]> Creatis software - gdcm.git/blob - src/gdcmParser.cxx
gdcmParser : allows "DICM" files, with NO group '0002'
[gdcm.git] / src / gdcmParser.cxx
1 // gdcmHeader.cxx
2 //-----------------------------------------------------------------------------
3 #include "gdcmParser.h"
4 #include "gdcmUtil.h"
5 #include <errno.h>
6
7 // For nthos:
8 #ifdef _MSC_VER
9    #include <winsock.h>
10 #else
11    #include <netinet/in.h>
12 #endif
13
14 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
15 #  include <strstream>
16 #  define  ostringstream ostrstream
17 # else
18 #  include <sstream>
19 #endif
20 #  include <iomanip>
21
22 #define UI1_2_840_10008_1_2      "1.2.840.10008.1.2"
23 #define UI1_2_840_10008_1_2_1    "1.2.840.10008.1.2.1"
24 #define UI1_2_840_10008_1_2_2    "1.2.840.10008.1.2.2"
25 #define UI1_2_840_10008_1_2_1_99 "1.2.840.10008.1.2.1.99"
26
27    // Fourth semantics:
28    //
29    // ---> Warning : This fourth field is NOT part 
30    //                of the 'official' Dicom Dictionnary
31    //                and should NOT be used.
32    //                (Not defined for all the groups
33    //                 may be removed in a future release)
34    //
35    // CMD      Command        
36    // META     Meta Information 
37    // DIR      Directory
38    // ID
39    // PAT      Patient
40    // ACQ      Acquisition
41    // REL      Related
42    // IMG      Image
43    // SDY      Study
44    // VIS      Visit 
45    // WAV      Waveform
46    // PRC
47    // DEV      Device
48    // NMI      Nuclear Medicine
49    // MED
50    // BFS      Basic Film Session
51    // BFB      Basic Film Box
52    // BIB      Basic Image Box
53    // BAB
54    // IOB
55    // PJ
56    // PRINTER
57    // RT       Radio Therapy
58    // DVH   
59    // SSET
60    // RES      Results
61    // CRV      Curve
62    // OLY      Overlays
63    // PXL      Pixels
64    // DL       Delimiters
65    //
66
67 //-----------------------------------------------------------------------------
68 // Refer to gdcmParser::CheckSwap()
69 const unsigned int gdcmParser::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
70
71 // Refer to gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry()
72 const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE = 4096;
73
74 // Refer to gdcmParser::SetMaxSizePrintEntry()
75 // TODO : Right now, better see "define, in gdcmHederEntry.cxx
76 const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 64;
77
78 //-----------------------------------------------------------------------------
79 // Constructor / Destructor
80 /**
81  * \ingroup gdcmParser
82  * \brief   
83  * @param   InFilename
84  * @param   exception_on_error
85  * @param   enable_sequences = true to allow the header 
86  *          to be parsed *inside* the SeQuences, 
87  *          when they have an actual length 
88  * @param ignore_shadow to allow skipping the shadow elements, 
89  *           to save memory space.
90  * \warning  The TRUE value for this param has to be used 
91  *           with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
92  *           ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
93  */
94 gdcmParser::gdcmParser(const char *InFilename, 
95                        bool exception_on_error,
96                        bool enable_sequences,
97                        bool ignore_shadow) {
98    enableSequences=enable_sequences;
99    ignoreShadow   =ignore_shadow;
100    
101    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
102    filename = InFilename;
103    Initialise();
104
105    if ( !OpenFile(exception_on_error))
106       return;
107    if (ParseHeader()) {
108      LoadHeaderEntries();
109    }
110    CloseFile();
111
112    wasUpdated = 0;  // will be set to 1 if user adds an entry
113    printLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
114 }
115
116 /**
117  * \ingroup gdcmParser
118  * \brief   
119  * @param   exception_on_error
120  */
121 gdcmParser::gdcmParser(bool exception_on_error) {
122    enableSequences=0;
123
124    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
125    Initialise();
126
127    wasUpdated = 0;  // will be set to 1 if user adds an entry
128    printLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
129 }
130
131 /**
132  * \ingroup gdcmParser
133  * \brief   Canonical destructor.
134  */
135 gdcmParser::~gdcmParser (void) {
136    RefPubDict = NULL;
137    RefShaDict = NULL;
138 }
139
140 //-----------------------------------------------------------------------------
141 // Print
142 /**
143   * \ingroup gdcmParser
144   * \brief   Prints the Header Entries (Dicom Elements)
145   *          both from the H Table and the chained list
146   * @return
147   */ 
148 void gdcmParser::PrintEntry(std::ostream & os) {
149    std::ostringstream s;   
150            
151    for (ListTag::iterator i = listEntries.begin();  
152            i != listEntries.end();
153            ++i)
154    {
155            (*i)->SetPrintLevel(printLevel);
156            (*i)->Print(os);   
157    } 
158    os<<s.str();
159 }
160
161 /**
162   * \ingroup gdcmParser
163   * \brief   Prints The Dict Entries of THE public Dicom Dictionnry
164   * @return
165   */  
166 void gdcmParser::PrintPubDict(std::ostream & os) {
167    RefPubDict->Print(os);
168 }
169
170 /**
171   * \ingroup gdcmParser
172   * \brief   Prints The Dict Entries of THE shadow Dicom Dictionnry
173   * @return
174   */
175 void gdcmParser::PrintShaDict(std::ostream & os) {
176    RefShaDict->Print(os);
177 }
178
179 //-----------------------------------------------------------------------------
180 // Public
181 /**
182  * \ingroup gdcmParser
183  * \brief   Get the public dictionary used
184  */
185 gdcmDict *gdcmParser::GetPubDict(void) {
186    return(RefPubDict);
187 }
188
189 /**
190  * \ingroup gdcmParser
191  * \brief   Get the shadow dictionary used
192  */
193 gdcmDict *gdcmParser::GetShaDict(void) {
194    return(RefShaDict);
195 }
196
197 /**
198  * \ingroup gdcmParser
199  * \brief   Set the shadow dictionary used
200  * \param   dict dictionary to use in shadow
201  */
202 bool gdcmParser::SetShaDict(gdcmDict *dict){
203    RefShaDict=dict;
204    return(!RefShaDict);
205 }
206
207 /**
208  * \ingroup gdcmParser
209  * \brief   Set the shadow dictionary used
210  * \param   dictName name of the dictionary to use in shadow
211  */
212 bool gdcmParser::SetShaDict(DictKey dictName){
213    RefShaDict=gdcmGlobal::GetDicts()->GetDict(dictName);
214    return(!RefShaDict);
215 }
216
217 /**
218  * \ingroup gdcmParser
219  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
220  *         decides whether or not the current gdcmParser was properly parsed
221  *         and contains the mandatory information for being considered as
222  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
223  * @return true when gdcmParser is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
224  *         false otherwise. 
225  */
226 bool gdcmParser::IsReadable(void) { 
227    if(filetype==Unknown) {
228       return(false);
229    }
230    if(listEntries.size()<=0) {    
231       return(false);
232    }
233
234    return(true);
235 }
236
237 /**
238  * \ingroup gdcmParser
239  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
240  *          and if it corresponds to a ImplicitVRLittleEndian one.
241  *
242  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
243  */
244 bool gdcmParser::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
245    gdcmHeaderEntry *Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
246    if ( !Element )
247       return false;
248    LoadHeaderEntrySafe(Element);
249
250    std::string Transfer = Element->GetValue();
251    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2 )
252       return true;
253    return false;
254 }
255
256 /**
257  * \ingroup gdcmParser
258  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
259  *          and if it corresponds to a ExplicitVRLittleEndian one.
260  *
261  * @return  True when ExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
262  */
263 bool gdcmParser::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
264    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
265    if ( !Element )
266       return false;
267    LoadHeaderEntrySafe(Element);
268
269    std::string Transfer = Element->GetValue();
270    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_1 )
271       return true;
272    return false;
273 }
274
275 /**
276  * \ingroup gdcmParser
277  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
278  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
279  *
280  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
281  */
282 bool gdcmParser::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
283    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
284    if ( !Element )
285       return false;
286    LoadHeaderEntrySafe(Element);
287
288    std::string Transfer = Element->GetValue();
289    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_1_99 )
290       return true;
291    return false;
292 }
293
294 /**
295  * \ingroup gdcmParser
296  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
297  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
298  *
299  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
300  */
301 bool gdcmParser::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
302    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
303    if ( !Element )
304       return false;
305    LoadHeaderEntrySafe(Element);
306
307    std::string Transfer = Element->GetValue();
308    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_2 )  //1.2.2 ??? A verifier !
