]> Creatis software - gdcm.git/blob - src/gdcmParser.cxx
removal of meaningless gdcmDicomDirImage::NewImage function
[gdcm.git] / src / gdcmParser.cxx
1 // gdcmParser.cxx
2 //-----------------------------------------------------------------------------
3 #include "gdcmParser.h"
4 #include "gdcmUtil.h"
5 #include <errno.h>
6
7 // For nthos:
8 #ifdef _MSC_VER
9    #include <winsock.h>
10 #else
11    #include <netinet/in.h>
12 #endif
13
14 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
15 #  include <strstream>
16 #  define  ostringstream ostrstream
17 # else
18 #  include <sstream>
19 #endif
20 #  include <iomanip>
21
22 #define UI1_2_840_10008_1_2      "1.2.840.10008.1.2"
23 #define UI1_2_840_10008_1_2_1    "1.2.840.10008.1.2.1"
24 #define UI1_2_840_10008_1_2_2    "1.2.840.10008.1.2.2"
25 #define UI1_2_840_10008_1_2_1_99 "1.2.840.10008.1.2.1.99"
26
27    // Fourth semantics:
28    //
29    // ---> Warning : This fourth field is NOT part 
30    //                of the 'official' Dicom Dictionnary
31    //                and should NOT be used.
32    //                (Not defined for all the groups
33    //                 may be removed in a future release)
34    //
35    // CMD      Command        
36    // META     Meta Information 
37    // DIR      Directory
38    // ID
39    // PAT      Patient
40    // ACQ      Acquisition
41    // REL      Related
42    // IMG      Image
43    // SDY      Study
44    // VIS      Visit 
45    // WAV      Waveform
46    // PRC
47    // DEV      Device
48    // NMI      Nuclear Medicine
49    // MED
50    // BFS      Basic Film Session
51    // BFB      Basic Film Box
52    // BIB      Basic Image Box
53    // BAB
54    // IOB
55    // PJ
56    // PRINTER
57    // RT       Radio Therapy
58    // DVH   
59    // SSET
60    // RES      Results
61    // CRV      Curve
62    // OLY      Overlays
63    // PXL      Pixels
64    // DL       Delimiters
65    //
66
67    // Other usefull abreviations :
68    // Radiographic view associated with Patient Position (0018,5100).
69    // Defined Terms:
70    // 
71    //  AP = Anterior/Posterior 
72    //  PA = Posterior/Anterior 
73    //  LL = Left Lateral 
74    //  RL = Right Lateral 
75    //  RLD = Right Lateral Decubitus 
76    //  LLD  = Left Lateral Decubitus 
77    //  RLO = Right Lateral Oblique 
78    //  LLO = Left Lateral Oblique  
79
80 //-----------------------------------------------------------------------------
81 // Refer to gdcmParser::CheckSwap()
82 const unsigned int gdcmParser::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
83
84 // Refer to gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry()
85 const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE = 4096;
86
87 // Refer to gdcmParser::SetMaxSizePrintEntry()
88 // TODO : Right now, better see "define, in gdcmHederEntry.cxx
89 const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 64;
90
91 //-----------------------------------------------------------------------------
92 // Constructor / Destructor
93
94 /**
95  * \ingroup gdcmParser
96  * \brief constructor  
97  * @param   inFilename
98  * @param   exception_on_error whether we throw an exception or not
99  * @param   enable_sequences = true to allow the header 
100  *          to be parsed *inside* the SeQuences, 
101  *          when they have an actual length 
102  * @param ignore_shadow to allow skipping the shadow elements, 
103  *           to save memory space.
104  * \warning  The TRUE value for this param has to be used 
105  *           with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
106  *           ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
107  */
108 gdcmParser::gdcmParser(const char *inFilename, 
109                        bool exception_on_error,
110                        bool enable_sequences,
111                        bool ignore_shadow) {
112    enableSequences=enable_sequences;
113    ignoreShadow   =ignore_shadow;
114    
115    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
116    filename = inFilename;
117    Initialise();
118
119    if ( !OpenFile(exception_on_error))
120       return;
121    if (ParseHeader()) {
122      LoadHeaderEntries();
123    }
124    CloseFile();
125
126    wasUpdated = 0;  // will be set to 1 if user adds an entry
127    printLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
128 }
129
130 /**
131  * \ingroup gdcmParser
132  * \brief  constructor 
133  * @param   exception_on_error
134  */
135 gdcmParser::gdcmParser(bool exception_on_error) {
136    enableSequences=0;
137
138    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
139    Initialise();
140
141    wasUpdated = 0;  // will be set to 1 if user adds an entry
142    printLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
143 }
144
145 /**
146  * \ingroup gdcmParser
147  * \brief   Canonical destructor.
148  */
149 gdcmParser::~gdcmParser (void) {
150    RefPubDict = NULL;
151    RefShaDict = NULL;
152 }
153
154 //-----------------------------------------------------------------------------
155 // Print
156 /**
157   * \ingroup gdcmParser
158   * \brief   Prints the Header Entries (Dicom Elements)
159   *          both from the H Table and the chained list
160   * @return
161   */ 
162 void gdcmParser::PrintEntry(std::ostream & os) {
163    std::ostringstream s;   
164            
165    for (ListTag::iterator i = listEntries.begin();  
166            i != listEntries.end();
167            ++i)
168    {
169            (*i)->SetPrintLevel(printLevel);
170            (*i)->Print(os);   
171    } 
172    os<<s.str();
173 }
174
175 /**
176   * \ingroup gdcmParser
177   * \brief   Prints The Dict Entries of THE public Dicom Dictionnry
178   * @return
179   */  
180 void gdcmParser::PrintPubDict(std::ostream & os) {
181    RefPubDict->Print(os);
182 }
183
184 /**
185   * \ingroup gdcmParser
186   * \brief   Prints The Dict Entries of THE shadow Dicom Dictionnry
187   * @return
188   */
189 void gdcmParser::PrintShaDict(std::ostream & os) {
190    RefShaDict->Print(os);
191 }
192
193 //-----------------------------------------------------------------------------
194 // Public
195 /**
196  * \ingroup gdcmParser
197  * \brief   Get the public dictionary used
198  */
199 gdcmDict *gdcmParser::GetPubDict(void) {
200    return(RefPubDict);
201 }
202
203 /**
204  * \ingroup gdcmParser
205  * \brief   Get the shadow dictionary used
206  */
207 gdcmDict *gdcmParser::GetShaDict(void) {
208    return(RefShaDict);
209 }
210
211 /**
212  * \ingroup gdcmParser
213  * \brief   Set the shadow dictionary used
214  * \param   dict dictionary to use in shadow
215  */
216 bool gdcmParser::SetShaDict(gdcmDict *dict){
217    RefShaDict=dict;
218    return(!RefShaDict);
219 }
220
221 /**
222  * \ingroup gdcmParser
223  * \brief   Set the shadow dictionary used
224  * \param   dictName name of the dictionary to use in shadow
225  */
226 bool gdcmParser::SetShaDict(DictKey dictName){
227    RefShaDict=gdcmGlobal::GetDicts()->GetDict(dictName);
228    return(!RefShaDict);
229 }
230
231 /**
232  * \ingroup gdcmParser
233  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
234  *         decides whether or not the current gdcmParser was properly parsed
235  *         and contains the mandatory information for being considered as
236  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
237  * @return true when gdcmParser is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
238  *         false otherwise. 
239  */
240 bool gdcmParser::IsReadable(void) { 
241    if(filetype==Unknown) {
242       return(false);
243    }
244    if(listEntries.size()<=0) {    
245       return(false);
246    }
247
248    return(true);
249 }
250
251 /**
252  * \ingroup gdcmParser
253  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
254  *          and if it corresponds to a ImplicitVRLittleEndian one.
255  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
256  */
257 bool gdcmParser::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
258    gdcmHeaderEntry *Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
259    if ( !Element )
260       return false;
261    LoadHeaderEntrySafe(Element);
262
263    std::string Transfer = Element->GetValue();
264    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2 )
265       return true;
266    return false;
267 }
268
269 /**
270  * \ingroup gdcmParser
271  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
272  *          and if it corresponds to a ExplicitVRLittleEndian one.
273  * @return  True when ExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
274  */
275 bool gdcmParser::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
276    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
277    if ( !Element )
278       return false;
279    LoadHeaderEntrySafe(Element);
280
281    std::string Transfer = Element->GetValue();
282    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_1 )
283       return true;
284    return false;
285 }
286
287 /**
288  * \ingroup gdcmParser
289  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
290  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
291  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
292  */
293 bool gdcmParser::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
294    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
295    if ( !Element )
296       return false;
297    LoadHeaderEntrySafe(Element);
298
299    std::string Transfer = Element->GetValue();
300    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_1_99 )
301       return true;
302    return false;
303 }
304
305 /**
306  * \ingroup gdcmParser
307  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
308  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
309  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
310  */
311 bool gdcmParser::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
312    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
313    if ( !Element )
314       return false;
315    LoadHeaderEntrySafe(Element);
316
317    std::string Transfer = Element->GetValue();
318    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_2 )  //1.2.2 ??? A verifier !
