]> Creatis software - gdcm.git/blob - src/gdcmParser.cxx
df9f48f2f370c2c4cc25ff589e58a2576521e200
[gdcm.git] / src / gdcmParser.cxx
1 // gdcmHeader.cxx
2 //-----------------------------------------------------------------------------
3 #include "gdcmParser.h"
4 #include "gdcmUtil.h"
5 #include <errno.h>
6
7 // For nthos:
8 #ifdef _MSC_VER
9    #include <winsock.h>
10 #else
11    #include <netinet/in.h>
12 #endif
13
14 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
15 #  include <strstream>
16 #  define  ostringstream ostrstream
17 # else
18 #  include <sstream>
19 #endif
20 #  include <iomanip>
21
22 #define UI1_2_840_10008_1_2      "1.2.840.10008.1.2"
23 #define UI1_2_840_10008_1_2_1    "1.2.840.10008.1.2.1"
24 #define UI1_2_840_10008_1_2_2    "1.2.840.10008.1.2.2"
25 #define UI1_2_840_10008_1_2_1_99 "1.2.840.10008.1.2.1.99"
26
27    // Fourth semantics:
28    //
29    // ---> Warning : This fourth field is NOT part 
30    //                of the 'official' Dicom Dictionnary
31    //                and should NOT be used.
32    //                (Not defined for all the groups
33    //                 may be removed in a future release)
34    //
35    // CMD      Command        
36    // META     Meta Information 
37    // DIR      Directory
38    // ID
39    // PAT      Patient
40    // ACQ      Acquisition
41    // REL      Related
42    // IMG      Image
43    // SDY      Study
44    // VIS      Visit 
45    // WAV      Waveform
46    // PRC
47    // DEV      Device
48    // NMI      Nuclear Medicine
49    // MED
50    // BFS      Basic Film Session
51    // BFB      Basic Film Box
52    // BIB      Basic Image Box
53    // BAB
54    // IOB
55    // PJ
56    // PRINTER
57    // RT       Radio Therapy
58    // DVH   
59    // SSET
60    // RES      Results
61    // CRV      Curve
62    // OLY      Overlays
63    // PXL      Pixels
64    // DL       Delimiters
65    //
66
67 //-----------------------------------------------------------------------------
68 // Refer to gdcmParser::CheckSwap()
69 const unsigned int gdcmParser::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
70
71 // Refer to gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry()
72 const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE = 4096;
73
74 // Refer to gdcmParser::SetMaxSizePrintEntry()
75 // TODO : Right now, better see "define, in gdcmHederEntry.cxx
76 const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 64;
77
78 //-----------------------------------------------------------------------------
79 // Constructor / Destructor
80 /**
81  * \ingroup gdcmParser
82  * \brief   
83  * @param   InFilename
84  * @param   exception_on_error
85  * @param   enable_sequences = true to allow the header 
86  *          to be parsed *inside* the SeQuences, 
87  *          when they have an actual length 
88  * @param ignore_shadow to allow skipping the shadow elements, 
89  *           to save memory space.
90  * \warning  The TRUE value for this param has to be used 
91  *           with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
92  *           ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
93  */
94 gdcmParser::gdcmParser(const char *InFilename, 
95                        bool exception_on_error,
96                        bool enable_sequences,
97                        bool ignore_shadow) {
98    enableSequences=enable_sequences;
99    ignoreShadow   =ignore_shadow;
100    
101    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
102    filename = InFilename;
103    Initialise();
104
105    if ( !OpenFile(exception_on_error))
106       return;
107    if (ParseHeader()) {
108      LoadHeaderEntries();
109    }
110    CloseFile();
111
112    wasUpdated = 0;  // will be set to 1 if user adds an entry
113    printLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
114 }
115
116 /**
117  * \ingroup gdcmParser
118  * \brief   
119  * @param   exception_on_error
120  */
121 gdcmParser::gdcmParser(bool exception_on_error) {
122    enableSequences=0;
123
124    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
125    Initialise();
126
127    wasUpdated = 0;  // will be set to 1 if user adds an entry
128    printLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
129 }
130
131 /**
132  * \ingroup gdcmParser
133  * \brief   Canonical destructor.
134  */
135 gdcmParser::~gdcmParser (void) {
136    RefPubDict = NULL;
137    RefShaDict = NULL;
138 }
139
140 //-----------------------------------------------------------------------------
141 // Print
142 /**
143   * \ingroup gdcmParser
144   * \brief   Prints the Header Entries (Dicom Elements)
145   *          both from the H Table and the chained list
146   * @return
147   */ 
148 void gdcmParser::PrintEntry(std::ostream & os) {
149    std::ostringstream s;   
150            
151    for (ListTag::iterator i = listEntries.begin();  
152            i != listEntries.end();
153            ++i)
154    {
155            (*i)->SetPrintLevel(printLevel);
156            (*i)->Print(os);   
157    } 
158    os<<s.str();
159 }
160
161 /**
162   * \ingroup gdcmParser
163   * \brief   Prints The Dict Entries of THE public Dicom Dictionnry
164   * @return
165   */  
166 void gdcmParser::PrintPubDict(std::ostream & os) {
167    RefPubDict->Print(os);
168 }
169
170 /**
171   * \ingroup gdcmParser
172   * \brief   Prints The Dict Entries of THE shadow Dicom Dictionnry
173   * @return
174   */
175 void gdcmParser::PrintShaDict(std::ostream & os) {
176    RefShaDict->Print(os);
177 }
178
179 //-----------------------------------------------------------------------------
180 // Public
181 /**
182  * \ingroup gdcmParser
183  * \brief   Get the public dictionary used
184  */
185 gdcmDict *gdcmParser::GetPubDict(void) {
186    return(RefPubDict);
187 }
188
189 /**
190  * \ingroup gdcmParser
191  * \brief   Get the shadow dictionary used
192  */
193 gdcmDict *gdcmParser::GetShaDict(void) {
194    return(RefShaDict);
195 }
196
197 /**
198  * \ingroup gdcmParser
199  * \brief   Set the shadow dictionary used
200  * \param   dict dictionary to use in shadow
201  */
202 bool gdcmParser::SetShaDict(gdcmDict *dict){
203    RefShaDict=dict;
204    return(!RefShaDict);
205 }
206
207 /**
208  * \ingroup gdcmParser
209  * \brief   Set the shadow dictionary used
210  * \param   dictName name of the dictionary to use in shadow
211  */
212 bool gdcmParser::SetShaDict(DictKey dictName){
213    RefShaDict=gdcmGlobal::GetDicts()->GetDict(dictName);
214    return(!RefShaDict);
215 }
216
217 /**
218  * \ingroup gdcmParser
219  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
220  *         decides whether or not the current gdcmParser was properly parsed
221  *         and contains the mandatory information for being considered as
222  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
223  * @return true when gdcmParser is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
224  *         false otherwise. 
225  */
226 bool gdcmParser::IsReadable(void) { 
227    if(filetype==Unknown) {
228       return(false);
229    }
230    if(listEntries.size()<=0) {    
231       return(false);
232    }
233
234    return(true);
235 }
236
237 /**
238  * \ingroup gdcmParser
239  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
240  *          and if it corresponds to a ImplicitVRLittleEndian one.
241  *
242  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
243  */
244 bool gdcmParser::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
245    gdcmHeaderEntry *Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
246    if ( !Element )
247       return false;
248    LoadHeaderEntrySafe(Element);
249
250    std::string Transfer = Element->GetValue();
251    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2 )
252       return true;
253    return false;
254 }
255
256 /**
257  * \ingroup gdcmParser
258  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
259  *          and if it corresponds to a ExplicitVRLittleEndian one.
260  *
261  * @return  True when ExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
262  */
263 bool gdcmParser::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
264    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
265    if ( !Element )
266       return false;
267    LoadHeaderEntrySafe(Element);
268
269    std::string Transfer = Element->GetValue();
270    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_1 )
271       return true;
272    return false;
273 }
274
275 /**
276  * \ingroup gdcmParser
277  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
278  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
279  *
280  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
281  */
282 bool gdcmParser::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
283    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
284    if ( !Element )
285       return false;
286    LoadHeaderEntrySafe(Element);
287
288    std::string Transfer = Element->GetValue();
289    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_1_99 )
290       return true;
291    return false;
292 }
293
294 /**
295  * \ingroup gdcmParser
296  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
297  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
298  *
299  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
300  */
301 bool gdcmParser::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
302    gdcmHeaderEntry* Element = GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
303    if ( !Element )
304       return false;
305    LoadHeaderEntrySafe(Element);
306
307    std::string Transfer = Element->GetValue();
308    if ( Transfer == UI1_2_840_10008_1_2_2 )  //1.2.2 ??? A verifier !