309       return true;
310    return false;
311 }
312
313 /**
314  * \ingroup gdcmParser
315  * \brief  returns the File Type 
316  *         (ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown)
317  * @return 
318  */
319 FileType gdcmParser::GetFileType(void) {
320    return(filetype);
321 }
322
323 /**
324  * \ingroup gdcmParser
325  * \brief   opens the file
326  * @param   exception_on_error
327  * @return  
328  */
329 FILE *gdcmParser::OpenFile(bool exception_on_error)
330   throw(gdcmFileError) 
331 {
332   fp=fopen(filename.c_str(),"rb");
333   if(exception_on_error) 
334   {
335     if(!fp)
336       throw gdcmFileError("gdcmParser::gdcmParser(const char *, bool)");
337   }
338
339   if ( fp ) 
340   {
341      guint16 zero;
342      fread(&zero,  (size_t)2, (size_t)1, fp);
343
344     //ACR -- or DICOM with no Preamble --
345     if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200)
346        return(fp);
347
348     //DICOM
349     fseek(fp, 126L, SEEK_CUR);
350     char dicm[4];
351     fread(dicm,  (size_t)4, (size_t)1, fp);
352     if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
353        return(fp);
354
355     fclose(fp);
356     dbg.Verbose(0, "gdcmParser::gdcmParser not DICOM/ACR", filename.c_str());
357   }
358   else {
359     dbg.Verbose(0, "gdcmParser::gdcmParser cannot open file", filename.c_str());
360   }
361   return(NULL);
362 }
363
364 /**
365  * \ingroup gdcmParser
366  * \brief closes the file  
367  * @return  TRUE if the close was successfull 
368  */
369 bool gdcmParser::CloseFile(void) {
370   int closed = fclose(fp);
371   fp = (FILE *)0;
372   if (! closed)
373      return false;
374   return true;
375 }
376
377 /**
378  * \ingroup gdcmParser
379  * \brief 
380  * @param fp file pointer on an already open file
381  * @param   type type of the File to be written 
382  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
383  * @return  always "True" ?!
384  */
385 bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
386 // ==============
387 // TODO The stuff was rewritten using the chained list instead 
388 //      of the H table
389 //      so we could remove the GroupHT from the gdcmParser
390 // To be checked
391 // =============
392
393    // TODO : move the following lines (and a lot of others, to be written)
394    // to a future function CheckAndCorrectHeader
395    
396         // Question :
397         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non
398         // (FileType est un champ de gdcmParser ...)
399         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
400         // no way 
401         // a moins de se livrer a un tres complique ajout des champs manquants.
402         // faire un CheckAndCorrectHeader (?)  
403          
404
405    if (type == ImplicitVR) 
406    {
407       std::string implicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2;
408       ReplaceOrCreateByNumber(implicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
409       
410       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
411       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
412       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
413       
414       SetEntryLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
415    } 
416
417    if (type == ExplicitVR) 
418    {
419       std::string explicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2_1;
420       ReplaceOrCreateByNumber(explicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
421       
422       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
423       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
424       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
425       
426       SetEntryLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
427    }
428
429 /* TODO : rewrite later
430
431    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
432       UpdateGroupLength(false,type);
433    if ( type == ACR)
434       UpdateGroupLength(true,ACR);
435 */
436
437    WriteEntries(type, fp);
438    return(true);
439  }
440
441 /**
442  * \ingroup gdcmParser
443  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
444  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
445  * @param   Value passed as a std::string
446  * @param   Group
447  * @param   Elem
448  * \return  boolean
449  */
450 bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, 
451                                          guint16 Group, 
452                                          guint16 Elem ){
453    if (CheckIfEntryExistByNumber(Group, Elem) == 0) {
454       gdcmHeaderEntry *a =NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
455       if (a == NULL) 
456          return false;
457       AddHeaderEntry(a);
458    }   
459    SetEntryByNumber(Value, Group, Elem);
460    return(true);
461 }   
462
463 /**
464  * \ingroup gdcmParser
465  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
466  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
467  * @param   Value passed as a char*
468  * @param   Group
469  * @param   Elem
470  * \return  boolean 
471  * 
472  */
473 bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
474    gdcmHeaderEntry* nvHeaderEntry=NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
475
476    if(!nvHeaderEntry)
477       return(false);
478
479    AddHeaderEntry(nvHeaderEntry);
480
481    std::string v = Value;       
482    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
483    return(true);
484 }  
485
486 /**
487  * \ingroup gdcmParser
488  * \brief   Set a new value if the invoked element exists
489  *          Seems to be useless !!!
490  * @param   Value
491  * @param   Group
492  * @param   Elem
493  * \return  boolean 
494  */
495 bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) 
496 {
497    std::string v = Value;       
498    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
499    return true;
500
501
502 //-----------------------------------------------------------------------------
503 // Protected
504 /**
505  * \ingroup gdcmParser
506  * \brief   Checks if a given Dicom Element exists
507  * \        within the H table
508  * @param   group Group   number of the searched Dicom Element 
509  * @param   element  Element number of the searched Dicom Element 
510  * @return  number of occurences
511  */
512 int gdcmParser::CheckIfEntryExistByNumber(guint16 group, guint16 element ) {
513         std::string key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element );
514         return (tagHT.count(key));
515 }
516
517 /**
518  * \ingroup gdcmParser
519  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
520  *          the public and private dictionaries 
521  *          for the element value of a given tag.
522  * \warning Don't use any longer : use GetPubEntryByName
523  * @param   tagName name of the searched element.
524  * @return  Corresponding element value when it exists,
525  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
526  */
527 std::string gdcmParser::GetEntryByName(std::string tagName) {
528    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
529    if( dictEntry == NULL)
530       return GDCM_UNFOUND;
531
532    return(GetEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement()));  
533 }
534
535 /**
536  * \ingroup gdcmParser
537  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
538  *          the public and private dictionaries 
539  *          for the element value representation of a given tag.
540  *
541  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
542  *          to convert the string typed content to caller's native type 
543  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
544  *          of semantics than just the native C++ type.
545  * @param   tagName name of the searched element.
546  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
547  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
548  */
549 std::string gdcmParser::GetEntryVRByName(std::string tagName) {
550    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
551    if( dictEntry == NULL)
552       return GDCM_UNFOUND;
553
554    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),
555                                                    dictEntry->GetElement());                                    
556    return elem->GetVR();
557 }
558
559 /**
560  * \ingroup gdcmParser
561  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
562  *          the public and private dictionaries 
563  *          for the element value representation of a given tag.
564  * @param   group Group of the searched tag.
565  * @param   element Element of the searched tag.
566  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
567  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
568  */
569 std::string gdcmParser::GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element){
570    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
571    if ( ! tagHT.count(key))
572       return GDCM_UNFOUND;
573    return tagHT.find(key)->second->GetValue();
574 }
575
576 /**
577  * \ingroup gdcmParser
578  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
579  *          the public and private dictionaries 
580  *          for the element value representation of a given tag..
581  *
582  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
583  *          to convert the string typed content to caller's native type 
584  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
585  *          of semantics than just the native C++ type.
586  * @param   group Group of the searched tag.
587  * @param   element Element of the searched tag.
588  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
589  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
590  */
591 std::string gdcmParser::GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element) {
592    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(group, element);
593    if ( !elem )
594       return GDCM_UNFOUND;
595    return elem->GetVR();
596 }
597
598 /**
599  * \ingroup gdcmParser
600  * \brief   Sets the value (string) of the Header Entry (Dicom Element)
601  * @param   content string value of the Dicom Element
602  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
603  * @return  true when found
604  */
605 bool gdcmParser::SetEntryByName(std::string content,std::string tagName) {
606    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
607    if( dictEntry == NULL)
608       return false;                                 
609
610    return(SetEntryByNumber(content,dictEntry->GetGroup(),
611                                    dictEntry->GetElement()));
612 }
613
614 /**
615  * \ingroup gdcmParser
616  * \brief   Accesses an existing gdcmHeaderEntry (i.e. a Dicom Element)
617  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
618  *          the given value.
619  * \warning Don't use any longer : use SetPubEntryByNumber
620  * @param   content new value to substitute with
621  * @param   group   group of the Dicom Element to modify
622  * @param   element element of the Dicom Element to modify
623  */
624 bool gdcmParser::SetEntryByNumber(std::string content, 
625                                   guint16 group,
626                                   guint16 element) 
627 {
628    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
629    if ( ! tagHT.count(key))
630       return false;
631    int l = content.length();
632    if(l%2) // Odd length are padded with a space (020H).
633    {  
634       l++;
635       content = content + '\0';
636    }
637       
638    gdcmHeaderEntry * a;
639    IterHT p;
640    TagHeaderEntryHT::iterator p2;
641    // DO NOT remove the following lines : they explain the stuff   
642    //p= tagHT.equal_range(key); // get a pair of iterators first-last synonym
643    //p2=p.first;                // iterator on the first synonym 
644    //a=p2->second;              // H Table target column (2-nd col)
645     
646    // or, easier :
647    a = ((tagHT.equal_range(key)).first)->second; 
648        
649    a-> SetValue(content); 
650    
651    std::string vr = a->GetVR();
652    
653    guint32 lgr;
654    if( (vr == "US") || (vr == "SS") ) 
655       lgr = 2;
656    else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
657       lgr = 4;
658    else
659       lgr = l;     
660
661    a->SetLength(lgr);   
662    return true;
663 }                                         
664
665 /**
666  * \ingroup gdcmParser
667  * \brief   Accesses an existing gdcmHeaderEntry (i.e. a Dicom Element)
668  *          in the PubHeaderEntrySet of this instance
669  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
670  *          the given value.
671  * \warning Use with extreme caution.
672  * @param   length new length to substitute with
673  * @param   group   group of the entry to modify
674  * @param   element element of the Entry to modify
675  * @return  1 on success, 0 otherwise.