319       return true;
320    return false;
321 }
322
323 /**
324  * \ingroup gdcmParser
325  * \brief  returns the File Type 
326  *         (ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown)
327  * @return the FileType code
328  */
329 FileType gdcmParser::GetFileType(void) {
330    return(filetype);
331 }
332
333 /**
334  * \ingroup gdcmParser
335  * \brief   opens the file
336  * @param   exception_on_error
337  * @return  
338  */
339 FILE *gdcmParser::OpenFile(bool exception_on_error)
340   throw(gdcmFileError) 
341 {
342   fp=fopen(filename.c_str(),"rb");
343   if(exception_on_error) 
344   {
345     if(!fp)
346       throw gdcmFileError("gdcmParser::gdcmParser(const char *, bool)");
347   }
348
349   if ( fp ) 
350   {
351      guint16 zero;
352      fread(&zero,  (size_t)2, (size_t)1, fp);
353
354     //ACR -- or DICOM with no Preamble --
355     if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200)
356        return(fp);
357
358     //DICOM
359     fseek(fp, 126L, SEEK_CUR);
360     char dicm[4];
361     fread(dicm,  (size_t)4, (size_t)1, fp);
362     if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
363        return(fp);
364
365     fclose(fp);
366     dbg.Verbose(0, "gdcmParser::OpenFile not DICOM/ACR", filename.c_str());
367   }
368   else {
369     dbg.Verbose(0, "gdcmParser::OpenFile cannot open file", filename.c_str());
370   }
371   return(NULL);
372 }
373
374 /**
375  * \ingroup gdcmParser
376  * \brief closes the file  
377  * @return  TRUE if the close was successfull 
378  */
379 bool gdcmParser::CloseFile(void) {
380   int closed = fclose(fp);
381   fp = (FILE *)0;
382   if (! closed)
383      return false;
384   return true;
385 }
386
387 /**
388  * \ingroup gdcmParser
389  * \brief writes on disc all the Header Entries (Dicom Elements) 
390  *        of the Chained List
391  * @param fp file pointer on an already open file
392  * @param   type type of the File to be written 
393  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
394  * @return  always "True" ?!
395  */
396 bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
397 // ==============
398 // TODO The stuff was rewritten using the chained list instead 
399 //      of the H table
400 //      so we could remove the GroupHT from the gdcmParser
401 // To be checked
402 // =============
403
404    // TODO : move the following lines (and a lot of others, to be written)
405    // to a future function CheckAndCorrectHeader
406    
407         // Question :
408         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non
409         // (FileType est un champ de gdcmParser ...)
410         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
411         // no way 
412         // a moins de se livrer a un tres complique ajout des champs manquants.
413         // faire un CheckAndCorrectHeader (?)  
414          
415
416    if (type == ImplicitVR) 
417    {
418       std::string implicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2;
419       ReplaceOrCreateByNumber(implicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
420       
421       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
422       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
423       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
424       
425       SetEntryLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
426    } 
427
428    if (type == ExplicitVR) 
429    {
430       std::string explicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2_1;
431       ReplaceOrCreateByNumber(explicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
432       
433       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
434       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
435       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
436       
437       SetEntryLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
438    }
439
440 /* TODO : rewrite later
441
442    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
443       UpdateGroupLength(false,type);
444    if ( type == ACR)
445       UpdateGroupLength(true,ACR);
446 */
447
448    WriteEntries(fp,type);
449    return(true);
450  }
451
452 /**
453  * \ingroup gdcmParser
454  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
455  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
456  * \warning : adds the Header Entry to the HTable, NOT to the chained List
457  * @param   Value passed as a std::string
458  * @param Group   group of the Entry 
459  * @param Elem element of the Entry
460  * \return  pointer to the created Header Entry
461  *          NULL if creation failed
462  */
463 gdcmHeaderEntry * gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(
464                                          std::string Value, 
465                                          guint16 Group, 
466                                          guint16 Elem ){                                         
467    gdcmHeaderEntry* a;
468    a = GetHeaderEntryByNumber( Group, Elem);                                     
469    if (a == NULL) {
470       gdcmHeaderEntry *a =NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
471       if (a == NULL) 
472          return NULL;
473       AddHeaderEntry(a);
474    }   
475    //SetEntryByNumber(Value, Group, Elem);
476    a->SetValue(Value);
477    return(a);
478 }   
479
480 /**
481  * \ingroup gdcmParser
482  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
483  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
484  * @param   Value passed as a char*
485  * @param Group   group of the Entry 
486  * @param Elem element of the Entry
487  * \return  pointer to the created Header Entry
488  *          NULL if creation failed 
489  * 
490  */
491 gdcmHeaderEntry *  gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(
492                                      char* Value, 
493                                      guint16 Group, 
494                                      guint16 Elem ) {
495    gdcmHeaderEntry* nvHeaderEntry=NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
496
497    if(!nvHeaderEntry)
498       return(NULL);
499
500    AddHeaderEntry(nvHeaderEntry);
501
502    std::string v = Value;       
503    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
504    return(nvHeaderEntry);
505 }  
506
507 /**
508  * \ingroup gdcmParser
509  * \brief   Set a new value if the invoked element exists
510  *          Seems to be useless !!!
511  * @param Value new element value
512  * @param Group   group of the Entry 
513  * @param Elem element of the Entry
514  * \return  boolean 
515  */
516 bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) 
517 {
518    std::string v = Value;       
519    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
520    return true;
521
522
523 //-----------------------------------------------------------------------------
524 // Protected
525
526 /**
527  * \ingroup gdcmParser
528  * \brief   Checks if a given Dicom Element exists
529  *          within the H table
530  * @param   group Group   number of the searched Dicom Element 
531  * @param   element  Element number of the searched Dicom Element 
532  * @return  number of occurences
533  */
534 int gdcmParser::CheckIfEntryExistByNumber(guint16 group, guint16 element ) {
535         std::string key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element );
536         return (tagHT.count(key));
537 }
538
539 /**
540  * \ingroup gdcmParser
541  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
542  *          the public and private dictionaries 
543  *          for the element value of a given tag.
544  * \warning Don't use any longer : use GetPubEntryByName
545  * @param   tagName name of the searched element.
546  * @return  Corresponding element value when it exists,
547  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
548  */
549 std::string gdcmParser::GetEntryByName(std::string tagName) {
550    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
551    if( dictEntry == NULL)
552       return GDCM_UNFOUND;
553
554    return(GetEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement()));  
555 }
556
557 /**
558  * \ingroup gdcmParser
559  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
560  *          the public and private dictionaries 
561  *          for the element value representation of a given tag.
562  *
563  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
564  *          to convert the string typed content to caller's native type 
565  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
566  *          of semantics than just the native C++ type.
567  * @param   tagName name of the searched element.
568  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
569  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
570  */
571 std::string gdcmParser::GetEntryVRByName(std::string tagName) {
572    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
573    if( dictEntry == NULL)
574       return GDCM_UNFOUND;
575
576    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),
577                                                    dictEntry->GetElement());                                    
578    return elem->GetVR();
579 }
580
581
582 /**
583  * \ingroup gdcmParser
584  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
585  *          the public and private dictionaries 
586  *          for the element value representation of a given tag.
587  * @param   group Group of the searched tag.
588  * @param   element Element of the searched tag.
589  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
590  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
591  */
592 std::string gdcmParser::GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element){
593    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
594    if ( ! tagHT.count(key))
595       return GDCM_UNFOUND;
596    return tagHT.find(key)->second->GetValue();
597 }
598
599 /**
600  * \ingroup gdcmParser
601  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
602  *          the public and private dictionaries 
603  *          for the element value representation of a given tag..
604  *
605  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
606  *          to convert the string typed content to caller's native type 
607  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
608  *          of semantics than just the native C++ type.
609  * @param   group Group of the searched tag.
610  * @param   element Element of the searched tag.
611  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
612  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
613  */
614 std::string gdcmParser::GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element) {
615    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(group, element);
616    if ( !elem )
617       return GDCM_UNFOUND;
618    return elem->GetVR();
619 }
620
621 /**
622  * \ingroup gdcmParser
623  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
624  *          the public and private dictionaries 
625  *          for the value length of a given tag..
626  * @param   group Group of the searched tag.
627  * @param   element Element of the searched tag.
628  * @return  Corresponding element length; -2 if not found
629  */
630 int gdcmParser::GetEntryLengthByNumber(guint16 group, guint16 element) {
631    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(group, element);
632    if ( !elem )
633       return -2;
634    return elem->GetLength();
635 }
636 /**
637  * \ingroup gdcmParser
638  * \brief   Sets the value (string) of the Header Entry (Dicom Element)
639  * @param   content string value of the Dicom Element
640  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
641  * @return  true when found
642  */
643 bool gdcmParser::SetEntryByName(std::string content,std::string tagName) {
644    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
645    if( dictEntry == NULL)
646       return false;                                 
647
648    return(SetEntryByNumber(content,dictEntry->GetGroup(),
649                                    dictEntry->GetElement()));
650 }
651
652 /**
653  * \ingroup gdcmParser
654  * \brief   Accesses an existing gdcmHeaderEntry (i.e. a Dicom Element)
655  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
656  *          the given value.
657  * \warning Don't use any longer : use SetPubEntryByNumber
658  * @param   content new value to substitute with
659  * @param   group   group of the Dicom Element to modify
660  * @param   element element of the Dicom Element to modify
661  */
662 bool gdcmParser::SetEntryByNumber(std::string content, 
663                                   guint16 group,
664                                   guint16 element) 
665 {
666    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
667    if ( ! tagHT.count(key))
668       return false;
669    int l = content.length();
670    if(l%2) // Non even length are padded with a space (020H).
671    {  
672       l++;
673       content = content + '\0';
674    }
675       
676    gdcmHeaderEntry * a;
677    IterHT p;
678    TagHeaderEntryHT::iterator p2;
679    // DO NOT remove the following lines : they explain the stuff   
680    //p= tagHT.equal_range(key); // get a pair of iterators first-last synonym
681    //p2=p.first;                // iterator on the first synonym 
682    //a=p2->second;              // H Table target column (2-nd col)
683     
684    // or, easier :
685    a = ((tagHT.equal_range(key)).first)->second; 
686        
687    a-> SetValue(content); 
688    
689    std::string vr = a->GetVR();
690    
691    guint32 lgr;
692    if( (vr == "US") || (vr == "SS") ) 
693       lgr = 2;
694    else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
695       lgr = 4;
696    else
697       lgr = l;     
698
699    a->SetLength(lgr);   
700    return true;
701 }                                         
702
703 /**
704  * \ingroup gdcmParser
705  * \brief   Accesses an existing gdcmHeaderEntry (i.e. a Dicom Element)
706  *          in the PubHeaderEntrySet of this instance
707  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
708  *          the given value.