309       return true;
310    return false;
311 }
312
313 /**
314  * \ingroup gdcmParser
315  * \brief  returns the File Type 
316  *         (ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown)
317  * @return 
318  */
319 FileType gdcmParser::GetFileType(void) {
320    return(filetype);
321 }
322
323 /**
324  * \ingroup gdcmParser
325  * \brief   opens the file
326  * @param   exception_on_error
327  * @return  
328  */
329 FILE *gdcmParser::OpenFile(bool exception_on_error)
330   throw(gdcmFileError) 
331 {
332   fp=fopen(filename.c_str(),"rb");
333   if(exception_on_error) 
334   {
335     if(!fp)
336       throw gdcmFileError("gdcmParser::gdcmParser(const char *, bool)");
337   }
338
339   if ( fp ) 
340   {
341      guint16 zero;
342      fread(&zero,  (size_t)2, (size_t)1, fp);
343
344     //ACR -- or DICOM with no Preamble --
345     if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200)
346        return(fp);
347
348     //DICOM
349     fseek(fp, 126L, SEEK_CUR);
350     char dicm[4];
351     fread(dicm,  (size_t)4, (size_t)1, fp);
352     if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
353        return(fp);
354
355     fclose(fp);
356     dbg.Verbose(0, "gdcmParser::gdcmParser not DICOM/ACR", filename.c_str());
357   }
358   else {
359     dbg.Verbose(0, "gdcmParser::gdcmParser cannot open file", filename.c_str());
360   }
361   return(NULL);
362 }
363
364 /**
365  * \ingroup gdcmParser
366  * \brief closes the file  
367  * @return  TRUE if the close was successfull 
368  */
369 bool gdcmParser::CloseFile(void) {
370   int closed = fclose(fp);
371   fp = (FILE *)0;
372   if (! closed)
373      return false;
374   return true;
375 }
376
377 /**
378  * \ingroup gdcmParser
379  * \brief 
380  * @param fp file pointer on an already open file
381  * @param   type type of the File to be written 
382  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
383  * @return  always "True" ?!
384  */
385 bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
386 // ==============
387 // TODO The stuff was rewritten using the chained list instead 
388 //      of the H table
389 //      so we could remove the GroupHT from the gdcmParser
390 // To be checked
391 // =============
392
393    // TODO : move the following lines (and a lot of others, to be written)
394    // to a future function CheckAndCorrectHeader
395    
396         // Question :
397         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non
398         // (FileType est un champ de gdcmParser ...)
399         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
400         // no way 
401         // a moins de se livrer a un tres complique ajout des champs manquants.
402         // faire un CheckAndCorrectHeader (?)  
403          
404
405    if (type == ImplicitVR) 
406    {
407       std::string implicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2;
408       ReplaceOrCreateByNumber(implicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
409       
410       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
411       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
412       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
413       
414       SetEntryLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
415    } 
416
417    if (type == ExplicitVR) 
418    {
419       std::string explicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2_1;
420       ReplaceOrCreateByNumber(explicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
421       
422       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
423       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
424       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
425       
426       SetEntryLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
427    }
428
429 /* TODO : rewrite later
430
431    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
432       UpdateGroupLength(false,type);
433    if ( type == ACR)
434       UpdateGroupLength(true,ACR);
435 */
436
437    WriteEntries(type, fp);
438    return(true);
439  }
440
441 /**
442  * \ingroup gdcmParser
443  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
444  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
445  * @param   Value passed as a std::string
446  * @param   Group
447  * @param   Elem
448  * \return  boolean
449  */
450 bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, 
451                                          guint16 Group, 
452                                          guint16 Elem ){
453    if (CheckIfEntryExistByNumber(Group, Elem) == 0) {
454       gdcmHeaderEntry *a =NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
455       if (a == NULL) 
456          return false;
457       AddHeaderEntry(a);
458    }   
459    SetEntryByNumber(Value, Group, Elem);
460    return(true);
461 }   
462
463 /**
464  * \ingroup gdcmParser
465  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
466  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
467  * @param   Value passed as a char*
468  * @param   Group
469  * @param   Elem
470  * \return  boolean 
471  * 
472  */
473 bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
474    gdcmHeaderEntry* nvHeaderEntry=NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
475
476    if(!nvHeaderEntry)
477       return(false);
478
479    AddHeaderEntry(nvHeaderEntry);
480
481    std::string v = Value;       
482    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
483    return(true);
484 }  
485
486 /**
487  * \ingroup gdcmParser
488  * \brief   Set a new value if the invoked element exists
489  *          Seems to be useless !!!
490  * @param   Value
491  * @param   Group
492  * @param   Elem
493  * \return  boolean 
494  */
495 bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) 
496 {
497    std::string v = Value;       
498    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
499    return true;
500
501
502 //-----------------------------------------------------------------------------
503 // Protected
504 /**
505  * \ingroup gdcmParser
506  * \brief   Checks if a given Dicom Element exists
507  * \        within the H table
508  * @param   group Group   number of the searched Dicom Element 
509  * @param   element  Element number of the searched Dicom Element 
510  * @return  number of occurences
511  */
512 int gdcmParser::CheckIfEntryExistByNumber(guint16 group, guint16 element ) {
513         std::string key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element );
514         return (tagHT.count(key));
515 }
516
517 /**
518  * \ingroup gdcmParser
519  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
520  *          the public and private dictionaries 
521  *          for the element value of a given tag.
522  * \warning Don't use any longer : use GetPubEntryByName
523  * @param   tagName name of the searched element.
524  * @return  Corresponding element value when it exists,
525  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
526  */
527 std::string gdcmParser::GetEntryByName(std::string tagName) {
528    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
529    if( dictEntry == NULL)
530       return GDCM_UNFOUND;
531
532    return(GetEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement()));  
533 }
534
535 /**
536  * \ingroup gdcmParser
537  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
538  *          the public and private dictionaries 
539  *          for the element value representation of a given tag.
540  *
541  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
542  *          to convert the string typed content to caller's native type 
543  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
544  *          of semantics than just the native C++ type.
545  * @param   tagName name of the searched element.
546  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
547  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
548  */
549 std::string gdcmParser::GetEntryVRByName(std::string tagName) {
550    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
551    if( dictEntry == NULL)
552       return GDCM_UNFOUND;
553
554    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),
555                                                    dictEntry->GetElement());                                    
556    return elem->GetVR();
557 }
558
559 /**
560  * \ingroup gdcmParser
561  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
562  *          the public and private dictionaries 
563  *          for the element value representation of a given tag.
564  * @param   group Group of the searched tag.
565  * @param   element Element of the searched tag.
566  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
567  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
568  */
569 std::string gdcmParser::GetEntryByNumber(guint16 group, guint16 element){
570    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
571    if ( ! tagHT.count(key))
572       return GDCM_UNFOUND;
573    return tagHT.find(key)->second->GetValue();
574 }
575
576 /**
577  * \ingroup gdcmParser
578  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
579  *          the public and private dictionaries 
580  *          for the element value representation of a given tag..
581  *
582  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
583  *          to convert the string typed content to caller's native type 
584  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
585  *          of semantics than just the native C++ type.
586  * @param   group Group of the searched tag.
587  * @param   element Element of the searched tag.
588  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
589  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
590  */
591 std::string gdcmParser::GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element) {
592    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(group, element);
593    if ( !elem )
594       return GDCM_UNFOUND;
595    return elem->GetVR();
596 }
597
598 /**
599  * \ingroup gdcmParser
600  * \brief   Sets the value (string) of the Header Entry (Dicom Element)
601  * @param   content string value of the Dicom Element
602  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
603  * @return  true when found
604  */
605 bool gdcmParser::SetEntryByName(std::string content,std::string tagName) {
606    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
607    if( dictEntry == NULL)
608       return false;                                 
609
610    return(SetEntryByNumber(content,dictEntry->GetGroup(),
611                                    dictEntry->GetElement()));
612 }
613
614 /**
615  * \ingroup gdcmParser
616  * \brief   Accesses an existing gdcmHeaderEntry (i.e. a Dicom Element)
617  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
618  *          the given value.