676  */
677
678 bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 length, 
679                                         guint16 group, 
680                                         guint16 element) 
681 {
682    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
683    if ( ! tagHT.count(key))
684       return false;
685    if (length%2) length++; // length must be even
686    ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(length);      
687          
688    return true ;                
689 }
690
691 /**
692  * \ingroup gdcmParser
693  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
694  * \        (LoadElementValues has already be executed)
695  * @param   Group
696  * @param   Elem
697  * @return File Offset of the Element Value 
698  */
699 size_t gdcmParser::GetEntryOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
700 {
701    gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);         
702    if (!Entry) 
703    {
704       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
705                       "failed to Locate gdcmHeaderEntry");
706       return (size_t)0;
707    }
708    return Entry->GetOffset();
709 }
710
711 /**
712  * \ingroup gdcmParser
713  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
714  * \        (LoadElementValues has already be executed)  
715  * @param   Group
716  * @param   Elem
717  * @return Pointer to the 'non string' area
718  */
719 void * gdcmParser::GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
720 {
721    gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);         
722    if (!Entry) 
723    {
724       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
725                   "failed to Locate gdcmHeaderEntry");
726       return (NULL);
727    }
728    return Entry->GetVoidArea();
729 }
730
731 /**
732  * \ingroup       gdcmParser
733  * \brief         Loads (from disk) the element content 
734  *                when a string is not suitable
735  * @param   Group
736  * @param   Elem
737  */
738 void *gdcmParser::LoadEntryVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem) 
739 {
740    gdcmHeaderEntry * Element= GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
741    if ( !Element )
742       return NULL;
743    size_t o =(size_t)Element->GetOffset();
744    fseek(fp, o, SEEK_SET);
745    int l=Element->GetLength();
746    void * a = malloc(l);
747    if(!a) 
748         return NULL;
749
750    SetEntryVoidAreaByNumber(a, Group, Elem);
751    // TODO check the result 
752    size_t l2 = fread(a, 1, l ,fp);
753    if(l != l2) 
754    {
755         free(a);
756         return NULL;
757    }
758    return a;  
759 }
760
761 /**
762  * \ingroup gdcmParser
763  * \brief   Sets a 'non string' value to a given Dicom Element
764  * @param   area
765  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
766  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
767  * @return  
768  */
769 bool gdcmParser::SetEntryVoidAreaByNumber(void * area,
770                                           guint16 group, 
771                                           guint16 element) 
772 {
773    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
774    if ( ! tagHT.count(key))
775       return false;
776    ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetVoidArea(area);      
777    return true;
778 }
779
780 /**
781  * \ingroup gdcmParser
782  * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. Only odd entries are
783  *          analized
784  */
785 void gdcmParser::UpdateShaEntries(void) {
786    gdcmDictEntry *entry;
787    std::string vr;
788
789    for(ListTag::iterator it=listEntries.begin();
790        it!=listEntries.end();
791        ++it)
792    {
793       // Odd group => from public dictionary
794       if((*it)->GetGroup()%2==0)
795          continue;
796
797       // Peer group => search the corresponding dict entry
798       if(RefShaDict)
799          entry=RefShaDict->GetDictEntryByNumber((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement());
800       else
801          entry=NULL;
802
803       if((*it)->IsImplicitVR())
804          vr="Implicit";
805       else
806          vr=(*it)->GetVR();
807
808       (*it)->SetValue(GetHeaderEntryUnvalue(*it));
809       if(entry){
810          // Set the new entry and the new value
811          (*it)->SetDictEntry(entry);
812          CheckHeaderEntryVR(*it,vr);
813
814          (*it)->SetValue(GetHeaderEntryValue(*it));
815       }
816       else
817       {
818          // Remove precedent value transformation
819          (*it)->SetDictEntry(NewVirtualDictEntry((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement(),vr));
820       }
821    }
822 }
823
824 /**
825  * \ingroup gdcmParser
826  * \brief   Searches within the Header Entries for a Dicom Element of
827  *          a given tag.
828  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
829  * @return  Corresponding Dicom Element when it exists, and NULL
830  *          otherwise.
831  */
832  gdcmHeaderEntry *gdcmParser::GetHeaderEntryByName(std::string tagName) {
833    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
834    if( dictEntry == NULL)
835       return NULL;
836
837   return(GetHeaderEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement()));
838 }
839
840 /**
841  * \ingroup gdcmParser
842  * \brief  retrieves a Dicom Element (the first one) using (group, element)
843  * \ warning (group, element) IS NOT an identifier inside the Dicom Header
844  *           if you think it's NOT UNIQUE, check the count number
845  *           and use iterators to retrieve ALL the Dicoms Elements within
846  *           a given couple (group, element)
847  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
848  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
849  * @return  
850  */
851 gdcmHeaderEntry* gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber(guint16 group, guint16 element) 
852 {
853    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
854    if ( ! tagHT.count(key))
855       return NULL;
856    return tagHT.find(key)->second;
857 }
858
859 /**
860  * \ingroup gdcmParser
861  * \brief   retrieves the Dicom Elements (all of them) using (group, element) 
862  * @param   group Group number of the searched Dicom Element.
863  * @param   element Element number of the searched Dicom Element.
864  * @return  a range (i.e.pair<,>) containing all elements whose key is group|element) 
865  */
866  
867 IterHT gdcmParser::GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element){
868    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
869    return (tagHT.equal_range(key));
870 }
871
872 /**
873  * \ingroup       gdcmParser
874  * \brief         Loads the element while preserving the current
875  *                underlying file position indicator as opposed to
876  *                to LoadHeaderEntry that modifies it.
877  * @param entry   Header Entry whose value shall be loaded. 
878  * @return  
879  */
880 void gdcmParser::LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry * entry) {
881    long PositionOnEntry = ftell(fp);
882    LoadHeaderEntry(entry);
883    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
884 }
885
886 /**
887  * \ingroup gdcmParser
888  * \brief   Re-computes the length of a ACR-NEMA/Dicom group from a DcmHeader
889  * \warning : to be re-written using the chained list instead of the H table.
890  * \warning : DO NOT use (doesn't work any longer because of the multimap)
891  * \todo : to be re-written using the chained list instead of the H table
892  * @param   SkipSequence TRUE if we don't want to write Sequences (ACR-NEMA Files)
893  * @param   type Type of the File (ExplicitVR,ImplicitVR, ACR, ...) 
894  */
895 void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
896    guint16 gr, el;
897    std::string vr;
898    
899    gdcmHeaderEntry *elem;
900    char trash[10];
901    std::string str_trash;
902    
903    GroupKey key;
904    GroupHT groupHt;  // to hold the length of each group
905    TagKey tk;
906    // remember :
907    // typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
908    
909    gdcmHeaderEntry *elemZ;
910   
911    // for each Tag in the DCM Header
912    
913    for (TagHeaderEntryHT::iterator tag2 = tagHT.begin(); 
914         tag2 != tagHT.end();
915         ++tag2)
916    {
917       elem  = tag2->second;
918       gr = elem->GetGroup();
919       el = elem->GetElement();
920       vr = elem->GetVR(); 
921                  
922       sprintf(trash, "%04x", gr);
923       key = trash;              // generate 'group tag'
924       
925       // if the caller decided not to take SEQUENCEs into account 
926       // e.g : he wants to write an ACR-NEMA File 
927                 
928       if (SkipSequence && vr == "SQ") 
929          continue;
930       
931       // Still unsolved problem :
932       // we cannot find the 'Sequence Delimitation Item'
933       // since it's at the end of the Hash Table
934       // (fffe,e0dd) 
935        
936       // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
937       // WARNING : 
938       // --> la descente a l'interieur' des SQ 
939       // devrait etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
940             
941       if ( groupHt.count(key) == 0) // we just read the first elem of a given group
942       { 
943          if (el == 0x0000) // the first elem is 0x0000
944          {            
945             groupHt[key] = 0;         // initialize group length 
946          } 
947          else 
948          {
949             groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // non 0x0000 first group elem
950          } 
951       } 
952       else // any elem but the first
953       {   
954          if (type == ExplicitVR) 
955          {
956             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) 
957             {
958                groupHt[key] +=  4; // explicit VR AND OB, OW, SQ : 4 more bytes
959             }
960          }
961          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); 
962       } 
963    }
964
965    unsigned short int gr_bid;
966   
967    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); // for each group we found
968         g != groupHt.end();
969         ++g)
970    { 
971       // FIXME: g++ -Wall -Wstrict-prototypes reports on following line:
972       //        warning: unsigned int format, different type arg
973       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
974       tk = g->first + "|0000";                  // generate the element full tag
975                      
976       if ( tagHT.count(tk) == 0) // if element 0x0000 not found
977       {                 
978          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");       
979          elemZ = new gdcmHeaderEntry(tagZ);
980          elemZ->SetLength(4);
981          AddHeaderEntry(elemZ);                         // create it
982       } 
983       else 
984       {
985          elemZ=GetHeaderEntryByNumber(gr_bid, 0x0000);
986       }     
987       sprintf(trash ,"%d",g->second);
988       str_trash=trash;
989       elemZ->SetValue(str_trash);
990    }   
991 }
992
993 /**
994  * \ingroup gdcmParser
995  * \brief   writes on disc according to the requested format
996  * \        (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image
997  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
998  * \         it's up to the user doing it !