709  * \warning Use with extreme caution.
710  * @param l new length to substitute with
711  * @param group   group of the Entry to modify
712  * @param element element of the Entry to modify
713  * @return  true on success, false otherwise.
714  */
715 bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 l, 
716                                         guint16 group, 
717                                         guint16 element) 
718 {
719    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
720    if ( ! tagHT.count(key))
721       return false;
722    if (l%2) l++; // length must be even
723    ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l);   
724          
725    return true ;                
726 }
727
728 /**
729  * \ingroup gdcmParser
730  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
731  *          (LoadElementValues has already be executed)
732  * @param Group   group of the Entry 
733  * @param Elem  element of the Entry
734  * @return File Offset of the Element Value 
735  */
736 size_t gdcmParser::GetEntryOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
737 {
738    gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);         
739    if (!Entry) 
740    {
741       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
742                       "failed to Locate gdcmHeaderEntry");
743       return (size_t)0;
744    }
745    return Entry->GetOffset();
746 }
747
748 /**
749  * \ingroup gdcmParser
750  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
751  *          (LoadElementValues has already be executed)  
752  * @param Group   group of the Entry 
753  * @param Elem element of the Entry
754  * @return Pointer to the 'non string' area
755  */
756 void * gdcmParser::GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
757 {
758    gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);         
759    if (!Entry) 
760    {
761       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
762                   "failed to Locate gdcmHeaderEntry");
763       return (NULL);
764    }
765    return Entry->GetVoidArea();
766 }
767
768 /**
769  * \ingroup       gdcmParser
770  * \brief         Loads (from disk) the element content 
771  *                when a string is not suitable
772  * @param Group   group of the Entry 
773  * @param Elem element of the Entry
774  */
775 void *gdcmParser::LoadEntryVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem) 
776 {
777    gdcmHeaderEntry * Element= GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
778    if ( !Element )
779       return NULL;
780    size_t o =(size_t)Element->GetOffset();
781    fseek(fp, o, SEEK_SET);
782    int l=Element->GetLength();
783    void * a = malloc(l);
784    if(!a) 
785         return NULL;
786
787    SetEntryVoidAreaByNumber(a, Group, Elem);
788    // TODO check the result 
789    size_t l2 = fread(a, 1, l ,fp);
790    if(l != l2) 
791    {
792         free(a);
793         return NULL;
794    }
795
796    return a;  
797 }
798
799 /**
800  * \ingroup gdcmParser
801  * \brief   Sets a 'non string' value to a given Dicom Element
802  * @param   area
803  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
804  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
805  * @return  
806  */
807 bool gdcmParser::SetEntryVoidAreaByNumber(void * area,
808                                           guint16 group, 
809                                           guint16 element) 
810 {
811    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
812    if ( ! tagHT.count(key))
813       return false;
814    ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetVoidArea(area);      
815    return true;
816 }
817
818 /**
819  * \ingroup gdcmParser
820  * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. 
821  *          Only non even entries are analyzed       
822  */
823 void gdcmParser::UpdateShaEntries(void) {
824    gdcmDictEntry *entry;
825    std::string vr;
826
827    for(ListTag::iterator it=listEntries.begin();
828        it!=listEntries.end();
829        ++it)
830    {
831       // Odd group => from public dictionary
832       if((*it)->GetGroup()%2==0)
833          continue;
834
835       // Peer group => search the corresponding dict entry
836       if(RefShaDict)
837          entry=RefShaDict->GetDictEntryByNumber((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement());
838       else
839          entry=NULL;
840
841       if((*it)->IsImplicitVR())
842          vr="Implicit";
843       else
844          vr=(*it)->GetVR();
845
846       (*it)->SetValue(GetHeaderEntryUnvalue(*it));
847       if(entry){
848          // Set the new entry and the new value
849          (*it)->SetDictEntry(entry);
850          CheckHeaderEntryVR(*it,vr);
851
852          (*it)->SetValue(GetHeaderEntryValue(*it));
853       }
854       else
855       {
856          // Remove precedent value transformation
857          (*it)->SetDictEntry(NewVirtualDictEntry((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement(),vr));
858       }
859    }
860 }
861
862 /**
863  * \ingroup gdcmParser
864  * \brief   Searches within the Header Entries for a Dicom Element of
865  *          a given tag.
866  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
867  * @return  Corresponding Dicom Element when it exists, and NULL
868  *          otherwise.
869  */
870  gdcmHeaderEntry *gdcmParser::GetHeaderEntryByName(std::string tagName) {
871    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
872    if( dictEntry == NULL)
873       return NULL;
874
875   return(GetHeaderEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement()));
876 }
877
878 /**
879  * \ingroup gdcmParser
880  * \brief  retrieves a Dicom Element (the first one) using (group, element)
881  * \warning (group, element) IS NOT an identifier inside the Dicom Header
882  *           if you think it's NOT UNIQUE, check the count number
883  *           and use iterators to retrieve ALL the Dicoms Elements within
884  *           a given couple (group, element)
885  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
886  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
887  * @return  
888  */
889 gdcmHeaderEntry* gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber(guint16 group, guint16 element) 
890 {
891    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);   
892    if ( ! tagHT.count(key))
893       return NULL;
894    return tagHT.find(key)->second;
895 }
896
897 /**
898  * \ingroup gdcmParser
899  * \brief   retrieves the Dicom Elements (all of them) using (group, element) 
900  * @param   group Group number of the searched Dicom Element.
901  * @param   element Element number of the searched Dicom Element.
902  * @return  a range (i.e.pair<,>) containing all elements whose key is group|element) 
903  */
904  
905 IterHT gdcmParser::GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element){
906    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
907    return (tagHT.equal_range(key));
908 }
909
910 /**
911  * \ingroup       gdcmParser
912  * \brief         Loads the element while preserving the current
913  *                underlying file position indicator as opposed to
914  *                to LoadHeaderEntry that modifies it.
915  * @param entry   Header Entry whose value shall be loaded. 
916  * @return  
917  */
918 void gdcmParser::LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry * entry) {
919    long PositionOnEntry = ftell(fp);
920    LoadHeaderEntry(entry);
921    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
922 }
923
924 /**
925  * \ingroup gdcmParser
926  * \brief   Re-computes the length of a ACR-NEMA/Dicom group from a DcmHeader
927  * \warning : to be re-written using the chained list instead of the H table.
928  * \warning : DO NOT use (doesn't work any longer because of the multimap)
929  * \todo : to be re-written using the chained list instead of the H table
930  * @param   SkipSequence TRUE if we don't want to write Sequences (ACR-NEMA Files)
931  * @param   type Type of the File (ExplicitVR,ImplicitVR, ACR, ...) 
932  */
933 void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
934    guint16 gr, el;
935    std::string vr;
936    
937    gdcmHeaderEntry *elem;
938    char trash[10];
939    std::string str_trash;
940    
941    GroupKey key;
942    GroupHT groupHt;  // to hold the length of each group
943    TagKey tk;
944    // remember :
945    // typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
946    
947    gdcmHeaderEntry *elemZ;
948   
949    // for each Tag in the DCM Header
950    
951    for (TagHeaderEntryHT::iterator tag2 = tagHT.begin(); 
952         tag2 != tagHT.end();
953         ++tag2)
954    {
955       elem  = tag2->second;
956       gr = elem->GetGroup();
957       el = elem->GetElement();
958       vr = elem->GetVR(); 
959                  
960       sprintf(trash, "%04x", gr);
961       key = trash;              // generate 'group tag'
962       
963       // if the caller decided not to take SEQUENCEs into account 
964       // e.g : he wants to write an ACR-NEMA File 
965                 
966       if (SkipSequence && vr == "SQ") 
967          continue;
968       
969       // Still unsolved problem :
970       // we cannot find the 'Sequence Delimitation Item'
971       // since it's at the end of the Hash Table
972       // (fffe,e0dd) 
973        
974       // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
975       // WARNING : 
976       // --> la descente a l'interieur' des SQ 
977       // devrait etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
978             
979       if ( groupHt.count(key) == 0) // we just read the first elem of a given group
980       { 
981          if (el == 0x0000) // the first elem is 0x0000
982          {            
983             groupHt[key] = 0;         // initialize group length 
984          } 
985          else 
986          {
987             groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // non 0x0000 first group elem
988          } 
989       } 
990       else // any elem but the first
991       {   
992          if (type == ExplicitVR) 
993          {
994             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) 
995             {
996                groupHt[key] +=  4; // explicit VR AND OB, OW, SQ : 4 more bytes
997             }
998          }
999          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); 
1000       } 
1001    }
1002
1003    unsigned short int gr_bid;
1004   
1005    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); // for each group we found
1006         g != groupHt.end();
1007         ++g)
1008    { 
1009       // FIXME: g++ -Wall -Wstrict-prototypes reports on following line:
1010       //        warning: unsigned int format, different type arg
1011       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
1012       tk = g->first + "|0000";                  // generate the element full tag
1013                      
1014       if ( tagHT.count(tk) == 0) // if element 0x0000 not found
1015       {                 
1016          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");       
1017          elemZ = new gdcmHeaderEntry(tagZ);
1018          elemZ->SetLength(4);
1019          AddHeaderEntry(elemZ);                         // create it
1020       } 
1021       else 
1022       {
1023          elemZ=GetHeaderEntryByNumber(gr_bid, 0x0000);
1024       }     
1025       sprintf(trash ,"%d",g->second);
1026       str_trash=trash;
1027       elemZ->SetValue(str_trash);
1028    }   
1029 }
1030
1031 /**
1032  * \ingroup gdcmParser
1033  * \brief   writes on disc according to the requested format
1034  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) ONE
1035  *          gdcmHeaderEntry 
1036  * @param   tag pointer on the gdcmHeaderEntry to be written
1037  * @param   type type of the File to be written 
1038  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
1039  * @param   _fp already open file pointer
1040  */
1041 void gdcmParser::WriteEntry(gdcmHeaderEntry *tag, FILE *_fp,FileType type)
1042 {
1043    guint16 gr, el;
1044    guint32 lgr;
1045    std::string value;
1046    const char * val;
1047    std::string vr;
1048    guint32 val_uint32;
1049    guint16 val_uint16;
1050    guint16 valZero =0;
1051    void *voidArea;
1052    std::vector<std::string> tokens;
1053
1054    void *ptr;
1055    int ff=0xffffffff;
1056    // TODO (?) tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
1057    int compte =0;
1058    itsTimeToWritePixels = false;
1059
1060       gr    = tag->GetGroup();
1061       el    = tag->GetElement();
1062       lgr   = tag->GetReadLength();
1063       val   = tag->GetValue().c_str();
1064       vr    = tag->GetVR();
1065       voidArea = tag->GetVoidArea();
1066            
1067       // === Deal with the length
1068       //     --------------------
1069       if((tag->GetLength())%2==1)
1070       { 
1071          tag->SetValue(tag->GetValue()+"\0");
1072          tag->SetLength(tag->GetReadLength()+1);
1073       }
1074       
1075       if ( type == ACR ) 
1076       { 
1077          if (gr < 0x0008)   return; // ignore pure DICOM V3 groups
1078          if (gr %2)         return; // ignore shadow groups
1079          if (vr == "SQ" )   return; // ignore Sequences
1080                    // TODO : find a trick to *skip* the SeQuences !