619  * \warning Don't use any longer : use SetPubEntryByNumber
620  * @param   content new value to substitute with
621  * @param   group   group of the Dicom Element to modify
622  * @param   element element of the Dicom Element to modify
623  */
624 bool gdcmParser::SetEntryByNumber(std::string content, 
625                                   guint16 group,
626                                   guint16 element) 
627 {
628    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
629    if ( ! tagHT.count(key))
630       return false;
631    int l = content.length();
632    if(l%2) // Odd length are padded with a space (020H).
633    {  
634       l++;
635       content = content + '\0';
636    }
637       
638    gdcmHeaderEntry * a;
639    IterHT p;
640    TagHeaderEntryHT::iterator p2;
641    // DO NOT remove the following lines : they explain the stuff   
642    //p= tagHT.equal_range(key); // get a pair of iterators first-last synonym
643    //p2=p.first;                // iterator on the first synonym 
644    //a=p2->second;              // H Table target column (2-nd col)
645     
646    // or, easier :
647    a = ((tagHT.equal_range(key)).first)->second; 
648        
649    a-> SetValue(content); 
650    
651    std::string vr = a->GetVR();
652    
653    guint32 lgr;
654    if( (vr == "US") || (vr == "SS") ) 
655       lgr = 2;
656    else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
657       lgr = 4;
658    else
659       lgr = l;     
660
661    a->SetLength(lgr);   
662    return true;
663 }                                         
664
665 /**
666  * \ingroup gdcmParser
667  * \brief   Accesses an existing gdcmHeaderEntry (i.e. a Dicom Element)
668  *          in the PubHeaderEntrySet of this instance
669  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
670  *          the given value.
671  * \warning Use with extreme caution.
672  * @param   length new length to substitute with
673  * @param   group   group of the entry to modify
674  * @param   element element of the Entry to modify
675  * @return  1 on success, 0 otherwise.
676  */
677
678 bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 length, 
679                                         guint16 group, 
680                                         guint16 element) 
681 {
682    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
683    if ( ! tagHT.count(key))
684       return false;
685    if (length%2) length++; // length must be even
686    ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(length);      
687          
688    return true ;                
689 }
690
691 /**
692  * \ingroup gdcmParser
693  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
694  * \        (LoadElementValues has already be executed)
695  * @param   Group
696  * @param   Elem
697  * @return File Offset of the Element Value 
698  */
699 size_t gdcmParser::GetEntryOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
700 {
701    gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);         
702    if (!Entry) 
703    {
704       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
705                       "failed to Locate gdcmHeaderEntry");
706       return (size_t)0;
707    }
708    return Entry->GetOffset();
709 }
710
711 /**
712  * \ingroup gdcmParser
713  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
714  * \        (LoadElementValues has already be executed)  
715  * @param   Group
716  * @param   Elem
717  * @return Pointer to the 'non string' area
718  */
719 void * gdcmParser::GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
720 {
721    gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);         
722    if (!Entry) 
723    {
724       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
725                   "failed to Locate gdcmHeaderEntry");
726       return (NULL);
727    }
728    return Entry->GetVoidArea();
729 }
730
731 /**
732  * \ingroup       gdcmParser
733  * \brief         Loads (from disk) the element content 
734  *                when a string is not suitable
735  * @param   Group
736  * @param   Elem
737  */
738 void *gdcmParser::LoadEntryVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem) 
739 {
740    gdcmHeaderEntry * Element= GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
741    if ( !Element )
742       return NULL;
743    size_t o =(size_t)Element->GetOffset();
744    fseek(fp, o, SEEK_SET);
745    int l=Element->GetLength();
746    void * a = malloc(l);
747    if(!a) 
748         return NULL;
749
750    SetEntryVoidAreaByNumber(a, Group, Elem);
751    // TODO check the result 
752    size_t l2 = fread(a, 1, l ,fp);
753    if(l != l2) 
754    {
755         free(a);
756         return NULL;
757    }
758    cout << hex << Group << " " << Elem << "loaded" <<endl;
759    Element->SetPrintLevel(2);
760    Element->Print();
761    return a;  
762 }
763
764 /**
765  * \ingroup gdcmParser
766  * \brief   Sets a 'non string' value to a given Dicom Element
767  * @param   area
768  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
769  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
770  * @return  
771  */
772 bool gdcmParser::SetEntryVoidAreaByNumber(void * area,
773                                           guint16 group, 
774                                           guint16 element) 
775 {
776    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
777    if ( ! tagHT.count(key))
778       return false;
779    ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetVoidArea(area);      
780    return true;
781 }
782
783 /**
784  * \ingroup gdcmParser
785  * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. Only odd entries are
786  *          analized
787  */
788 void gdcmParser::UpdateShaEntries(void) {
789    gdcmDictEntry *entry;
790    std::string vr;
791
792    for(ListTag::iterator it=listEntries.begin();
793        it!=listEntries.end();
794        ++it)
795    {
796       // Odd group => from public dictionary
797       if((*it)->GetGroup()%2==0)
798          continue;
799
800       // Peer group => search the corresponding dict entry
801       if(RefShaDict)
802          entry=RefShaDict->GetDictEntryByNumber((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement());
803       else
804          entry=NULL;
805
806       if((*it)->IsImplicitVR())
807          vr="Implicit";
808       else
809          vr=(*it)->GetVR();
810
811       (*it)->SetValue(GetHeaderEntryUnvalue(*it));
812       if(entry){
813          // Set the new entry and the new value
814          (*it)->SetDictEntry(entry);
815          CheckHeaderEntryVR(*it,vr);
816
817          (*it)->SetValue(GetHeaderEntryValue(*it));
818       }
819       else
820       {
821          // Remove precedent value transformation
822          (*it)->SetDictEntry(NewVirtualDictEntry((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement(),vr));
823       }
824    }
825 }
826
827 /**
828  * \ingroup gdcmParser
829  * \brief   Searches within the Header Entries for a Dicom Element of
830  *          a given tag.
831  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
832  * @return  Corresponding Dicom Element when it exists, and NULL
833  *          otherwise.
834  */
835  gdcmHeaderEntry *gdcmParser::GetHeaderEntryByName(std::string tagName) {
836    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
837    if( dictEntry == NULL)
838       return NULL;
839
840   return(GetHeaderEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement()));
841 }
842
843 /**
844  * \ingroup gdcmParser
845  * \brief  retrieves a Dicom Element (the first one) using (group, element)
846  * \ warning (group, element) IS NOT an identifier inside the Dicom Header
847  *           if you think it's NOT UNIQUE, check the count number
848  *           and use iterators to retrieve ALL the Dicoms Elements within
849  *           a given couple (group, element)
850  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
851  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
852  * @return  
853  */
854 gdcmHeaderEntry* gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber(guint16 group, guint16 element) 
855 {
856    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
857    if ( ! tagHT.count(key))
858       return NULL;
859    return tagHT.find(key)->second;
860 }
861
862 /**
863  * \ingroup gdcmParser
864  * \brief   retrieves the Dicom Elements (all of them) using (group, element) 
865  * @param   group Group number of the searched Dicom Element.
866  * @param   element Element number of the searched Dicom Element.
867  * @return  a range (i.e.pair<,>) containing all elements whose key is group|element) 
868  */
869  
870 IterHT gdcmParser::GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element){
871    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
872    return (tagHT.equal_range(key));
873 }
874
875 /**
876  * \ingroup       gdcmParser
877  * \brief         Loads the element while preserving the current
878  *                underlying file position indicator as opposed to
879  *                to LoadHeaderEntry that modifies it.
880  * @param entry   Header Entry whose value shall be loaded. 
881  * @return  
882  */
883 void gdcmParser::LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry * entry) {
884    long PositionOnEntry = ftell(fp);
885    LoadHeaderEntry(entry);
886    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
887 }
888
889 /**
890  * \ingroup gdcmParser
891  * \brief   Re-computes the length of a ACR-NEMA/Dicom group from a DcmHeader
892  * \warning : to be re-written using the chained list instead of the H table.
893  * \warning : DO NOT use (doesn't work any longer because of the multimap)
894  * \todo : to be re-written using the chained list instead of the H table
895  * @param   SkipSequence TRUE if we don't want to write Sequences (ACR-NEMA Files)
896  * @param   type Type of the File (ExplicitVR,ImplicitVR, ACR, ...) 