999  * \         (function CheckHeaderCoherence to be written)
1000  * \ warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
1001  * \         from an ACR Header (meta elements will be missing!)
1002  * @param   type type of the File to be written 
1003  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
1004  * @param   _fp already open file pointer
1005  */
1006 void gdcmParser::WriteEntries(FileType type, FILE * _fp) 
1007 {
1008    guint16 gr, el;
1009    guint32 lgr;
1010    const char * val;
1011    std::string vr;
1012    guint32 val_uint32;
1013    guint16 val_uint16;
1014    guint16 valZero =0;
1015    std::vector<std::string> tokens;
1016    
1017    // TODO : function CheckHeaderCoherence to be written
1018    
1019    //  uses now listEntries to iterate, not TagHt!
1020    //
1021    //        pb : gdcmParser.Add does NOT update listEntries
1022    //       TODO : find a trick (in STL?) to do it, at low cost !
1023
1024    void *ptr;
1025       
1026    // TODO (?) tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
1027    int compte =0;
1028    
1029    for (ListTag::iterator tag2=listEntries.begin();
1030         tag2 != listEntries.end();
1031         ++tag2)
1032    {
1033       gr =  (*tag2)->GetGroup();
1034       el =  (*tag2)->GetElement();
1035       lgr = (*tag2)->GetReadLength();
1036       val = (*tag2)->GetValue().c_str();
1037       vr =  (*tag2)->GetVR();
1038       if ( type == ACR ) 
1039       { 
1040          if (gr < 0x0008)   continue; // ignore pure DICOM V3 groups
1041          if (gr %2)         continue; // ignore shadow groups
1042          if (vr == "SQ" )   continue; // ignore Sequences
1043                    // TODO : find a trick to *skip* the SeQuences !
1044                    // Not only ignore the SQ element
1045          if (gr == 0xfffe ) continue; // ignore delimiters
1046       } 
1047
1048       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
1049       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
1050       
1051       // === Deal with the length
1052       //     --------------------
1053       
1054       // if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) // ?!?  < 2  
1055       if ( (type == ExplicitVR) || (type == DICOMDIR) )      
1056       {
1057          // EXPLICIT VR
1058          guint16 z=0, shortLgr;
1059          if (vr == "Unknown") { // Unknown was 'written'         
1060             shortLgr=lgr;
1061             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1062             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1063          } else {        
1064             if (gr != 0xfffe) { // NO value for 'delimiters'
1065               if (vr == "Unknown") // Unknown was 'written'
1066                  fwrite(&z,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1067               else       
1068                  fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1069             }
1070          
1071             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") || gr == 0xfffe) // JPR
1072             {
1073                if (gr != 0xfffe)
1074                   fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1075                fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1076             } 
1077             else 
1078             {
1079                shortLgr=lgr;
1080                fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1081             }
1082          }
1083       } 
1084       else // IMPLICIT VR 
1085       { 
1086          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1087       }
1088       
1089       // === Deal with the value
1090       //     -------------------
1091       if (vr == "SQ")  continue; // no "value" to write for the SEQuences
1092       if (gr == 0xfffe)continue;
1093       
1094       if (vr == "US" || vr == "SS") 
1095       {
1096          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1097          Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
1098          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1099          {
1100             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
1101             ptr = &val_uint16;
1102             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1103          }
1104          tokens.clear();
1105          continue;
1106       }
1107       if (vr == "UL" || vr == "SL") 
1108       {
1109          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1110          Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
1111          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1112          {
1113             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
1114             ptr = &val_uint32;
1115             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1116          }
1117          tokens.clear();
1118          continue;
1119       } 
1120           
1121       // Pixels are never loaded in the element !
1122       // we stop writting when Pixel are processed
1123       // FIX : we loose trailing elements (RAB, right now)           
1124             
1125       if ((gr == GrPixel) && (el == NumPixel) ) {
1126          compte++;
1127          if (compte == countGrPixel) // we passed *all* the GrPixel,NumPixel   
1128             break;
1129       }       
1130       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
1131    }
1132 }
1133
1134 /**
1135  * \ingroup gdcmParser
1136  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1137  *          processor order.
1138  * @return  The properly swaped 32 bits integer.
1139  */
1140 guint32 gdcmParser::SwapLong(guint32 a) {
1141    switch (sw) {
1142       case    0 :
1143          break;
1144       case 4321 :
1145          a=( ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000) | 
1146              ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
1147          break;
1148    
1149       case 3412 :
1150          a=( ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
1151          break;
1152    
1153       case 2143 :
1154          a=( ((a<<8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
1155          break;
1156       default :
1157          dbg.Error(" gdcmParser::SwapLong : unset swap code");
1158          a=0;
1159    }
1160    return(a);
1161 }
1162
1163 /**
1164  * \ingroup gdcmParser
1165  * \brief   Unswaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1166  *          processor order.
1167  * @return  The properly unswaped 32 bits integer.
1168  */
1169 guint32 gdcmParser::UnswapLong(guint32 a) {
1170    return (SwapLong(a));
1171 }
1172
1173 /**
1174  * \ingroup gdcmParser
1175  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
1176  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
1177  */
1178 guint16 gdcmParser::SwapShort(guint16 a) {
1179    if ( (sw==4321)  || (sw==2143) )
1180       a =(((a<<8) & 0x0ff00) | ((a>>8)&0x00ff));
1181    return (a);
1182 }
1183
1184 /**
1185  * \ingroup gdcmParser
1186  * \brief   Unswaps the bytes so they agree with the processor order
1187  * @return  The properly unswaped 16 bits integer.
1188  */
1189 guint16 gdcmParser::UnswapShort(guint16 a) {
1190    return (SwapShort(a));
1191 }
1192
1193 //-----------------------------------------------------------------------------
1194 // Private
1195 /**
1196  * \ingroup gdcmParser
1197  * \brief   Parses the header of the file but WITHOUT loading element values.
1198  * @return  false if file is not ACR-NEMA / DICOM
1199  */
1200 bool gdcmParser::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
1201    
1202    rewind(fp);
1203    if (!CheckSwap())
1204       return false;
1205       
1206    gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry = (gdcmHeaderEntry *)0;   
1207    while ( (newHeaderEntry = ReadNextHeaderEntry()) ) {
1208      SkipHeaderEntry(newHeaderEntry);
1209      if ( (ignoreShadow==0) || (newHeaderEntry->GetGroup()%2) == 0) { 
1210         AddHeaderEntry(newHeaderEntry); 
1211      }       
1212    }
1213    return true;
1214 }
1215
1216 /**
1217  * \ingroup gdcmParser
1218  * \brief   Loads the element values of all the Header Entries pointed in the
1219  *          public Chained List.
1220  */
1221 void gdcmParser::LoadHeaderEntries(void) {
1222    rewind(fp);
1223    for (ListTag::iterator i = GetListEntry().begin();
1224       i != GetListEntry().end();
1225       ++i)
1226    {
1227       LoadHeaderEntry(*i);
1228    }
1229             
1230    rewind(fp);
1231
1232    // Load 'non string' values   
1233    std::string PhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);   
1234    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
1235       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT   
1236       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
1237       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
1238       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
1239       
1240       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1221);  // Segmented Red   Palette Color LUT Data
1241       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1222);  // Segmented Green Palette Color LUT Data
1242       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1223);  // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
1243    }   
1244    
1245    // --------------------------------------------------------------
1246    // Special Patch to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
1247    //
1248    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
1249    // we switch lineNumber and columnNumber
1250    //
1251    std::string RecCode; 
1252    RecCode = GetEntryByNumber(0x0008, 0x0010); // recognition code
1253    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
1254        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." ) 
1255    {
1256          filetype = ACR_LIBIDO; 
1257          std::string rows    = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
1258          std::string columns = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
1259          SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
1260          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
1261    }
1262    // ----------------- End of Special Patch ----------------
1263 }
1264
1265 /**
1266  * \ingroup       gdcmParser
1267  * \brief         Loads the element content if its length doesn't exceed
1268  *                the value specified with gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry()
1269  * @param         Entry Header Entry (Dicom Element) to be dealt with
1270  */
1271 void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
1272    size_t item_read;
1273    guint16 group  = Entry->GetGroup();
1274    std::string  vr= Entry->GetVR();
1275    guint32 length = Entry->GetLength();
1276    bool SkipLoad  = false;
1277
1278    fseek(fp, (long)Entry->GetOffset(), SEEK_SET);
1279    
1280    // the test was commented out to 'go inside' the SeQuences
1281    // we don't any longer skip them !
1282     
1283    // if( vr == "SQ" )  //  (DO NOT remove this comment)
1284    //    SkipLoad = true;
1285
1286    // A SeQuence "contains" a set of Elements.  
1287    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
1288    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
1289    //          (fffe e0dd) tells us the current SeQuence just ended
1290    if( group == 0xfffe )
1291       SkipLoad = true;
1292
1293    if ( SkipLoad ) {
1294       Entry->SetLength(0);
1295       Entry->SetValue("gdcm::Skipped");
1296       return;
1297    }
1298
1299    // When the length is zero things are easy:
1300    if ( length == 0 ) {
1301       Entry->SetValue("");
1302       return;
1303    }
1304
1305    // The elements whose length is bigger than the specified upper bound
1306    // are not loaded. Instead we leave a short notice of the offset of
1307    // the element content and it's length.