1081                    // Not only ignore the SQ element
1082          if (gr == 0xfffe ) return; // ignore delimiters
1083       } 
1084
1085       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
1086       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
1087       
1088       if ( (type == ExplicitVR) || (type == DICOMDIR) ) {
1089          // EXPLICIT VR
1090          guint16 z=0, shortLgr;
1091          
1092          if (gr == 0xfffe) { // NO Value Representation for 'delimiters'
1093                              // no length : write ffffffff
1094                                                      
1095                                         // special patch to make some MR PHILIPS
1096              if (el == 0x0000) return;  // images e-film readable                                       // see gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
1097                                         // from Hospital Guy de Chauliac,
1098                                         // Montpellier
1099                                         // we just ignore spurious fffe|0000 tag !
1100                         
1101             fwrite (&ff,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1102             return;       // NO value for 'delimiters'                      
1103          }
1104          
1105          shortLgr=lgr;   
1106          if (vr == "unkn") {     // Unknown was 'written'
1107             // deal with Little Endian            
1108             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1109             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1110          } else {
1111             fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);                     
1112             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ){            
1113                   fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1114                   fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1115             } else {
1116                fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1117             }
1118          }
1119       } 
1120       else // IMPLICIT VR 
1121       { 
1122          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1123       }
1124       
1125       // === Deal with the value
1126       //     -------------------
1127       if (vr == "SQ")  return; // no "value" to write for the SEQuences
1128       if (gr == 0xfffe)return; // no "value" to write for the delimiters
1129       
1130       if (voidArea != NULL) 
1131       { // there is a 'non string' LUT, overlay, etc
1132          fwrite ( voidArea,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
1133          return;            
1134       }
1135       
1136       if (vr == "US" || vr == "SS") 
1137       {
1138          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1139          Tokenize (tag->GetValue(), tokens, "\\");
1140          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1141          {
1142             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
1143             ptr = &val_uint16;
1144             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1145          }
1146          tokens.clear();
1147          return;
1148       }
1149       if (vr == "UL" || vr == "SL") 
1150       {
1151          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1152          Tokenize (tag->GetValue(), tokens, "\\");
1153          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1154          {
1155             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
1156             ptr = &val_uint32;
1157             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1158          }
1159          tokens.clear();
1160          return;
1161       } 
1162           
1163       // Pixels are never loaded in the element !
1164       // we stop writting when Pixel are processed
1165       // FIX : we loose trailing elements (RAB, right now)           
1166             
1167       if ((gr == GrPixel) && (el == NumPixel) ) {
1168          compte++;
1169          if (compte == countGrPixel) {// we passed *all* the GrPixel,NumPixel   
1170             itsTimeToWritePixels = true;
1171             return;
1172          }
1173       }       
1174       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
1175 }
1176
1177 /**
1178  * \ingroup gdcmParser
1179  * \brief   writes on disc according to the requested format
1180  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image
1181  *          using the Chained List
1182  * \warning does NOT add the missing elements in the header :
1183  *           it's up to the user doing it !
1184  *           (function CheckHeaderCoherence to be written)
1185  * \warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
1186  *           from an ACR Header (meta elements will be missing!)
1187  * \sa WriteEntriesDeprecated (Special temporary method for Theralys)
1188  * @param   type type of the File to be written 
1189  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
1190  * @param   _fp already open file pointer
1191  */
1192
1193 void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
1194 {   
1195    // TODO (?) tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
1196    
1197    for (ListTag::iterator tag2=listEntries.begin();
1198                           tag2 != listEntries.end();
1199                           ++tag2)
1200    {
1201    WriteEntry(*tag2,_fp,type);
1202    if (itsTimeToWritePixels) 
1203       break;
1204    }
1205 }   
1206
1207 /**
1208  * \ingroup gdcmParser
1209  * \brief   writes on disc according to the requested format
1210  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image,
1211  *          using only the last synonym of each mutimap H Table post.
1212  * \warning Uses the H Table, instead of the Chained List
1213  *          in order to be compliant with the old way to proceed
1214  *         (added elements taken in to account)
1215  *         Only THERALYS, during a transitory phase is supposed
1216  *         to use this method !!!
1217  * \warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
1218  *           from an ACR Header (meta elements will be missing!)
1219  * \sa WriteEntries
1220  * @param   _fp already open file pointer
1221  * @param   type type of the File to be written 
1222  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
1223  */
1224 void gdcmParser::WriteEntriesDeprecated(FILE *_fp,FileType type) {
1225
1226    // restent a tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
1227
1228    for (TagHeaderEntryHT::iterator tag2=tagHT.begin();
1229         tag2 != tagHT.end();
1230         ++tag2){
1231       WriteEntry(tag2->second,_fp,type);
1232       if (itsTimeToWritePixels) 
1233          break;
1234    }
1235 }
1236
1237 /**
1238  * \ingroup gdcmParser
1239  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1240  *          processor order.
1241  * @return  The properly swaped 32 bits integer.
1242  */
1243 guint32 gdcmParser::SwapLong(guint32 a) {
1244    switch (sw) {
1245       case    0 :
1246          break;
1247       case 4321 :
1248          a=( ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000) | 
1249              ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
1250          break;
1251    
1252       case 3412 :
1253          a=( ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
1254          break;
1255    
1256       case 2143 :
1257          a=( ((a<<8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
1258          break;
1259       default :
1260          dbg.Error(" gdcmParser::SwapLong : unset swap code");
1261          a=0;
1262    }
1263    return(a);
1264 }
1265
1266 /**
1267  * \ingroup gdcmParser
1268  * \brief   Unswaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1269  *          processor order.
1270  * @return  The properly unswaped 32 bits integer.
1271  */
1272 guint32 gdcmParser::UnswapLong(guint32 a) {
1273    return (SwapLong(a));
1274 }
1275
1276 /**
1277  * \ingroup gdcmParser
1278  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
1279  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
1280  */
1281 guint16 gdcmParser::SwapShort(guint16 a) {
1282    if ( (sw==4321)  || (sw==2143) )
1283       a =(((a<<8) & 0x0ff00) | ((a>>8)&0x00ff));
1284    return (a);
1285 }
1286
1287 /**
1288  * \ingroup gdcmParser
1289  * \brief   Unswaps the bytes so they agree with the processor order
1290  * @return  The properly unswaped 16 bits integer.
1291  */
1292 guint16 gdcmParser::UnswapShort(guint16 a) {
1293    return (SwapShort(a));
1294 }
1295
1296 //-----------------------------------------------------------------------------
1297 // Private
1298 /**
1299  * \ingroup gdcmParser
1300  * \brief   Parses the header of the file but WITHOUT loading element values.
1301  * @return  false if file is not ACR-NEMA / DICOM
1302  */
1303 bool gdcmParser::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
1304    
1305    rewind(fp);
1306    if (!CheckSwap())
1307       return false;
1308       
1309    gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry = (gdcmHeaderEntry *)0;   
1310    while ( (newHeaderEntry = ReadNextHeaderEntry()) ) {
1311      SkipHeaderEntry(newHeaderEntry);
1312      if ( (ignoreShadow==0) || (newHeaderEntry->GetGroup()%2) == 0) { 
1313         AddHeaderEntry(newHeaderEntry); 
1314      }       
1315    }
1316    return true;
1317 }
1318
1319 /**
1320  * \ingroup gdcmParser
1321  * \brief   Loads the element values of all the Header Entries pointed in the
1322  *          public Chained List.
1323  */
1324 void gdcmParser::LoadHeaderEntries(void) {
1325    rewind(fp);
1326    for (ListTag::iterator i = GetListEntry().begin();
1327       i != GetListEntry().end();
1328       ++i)
1329    {
1330       LoadHeaderEntry(*i);
1331    }
1332             
1333    rewind(fp);
1334
1335    // Load 'non string' values   
1336    std::string PhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);   
1337    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
1338       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT   
1339       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
1340       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
1341       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
1342       
1343       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1221);  // Segmented Red   Palette Color LUT Data
1344       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1222);  // Segmented Green Palette Color LUT Data
1345       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1223);  // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
1346    } 
1347    //FIXME : how to use it?