897  */
898 void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
899    guint16 gr, el;
900    std::string vr;
901    
902    gdcmHeaderEntry *elem;
903    char trash[10];
904    std::string str_trash;
905    
906    GroupKey key;
907    GroupHT groupHt;  // to hold the length of each group
908    TagKey tk;
909    // remember :
910    // typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
911    
912    gdcmHeaderEntry *elemZ;
913   
914    // for each Tag in the DCM Header
915    
916    for (TagHeaderEntryHT::iterator tag2 = tagHT.begin(); 
917         tag2 != tagHT.end();
918         ++tag2)
919    {
920       elem  = tag2->second;
921       gr = elem->GetGroup();
922       el = elem->GetElement();
923       vr = elem->GetVR(); 
924                  
925       sprintf(trash, "%04x", gr);
926       key = trash;              // generate 'group tag'
927       
928       // if the caller decided not to take SEQUENCEs into account 
929       // e.g : he wants to write an ACR-NEMA File 
930                 
931       if (SkipSequence && vr == "SQ") 
932          continue;
933       
934       // Still unsolved problem :
935       // we cannot find the 'Sequence Delimitation Item'
936       // since it's at the end of the Hash Table
937       // (fffe,e0dd) 
938        
939       // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
940       // WARNING : 
941       // --> la descente a l'interieur' des SQ 
942       // devrait etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
943             
944       if ( groupHt.count(key) == 0) // we just read the first elem of a given group
945       { 
946          if (el == 0x0000) // the first elem is 0x0000
947          {            
948             groupHt[key] = 0;         // initialize group length 
949          } 
950          else 
951          {
952             groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // non 0x0000 first group elem
953          } 
954       } 
955       else // any elem but the first
956       {   
957          if (type == ExplicitVR) 
958          {
959             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) 
960             {
961                groupHt[key] +=  4; // explicit VR AND OB, OW, SQ : 4 more bytes
962             }
963          }
964          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); 
965       } 
966    }
967
968    unsigned short int gr_bid;
969   
970    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); // for each group we found
971         g != groupHt.end();
972         ++g)
973    { 
974       // FIXME: g++ -Wall -Wstrict-prototypes reports on following line:
975       //        warning: unsigned int format, different type arg
976       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
977       tk = g->first + "|0000";                  // generate the element full tag
978                      
979       if ( tagHT.count(tk) == 0) // if element 0x0000 not found
980       {                 
981          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");       
982          elemZ = new gdcmHeaderEntry(tagZ);
983          elemZ->SetLength(4);
984          AddHeaderEntry(elemZ);                         // create it
985       } 
986       else 
987       {
988          elemZ=GetHeaderEntryByNumber(gr_bid, 0x0000);
989       }     
990       sprintf(trash ,"%d",g->second);
991       str_trash=trash;
992       elemZ->SetValue(str_trash);
993    }   
994 }
995
996 /**
997  * \ingroup gdcmParser
998  * \brief   writes on disc according to the requested format
999  * \        (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image
1000  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
1001  * \         it's up to the user doing it !
1002  * \         (function CheckHeaderCoherence to be written)
1003  * \ warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
1004  * \         from an ACR Header (meta elements will be missing!)
1005  * @param   type type of the File to be written 
1006  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
1007  * @param   _fp already open file pointer
1008  */
1009 void gdcmParser::WriteEntries(FileType type, FILE * _fp) 
1010 {
1011    guint16 gr, el;
1012    guint32 lgr;
1013    const char * val;
1014    std::string vr;
1015    guint32 val_uint32;
1016    guint16 val_uint16;
1017    guint16 valZero =0;
1018    void *voidArea;
1019    std::vector<std::string> tokens;
1020    
1021    // TODO : function CheckHeaderCoherence to be written
1022    
1023    //  uses now listEntries to iterate, not TagHt!
1024    //
1025    //        pb : gdcmParser.Add does NOT update listEntries
1026    //       TODO : find a trick (in STL?) to do it, at low cost !
1027
1028    void *ptr;
1029       
1030    // TODO (?) tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
1031    int compte =0;
1032    
1033    for (ListTag::iterator tag2=listEntries.begin();
1034         tag2 != listEntries.end();
1035         ++tag2)
1036    {
1037       gr =  (*tag2)->GetGroup();
1038       el =  (*tag2)->GetElement();
1039       lgr = (*tag2)->GetReadLength();
1040       val = (*tag2)->GetValue().c_str();
1041       vr =  (*tag2)->GetVR();
1042       voidArea = (*tag2)->GetVoidArea();
1043       
1044       if ( type == ACR ) 
1045       { 
1046          if (gr < 0x0008)   continue; // ignore pure DICOM V3 groups
1047          if (gr %2)         continue; // ignore shadow groups
1048          if (vr == "SQ" )   continue; // ignore Sequences
1049                    // TODO : find a trick to *skip* the SeQuences !
1050                    // Not only ignore the SQ element
1051          if (gr == 0xfffe ) continue; // ignore delimiters
1052       } 
1053
1054       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
1055       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
1056       
1057       // === Deal with the length
1058       //     --------------------
1059       
1060       // if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) // ?!?  < 2  
1061       if ( (type == ExplicitVR) || (type == DICOMDIR) )      
1062       {
1063          // EXPLICIT VR
1064          guint16 z=0, shortLgr;
1065          if (vr == "Unknown") { // Unknown was 'written'         
1066             shortLgr=lgr;
1067             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1068             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1069          } else {        
1070             if (gr != 0xfffe) { // NO value for 'delimiters'
1071               if (vr == "Unknown") // Unknown was 'written'
1072                  fwrite(&z,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1073               else       
1074                  fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1075             }
1076          
1077             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") || gr == 0xfffe) // JPR
1078             {
1079                if (gr != 0xfffe)
1080                   fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1081                fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1082             } 
1083             else 
1084             {
1085                shortLgr=lgr;
1086                fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1087             }
1088          }
1089       } 
1090       else // IMPLICIT VR 
1091       { 
1092          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1093       }
1094       
1095       // === Deal with the value
1096       //     -------------------
1097       if (vr == "SQ")  continue; // no "value" to write for the SEQuences
1098       if (gr == 0xfffe)continue;
1099       
1100       if (voidArea != NULL) { // there is a 'non string' LUT, overlay, etc
1101          fwrite ( voidArea,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
1102          continue;            
1103       }
1104       
1105       if (vr == "US" || vr == "SS") 
1106       {
1107          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1108          Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
1109          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1110          {
1111             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
1112             ptr = &val_uint16;
1113             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
1114          }
1115          tokens.clear();
1116          continue;
1117       }
1118       if (vr == "UL" || vr == "SL") 
1119       {
1120          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1121          Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
1122          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1123          {
1124             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
1125             ptr = &val_uint32;
1126             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
1127          }
1128          tokens.clear();
1129          continue;
1130       } 
1131           
1132       // Pixels are never loaded in the element !
1133       // we stop writting when Pixel are processed
1134       // FIX : we loose trailing elements (RAB, right now)           
1135             
1136       if ((gr == GrPixel) && (el == NumPixel) ) {
1137          compte++;
1138          if (compte == countGrPixel) // we passed *all* the GrPixel,NumPixel   
1139             break;
1140       }       
1141       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
1142    }
1143 }
1144
1145 /**
1146  * \ingroup gdcmParser
1147  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1148  *          processor order.
1149  * @return  The properly swaped 32 bits integer.
1150  */
1151 guint32 gdcmParser::SwapLong(guint32 a) {
1152    switch (sw) {
1153       case    0 :
1154          break;
1155       case 4321 :
1156          a=( ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000) | 
1157              ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
1158          break;
1159    
1160       case 3412 :
1161          a=( ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
1162          break;
1163    
1164       case 2143 :
1165          a=( ((a<<8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
1166          break;
1167       default :
1168          dbg.Error(" gdcmParser::SwapLong : unset swap code");
1169          a=0;
1170    }
1171    return(a);
1172 }
1173
1174 /**
1175  * \ingroup gdcmParser
1176  * \brief   Unswaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1177  *          processor order.
1178  * @return  The properly unswaped 32 bits integer.
1179  */
1180 guint32 gdcmParser::UnswapLong(guint32 a) {
1181    return (SwapLong(a));
1182 }
1183
1184 /**
1185  * \ingroup gdcmParser
1186  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
1187  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
1188  */
1189 guint16 gdcmParser::SwapShort(guint16 a) {
1190    if ( (sw==4321)  || (sw==2143) )
1191       a =(((a<<8) & 0x0ff00) | ((a>>8)&0x00ff));
1192    return (a);
1193 }
1194
1195 /**
1196  * \ingroup gdcmParser
1197  * \brief   Unswaps the bytes so they agree with the processor order
1198  * @return  The properly unswaped 16 bits integer.
