length
 198          printf("      at %x : 'fragment' length %d x(%08x)\n",
 199                 (unsigned)ftellRes, (unsigned)fragmentLength,(unsigned)fragmentLength);
 200
 201           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
 202
 203          fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
 204          if(Header->GetSwapCode())
 205             nbRleSegments=Header->SwapLong(nbRleSegments);
 206             printf("   Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
 207
 208          for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 209             ftellRes=ftell(fp);
 210             fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 211             if(Header->GetSwapCode())
 212                RleSegmentOffsetTable[k]=Header->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 213             printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 214                     (unsigned)ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],
 215                     RleSegmentOffsetTable[k]);
 216          }
 217
 218           if (nbRleSegments>1) { // skipping (not reading) RLE Segments
 219              for(unsigned int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) {
 220                 RleSegmentLength[k]=   RleSegmentOffsetTable[k+1]
 221                                      - RleSegmentOffsetTable[k];
 222                 ftellRes=ftell(fp);
 223                 printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 224                            k,(unsigned)RleSegmentLength[k],(unsigned)RleSegmentLength[k], (unsigned)ftellRes);
 225                 fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 226              }
 227           }
 228           RleSegmentLength[nbRleSegments]= fragmentLength
 229                                          - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 230           ftellRes=ftell(fp);
 231           printf ("  Segment %d : Length = %d x(%x) Start at %x\n",
 232                            nbRleSegments,(unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],
 233                            (unsigned)RleSegmentLength[nbRleSegments],(unsigned)ftellRes);
 234
 235           fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 236
 237          // ------------------ end of scanning fragment pixels
 238
 239          ftellRes=ftell(fp);
 240          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 241          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 242          if(Header->GetSwapCode()) {
 243             ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 244             ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 245          }
 246          printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 247                (unsigned)ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 248       }
 249    }
 250    return true;
 251 }
 252
 253 //-----------------------------------------------------------------------------