1348    LoadEntryVoidArea(0x0028,0x3006);  //LUT Data (CTX dependent)     
1349    
1350    // --------------------------------------------------------------
1351    // Special Patch to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
1352    //
1353    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
1354    // we switch lineNumber and columnNumber
1355    //
1356    std::string RecCode; 
1357    RecCode = GetEntryByNumber(0x0008, 0x0010); // recognition code
1358    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
1359        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." ) 
1360    {
1361          filetype = ACR_LIBIDO; 
1362          std::string rows    = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
1363          std::string columns = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
1364          SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
1365          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
1366    }
1367    // ----------------- End of Special Patch ----------------
1368 }
1369
1370 /**
1371  * \ingroup       gdcmParser
1372  * \brief         Loads the element content if its length doesn't exceed
1373  *                the value specified with gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry()
1374  * @param         Entry Header Entry (Dicom Element) to be dealt with
1375  */
1376 void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
1377    size_t item_read;
1378    guint16 group  = Entry->GetGroup();
1379    std::string  vr= Entry->GetVR();
1380    guint32 length = Entry->GetLength();
1381    bool SkipLoad  = false;
1382
1383    fseek(fp, (long)Entry->GetOffset(), SEEK_SET);
1384    
1385    // the test was commented out to 'go inside' the SeQuences
1386    // we don't any longer skip them !
1387     
1388    // if( vr == "SQ" )  //  (DO NOT remove this comment)
1389    //    SkipLoad = true;
1390
1391    // A SeQuence "contains" a set of Elements.  
1392    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
1393    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
1394    //          (fffe e0dd) tells us the current SeQuence just ended
1395    if( group == 0xfffe )
1396       SkipLoad = true;
1397
1398    if ( SkipLoad ) {
1399       Entry->SetLength(0);
1400       Entry->SetValue("gdcm::Skipped");
1401       return;
1402    }
1403
1404    // When the length is zero things are easy:
1405    if ( length == 0 ) {
1406       Entry->SetValue("");
1407       return;
1408    }
1409
1410    // The elements whose length is bigger than the specified upper bound
1411    // are not loaded. Instead we leave a short notice of the offset of
1412    // the element content and it's length.
1413    if (length > MaxSizeLoadEntry) {
1414       std::ostringstream s;
1415       s << "gdcm::NotLoaded.";
1416       s << " Address:" << (long)Entry->GetOffset();
1417       s << " Length:"  << Entry->GetLength();
1418       s << " x(" << std::hex << Entry->GetLength() << ")";
1419       Entry->SetValue(s.str());
1420       return;
1421    }
1422    
1423    // When integer(s) are expected, read and convert the following 
1424    // n *(two or four bytes)
1425    // properly i.e. as integers as opposed to strings.  
1426    // Elements with Value Multiplicity > 1
1427    // contain a set of integers (not a single one) 
1428         
1429    // Any compacter code suggested (?)
1430    if ( IsHeaderEntryAnInteger(Entry) ) {   
1431       guint32 NewInt;
1432       std::ostringstream s;
1433       int nbInt;
1434       if (vr == "US" || vr == "SS") {
1435          nbInt = length / 2;
1436          NewInt = ReadInt16();
1437          s << NewInt;
1438          if (nbInt > 1){
1439             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
1440                s << '\\';
1441                NewInt = ReadInt16();
1442                s << NewInt;
1443             }
1444          }                      
1445       }
1446       else if (vr == "UL" || vr == "SL") {
1447          nbInt = length / 4;
1448          NewInt = ReadInt32();
1449          s << NewInt;
1450          if (nbInt > 1) {
1451             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
1452                s << '\\';
1453                NewInt = ReadInt32();
1454                s << NewInt;
1455             }
1456          }
1457       }
1458 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1459       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1460 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1461
1462       Entry->SetValue(s.str());
1463       return;   
1464    }
1465    
1466    // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
1467    std::string NewValue(length,0);
1468    item_read = fread(&(NewValue[0]), (size_t)length, (size_t)1, fp);
1469    if ( item_read != 1 ) {
1470       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::LoadElementValue","unread element value");
1471       Entry->SetValue("gdcm::UnRead");
1472       return;
1473    }
1474
1475    if( (vr == "UI") ) // Because of correspondance with the VR dic
1476       Entry->SetValue(NewValue.c_str()); // ??? JPR ???
1477    else
1478       Entry->SetValue(NewValue);
1479 }
1480
1481 /**
1482  * \ingroup gdcmParser
1483  * \brief   add a new Dicom Element pointer to 
1484  *          the H Table and at the end of the chained List
1485  * \warning push_bash in listEntries ONLY during ParseHeader
1486  * \todo    something to allow further Elements addition,
1487  *          (at their right place in the chained list)
1488  *          when position to be taken care of     
1489  * @param   newHeaderEntry
1490  */
1491 void gdcmParser::AddHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry) {
1492    tagHT.insert( PairHT( newHeaderEntry->GetKey(),newHeaderEntry) );
1493    listEntries.push_back(newHeaderEntry); 
1494    wasUpdated = 1;
1495 }
1496
1497 /**
1498  * \ingroup gdcmParser
1499  * \brief  Find the value Length of the passed Header Entry
1500  * @param  Entry Header Entry whose length of the value shall be loaded. 
1501  */
1502  void gdcmParser::FindHeaderEntryLength (gdcmHeaderEntry *Entry) {
1503    guint16 element = Entry->GetElement();
1504    guint16 group   = Entry->GetGroup();
1505    std::string  vr = Entry->GetVR();
1506    guint16 length16;
1507    
1508    if( (element == NumPixel) && (group == GrPixel) ) 
1509    {
1510       dbg.SetDebug(GDCM_DEBUG);
1511       dbg.Verbose(2, "gdcmParser::FindLength: ",
1512                      "we reached (GrPixel,NumPixel)");
1513    }   
1514    
1515    if ( (filetype == ExplicitVR) && (! Entry->IsImplicitVR()) ) 
1516    {
1517       if ( (vr=="OB") || (vr=="OW") || (vr=="SQ") || (vr=="UN") ) 
1518       {
1519          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2001, section
1520          // 7.1.2 Data element structure with explicit vr p27) must be
1521          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
1522          fseek(fp, 2L, SEEK_CUR);
1523          guint32 length32 = ReadInt32();
1524
1525          if ( (vr == "OB") && (length32 == 0xffffffff) ) 
1526          {
1527             Entry->SetLength(FindHeaderEntryLengthOB());
1528             return;
1529          }
1530          FixHeaderEntryFoundLength(Entry, length32); 
1531          return;
1532       }
1533
1534       // Length is encoded on 2 bytes.
1535       length16 = ReadInt16();
1536       
1537       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
1538       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
1539       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
1540       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
1541       // (at least) two strategies:
1542       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
1543       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
1544       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
1545       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
1546       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
1547       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
1548       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
1549       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
1550       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
1551       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
1552       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
1553       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
1554       //   encounter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
1555       //   found a group with big endian encoding.
1556       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
1557       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
1558       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
1559       // add an additional check: we look in the already parsed elements
1560       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
1561       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
1562       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
1563       // big endian and proceed...
1564       if ( (element  == 0x0000) && (length16 == 0x0400) ) 
1565       {
1566          if ( ! IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() ) 
1567          {
1568             dbg.Verbose(0, "gdcmParser::FindLength", "not explicit VR");
1569             errno = 1;
1570             return;
1571          }
1572          length16 = 4;
1573          SwitchSwapToBigEndian();
1574          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
1575          // and the dictionary entry depending on them.
1576          guint16 CorrectGroup   = SwapShort(Entry->GetGroup());
1577          guint16 CorrectElem    = SwapShort(Entry->GetElement());
1578          gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(CorrectGroup,
1579                                                        CorrectElem);
1580          if (!NewTag) 
1581          {
1582             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
1583             NewTag = NewVirtualDictEntry(CorrectGroup, CorrectElem);
1584          }
1585          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
1586          // left unreferenced.
1587          Entry->SetDictEntry(NewTag);
1588       }
1589        
1590       // Heuristic: well some files are really ill-formed.
1591       if ( length16 == 0xffff) 
1592       {
1593          length16 = 0;
1594          //dbg.Verbose(0, "gdcmParser::FindLength",
1595          //            "Erroneous element length fixed.");
1596          // Actually, length= 0xffff means that we deal with
1597          // Unknown Sequence Length 
1598       }
1599       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, (guint32)length16);
1600       return;
1601    }
1602    else
1603    {
1604       // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see note below) explicit
1605       // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
1606       // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
1607       // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
1608       // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
1609       // Length is on 4 bytes.
1610       
1611       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, ReadInt32());
1612       return;
1613    }
1614 }
1615
1616 /**
1617  * \ingroup   gdcmParser
1618  * \brief     Find the Value Representation of the current Dicom Element.
1619  * @param     Entry
1620  */
1621 void gdcmParser::FindHeaderEntryVR( gdcmHeaderEntry *Entry) 
1622 {
1623    if (filetype != ExplicitVR)
1624       return;
1625
1626    char VR[3];
1627
1628    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1629    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
1630    // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
1631    // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
1632    // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
1633    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
1634    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
1635    // the case.
1636    
1637    int lgrLue=fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp); // lgrLue not used
1638    VR[2]=0;
1639    if(!CheckHeaderEntryVR(Entry,VR))
1640    {
1641       fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1642       // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
1643       // the semantics (see the usage of IsAnInteger), the VR proposed by the
1644       // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
1645       // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
1646       // avoid  .
1647       if ( Entry->IsVRUnknown() )
1648          Entry->SetVR("Implicit");
1649       Entry->SetImplicitVR();
1650    }
1651 }
1652
1653 /**
1654  * \ingroup   gdcmParser
1655  * \brief     Check the correspondance between the VR of the header entry
1656  *            and the taken VR. If they are different, the header entry is 
1657  *            updated with the new VR.
1658  * @param     Entry Header Entry to check
1659  * @param     vr    Dicom Value Representation
1660  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
1661  *            otherwise, it returns true
1662 */
1663 bool gdcmParser::CheckHeaderEntryVR(gdcmHeaderEntry *Entry, VRKey vr)
1664 {
1665    char msg[100]; // for sprintf
1666    bool RealExplicit = true;
1667
1668    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
1669    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
1670    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
1671    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
1672    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
1673    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
1674    // we hit falsely explicit VR tag.