1199  */
1200 guint16 gdcmParser::UnswapShort(guint16 a) {
1201    return (SwapShort(a));
1202 }
1203
1204 //-----------------------------------------------------------------------------
1205 // Private
1206 /**
1207  * \ingroup gdcmParser
1208  * \brief   Parses the header of the file but WITHOUT loading element values.
1209  * @return  false if file is not ACR-NEMA / DICOM
1210  */
1211 bool gdcmParser::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
1212    
1213    rewind(fp);
1214    if (!CheckSwap())
1215       return false;
1216       
1217    gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry = (gdcmHeaderEntry *)0;   
1218    while ( (newHeaderEntry = ReadNextHeaderEntry()) ) {
1219      SkipHeaderEntry(newHeaderEntry);
1220      if ( (ignoreShadow==0) || (newHeaderEntry->GetGroup()%2) == 0) { 
1221         AddHeaderEntry(newHeaderEntry); 
1222      }       
1223    }
1224    return true;
1225 }
1226
1227 /**
1228  * \ingroup gdcmParser
1229  * \brief   Loads the element values of all the Header Entries pointed in the
1230  *          public Chained List.
1231  */
1232 void gdcmParser::LoadHeaderEntries(void) {
1233    rewind(fp);
1234    for (ListTag::iterator i = GetListEntry().begin();
1235       i != GetListEntry().end();
1236       ++i)
1237    {
1238       LoadHeaderEntry(*i);
1239    }
1240             
1241    rewind(fp);
1242
1243    // Load 'non string' values   
1244    std::string PhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);   
1245    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
1246       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT   
1247       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
1248       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
1249       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
1250       
1251       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1221);  // Segmented Red   Palette Color LUT Data
1252       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1222);  // Segmented Green Palette Color LUT Data
1253       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1223);  // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
1254    } 
1255    //FIXME : how to use it?
1256    LoadEntryVoidArea(0x0028,0x3006);  //LUT Data (CTX dependent)     
1257    
1258    // --------------------------------------------------------------
1259    // Special Patch to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
1260    //
1261    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
1262    // we switch lineNumber and columnNumber
1263    //
1264    std::string RecCode; 
1265    RecCode = GetEntryByNumber(0x0008, 0x0010); // recognition code
1266    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
1267        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." ) 
1268    {
1269          filetype = ACR_LIBIDO; 
1270          std::string rows    = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
1271          std::string columns = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
1272          SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
1273          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
1274    }
1275    // ----------------- End of Special Patch ----------------
1276 }
1277
1278 /**
1279  * \ingroup       gdcmParser
1280  * \brief         Loads the element content if its length doesn't exceed
1281  *                the value specified with gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry()
1282  * @param         Entry Header Entry (Dicom Element) to be dealt with
1283  */
1284 void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
1285    size_t item_read;
1286    guint16 group  = Entry->GetGroup();
1287    std::string  vr= Entry->GetVR();
1288    guint32 length = Entry->GetLength();
1289    bool SkipLoad  = false;
1290
1291    fseek(fp, (long)Entry->GetOffset(), SEEK_SET);
1292    
1293    // the test was commented out to 'go inside' the SeQuences
1294    // we don't any longer skip them !
1295     
1296    // if( vr == "SQ" )  //  (DO NOT remove this comment)
1297    //    SkipLoad = true;
1298
1299    // A SeQuence "contains" a set of Elements.  
1300    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
1301    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
1302    //          (fffe e0dd) tells us the current SeQuence just ended
1303    if( group == 0xfffe )
1304       SkipLoad = true;
1305
1306    if ( SkipLoad ) {
1307       Entry->SetLength(0);
1308       Entry->SetValue("gdcm::Skipped");
1309       return;
1310    }
1311
1312    // When the length is zero things are easy:
1313    if ( length == 0 ) {
1314       Entry->SetValue("");
1315       return;
1316    }
1317
1318    // The elements whose length is bigger than the specified upper bound
1319    // are not loaded. Instead we leave a short notice of the offset of
1320    // the element content and it's length.
1321    if (length > MaxSizeLoadEntry) {
1322       std::ostringstream s;
1323       s << "gdcm::NotLoaded.";
1324       s << " Address:" << (long)Entry->GetOffset();
1325       s << " Length:"  << Entry->GetLength();
1326       s << " x(" << std::hex << Entry->GetLength() << ")";
1327       Entry->SetValue(s.str());
1328       return;
1329    }
1330    
1331    // When integer(s) are expected, read and convert the following 
1332    // n *(two or four bytes)
1333    // properly i.e. as integers as opposed to strings.  
1334    // Elements with Value Multiplicity > 1
1335    // contain a set of integers (not a single one) 
1336         
1337    // Any compacter code suggested (?)
1338    if ( IsHeaderEntryAnInteger(Entry) ) {   
1339       guint32 NewInt;
1340       std::ostringstream s;
1341       int nbInt;
1342       if (vr == "US" || vr == "SS") {
1343          nbInt = length / 2;
1344          NewInt = ReadInt16();
1345          s << NewInt;
1346          if (nbInt > 1){
1347             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
1348                s << '\\';
1349                NewInt = ReadInt16();
1350                s << NewInt;
1351             }
1352          }                      
1353       }
1354       else if (vr == "UL" || vr == "SL") {
1355          nbInt = length / 4;
1356          NewInt = ReadInt32();
1357          s << NewInt;
1358          if (nbInt > 1) {
1359             for (int i=1; i < nbInt; i++) {
1360                s << '\\';
1361                NewInt = ReadInt32();
1362                s << NewInt;
1363             }
1364          }
1365       }
1366 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1367       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1368 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1369
1370       Entry->SetValue(s.str());
1371       return;   
1372    }
1373    
1374    // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
1375    std::string NewValue(length,0);
1376    item_read = fread(&(NewValue[0]), (size_t)length, (size_t)1, fp);
1377    if ( item_read != 1 ) {
1378       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::LoadElementValue","unread element value");
1379       Entry->SetValue("gdcm::UnRead");
1380       return;
1381    }
1382
1383    if( (vr == "UI") ) // Because of correspondance with the VR dic
1384       Entry->SetValue(NewValue.c_str()); // ??? JPR ???
1385    else
1386       Entry->SetValue(NewValue);
1387 }
1388
1389 /**
1390  * \ingroup gdcmParser
1391  * \brief   add a new Dicom Element pointer to 
1392  *          the H Table and to the chained List
1393  * \warning push_bash in listEntries ONLY during ParseHeader
1394  * \TODO    something to allow further Elements addition,
1395  * \        when position to be taken care of     
1396  * @param   newHeaderEntry
1397  */
1398 void gdcmParser::AddHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry) {
1399    tagHT.insert( PairHT( newHeaderEntry->GetKey(),newHeaderEntry) );
1400    listEntries.push_back(newHeaderEntry); 
1401    wasUpdated = 1;
1402 }
1403
1404 /**
1405  * \ingroup gdcmParser
1406  * \brief   
1407  * @param   Entry Header Entry whose length of the value shall be loaded. 
1408
1409  * @return 
1410  */
1411  void gdcmParser::FindHeaderEntryLength (gdcmHeaderEntry *Entry) {
1412    guint16 element = Entry->GetElement();
1413    guint16 group   = Entry->GetGroup();
1414    std::string  vr = Entry->GetVR();
1415    guint16 length16;
1416    if( (element == NumPixel) && (group == GrPixel) ) 
1417    {
1418       dbg.SetDebug(-1);
1419       dbg.Verbose(2, "gdcmParser::FindLength: ",
1420                      "we reached (GrPixel,NumPixel)");
1421    }   
1422    
1423    if ( (filetype == ExplicitVR) && (! Entry->IsImplicitVR()) ) 
1424    {
1425       if ( (vr=="OB") || (vr=="OW") || (vr=="SQ") || (vr=="UN") ) 
1426       {
1427          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2001, section
1428          // 7.1.2 Data element structure with explicit vr p27) must be
1429          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
1430          fseek(fp, 2L, SEEK_CUR);
1431          guint32 length32 = ReadInt32();
1432
1433          if ( (vr == "OB") && (length32 == 0xffffffff) ) 
1434          {
1435             Entry->SetLength(FindHeaderEntryLengthOB());
1436             return;
1437          }
1438          FixHeaderEntryFoundLength(Entry, length32); 
1439          return;
1440       }
1441
1442       // Length is encoded on 2 bytes.