1308    if (length > MaxSizeLoadEntry) {
1309       std::ostringstream s;
1310       s << "gdcm::NotLoaded.";
1311       s << " Address:" << (long)Entry->GetOffset();
1312       s << " Length:"  << Entry->GetLength();
1313       s << " x(" << std::hex << Entry->GetLength() << ")";
1314       Entry->SetValue(s.str());
1315       return;
1316    }
1317    
1318    // When integer(s) are expected, read and convert the following 
1319    // n *(two or four bytes)
1320    // properly i.e. as integers as opposed to strings.  
1321    // Elements with Value Multiplicity > 1
1322    // contain a set of integers (not a single one) 
1323         
1324    // Any compacter code suggested (?)
1325    if ( IsHeaderEntryAnInteger(Entry) ) {   
1326       guint32 NewInt;
1327       std::ostringstream s;
1328       int nbInt;
1329       if (vr == "US" || vr == "SS") {
1330          nbInt = length / 2;
1331          NewInt = ReadInt16();
1332          s << NewInt;
1333          if (nbInt > 1){
1334             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
1335                s << '\\';
1336                NewInt = ReadInt16();
1337                s << NewInt;
1338             }
1339          }                      
1340       }
1341       else if (vr == "UL" || vr == "SL") {
1342          nbInt = length / 4;
1343          NewInt = ReadInt32();
1344          s << NewInt;
1345          if (nbInt > 1) {
1346             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
1347                s << '\\';
1348                NewInt = ReadInt32();
1349                s << NewInt;
1350             }
1351          }
1352       }
1353 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1354       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1355 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1356
1357       Entry->SetValue(s.str());
1358       return;   
1359    }
1360    
1361    // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
1362    std::string NewValue(length,0);
1363    item_read = fread(&(NewValue[0]), (size_t)length, (size_t)1, fp);
1364    if ( item_read != 1 ) {
1365       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::LoadElementValue","unread element value");
1366       Entry->SetValue("gdcm::UnRead");
1367       return;
1368    }
1369
1370    if( (vr == "UI") ) // Because of correspondance with the VR dic
1371       Entry->SetValue(NewValue.c_str()); // ??? JPR ???
1372    else
1373       Entry->SetValue(NewValue);
1374 }
1375
1376 /**
1377  * \ingroup gdcmParser
1378  * \brief   add a new Dicom Element pointer to 
1379  *          the H Table and to the chained List
1380  * \warning push_bash in listEntries ONLY during ParseHeader
1381  * \TODO    something to allow further Elements addition,
1382  * \        when position to be taken care of     
1383  * @param   newHeaderEntry
1384  */
1385 void gdcmParser::AddHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry) {
1386    tagHT.insert( PairHT( newHeaderEntry->GetKey(),newHeaderEntry) );
1387    listEntries.push_back(newHeaderEntry); 
1388    wasUpdated = 1;
1389 }
1390
1391 /**
1392  * \ingroup gdcmParser
1393  * \brief   
1394  * @param   Entry Header Entry whose length of the value shall be loaded. 
1395
1396  * @return 
1397  */
1398  void gdcmParser::FindHeaderEntryLength (gdcmHeaderEntry *Entry) {
1399    guint16 element = Entry->GetElement();
1400    guint16 group   = Entry->GetGroup();
1401    std::string  vr = Entry->GetVR();
1402    guint16 length16;
1403    if( (element == NumPixel) && (group == GrPixel) ) 
1404    {
1405       dbg.SetDebug(-1);
1406       dbg.Verbose(2, "gdcmParser::FindLength: ",
1407                      "we reached (GrPixel,NumPixel)");
1408    }   
1409    
1410    if ( (filetype == ExplicitVR) && (! Entry->IsImplicitVR()) ) 
1411    {
1412       if ( (vr=="OB") || (vr=="OW") || (vr=="SQ") || (vr=="UN") ) 
1413       {
1414          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2001, section
1415          // 7.1.2 Data element structure with explicit vr p27) must be
1416          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
1417          fseek(fp, 2L, SEEK_CUR);
1418          guint32 length32 = ReadInt32();
1419
1420          if ( (vr == "OB") && (length32 == 0xffffffff) ) 
1421          {
1422             Entry->SetLength(FindHeaderEntryLengthOB());
1423             return;
1424          }
1425          FixHeaderEntryFoundLength(Entry, length32); 
1426          return;
1427       }
1428
1429       // Length is encoded on 2 bytes.
1430       length16 = ReadInt16();
1431       
1432       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
1433       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
1434       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
1435       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
1436       // (at least) two strategies:
1437       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
1438       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
1439       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
1440       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
1441       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
1442       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
1443       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
1444       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
1445       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
1446       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
1447       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
1448       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
1449       //   encounter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
1450       //   found a group with big endian encoding.
1451       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
1452       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
1453       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
1454       // add an additional check: we look in the already parsed elements
1455       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
1456       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
1457       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
1458       // big endian and proceed...
1459       if ( (element  == 0x0000) && (length16 == 0x0400) ) 
1460       {
1461          if ( ! IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() ) 
1462          {
1463             dbg.Verbose(0, "gdcmParser::FindLength", "not explicit VR");
1464             errno = 1;
1465             return;
1466          }
1467          length16 = 4;
1468          SwitchSwapToBigEndian();
1469          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
1470          // and the dictionary entry depending on them.
1471          guint16 CorrectGroup   = SwapShort(Entry->GetGroup());
1472          guint16 CorrectElem    = SwapShort(Entry->GetElement());
1473          gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(CorrectGroup,
1474                                                        CorrectElem);
1475          if (!NewTag) 
1476          {
1477             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
1478             NewTag = NewVirtualDictEntry(CorrectGroup, CorrectElem);
1479          }
1480          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
1481          // left unreferenced.
1482          Entry->SetDictEntry(NewTag);
1483       }
1484        
1485       // Heuristic: well some files are really ill-formed.
1486       if ( length16 == 0xffff) 
1487       {
1488          length16 = 0;
1489          //dbg.Verbose(0, "gdcmParser::FindLength",
1490          //            "Erroneous element length fixed.");
1491          // Actually, length= 0xffff means that we deal with
1492          // Unknown Sequence Length 
1493       }
1494
1495       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, (guint32)length16);
1496       return;
1497    }
1498    else
1499    {
1500       // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see not below) explicit
1501       // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
1502       // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
1503       // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
1504       // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
1505       // Length is on 4 bytes.
1506       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, ReadInt32());
1507       return;
1508    }
1509 }
1510
1511 /**
1512  * \ingroup   gdcmParser
1513  * \brief     Find the Value Representation of the current Dicom Element.
1514  * @param     Entry
1515  */
1516 void gdcmParser::FindHeaderEntryVR( gdcmHeaderEntry *Entry) 
1517 {
1518    if (filetype != ExplicitVR)
1519       return;
1520
1521    char VR[3];
1522    int lgrLue;
1523
1524    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1525    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
1526    // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
1527    // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
1528    // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
1529    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
1530    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
1531    // the case.
1532    
1533    lgrLue=fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp);
1534    VR[2]=0;
1535    if(!CheckHeaderEntryVR(Entry,VR))
1536    {
1537       fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1538       // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
1539       // the semantics (see the usage of IsAnInteger), the VR proposed by the
1540       // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
1541       // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
1542       // avoid  .
1543       if ( Entry->IsVRUnknown() )
1544          Entry->SetVR("Implicit");
1545       Entry->SetImplicitVR();
1546    }
1547 }
1548
1549 /**
1550  * \ingroup   gdcmParser
1551  * \brief     Check the correspondance between the VR of the header entry
1552  *            and the taken VR. If they are different, the header entry is 
1553  *            updated with the new VR.
1554  * @param     Entry
1555  * @param     VR
1556  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
1557  *            otherwise, it returns true
1558 */
1559 bool gdcmParser::CheckHeaderEntryVR(gdcmHeaderEntry *Entry, VRKey vr)
1560 {
1561    char msg[100]; // for sprintf
1562    bool RealExplicit = true;
1563
1564    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
1565    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
1566    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
1567    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
1568    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
1569    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
1570    // we hit falsely explicit VR tag.
1571
1572    if ( (!isalpha(vr[0])) && (!isalpha(vr[1])) )
1573       RealExplicit = false;
1574
1575    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
1576    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
1577    // of parsing or only in debug mode.
1578    if ( RealExplicit && !gdcmGlobal::GetVR()->Count(vr) )
1579       RealExplicit= false;
1580
1581    if ( !RealExplicit ) 
1582    {
1583       // We thought this was explicit VR, but we end up with an
1584       // implicit VR tag. Let's backtrack.   
1585       sprintf(msg,"Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n", 
1586                    Entry->GetGroup(),Entry->GetElement());
1587       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindVR: ",msg);
1588
1589       return(false);
1590    }
1591
1592    if ( Entry->IsVRUnknown() ) 
1593    {
1594       // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the VR.
1595       Entry->SetVR(vr);
1596    }
1597    else if ( Entry->GetVR() != vr ) 
1598    {
1599       // The VR present in the file and the dictionary disagree. We assume
1600       // the file writer knew best and use the VR of the file. Since it would
1601       // be unwise to overwrite the VR of a dictionary (since it would
1602       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
1603       // and change the VR for the read one.