1675
1676    if ( (!isalpha(vr[0])) && (!isalpha(vr[1])) )
1677       RealExplicit = false;
1678
1679    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
1680    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
1681    // of parsing or only in debug mode.
1682    if ( RealExplicit && !gdcmGlobal::GetVR()->Count(vr) )
1683       RealExplicit= false;
1684
1685    if ( !RealExplicit ) 
1686    {
1687       // We thought this was explicit VR, but we end up with an
1688       // implicit VR tag. Let's backtrack.   
1689       sprintf(msg,"Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n", 
1690                    Entry->GetGroup(),Entry->GetElement());
1691       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindVR: ",msg);
1692       if (Entry->GetGroup()%2 && Entry->GetElement() == 0x0000) { // Group length is UL !
1693          gdcmDictEntry* NewEntry = NewVirtualDictEntry(
1694                                    Entry->GetGroup(),Entry->GetElement(),
1695                                    "UL","FIXME","Group Length");
1696          Entry->SetDictEntry(NewEntry);                                                                       
1697       }
1698       return(false);
1699    }
1700
1701    if ( Entry->IsVRUnknown() ) 
1702    {
1703       // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the VR.
1704       if (Entry->GetElement() == 0x0000) { // Group length is UL !
1705          Entry->SetVR("UL");
1706       } else {
1707          Entry->SetVR(vr);
1708       }
1709    }
1710    else if ( Entry->GetVR() != vr ) 
1711    {
1712       // The VR present in the file and the dictionary disagree. We assume
1713       // the file writer knew best and use the VR of the file. Since it would
1714       // be unwise to overwrite the VR of a dictionary (since it would
1715       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
1716       // and change the VR for the read one.
1717       gdcmDictEntry* NewEntry = NewVirtualDictEntry(
1718                                  Entry->GetGroup(),Entry->GetElement(),
1719                                  vr,"FIXME",Entry->GetName());
1720       Entry->SetDictEntry(NewEntry);
1721    }
1722    return(true); 
1723 }
1724
1725 /**
1726  * \ingroup gdcmParser
1727  * \brief   Get the transformed value of the header entry. The VR value 
1728  *          is used to define the transformation to operate on the value
1729  * \warning NOT end user intended method !
1730  * @param   Entry 
1731  * @return  Transformed entry value
1732  */
1733 std::string gdcmParser::GetHeaderEntryValue(gdcmHeaderEntry *Entry)
1734 {
1735    if ( (IsHeaderEntryAnInteger(Entry)) && (Entry->IsImplicitVR()) )
1736    {
1737       std::string val=Entry->GetValue();
1738       std::string vr=Entry->GetVR();
1739       guint32 length = Entry->GetLength();
1740       std::ostringstream s;
1741       int nbInt;
1742
1743       if (vr == "US" || vr == "SS")
1744       {
1745          guint16 NewInt16;
1746
1747          nbInt = length / 2;
1748          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
1749          {
1750             if(i!=0)
1751                s << '\\';
1752             NewInt16 = (val[2*i+0]&0xFF)+((val[2*i+1]&0xFF)<<8);
1753             NewInt16 = SwapShort(NewInt16);
1754             s << NewInt16;
1755          }
1756       }
1757
1758       else if (vr == "UL" || vr == "SL")
1759       {
1760          guint32 NewInt32;
1761
1762          nbInt = length / 4;
1763          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
1764          {
1765             if(i!=0)
1766                s << '\\';
1767             NewInt32= (val[4*i+0]&0xFF)+((val[4*i+1]&0xFF)<<8)+
1768                      ((val[4*i+2]&0xFF)<<16)+((val[4*i+3]&0xFF)<<24);
1769             NewInt32=SwapLong(NewInt32);
1770             s << NewInt32;
1771          }
1772       }
1773 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1774       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1775 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1776       return(s.str());
1777    }
1778
1779    return(Entry->GetValue());
1780 }
1781
1782 /**
1783  * \ingroup gdcmParser
1784  * \brief   Get the reverse transformed value of the header entry. The VR 
1785  *          value is used to define the reverse transformation to operate on
1786  *          the value
1787  * \warning NOT end user intended method !
1788  * @param   Entry 
1789  * @return  Reverse transformed entry value
1790  */
1791 std::string gdcmParser::GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *Entry)
1792 {
1793    if ( (IsHeaderEntryAnInteger(Entry)) && (Entry->IsImplicitVR()) )
1794    {
1795       std::string vr=Entry->GetVR();
1796       std::ostringstream s;
1797       std::vector<std::string> tokens;
1798
1799       if (vr == "US" || vr == "SS") 
1800       {
1801          guint16 NewInt16;
1802
1803          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1804          Tokenize (Entry->GetValue(), tokens, "\\");
1805          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1806          {
1807             NewInt16 = atoi(tokens[i].c_str());
1808             s<<(NewInt16&0xFF)<<((NewInt16>>8)&0xFF);
1809          }
1810          tokens.clear();
1811       }
1812       if (vr == "UL" || vr == "SL") 
1813       {
1814          guint32 NewInt32;
1815
1816          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1817          Tokenize (Entry->GetValue(), tokens, "\\");
1818          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1819          {
1820             NewInt32 = atoi(tokens[i].c_str());
1821             s<<(char)(NewInt32&0xFF)<<(char)((NewInt32>>8)&0xFF)
1822                <<(char)((NewInt32>>16)&0xFF)<<(char)((NewInt32>>24)&0xFF);
1823          }
1824          tokens.clear();
1825       }
1826
1827 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1828       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1829 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1830       return(s.str());
1831    }
1832
1833    return(Entry->GetValue());
1834 }
1835
1836 /**
1837  * \ingroup gdcmParser
1838  * \brief   Skip a given Header Entry 
1839  * \warning NOT end user intended method !
1840  * @param   entry 
1841  */
1842 void gdcmParser::SkipHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *entry) 
1843 {
1844     SkipBytes(entry->GetLength());
1845 }
1846
1847 /**
1848  * \ingroup gdcmParser
1849  * \brief   When the length of an element value is obviously wrong (because
1850  *          the parser went Jabberwocky) one can hope improving things by
1851  *          applying this heuristic.
1852  */
1853 void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 FoundLength) 
1854 {
1855    Entry->SetReadLength(FoundLength); // will be updated only if a bug is found
1856                      
1857    if ( FoundLength == 0xffffffff) {
1858       FoundLength = 0;
1859    }
1860    
1861    guint16 gr =Entry->GetGroup();
1862    guint16 el =Entry->GetElement(); 
1863      
1864    if (FoundLength%2) {
1865       std::ostringstream s;
1866       s << "Warning : Tag with uneven length " << FoundLength 
1867          <<  " in x(" << std::hex << gr << "," << el <<")" << std::dec;
1868       dbg.Verbose(0,s.str().c_str());
1869    }
1870       
1871    // Sorry for the patch!  
1872    // XMedCom did the trick to read some nasty GE images ...
1873    if (FoundLength == 13) {
1874       // The following 'if' will be removed when there is no more
1875       // images on Creatis HDs with a 13 length for Manufacturer...
1876       if ( (Entry->GetGroup() != 0x0008) ||  
1877            ( (Entry->GetElement() != 0x0070) && (Entry->GetElement() != 0x0080) ) ){
1878       // end of remove area
1879          FoundLength =10;
1880          Entry->SetReadLength(10); // a bug is to be fixed
1881       }
1882    }
1883
1884    // to fix some garbage 'Leonardo' Siemens images
1885    // May be commented out to avoid overhead
1886    else if ( (Entry->GetGroup() == 0x0009) &&
1887        ( (Entry->GetElement() == 0x1113) || (Entry->GetElement() == 0x1114) ) ){
1888       FoundLength =4;
1889       Entry->SetReadLength(4); // a bug is to be fixed 
1890    } 
1891    // end of fix
1892          
1893    // to try to 'go inside' SeQuences (with length), and not to skip them        
1894    else if ( Entry->GetVR() == "SQ") 
1895    { 
1896       if (enableSequences)    // only if the user does want to !
1897          FoundLength =0;      // ReadLength is unchanged         
1898    } 
1899     
1900    // a SeQuence Element is beginning                                          
1901    // fffe|e000 is just a marker, its length *should be* zero                                               
1902    else if(Entry->GetGroup() == 0xfffe)
1903    { 
1904                                          // *normally, fffe|0000 doesn't exist ! 
1905      if( Entry->GetElement() != 0x0000 ) // gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
1906                                          // causes extra troubles :-(                                                        
1907          FoundLength =0;
1908    }         
1909    Entry->SetUsableLength(FoundLength);
1910 }
1911
1912 /**
1913  * \ingroup gdcmParser
1914  * \brief   Apply some heuristics to predict whether the considered 
1915  *          element value contains/represents an integer or not.
1916  * @param   Entry The element value on which to apply the predicate.
1917  * @return  The result of the heuristical predicate.
1918  */
1919 bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
1920    guint16 element = Entry->GetElement();
1921    guint16 group   = Entry->GetGroup();
1922    std::string  vr = Entry->GetVR();
1923    guint32 length  = Entry->GetLength();
1924    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
1925    // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
1926    // able to swap it's element value properly.
1927    if ( element == 0 )  // This is the group length of the group
1928    {  
1929       if (length == 4)
1930          return true;
1931       else 
1932       {
1933          std::ostringstream s;
1934          int filePosition = ftell(fp);
1935          s << "Erroneous Group Length element length  on : (" \
1936            << std::hex << group << " , " << element 
1937            << ") -before- position x(" << filePosition << ")"
1938            << "lgt : " << length;
1939         // These 2 lines commented out : a *very dirty* patch
1940         // to go on PrintHeader'ing gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.