1443       length16 = ReadInt16();
1444       
1445       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
1446       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
1447       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
1448       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
1449       // (at least) two strategies:
1450       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
1451       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
1452       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
1453       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
1454       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
1455       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
1456       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
1457       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
1458       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
1459       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
1460       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
1461       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
1462       //   encounter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
1463       //   found a group with big endian encoding.
1464       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
1465       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
1466       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
1467       // add an additional check: we look in the already parsed elements
1468       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
1469       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
1470       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
1471       // big endian and proceed...
1472       if ( (element  == 0x0000) && (length16 == 0x0400) ) 
1473       {
1474          if ( ! IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() ) 
1475          {
1476             dbg.Verbose(0, "gdcmParser::FindLength", "not explicit VR");
1477             errno = 1;
1478             return;
1479          }
1480          length16 = 4;
1481          SwitchSwapToBigEndian();
1482          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
1483          // and the dictionary entry depending on them.
1484          guint16 CorrectGroup   = SwapShort(Entry->GetGroup());
1485          guint16 CorrectElem    = SwapShort(Entry->GetElement());
1486          gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(CorrectGroup,
1487                                                        CorrectElem);
1488          if (!NewTag) 
1489          {
1490             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
1491             NewTag = NewVirtualDictEntry(CorrectGroup, CorrectElem);
1492          }
1493          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
1494          // left unreferenced.
1495          Entry->SetDictEntry(NewTag);
1496       }
1497        
1498       // Heuristic: well some files are really ill-formed.
1499       if ( length16 == 0xffff) 
1500       {
1501          length16 = 0;
1502          //dbg.Verbose(0, "gdcmParser::FindLength",
1503          //            "Erroneous element length fixed.");
1504          // Actually, length= 0xffff means that we deal with
1505          // Unknown Sequence Length 
1506       }
1507
1508       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, (guint32)length16);
1509       return;
1510    }
1511    else
1512    {
1513       // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see not below) explicit
1514       // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
1515       // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
1516       // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
1517       // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
1518       // Length is on 4 bytes.
1519       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, ReadInt32());
1520       return;
1521    }
1522 }
1523
1524 /**
1525  * \ingroup   gdcmParser
1526  * \brief     Find the Value Representation of the current Dicom Element.
1527  * @param     Entry
1528  */
1529 void gdcmParser::FindHeaderEntryVR( gdcmHeaderEntry *Entry) 
1530 {
1531    if (filetype != ExplicitVR)
1532       return;
1533
1534    char VR[3];
1535    int lgrLue;
1536
1537    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1538    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
1539    // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
1540    // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
1541    // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
1542    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
1543    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
1544    // the case.
1545    
1546    lgrLue=fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp);
1547    VR[2]=0;
1548    if(!CheckHeaderEntryVR(Entry,VR))
1549    {
1550       fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1551       // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
1552       // the semantics (see the usage of IsAnInteger), the VR proposed by the
1553       // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
1554       // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
1555       // avoid  .
1556       if ( Entry->IsVRUnknown() )
1557          Entry->SetVR("Implicit");
1558       Entry->SetImplicitVR();
1559    }
1560 }
1561
1562 /**
1563  * \ingroup   gdcmParser
1564  * \brief     Check the correspondance between the VR of the header entry
1565  *            and the taken VR. If they are different, the header entry is 
1566  *            updated with the new VR.
1567  * @param     Entry
1568  * @param     VR
1569  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
1570  *            otherwise, it returns true
1571 */
1572 bool gdcmParser::CheckHeaderEntryVR(gdcmHeaderEntry *Entry, VRKey vr)
1573 {
1574    char msg[100]; // for sprintf
1575    bool RealExplicit = true;
1576
1577    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
1578    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
1579    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
1580    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
1581    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
1582    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
1583    // we hit falsely explicit VR tag.
1584
1585    if ( (!isalpha(vr[0])) && (!isalpha(vr[1])) )
1586       RealExplicit = false;
1587
1588    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
1589    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
1590    // of parsing or only in debug mode.
1591    if ( RealExplicit && !gdcmGlobal::GetVR()->Count(vr) )
1592       RealExplicit= false;
1593
1594    if ( !RealExplicit ) 
1595    {
1596       // We thought this was explicit VR, but we end up with an
1597       // implicit VR tag. Let's backtrack.   
1598       sprintf(msg,"Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n", 
1599                    Entry->GetGroup(),Entry->GetElement());
1600       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindVR: ",msg);
1601
1602       return(false);
1603    }
1604
1605    if ( Entry->IsVRUnknown() ) 
1606    {
1607       // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the VR.
1608       Entry->SetVR(vr);
1609    }
1610    else if ( Entry->GetVR() != vr ) 
1611    {
1612       // The VR present in the file and the dictionary disagree. We assume
1613       // the file writer knew best and use the VR of the file. Since it would
1614       // be unwise to overwrite the VR of a dictionary (since it would
1615       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
1616       // and change the VR for the read one.
1617       gdcmDictEntry* NewEntry = NewVirtualDictEntry(
1618                                  Entry->GetGroup(),Entry->GetElement(),
1619                                  vr,"FIXME",Entry->GetName());
1620       Entry->SetDictEntry(NewEntry);
1621    }
1622    return(true); 
1623 }
1624
1625 /**
1626  * \ingroup gdcmParser
1627  * \brief   Get the transformed value of the header entry. The VR value 
1628  *          is used to define the transformation to operate on the value
1629  * \warning NOT end user intended method !
1630  * @param   Entry 
1631  * @return  Transformed entry value
1632  */
1633 std::string gdcmParser::GetHeaderEntryValue(gdcmHeaderEntry *Entry)
1634 {
1635    if ( (IsHeaderEntryAnInteger(Entry)) && (Entry->IsImplicitVR()) )
1636    {
1637       std::string val=Entry->GetValue();
1638       std::string vr=Entry->GetVR();
1639       guint32 length = Entry->GetLength();
1640       std::ostringstream s;
1641       int nbInt;
1642
1643       if (vr == "US" || vr == "SS")
1644       {
1645          guint16 NewInt16;
1646
1647          nbInt = length / 2;
1648          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
1649          {
1650             if(i!=0)
1651                s << '\\';
1652             NewInt16 = (val[2*i+0]&0xFF)+((val[2*i+1]&0xFF)<<8);
1653             NewInt16 = SwapShort(NewInt16);
1654             s << NewInt16;
1655          }
1656       }
1657
1658       else if (vr == "UL" || vr == "SL")
1659       {
1660          guint32 NewInt32;
1661
1662          nbInt = length / 4;
1663          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
1664          {
1665             if(i!=0)
1666                s << '\\';
1667             NewInt32= (val[4*i+0]&0xFF)+((val[4*i+1]&0xFF)<<8)+
1668                      ((val[4*i+2]&0xFF)<<16)+((val[4*i+3]&0xFF)<<24);
1669             NewInt32=SwapLong(NewInt32);
1670             s << NewInt32;
1671          }
1672       }
1673
1674 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1675       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1676 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1677       return(s.str());
1678    }
1679
1680    return(Entry->GetValue());
1681 }
1682
1683 /**
1684  * \ingroup gdcmParser
1685  * \brief   Get the reverse transformed value of the header entry. The VR 
1686  *          value is used to define the reverse transformation to operate on
1687  *          the value
1688  * \warning NOT end user intended method !