1604       gdcmDictEntry* NewEntry = NewVirtualDictEntry(
1605                                  Entry->GetGroup(),Entry->GetElement(),
1606                                  vr,"FIXME",Entry->GetName());
1607       Entry->SetDictEntry(NewEntry);
1608    }
1609    return(true); 
1610 }
1611
1612 /**
1613  * \ingroup gdcmParser
1614  * \brief   Get the transformed value of the header entry. The VR value 
1615  *          is used to define the transformation to operate on the value
1616  * \warning NOT end user intended method !
1617  * @param   Entry 
1618  * @return  Transformed entry value
1619  */
1620 std::string gdcmParser::GetHeaderEntryValue(gdcmHeaderEntry *Entry)
1621 {
1622    if ( (IsHeaderEntryAnInteger(Entry)) && (Entry->IsImplicitVR()) )
1623    {
1624       std::string val=Entry->GetValue();
1625       std::string vr=Entry->GetVR();
1626       guint32 length = Entry->GetLength();
1627       std::ostringstream s;
1628       int nbInt;
1629
1630       if (vr == "US" || vr == "SS")
1631       {
1632          guint16 NewInt16;
1633
1634          nbInt = length / 2;
1635          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
1636          {
1637             if(i!=0)
1638                s << '\\';
1639             NewInt16 = (val[2*i+0]&0xFF)+((val[2*i+1]&0xFF)<<8);
1640             NewInt16 = SwapShort(NewInt16);
1641             s << NewInt16;
1642          }
1643       }
1644
1645       else if (vr == "UL" || vr == "SL")
1646       {
1647          guint32 NewInt32;
1648
1649          nbInt = length / 4;
1650          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
1651          {
1652             if(i!=0)
1653                s << '\\';
1654             NewInt32= (val[4*i+0]&0xFF)+((val[4*i+1]&0xFF)<<8)+
1655                      ((val[4*i+2]&0xFF)<<16)+((val[4*i+3]&0xFF)<<24);
1656             NewInt32=SwapLong(NewInt32);
1657             s << NewInt32;
1658          }
1659       }
1660
1661 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1662       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1663 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1664       return(s.str());
1665    }
1666
1667    return(Entry->GetValue());
1668 }
1669
1670 /**
1671  * \ingroup gdcmParser
1672  * \brief   Get the reverse transformed value of the header entry. The VR 
1673  *          value is used to define the reverse transformation to operate on
1674  *          the value
1675  * \warning NOT end user intended method !
1676  * @param   Entry 
1677  * @return  Reverse transformed entry value
1678  */
1679 std::string gdcmParser::GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *Entry)
1680 {
1681    if ( (IsHeaderEntryAnInteger(Entry)) && (Entry->IsImplicitVR()) )
1682    {
1683       std::string vr=Entry->GetVR();
1684       std::ostringstream s;
1685       std::vector<std::string> tokens;
1686
1687       if (vr == "US" || vr == "SS") 
1688       {
1689          guint16 NewInt16;
1690
1691          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1692          Tokenize (Entry->GetValue(), tokens, "\\");
1693          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1694          {
1695             NewInt16 = atoi(tokens[i].c_str());
1696             s<<(NewInt16&0xFF)<<((NewInt16>>8)&0xFF);
1697          }
1698          tokens.clear();
1699       }
1700       if (vr == "UL" || vr == "SL") 
1701       {
1702          guint32 NewInt32;
1703
1704          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1705          Tokenize (Entry->GetValue(), tokens, "\\");
1706          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1707          {
1708             NewInt32 = atoi(tokens[i].c_str());
1709             s<<(char)(NewInt32&0xFF)<<(char)((NewInt32>>8)&0xFF)
1710                <<(char)((NewInt32>>16)&0xFF)<<(char)((NewInt32>>24)&0xFF);
1711          }
1712          tokens.clear();
1713       }
1714
1715 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1716       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1717 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1718       return(s.str());
1719    }
1720
1721    return(Entry->GetValue());
1722 }
1723
1724 /**
1725  * \ingroup gdcmParser
1726  * \brief   Skip a given Header Entry 
1727  * \warning NOT end user intended method !
1728  * @param   entry 
1729  */
1730 void gdcmParser::SkipHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *entry) 
1731 {
1732     SkipBytes(entry->GetLength());
1733 }
1734
1735 /**
1736  * \ingroup gdcmParser
1737  * \brief   When the length of an element value is obviously wrong (because
1738  *          the parser went Jabberwocky) one can hope improving things by
1739  *          applying this heuristic.
1740  */
1741 void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 FoundLength) 
1742 {
1743    Entry->SetReadLength(FoundLength); // will be updated only if a bug is found
1744                      
1745    if ( FoundLength == 0xffffffff) {
1746       FoundLength = 0;
1747    }
1748    
1749    guint16 gr =Entry->GetGroup();
1750    guint16 el =Entry->GetElement(); 
1751      
1752    if (FoundLength%2) {
1753       std::cout << "Warning : Tag with uneven length " << FoundLength 
1754          <<  "in x(" << std::hex << gr << "," << el <<")" << std::endl;
1755    }
1756       
1757    // Sorry for the patch!  
1758    // XMedCom did the trick to read some nasty GE images ...
1759    if (FoundLength == 13) {
1760       // The following 'if' will be removed when there is no more
1761       // images on Creatis HDs with a 13 length for Manufacturer...
1762       if ( (Entry->GetGroup() != 0x0008) ||  
1763            ( (Entry->GetElement() != 0x0070) && (Entry->GetElement() != 0x0080) ) ){
1764       // end of remove area
1765          FoundLength =10;
1766          Entry->SetReadLength(10); // a bug is to be fixed
1767       }
1768    }
1769
1770    // to fix some garbage 'Leonardo' Siemens images
1771    // May be commented out to avoid overhead
1772    else if ( (Entry->GetGroup() == 0x0009) &&
1773        ( (Entry->GetElement() == 0x1113) || (Entry->GetElement() == 0x1114) ) ){
1774       FoundLength =4;
1775       Entry->SetReadLength(4); // a bug is to be fixed 
1776    } 
1777    // end of fix
1778          
1779    // to try to 'go inside' SeQuences (with length), and not to skip them        
1780    else if ( Entry->GetVR() == "SQ") 
1781    { 
1782       if (enableSequences)    // only if the user does want to !
1783          FoundLength =0;      // ReadLength is unchanged         
1784    } 
1785     
1786    // a SeQuence Element is beginning                                          
1787    // Let's forget it's length                                                 
1788    // (we want to 'go inside')  
1789
1790    // Pb : *normaly*  fffe|e000 is just a marker, its length *should be* zero
1791    // in gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm we find lengthes as big as 28800
1792    // if we set the length to zero IsHeaderEntryAnInteger() breaks...
1793    // if we don't, we lost 28800 characters from the Header :-(
1794                                                  
1795    else if(Entry->GetGroup() == 0xfffe)
1796    { 
1797                        // sometimes, length seems to be wrong                                      
1798       FoundLength =0;  // some more clever checking to be done !
1799                        // I give up!
1800                        // only  gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
1801                        // causes troubles :-(                                                     
1802    }     
1803     
1804    Entry->SetUsableLength(FoundLength);
1805 }
1806
1807 /**
1808  * \ingroup gdcmParser
1809  * \brief   Apply some heuristics to predict wether the considered 
1810  *          element value contains/represents an integer or not.
1811  * @param   Entry The element value on which to apply the predicate.
1812  * @return  The result of the heuristical predicate.
1813  */
1814 bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
1815    guint16 element = Entry->GetElement();
1816    guint16 group   = Entry->GetGroup();
1817    std::string  vr = Entry->GetVR();
1818    guint32 length  = Entry->GetLength();
1819    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
1820    // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
1821    // able to swap it's element value properly.
1822    if ( element == 0 )  // This is the group length of the group
1823    {  
1824       if (length == 4)
1825          return true;
1826       else 
1827       {
1828          std::ostringstream s;
1829          int filePosition = ftell(fp);
1830          s << "Erroneous Group Length element length  on : (" \
1831            << std::hex << group << " , " << element 
1832            << ") -before- position x(" << filePosition << ")"
1833            << "lgt : " << length;
1834         // These 2 lines commented out : a *very dirty* patch
1835         // to go on PrintHeader'ing gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.
1836         // have a glance at offset  x(8336) ...
1837         // For *regular* headers, the test is useless..