1941         // have a glance at offset  x(8336) ...
1942         // For *regular* headers, the test is useless..
1943         // lets's print a warning message and go on, 
1944         // instead of giving up with an error message
1945         
1946         //std::cout << s.str().c_str() << std::endl;
1947         
1948         // dbg.Error("gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger",
1949         //    s.str().c_str());     
1950       }
1951    }
1952    if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
1953       return true;
1954    
1955    return false;
1956 }
1957 /**
1958  * \ingroup gdcmParser
1959  * \brief  Find the Length till the next sequence delimiter
1960  * \warning NOT end user intended method !
1961  * @return 
1962  */
1963
1964  guint32 gdcmParser::FindHeaderEntryLengthOB(void)  {
1965    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
1966    guint16 g;
1967    guint16 n; 
1968    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1969    bool FoundSequenceDelimiter = false;
1970    guint32 TotalLength = 0;
1971    guint32 ItemLength;
1972
1973    while ( ! FoundSequenceDelimiter) 
1974    {
1975       g = ReadInt16();
1976       n = ReadInt16();   
1977       if (errno == 1)
1978          return 0;
1979       TotalLength += 4;  // We even have to decount the group and element 
1980      
1981       if ( g != 0xfffe && g!=0xb00c ) /*for bogus header */ 
1982       {
1983          char msg[100]; // for sprintf. Sorry
1984          sprintf(msg,"wrong group (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",g, g,n);
1985          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindLengthOB: ",msg); 
1986          errno = 1;
1987          return 0;
1988       }
1989       if ( n == 0xe0dd || ( g==0xb00c && n==0x0eb6 ) ) /* for bogus header  */ 
1990          FoundSequenceDelimiter = true;
1991       else if ( n != 0xe000 )
1992       {
1993          char msg[100];  // for sprintf. Sorry
1994          sprintf(msg,"wrong element (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",
1995                       n, g,n);
1996          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindLengthOB: ",msg);
1997          errno = 1;
1998          return 0;
1999       }
2000       ItemLength = ReadInt32();
2001       TotalLength += ItemLength + 4;  // We add 4 bytes since we just read
2002                                       // the ItemLength with ReadInt32                                     
2003       SkipBytes(ItemLength);
2004    }
2005    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
2006    return TotalLength;
2007 }
2008
2009 /**
2010  * \ingroup gdcmParser
2011  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
2012  *       (swaps it depending on processor endianity) 
2013  * @return read value
2014  */
2015 guint16 gdcmParser::ReadInt16(void) {
2016    guint16 g;
2017    size_t item_read;
2018    item_read = fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, fp);
2019    if ( item_read != 1 ) {
2020       if(ferror(fp)) 
2021          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::ReadInt16", " File Error");
2022       errno = 1;
2023       return 0;
2024    }
2025    errno = 0;
2026    g = SwapShort(g);   
2027    return g;
2028 }
2029
2030 /**
2031  * \ingroup gdcmParser
2032  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
2033  *         (swaps it depending on processor endianity)  
2034  * @return read value
2035  */
2036 guint32 gdcmParser::ReadInt32(void) {
2037    guint32 g;
2038    size_t item_read;
2039    item_read = fread (&g, (size_t)4,(size_t)1, fp);
2040    if ( item_read != 1 ) { 
2041      if(ferror(fp)) 
2042          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::ReadInt32", " File Error");   
2043       errno = 1;
2044       return 0;
2045    }
2046    errno = 0;   
2047    g = SwapLong(g);
2048    return g;
2049 }
2050
2051 /**
2052  * \ingroup gdcmParser
2053  * \brief skips bytes inside the source file 
2054  * \warning NOT end user intended method !
2055  * @return 
2056  */
2057 void gdcmParser::SkipBytes(guint32 NBytes) {
2058    //FIXME don't dump the returned value
2059    (void)fseek(fp, (long)NBytes, SEEK_CUR);
2060 }
2061
2062 /**
2063  * \ingroup gdcmParser
2064  * \brief Loads all the needed Dictionaries
2065  * \warning NOT end user intended method !   
2066  */
2067 void gdcmParser::Initialise(void) 
2068 {
2069    RefPubDict = gdcmGlobal::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
2070    RefShaDict = (gdcmDict*)0;
2071 }
2072
2073 /**
2074  * \ingroup gdcmParser
2075  * \brief   Discover what the swap code is (among little endian, big endian,
2076  *          bad little endian, bad big endian).
2077  *          sw is set
2078  * @return false when we are absolutely sure 
2079  *               it's neither ACR-NEMA nor DICOM
2080  *         true  when we hope ours assuptions are OK
2081  */
2082 bool gdcmParser::CheckSwap() {
2083
2084    // The only guaranted way of finding the swap code is to find a
2085    // group tag since we know it's length has to be of four bytes i.e.
2086    // 0x00000004. Finding the swap code in then straigthforward. Trouble
2087    // occurs when we can't find such group...
2088    
2089    guint32  x=4;  // x : for ntohs
2090    bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
2091    guint32  s32;
2092    guint16  s16;
2093        
2094    int lgrLue;
2095    char *entCur;
2096    char deb[HEADER_LENGTH_TO_READ];
2097     
2098    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
2099    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
2100    if (x==ntohs(x))
2101       net2host = true;
2102    else
2103       net2host = false; 
2104          
2105    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
2106    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
2107    lgrLue = fread(deb, 1, HEADER_LENGTH_TO_READ, fp);
2108    
2109    entCur = deb + 128;
2110    if(memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0) {
2111       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
2112       
2113       // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
2114       // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL" 
2115       // - or "OB" if the 1st one is (0002,0001) -,
2116       // in which case we (almost) know it is explicit VR.
2117       // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
2118       // is the length of the group. If this ascii representation of this
2119       // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
2120       // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
2121       // element value (or a couple of elements values) in order to make
2122       // sure we are not commiting a big mistake.
2123       // We need to skip :
2124       // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
2125       // * the 4 bytes of "DICM" string,
2126       // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),or (0002, 0001)
2127       // i.e. a total of  136 bytes.
2128       entCur = deb + 136;
2129      
2130       // FIXME : FIXME:
2131       // Sometimes (see : gdcmData/icone.dcm) group 0x0002 *is* Explicit VR,
2132       // but elem 0002,0010 (Transfert Syntax) tells us the file is *Implicit* VR.
2133       // -and it is !- 
2134       
2135       if( (memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) ||
2136           (memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0) ||
2137           (memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0) ||       
2138           (memcmp(entCur, "CS", (size_t)2) == 0) )  // CS, to remove later
2139                                                     // when Write DCM *adds*
2140       // FIXME
2141       // Use gdcmParser::dicom_vr to test all the possibilities
2142       // instead of just checking for UL, OB and UI !?                                              // group 0000 
2143                                                      
2144       {
2145          filetype = ExplicitVR;
2146          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2147                      "explicit Value Representation");
2148       } 
2149       else 
2150       {
2151          filetype = ImplicitVR;
2152          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2153                      "not an explicit Value Representation");
2154       }
2155       
2156       if (net2host) 
2157       {
2158          sw = 4321;
2159          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2160                         "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
2161       } 
2162       else 
2163       {
2164          sw = 0;
2165          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2166                         "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
2167       }
2168       
2169       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
2170       // after the file preamble and the "DICM" string).
2171       rewind(fp);
2172       fseek (fp, 132L, SEEK_SET);
2173       return true;
2174    } // End of DicomV3
2175
2176    // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
2177    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
2178    // is (i.e. the beginning of the file).
2179    dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
2180    rewind(fp);
2181
2182    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
2183    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
2184    // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
2185    // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
2186
2187    entCur = deb + 4;
2188    // We assume the array of char we are considering contains the binary
2189    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
2190    // trick :
2191    s32 = *((guint32 *)(entCur));
2192       
2193    switch (s32) {
2194       case 0x00040000 :
2195          sw = 3412;
2196          filetype = ACR;
2197          return true;
2198       case 0x04000000 :
2199          sw = 4321;
2200          filetype = ACR;
2201          return true;
2202       case 0x00000400 :
2203          sw = 2143;
2204          filetype = ACR;
2205          return true;
2206       case 0x00000004 :
2207          sw = 0;
2208          filetype = ACR;
2209          return true;
2210       default :
2211          
2212       // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
2213       // It is time for despaired wild guesses. 
2214       // So, let's check if this file wouldn't happen to be 'dirty' ACR/NEMA,
2215       //  i.e. the 'group length' element is not present :     
2216       
2217       //  check the supposed to be 'group number'
2218       //  0x0002 or 0x0004 or 0x0008
2219       //  to determine ' sw' value .
2220       //  Only 0 or 4321 will be possible 
2221       //  (no oportunity to check for the formerly well known
2222       //  ACR-NEMA 'Bad Big Endian' or 'Bad Little Endian' 
2223       //  if unsuccessfull (i.e. neither 0x0002 nor 0x0200 etc -4, 8-) 
2224       //  the file IS NOT ACR-NEMA nor DICOM V3
2225       //  Find a trick to tell it the caller...
2226       
2227       s16 = *((guint16 *)(deb));
2228       
2229       switch (s16) {
2230       case 0x0002 :
2231       case 0x0004 :
2232       case 0x0008 :      
2233          sw = 0;
2234          filetype = ACR;
2235          return true;
2236       case 0x0200 :
2237       case 0x0400 :
2238       case 0x0800 : 
2239          sw = 4321;
2240          filetype = ACR;
2241          return true;
2242       default :
2243          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::CheckSwap:",
2244                      "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)"); 
2245          filetype = Unknown;     
2246          return false;
2247       }
2248          
2249       // Then the only info we have is the net2host one.         
2250          //if (! net2host )
2251          //   sw = 0;
2252          //else
2253          //  sw = 4321;
2254          //return;                      
2255    }
2256 }
2257
2258 /**
2259  * \ingroup gdcmParser
2260  * \brief Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
2261  *        and the dictionary entry depending on them. 