1689  * @param   Entry 
1690  * @return  Reverse transformed entry value
1691  */
1692 std::string gdcmParser::GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *Entry)
1693 {
1694    if ( (IsHeaderEntryAnInteger(Entry)) && (Entry->IsImplicitVR()) )
1695    {
1696       std::string vr=Entry->GetVR();
1697       std::ostringstream s;
1698       std::vector<std::string> tokens;
1699
1700       if (vr == "US" || vr == "SS") 
1701       {
1702          guint16 NewInt16;
1703
1704          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1705          Tokenize (Entry->GetValue(), tokens, "\\");
1706          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1707          {
1708             NewInt16 = atoi(tokens[i].c_str());
1709             s<<(NewInt16&0xFF)<<((NewInt16>>8)&0xFF);
1710          }
1711          tokens.clear();
1712       }
1713       if (vr == "UL" || vr == "SL") 
1714       {
1715          guint32 NewInt32;
1716
1717          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
1718          Tokenize (Entry->GetValue(), tokens, "\\");
1719          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
1720          {
1721             NewInt32 = atoi(tokens[i].c_str());
1722             s<<(char)(NewInt32&0xFF)<<(char)((NewInt32>>8)&0xFF)
1723                <<(char)((NewInt32>>16)&0xFF)<<(char)((NewInt32>>24)&0xFF);
1724          }
1725          tokens.clear();
1726       }
1727
1728 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1729       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1730 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1731       return(s.str());
1732    }
1733
1734    return(Entry->GetValue());
1735 }
1736
1737 /**
1738  * \ingroup gdcmParser
1739  * \brief   Skip a given Header Entry 
1740  * \warning NOT end user intended method !
1741  * @param   entry 
1742  */
1743 void gdcmParser::SkipHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *entry) 
1744 {
1745     SkipBytes(entry->GetLength());
1746 }
1747
1748 /**
1749  * \ingroup gdcmParser
1750  * \brief   When the length of an element value is obviously wrong (because
1751  *          the parser went Jabberwocky) one can hope improving things by
1752  *          applying this heuristic.
1753  */
1754 void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 FoundLength) 
1755 {
1756    Entry->SetReadLength(FoundLength); // will be updated only if a bug is found
1757                      
1758    if ( FoundLength == 0xffffffff) {
1759       FoundLength = 0;
1760    }
1761    
1762    guint16 gr =Entry->GetGroup();
1763    guint16 el =Entry->GetElement(); 
1764      
1765    if (FoundLength%2) {
1766       std::cout << "Warning : Tag with uneven length " << FoundLength 
1767          <<  "in x(" << std::hex << gr << "," << el <<")" << std::endl;
1768    }
1769       
1770    // Sorry for the patch!  
1771    // XMedCom did the trick to read some nasty GE images ...
1772    if (FoundLength == 13) {
1773       // The following 'if' will be removed when there is no more
1774       // images on Creatis HDs with a 13 length for Manufacturer...
1775       if ( (Entry->GetGroup() != 0x0008) ||  
1776            ( (Entry->GetElement() != 0x0070) && (Entry->GetElement() != 0x0080) ) ){
1777       // end of remove area
1778          FoundLength =10;
1779          Entry->SetReadLength(10); // a bug is to be fixed
1780       }
1781    }
1782
1783    // to fix some garbage 'Leonardo' Siemens images
1784    // May be commented out to avoid overhead
1785    else if ( (Entry->GetGroup() == 0x0009) &&
1786        ( (Entry->GetElement() == 0x1113) || (Entry->GetElement() == 0x1114) ) ){
1787       FoundLength =4;
1788       Entry->SetReadLength(4); // a bug is to be fixed 
1789    } 
1790    // end of fix
1791          
1792    // to try to 'go inside' SeQuences (with length), and not to skip them        
1793    else if ( Entry->GetVR() == "SQ") 
1794    { 
1795       if (enableSequences)    // only if the user does want to !
1796          FoundLength =0;      // ReadLength is unchanged         
1797    } 
1798     
1799    // a SeQuence Element is beginning                                          
1800    // Let's forget it's length                                                 
1801    // (we want to 'go inside')  
1802
1803    // Pb : *normaly*  fffe|e000 is just a marker, its length *should be* zero
1804    // in gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm we find lengthes as big as 28800
1805    // if we set the length to zero IsHeaderEntryAnInteger() breaks...
1806    // if we don't, we lost 28800 characters from the Header :-(
1807                                                  
1808    else if(Entry->GetGroup() == 0xfffe)
1809    { 
1810                        // sometimes, length seems to be wrong                                      
1811       FoundLength =0;  // some more clever checking to be done !
1812                        // I give up!
1813                        // only  gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
1814                        // causes troubles :-(                                                     
1815    }     
1816     
1817    Entry->SetUsableLength(FoundLength);
1818 }
1819
1820 /**
1821  * \ingroup gdcmParser
1822  * \brief   Apply some heuristics to predict wether the considered 
1823  *          element value contains/represents an integer or not.
1824  * @param   Entry The element value on which to apply the predicate.
1825  * @return  The result of the heuristical predicate.
1826  */
1827 bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
1828    guint16 element = Entry->GetElement();
1829    guint16 group   = Entry->GetGroup();
1830    std::string  vr = Entry->GetVR();
1831    guint32 length  = Entry->GetLength();
1832    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
1833    // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
1834    // able to swap it's element value properly.
1835    if ( element == 0 )  // This is the group length of the group
1836    {  
1837       if (length == 4)
1838          return true;
1839       else 
1840       {
1841          std::ostringstream s;
1842          int filePosition = ftell(fp);
1843          s << "Erroneous Group Length element length  on : (" \
1844            << std::hex << group << " , " << element 
1845            << ") -before- position x(" << filePosition << ")"
1846            << "lgt : " << length;
1847         // These 2 lines commented out : a *very dirty* patch
1848         // to go on PrintHeader'ing gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.
1849         // have a glance at offset  x(8336) ...
1850         // For *regular* headers, the test is useless..
1851         // lets's print a warning message and go on, 
1852         // instead of giving up with an error message
1853         
1854         //std::cout << s.str().c_str() << std::endl;
1855         
1856         // dbg.Error("gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger",
1857         //    s.str().c_str());     
1858       }
1859    }
1860    if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
1861       return true;
1862    
1863    return false;
1864 }
1865
1866 /**
1867  * \ingroup gdcmParser
1868  * \brief   
1869  *
1870  * @return 
1871  */
1872  guint32 gdcmParser::FindHeaderEntryLengthOB(void)  {
1873    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
1874    guint16 g;
1875    guint16 n; 
1876    long PositionOnEntry = ftell(fp);
1877    bool FoundSequenceDelimiter = false;
1878    guint32 TotalLength = 0;
1879    guint32 ItemLength;
1880
1881    while ( ! FoundSequenceDelimiter) 
1882    {
1883       g = ReadInt16();
1884       n = ReadInt16();   
1885       if (errno == 1)
1886          return 0;
1887       TotalLength += 4;  // We even have to decount the group and element 
1888      
1889       if ( g != 0xfffe && g!=0xb00c ) /*for bogus header */ 
1890       {
1891          char msg[100]; // for sprintf. Sorry
1892          sprintf(msg,"wrong group (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",g, g,n);
1893          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindLengthOB: ",msg); 
1894          errno = 1;
1895          return 0;
1896       }
1897       if ( n == 0xe0dd || ( g==0xb00c && n==0x0eb6 ) ) /* for bogus header  */ 
1898          FoundSequenceDelimiter = true;
1899       else if ( n != 0xe000 )
1900       {
1901          char msg[100];  // for sprintf. Sorry
1902          sprintf(msg,"wrong element (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",
1903                       n, g,n);
1904          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindLengthOB: ",msg);
1905          errno = 1;
1906          return 0;
1907       }
1908       ItemLength = ReadInt32();
1909       TotalLength += ItemLength + 4;  // We add 4 bytes since we just read
1910                                       // the ItemLength with ReadInt32                                     
1911       SkipBytes(ItemLength);
1912    }
1913    fseek(fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1914    return TotalLength;
1915 }
1916
1917 /**
1918  * \ingroup gdcmParser
1919  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
1920  * \     (swaps it depending on processor endianity) 
1921  *
1922  * @return read value
1923  */
1924 guint16 gdcmParser::ReadInt16(void) {
1925    guint16 g;
1926    size_t item_read;
1927    item_read = fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, fp);
1928    if ( item_read != 1 ) {
1929       if(ferror(fp)) 
1930          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::ReadInt16", " File Error");
1931       errno = 1;
1932       return 0;
1933    }
1934    errno = 0;
1935    g = SwapShort(g);   
1936    return g;
1937 }
1938
1939 /**
1940  * \ingroup gdcmParser
1941  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
1942  * \       (swaps it depending on processor endianity)  
1943  *
1944  * @return read value
1945  */
1946 guint32 gdcmParser::ReadInt32(void) {
1947    guint32 g;
1948    size_t item_read;
1949    item_read = fread (&g, (size_t)4,(size_t)1, fp);
1950    if ( item_read != 1 ) { 
1951      if(ferror(fp)) 
1952          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::ReadInt32", " File Error");   
1953       errno = 1;
1954       return 0;
1955    }
1956    errno = 0;   
1957    g = SwapLong(g);
1958    return g;
1959 }
1960
1961 /**
1962  * \ingroup gdcmParser
1963  * \brief   
1964  *
1965  * @return 
1966  */
1967 void gdcmParser::SkipBytes(guint32 NBytes) {
1968    //FIXME don't dump the returned value
1969    (void)fseek(fp, (long)NBytes, SEEK_CUR);
1970 }
1971
1972 /**
1973  * \ingroup gdcmParser
1974  * \brief   
1975  */
1976 void gdcmParser::Initialise(void) 
1977 {
1978    RefPubDict = gdcmGlobal::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
1979    RefShaDict = (gdcmDict*)0;
1980 }
1981
1982 /**
1983  * \ingroup gdcmParser
1984  * \brief   Discover what the swap code is (among little endian, big endian,
1985  *          bad little endian, bad big endian).