1838         // lets's print a warning message and go on, 
1839         // instead of giving up with an error message
1840         
1841         //std::cout << s.str().c_str() << std::endl;
1842         
1843         // dbg.Error("gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger",
1844         //    s.str().c_str());     
1845       }
1846    }
1847    if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
1848       return true;
1849    
1850    return false;
1851 }
1852
1853 /**
1854  * \ingroup gdcmParser
1855  * \brief   
1856  *
1857  * @return 
1858  */
1859  guint32 gdcmParser::FindHeaderEntryLengthOB(void)  {
1860    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
1861    guint16 g;
1862    guint16 n; 
1863    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1864    bool FoundSequenceDelimiter = false;
1865    guint32 TotalLength = 0;
1866    guint32 ItemLength;
1867
1868    while ( ! FoundSequenceDelimiter) 
1869    {
1870       g = ReadInt16();
1871       n = ReadInt16();   
1872       if (errno == 1)
1873          return 0;
1874       TotalLength += 4;  // We even have to decount the group and element 
1875      
1876       if ( g != 0xfffe && g!=0xb00c ) /*for bogus header */ 
1877       {
1878          char msg[100]; // for sprintf. Sorry
1879          sprintf(msg,"wrong group (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",g, g,n);
1880          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindLengthOB: ",msg); 
1881          errno = 1;
1882          return 0;
1883       }
1884       if ( n == 0xe0dd || ( g==0xb00c && n==0x0eb6 ) ) /* for bogus header  */ 
1885          FoundSequenceDelimiter = true;
1886       else if ( n != 0xe000 )
1887       {
1888          char msg[100];  // for sprintf. Sorry
1889          sprintf(msg,"wrong element (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",
1890                       n, g,n);
1891          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindLengthOB: ",msg);
1892          errno = 1;
1893          return 0;
1894       }
1895       ItemLength = ReadInt32();
1896       TotalLength += ItemLength + 4;  // We add 4 bytes since we just read
1897                                       // the ItemLength with ReadInt32                                     
1898       SkipBytes(ItemLength);
1899    }
1900    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1901    return TotalLength;
1902 }
1903
1904 /**
1905  * \ingroup gdcmParser
1906  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
1907  * \     (swaps it depending on processor endianity) 
1908  *
1909  * @return read value
1910  */
1911 guint16 gdcmParser::ReadInt16(void) {
1912    guint16 g;
1913    size_t item_read;
1914    item_read = fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, fp);
1915    if ( item_read != 1 ) {
1916       if(ferror(fp)) 
1917          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::ReadInt16", " File Error");
1918       errno = 1;
1919       return 0;
1920    }
1921    errno = 0;
1922    g = SwapShort(g);   
1923    return g;
1924 }
1925
1926 /**
1927  * \ingroup gdcmParser
1928  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
1929  * \       (swaps it depending on processor endianity)  
1930  *
1931  * @return read value
1932  */
1933 guint32 gdcmParser::ReadInt32(void) {
1934    guint32 g;
1935    size_t item_read;
1936    item_read = fread (&g, (size_t)4,(size_t)1, fp);
1937    if ( item_read != 1 ) { 
1938      if(ferror(fp)) 
1939          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::ReadInt32", " File Error");   
1940       errno = 1;
1941       return 0;
1942    }
1943    errno = 0;   
1944    g = SwapLong(g);
1945    return g;
1946 }
1947
1948 /**
1949  * \ingroup gdcmParser
1950  * \brief   
1951  *
1952  * @return 
1953  */
1954 void gdcmParser::SkipBytes(guint32 NBytes) {
1955    //FIXME don't dump the returned value
1956    (void)fseek(fp, (long)NBytes, SEEK_CUR);
1957 }
1958
1959 /**
1960  * \ingroup gdcmParser
1961  * \brief   
1962  */
1963 void gdcmParser::Initialise(void) 
1964 {
1965    RefPubDict = gdcmGlobal::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
1966    RefShaDict = (gdcmDict*)0;
1967 }
1968
1969 /**
1970  * \ingroup gdcmParser
1971  * \brief   Discover what the swap code is (among little endian, big endian,
1972  *          bad little endian, bad big endian).
1973  *          sw is set
1974  * @return false when we are absolutely sure 
1975  *               it's neither ACR-NEMA nor DICOM
1976  *         true  when we hope ours assuptions are OK
1977  */
1978 bool gdcmParser::CheckSwap() {
1979
1980    // The only guaranted way of finding the swap code is to find a
1981    // group tag since we know it's length has to be of four bytes i.e.
1982    // 0x00000004. Finding the swap code in then straigthforward. Trouble
1983    // occurs when we can't find such group...
1984    
1985    guint32  x=4;  // x : for ntohs
1986    bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
1987    guint32  s32;
1988    guint16  s16;
1989        
1990    int lgrLue;
1991    char *entCur;
1992    char deb[HEADER_LENGTH_TO_READ];
1993     
1994    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
1995    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
1996    if (x==ntohs(x))
1997       net2host = true;
1998    else
1999       net2host = false; 
2000          
2001    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
2002    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
2003    lgrLue = fread(deb, 1, HEADER_LENGTH_TO_READ, fp);
2004    
2005    entCur = deb + 128;
2006    if(memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0) {
2007       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
2008       
2009       // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
2010       // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL" 
2011       // - or "OB" if the 1st one is (0002,0001) -,
2012       // in which case we (almost) know it is explicit VR.
2013       // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
2014       // is the length of the group. If this ascii representation of this
2015       // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
2016       // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
2017       // element value (or a couple of elements values) in order to make
2018       // sure we are not commiting a big mistake.
2019       // We need to skip :
2020       // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
2021       // * the 4 bytes of "DICM" string,
2022       // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),or (0002, 0001)
2023       // i.e. a total of  136 bytes.
2024       entCur = deb + 136;
2025       // FIXME
2026       // Use gdcmParser::dicom_vr to test all the possibilities
2027       // instead of just checking for UL, OB and UI !?
2028       
2029       // FIXME : FIXME:
2030       // Sometimes (see : gdcmData/icone.dcm) group 0x0002 *is* Explicit VR,
2031       // but elem 0002,0010 (Transfert Syntax) tells us the file is *Implicit* VR.
2032       // -and it is !- 
2033       
2034       // The following test is *absolutely useless*, since everything *goes right*
2035       // with a *100 % wrong* assumption !!!
2036       
2037       if( (memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) ||
2038           (memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0) ||
2039           (memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0) ||       
2040           (memcmp(entCur, "CS", (size_t)2) == 0) )  // CS, to remove later
2041                                                     // when Write DCM *adds*
2042                                                     // group 0000  
2043       {
2044          filetype = ExplicitVR;
2045          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2046                      "explicit Value Representation");
2047       } 
2048       else 
2049       {
2050          filetype = ImplicitVR;
2051          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2052                      "not an explicit Value Representation");
2053       }
2054       
2055       if (net2host) 
2056       {
2057          sw = 4321;
2058          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2059                         "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
2060       } 
2061       else 
2062       {
2063          sw = 0;
2064          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2065                         "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
2066       }
2067       
2068       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
2069       // after the file preamble and the "DICM" string).
2070       rewind(fp);
2071       fseek (fp, 132L, SEEK_SET);
2072       return true;
2073    } // End of DicomV3
2074
2075    // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
2076    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
2077    // is (i.e. the beginning of the file).
2078    dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
2079    rewind(fp);
2080
2081    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
2082    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
2083    // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
2084    // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
2085
2086    entCur = deb + 4;
2087    // We assume the array of char we are considering contains the binary
2088    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
2089    // trick :
2090    s32 = *((guint32 *)(entCur));
2091       
2092    switch (s32) {
2093       case 0x00040000 :
2094          sw = 3412;
2095          filetype = ACR;
2096          return true;
2097       case 0x04000000 :
2098          sw = 4321;
2099          filetype = ACR;
2100          return true;
2101       case 0x00000400 :
2102          sw = 2143;
2103          filetype = ACR;
2104          return true;
2105       case 0x00000004 :
2106          sw = 0;
2107          filetype = ACR;
2108          return true;
2109       default :
2110          
2111       // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
2112       // It is time for despaired wild guesses. 
2113       // So, let's check if this file wouldn't happen to be 'dirty' ACR/NEMA,
2114       //  i.e. the 'group length' element is not present :     
2115       
2116       //  check the supposed to be 'group number'
2117       //  0x0002 or 0x0004 or 0x0008
2118       //  to determine ' sw' value .
2119       //  Only 0 or 4321 will be possible 
2120       //  (no oportunity to check for the formerly well known
2121       //  ACR-NEMA 'Bad Big Endian' or 'Bad Little Endian' 
2122       //  if unsuccessfull (i.e. neither 0x0002 nor 0x0200 etc -4, 8-) 
2123       //  the file IS NOT ACR-NEMA nor DICOM V3
2124       //  Find a trick to tell it the caller...
2125       
2126       s16 = *((guint16 *)(deb));
2127       
2128       switch (s16) {
2129       case 0x0002 :
2130       case 0x0004 :
2131       case 0x0008 :      
2132          sw = 0;
2133          filetype = ACR;
2134          return true;
2135       case 0x0200 :
2136       case 0x0400 :
2137       case 0x0800 : 
2138          sw = 4321;
2139          filetype = ACR;
2140          return true;
2141       default :
2142          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::CheckSwap:",
2143                      "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)"); 
2144          filetype = Unknown;     
2145          return false;
2146       }
2147          
2148       // Then the only info we have is the net2host one.         