2262  */
2263 void gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian(void) 
2264 {
2265    dbg.Verbose(1, "gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian",
2266                   "Switching to BigEndian mode.");
2267    if ( sw == 0    ) 
2268    {
2269       sw = 4321;
2270       return;
2271    }
2272    if ( sw == 4321 ) 
2273    {
2274       sw = 0;
2275       return;
2276    }
2277    if ( sw == 3412 ) 
2278    {
2279       sw = 2143;
2280       return;
2281    }
2282    if ( sw == 2143 )
2283       sw = 3412;
2284 }
2285
2286 /**
2287  * \ingroup gdcmParser
2288  * \brief  during parsing, Header Elements too long are not loaded in memory 
2289  * @param NewSize
2290  */
2291 void gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry(long NewSize) 
2292 {
2293    if (NewSize < 0)
2294       return;
2295    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) 
2296    {
2297       MaxSizeLoadEntry = 0xffffffff;
2298       return;
2299    }
2300    MaxSizeLoadEntry = NewSize;
2301 }
2302
2303
2304 /**
2305  * \ingroup gdcmParser
2306  * \brief Header Elements too long will not be printed
2307  * \warning 
2308  * \todo : not yet usable 
2309  *          (see MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE 
2310  *           in gdcmHeaderEntry gdcmLoadEntry)
2311  *             
2312  * @param NewSize
2313  */
2314 void gdcmParser::SetMaxSizePrintEntry(long NewSize) 
2315 {
2316    if (NewSize < 0)
2317       return;
2318    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) 
2319    {
2320       MaxSizePrintEntry = 0xffffffff;
2321       return;
2322    }
2323    MaxSizePrintEntry = NewSize;
2324 }
2325
2326 /**
2327  * \ingroup gdcmParser
2328  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
2329  *          exist) for the presence of the DictEntry with given name.
2330  *          The public dictionary has precedence on the shadow one.
2331  * @param   Name name of the searched DictEntry
2332  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
2333  */
2334 gdcmDictEntry *gdcmParser::GetDictEntryByName(std::string Name) 
2335 {
2336    gdcmDictEntry *found = (gdcmDictEntry *)0;
2337    if (!RefPubDict && !RefShaDict) 
2338    {
2339       dbg.Verbose(0, "gdcmParser::GetDictEntry",
2340                      "we SHOULD have a default dictionary");
2341    }
2342    if (RefPubDict) 
2343    {
2344       found = RefPubDict->GetDictEntryByName(Name);
2345       if (found)
2346          return found;
2347    }
2348    if (RefShaDict) 
2349    {
2350       found = RefShaDict->GetDictEntryByName(Name);
2351       if (found)
2352          return found;
2353    }
2354    return found;
2355 }
2356
2357 /**
2358  * \ingroup gdcmParser
2359  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
2360  *          exist) for the presence of the DictEntry with given
2361  *          group and element. The public dictionary has precedence on the
2362  *          shadow one.
2363  * @param   group   group of the searched DictEntry
2364  * @param   element element of the searched DictEntry
2365  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
2366  */
2367 gdcmDictEntry *gdcmParser::GetDictEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) 
2368 {
2369    gdcmDictEntry *found = (gdcmDictEntry *)0;
2370    if (!RefPubDict && !RefShaDict) 
2371    {
2372       dbg.Verbose(0, "gdcmParser::GetDictEntry",
2373                      "we SHOULD have a default dictionary");
2374    }
2375    if (RefPubDict) 
2376    {
2377       found = RefPubDict->GetDictEntryByNumber(group, element);
2378       if (found)
2379          return found;
2380    }
2381    if (RefShaDict) 
2382    {
2383       found = RefShaDict->GetDictEntryByNumber(group, element);
2384       if (found)
2385          return found;
2386    }
2387    return found;
2388 }
2389
2390 /**
2391  * \ingroup gdcmParser
2392  * \brief   Read the next tag but WITHOUT loading it's value
2393  * @return  On succes the newly created HeaderEntry, NULL on failure.      
2394  */
2395 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::ReadNextHeaderEntry(void) {
2396    guint16 g,n;
2397    gdcmHeaderEntry *NewEntry;
2398    g = ReadInt16();
2399    n = ReadInt16();
2400       
2401    if (errno == 1)
2402       // We reached the EOF (or an error occured) therefore 
2403       // header parsing has to be considered as finished.
2404       return (gdcmHeaderEntry *)0;
2405
2406 /*  Pb : how to propagate the element length (used in SkipHeaderEntry)
2407 //       direct call to SkipBytes ?
2408    
2409    if (ignoreShadow == 1 && g%2 ==1)  //JPR
2410       // if user wants to skip shadow groups
2411       // and current element *is* a shadow element
2412       // we don't create anything
2413       return (gdcmHeaderEntry *)1; // to tell caller it's NOT finished
2414 */   
2415    NewEntry = NewHeaderEntryByNumber(g, n);
2416    FindHeaderEntryVR(NewEntry);
2417    FindHeaderEntryLength(NewEntry);
2418         
2419    if (errno == 1) {
2420       // Call it quits
2421       return NULL;
2422    }
2423    NewEntry->SetOffset(ftell(fp));  
2424    return NewEntry;
2425 }
2426
2427 /**
2428  * \ingroup gdcmParser
2429  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments. 
2430  *          Check for existence of dictionary entry, and build
2431  *          a default one when absent.
2432  * @param   Name    Name of the underlying DictEntry
2433  */
2434 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewHeaderEntryByName(std::string Name) 
2435 {
2436    gdcmDictEntry *NewTag = GetDictEntryByName(Name);
2437    if (!NewTag)
2438       NewTag = NewVirtualDictEntry(0xffff, 0xffff, "LO", "unkn", Name);
2439
2440    gdcmHeaderEntry* NewEntry = new gdcmHeaderEntry(NewTag);
2441    if (!NewEntry) 
2442    {
2443       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::ObtainHeaderEntryByName",
2444                   "failed to allocate gdcmHeaderEntry");
2445       return (gdcmHeaderEntry *)0;
2446    }
2447    return NewEntry;
2448 }  
2449
2450 /**
2451  * \ingroup gdcmParser
2452  * \brief   Request a new virtual dict entry to the dict set
2453  * @param   group  group   of the underlying DictEntry
2454  * @param   element  element of the underlying DictEntry
2455  * @param   vr     VR of the underlying DictEntry
2456  * @param   fourth owner group
2457  * @param   name   english name
2458  */
2459 gdcmDictEntry *gdcmParser::NewVirtualDictEntry(guint16 group, guint16 element,
2460                                                std::string vr,
2461                                                std::string fourth,
2462                                                std::string name)
2463 {
2464    return gdcmGlobal::GetDicts()->NewVirtualDictEntry(group,element,vr,fourth,name);
2465 }
2466
2467 /**
2468  * \ingroup gdcmParser
2469  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments. 
2470  *          Check for existence of dictionary entry, and build
2471  *          a default one when absent.
2472  * @param   Group group   of the underlying DictEntry
2473  * @param   Elem  element of the underlying DictEntry
2474  */
2475 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewHeaderEntryByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
2476 {
2477    // Find out if the tag we encountered is in the dictionaries:
2478    gdcmDictEntry *DictEntry = GetDictEntryByNumber(Group, Elem);
2479    if (!DictEntry)
2480       DictEntry = NewVirtualDictEntry(Group, Elem);
2481
2482    gdcmHeaderEntry *NewEntry = new gdcmHeaderEntry(DictEntry);
2483    if (!NewEntry) 
2484    {
2485       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::NewHeaderEntryByNumber",
2486                   "failed to allocate gdcmHeaderEntry");
2487       return NULL;
2488    }
2489    return NewEntry;
2490 }
2491
2492 // Never used; commented out, waiting for removal.
2493 /**
2494  * \ingroup gdcmParser
2495  * \brief   Small utility function that creates a new manually crafted
2496  *          (as opposed as read from the file) gdcmHeaderEntry with user
2497  *          specified name and adds it to the public tag hash table.
2498  * \note    A fake TagKey is generated so the PubDict can keep it's coherence.
2499  * @param   NewTagName The name to be given to this new tag.
2500  * @param   VR The Value Representation to be given to this new tag.
2501  * @return  The newly hand crafted Element Value.
2502  */
2503 //gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName, 
2504 //                                                           std::string VR) 
2505 //{
2506 //   gdcmHeaderEntry *NewEntry = NULL;
2507 //   guint32 StuffGroup = 0xffff;   // Group to be stuffed with additional info
2508 //   guint32 FreeElem = 0;
2509 //   gdcmDictEntry *DictEntry = NULL;
2510 //
2511 //   FreeElem = GenerateFreeTagKeyInGroup(StuffGroup);
2512 //   if (FreeElem == UINT32_MAX) 
2513 //   {
2514 //      dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewManualHeaderEntryToPubDict",
2515 //                     "Group 0xffff in Public Dict is full");
2516 //      return NULL;
2517 //   }
2518 //
2519 //   DictEntry = NewVirtualDictEntry(StuffGroup, FreeElem,
2520 //                                VR, "GDCM", NewTagName);
2521 //   NewEntry = new gdcmHeaderEntry(DictEntry);
2522 //   AddHeaderEntry(NewEntry);
2523 //   return NewEntry;
2524 //}
2525
2526 /**
2527  * \ingroup gdcmParser
2528  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
2529  *          in the TagHt dictionary.
2530  * @param   group The generated tag must belong to this group.  
2531  * @return  The element of tag with given group which is fee.
2532  */
2533 guint32 gdcmParser::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) 
2534 {
2535    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) 
2536    {
2537       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
2538       if (tagHT.count(key) == 0)
2539          return elem;
2540    }
2541    return UINT32_MAX;
2542 }
2543
2544 //-----------------------------------------------------------------------------