2149          //if (! net2host )
2150          //   sw = 0;
2151          //else
2152          //  sw = 4321;
2153          //return;                      
2154    }
2155 }
2156
2157 /**
2158  * \ingroup gdcmParser
2159  * \brief   
2160  */
2161 void gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian(void) 
2162 {
2163    dbg.Verbose(1, "gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian",
2164                   "Switching to BigEndian mode.");
2165    if ( sw == 0    ) 
2166    {
2167       sw = 4321;
2168       return;
2169    }
2170    if ( sw == 4321 ) 
2171    {
2172       sw = 0;
2173       return;
2174    }
2175    if ( sw == 3412 ) 
2176    {
2177       sw = 2143;
2178       return;
2179    }
2180    if ( sw == 2143 )
2181       sw = 3412;
2182 }
2183
2184 /**
2185  * \ingroup gdcmParser
2186  * \brief   
2187  * @param NewSize
2188  */
2189 void gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry(long NewSize) 
2190 {
2191    if (NewSize < 0)
2192       return;
2193    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) 
2194    {
2195       MaxSizeLoadEntry = 0xffffffff;
2196       return;
2197    }
2198    MaxSizeLoadEntry = NewSize;
2199 }
2200
2201
2202 /**
2203  * \ingroup gdcmParser
2204  * \brief
2205  * \warning TODO : not yet usable 
2206  *          (see MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE 
2207  *           in gdcmHeaderEntry gdcmLoadEntry)
2208  *             
2209  * @param NewSize
2210  */
2211 void gdcmParser::SetMaxSizePrintEntry(long NewSize) 
2212 {
2213    if (NewSize < 0)
2214       return;
2215    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) 
2216    {
2217       MaxSizePrintEntry = 0xffffffff;
2218       return;
2219    }
2220    MaxSizePrintEntry = NewSize;
2221 }
2222
2223 /**
2224  * \ingroup gdcmParser
2225  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
2226  *          exist) for the presence of the DictEntry with given name.
2227  *          The public dictionary has precedence on the shadow one.
2228  * @param   Name name of the searched DictEntry
2229  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
2230  */
2231 gdcmDictEntry *gdcmParser::GetDictEntryByName(std::string Name) 
2232 {
2233    gdcmDictEntry *found = (gdcmDictEntry *)0;
2234    if (!RefPubDict && !RefShaDict) 
2235    {
2236       dbg.Verbose(0, "gdcmParser::GetDictEntry",
2237                      "we SHOULD have a default dictionary");
2238    }
2239    if (RefPubDict) 
2240    {
2241       found = RefPubDict->GetDictEntryByName(Name);
2242       if (found)
2243          return found;
2244    }
2245    if (RefShaDict) 
2246    {
2247       found = RefShaDict->GetDictEntryByName(Name);
2248       if (found)
2249          return found;
2250    }
2251    return found;
2252 }
2253
2254 /**
2255  * \ingroup gdcmParser
2256  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
2257  *          exist) for the presence of the DictEntry with given
2258  *          group and element. The public dictionary has precedence on the
2259  *          shadow one.
2260  * @param   group   group of the searched DictEntry
2261  * @param   element element of the searched DictEntry
2262  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
2263  */
2264 gdcmDictEntry *gdcmParser::GetDictEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) 
2265 {
2266    gdcmDictEntry *found = (gdcmDictEntry *)0;
2267    if (!RefPubDict && !RefShaDict) 
2268    {
2269       dbg.Verbose(0, "gdcmParser::GetDictEntry",
2270                      "we SHOULD have a default dictionary");
2271    }
2272    if (RefPubDict) 
2273    {
2274       found = RefPubDict->GetDictEntryByNumber(group, element);
2275       if (found)
2276          return found;
2277    }
2278    if (RefShaDict) 
2279    {
2280       found = RefShaDict->GetDictEntryByNumber(group, element);
2281       if (found)
2282          return found;
2283    }
2284    return found;
2285 }
2286
2287 /**
2288  * \ingroup gdcmParser
2289  * \brief   Read the next tag but WITHOUT loading it's value
2290  * @return  On succes the newly created HeaderEntry, NULL on failure.      
2291  */
2292 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::ReadNextHeaderEntry(void) {
2293    guint16 g,n;
2294    gdcmHeaderEntry *NewEntry;
2295    
2296    g = ReadInt16();
2297    n = ReadInt16();
2298       
2299    if (errno == 1)
2300       // We reached the EOF (or an error occured) therefore 
2301       // header parsing has to be considered as finished.
2302       return (gdcmHeaderEntry *)0;
2303
2304 /*  Pb : how to propagate the element length (used in SkipHeaderEntry)
2305 //       direct call to SkipBytes ?
2306    
2307    if (ignoreShadow == 1 && g%2 ==1)  //JPR
2308       // if user wants to skip shadow groups
2309       // and current element *is* a shadow element
2310       // we don't create anything
2311       return (gdcmHeaderEntry *)1; // to tell caller it's NOT finished
2312 */   
2313    NewEntry = NewHeaderEntryByNumber(g, n);
2314    FindHeaderEntryVR(NewEntry);
2315    FindHeaderEntryLength(NewEntry);
2316         
2317    if (errno == 1) {
2318       // Call it quits
2319       return NULL;
2320    }
2321    NewEntry->SetOffset(ftell(fp));  
2322    return NewEntry;
2323 }
2324
2325 /**
2326  * \ingroup gdcmParser
2327  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments. 
2328  *          Check for existence of dictionary entry, and build
2329  *          a default one when absent.
2330  * @param   Name    Name of the underlying DictEntry
2331  */
2332 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewHeaderEntryByName(std::string Name) 
2333 {
2334    gdcmDictEntry *NewTag = GetDictEntryByName(Name);
2335    if (!NewTag)
2336       NewTag = NewVirtualDictEntry(0xffff, 0xffff, "LO", "Unknown", Name);
2337
2338    gdcmHeaderEntry* NewEntry = new gdcmHeaderEntry(NewTag);
2339    if (!NewEntry) 
2340    {
2341       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::ObtainHeaderEntryByName",
2342                   "failed to allocate gdcmHeaderEntry");
2343       return (gdcmHeaderEntry *)0;
2344    }
2345    return NewEntry;
2346 }  
2347
2348 /**
2349  * \ingroup gdcmParser
2350  * \brief   Request a new virtual dict entry to the dict set
2351  * @param   group  group   of the underlying DictEntry
2352  * @param   elem   element of the underlying DictEntry
2353  * @param   vr     VR of the underlying DictEntry
2354  * @param   fourth owner group
2355  * @param   name   english name
2356  */
2357 gdcmDictEntry *gdcmParser::NewVirtualDictEntry(guint16 group, guint16 element,
2358                                                std::string vr,
2359                                                std::string fourth,
2360                                                std::string name)
2361 {
2362    return gdcmGlobal::GetDicts()->NewVirtualDictEntry(group,element,vr,fourth,name);
2363 }
2364
2365 /**
2366  * \ingroup gdcmParser
2367  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments. 
2368  *          Check for existence of dictionary entry, and build
2369  *          a default one when absent.
2370  * @param   Group group   of the underlying DictEntry
2371  * @param   Elem  element of the underlying DictEntry
2372  */
2373 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewHeaderEntryByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
2374 {
2375    // Find out if the tag we encountered is in the dictionaries:
2376    gdcmDictEntry *DictEntry = GetDictEntryByNumber(Group, Elem);
2377    if (!DictEntry)
2378       DictEntry = NewVirtualDictEntry(Group, Elem);
2379
2380    gdcmHeaderEntry *NewEntry = new gdcmHeaderEntry(DictEntry);
2381    if (!NewEntry) 
2382    {
2383       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::NewHeaderEntryByNumber",
2384                   "failed to allocate gdcmHeaderEntry");
2385       return NULL;
2386    }
2387    return NewEntry;
2388 }
2389
2390 // Never used; commented out, waiting for removal.
2391 /**
2392  * \ingroup gdcmParser
2393  * \brief   Small utility function that creates a new manually crafted
2394  *          (as opposed as read from the file) gdcmHeaderEntry with user
2395  *          specified name and adds it to the public tag hash table.
2396  * \note    A fake TagKey is generated so the PubDict can keep it's coherence.
2397  * @param   NewTagName The name to be given to this new tag.
2398  * @param   VR The Value Representation to be given to this new tag.
2399  * @return  The newly hand crafted Element Value.
2400  */
2401 //gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName, 
2402 //                                                           std::string VR) 
2403 //{
2404 //   gdcmHeaderEntry *NewEntry = NULL;
2405 //   guint32 StuffGroup = 0xffff;   // Group to be stuffed with additional info
2406 //   guint32 FreeElem = 0;
2407 //   gdcmDictEntry *DictEntry = NULL;
2408 //
2409 //   FreeElem = GenerateFreeTagKeyInGroup(StuffGroup);
2410 //   if (FreeElem == UINT32_MAX) 
2411 //   {
2412 //      dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewManualHeaderEntryToPubDict",
2413 //                     "Group 0xffff in Public Dict is full");
2414 //      return NULL;
2415 //   }
2416 //
2417 //   DictEntry = NewVirtualDictEntry(StuffGroup, FreeElem,
2418 //                                VR, "GDCM", NewTagName);
2419 //   NewEntry = new gdcmHeaderEntry(DictEntry);
2420 //   AddHeaderEntry(NewEntry);
2421 //   return NewEntry;
2422 //}
2423
2424 /**
2425  * \ingroup gdcmParser
2426  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
2427  *          in the TagHt dictionary.
2428  * @param   group The generated tag must belong to this group.  
2429  * @return  The element of tag with given group which is fee.
2430  */
2431 guint32 gdcmParser::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) 
2432 {
2433    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) 
2434    {
2435       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
2436       if (tagHT.count(key) == 0)
2437          return elem;
2438    }
2439    return UINT32_MAX;
2440 }
2441
2442 //-----------------------------------------------------------------------------