1986  *          sw is set
1987  * @return false when we are absolutely sure 
1988  *               it's neither ACR-NEMA nor DICOM
1989  *         true  when we hope ours assuptions are OK
1990  */
1991 bool gdcmParser::CheckSwap() {
1992
1993    // The only guaranted way of finding the swap code is to find a
1994    // group tag since we know it's length has to be of four bytes i.e.
1995    // 0x00000004. Finding the swap code in then straigthforward. Trouble
1996    // occurs when we can't find such group...
1997    
1998    guint32  x=4;  // x : for ntohs
1999    bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
2000    guint32  s32;
2001    guint16  s16;
2002        
2003    int lgrLue;
2004    char *entCur;
2005    char deb[HEADER_LENGTH_TO_READ];
2006     
2007    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
2008    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
2009    if (x==ntohs(x))
2010       net2host = true;
2011    else
2012       net2host = false; 
2013          
2014    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
2015    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
2016    lgrLue = fread(deb, 1, HEADER_LENGTH_TO_READ, fp);
2017    
2018    entCur = deb + 128;
2019    if(memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0) {
2020       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
2021       
2022       // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
2023       // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL" 
2024       // - or "OB" if the 1st one is (0002,0001) -,
2025       // in which case we (almost) know it is explicit VR.
2026       // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
2027       // is the length of the group. If this ascii representation of this
2028       // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
2029       // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
2030       // element value (or a couple of elements values) in order to make
2031       // sure we are not commiting a big mistake.
2032       // We need to skip :
2033       // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
2034       // * the 4 bytes of "DICM" string,
2035       // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),or (0002, 0001)
2036       // i.e. a total of  136 bytes.
2037       entCur = deb + 136;
2038      
2039       // FIXME : FIXME:
2040       // Sometimes (see : gdcmData/icone.dcm) group 0x0002 *is* Explicit VR,
2041       // but elem 0002,0010 (Transfert Syntax) tells us the file is *Implicit* VR.
2042       // -and it is !- 
2043       
2044       if( (memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) ||
2045           (memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0) ||
2046           (memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0) ||       
2047           (memcmp(entCur, "CS", (size_t)2) == 0) )  // CS, to remove later
2048                                                     // when Write DCM *adds*
2049       // FIXME
2050       // Use gdcmParser::dicom_vr to test all the possibilities
2051       // instead of just checking for UL, OB and UI !?                                              // group 0000 
2052                                                      
2053       {
2054          filetype = ExplicitVR;
2055          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2056                      "explicit Value Representation");
2057       } 
2058       else 
2059       {
2060          filetype = ImplicitVR;
2061          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2062                      "not an explicit Value Representation");
2063       }
2064       
2065       if (net2host) 
2066       {
2067          sw = 4321;
2068          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2069                         "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
2070       } 
2071       else 
2072       {
2073          sw = 0;
2074          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
2075                         "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
2076       }
2077       
2078       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
2079       // after the file preamble and the "DICM" string).
2080       rewind(fp);
2081       fseek (fp, 132L, SEEK_SET);
2082       return true;
2083    } // End of DicomV3
2084
2085    // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
2086    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
2087    // is (i.e. the beginning of the file).
2088    dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
2089    rewind(fp);
2090
2091    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
2092    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
2093    // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
2094    // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
2095
2096    entCur = deb + 4;
2097    // We assume the array of char we are considering contains the binary
2098    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
2099    // trick :
2100    s32 = *((guint32 *)(entCur));
2101       
2102    switch (s32) {
2103       case 0x00040000 :
2104          sw = 3412;
2105          filetype = ACR;
2106          return true;
2107       case 0x04000000 :
2108          sw = 4321;
2109          filetype = ACR;
2110          return true;
2111       case 0x00000400 :
2112          sw = 2143;
2113          filetype = ACR;
2114          return true;
2115       case 0x00000004 :
2116          sw = 0;
2117          filetype = ACR;
2118          return true;
2119       default :
2120          
2121       // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
2122       // It is time for despaired wild guesses. 
2123       // So, let's check if this file wouldn't happen to be 'dirty' ACR/NEMA,
2124       //  i.e. the 'group length' element is not present :     
2125       
2126       //  check the supposed to be 'group number'
2127       //  0x0002 or 0x0004 or 0x0008
2128       //  to determine ' sw' value .
2129       //  Only 0 or 4321 will be possible 
2130       //  (no oportunity to check for the formerly well known
2131       //  ACR-NEMA 'Bad Big Endian' or 'Bad Little Endian' 
2132       //  if unsuccessfull (i.e. neither 0x0002 nor 0x0200 etc -4, 8-) 
2133       //  the file IS NOT ACR-NEMA nor DICOM V3
2134       //  Find a trick to tell it the caller...
2135       
2136       s16 = *((guint16 *)(deb));
2137       
2138       switch (s16) {
2139       case 0x0002 :
2140       case 0x0004 :
2141       case 0x0008 :      
2142          sw = 0;
2143          filetype = ACR;
2144          return true;
2145       case 0x0200 :
2146       case 0x0400 :
2147       case 0x0800 : 
2148          sw = 4321;
2149          filetype = ACR;
2150          return true;
2151       default :
2152          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::CheckSwap:",
2153                      "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)"); 
2154          filetype = Unknown;     
2155          return false;
2156       }
2157          
2158       // Then the only info we have is the net2host one.         
2159          //if (! net2host )
2160          //   sw = 0;
2161          //else
2162          //  sw = 4321;
2163          //return;                      
2164    }
2165 }
2166
2167 /**
2168  * \ingroup gdcmParser
2169  * \brief   
2170  */
2171 void gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian(void) 
2172 {
2173    dbg.Verbose(1, "gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian",
2174                   "Switching to BigEndian mode.");
2175    if ( sw == 0    ) 
2176    {
2177       sw = 4321;
2178       return;
2179    }
2180    if ( sw == 4321 ) 
2181    {
2182       sw = 0;
2183       return;
2184    }
2185    if ( sw == 3412 ) 
2186    {
2187       sw = 2143;
2188       return;
2189    }
2190    if ( sw == 2143 )
2191       sw = 3412;
2192 }
2193
2194 /**
2195  * \ingroup gdcmParser
2196  * \brief   
2197  * @param NewSize
2198  */
2199 void gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry(long NewSize) 
2200 {
2201    if (NewSize < 0)
2202       return;
2203    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) 
2204    {
2205       MaxSizeLoadEntry = 0xffffffff;
2206       return;
2207    }
2208    MaxSizeLoadEntry = NewSize;
2209 }
2210
2211
2212 /**
2213  * \ingroup gdcmParser
2214  * \brief
2215  * \warning TODO : not yet usable 
2216  *          (see MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE 
2217  *           in gdcmHeaderEntry gdcmLoadEntry)
2218  *             
2219  * @param NewSize
2220  */
2221 void gdcmParser::SetMaxSizePrintEntry(long NewSize) 
2222 {
2223    if (NewSize < 0)
2224       return;
2225    if ((guint32)NewSize >= (guint32)0xffffffff) 
2226    {
2227       MaxSizePrintEntry = 0xffffffff;
2228       return;
2229    }
2230    MaxSizePrintEntry = NewSize;
2231 }
2232
2233 /**
2234  * \ingroup gdcmParser
2235  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
2236  *          exist) for the presence of the DictEntry with given name.
2237  *          The public dictionary has precedence on the shadow one.
2238  * @param   Name name of the searched DictEntry
2239  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
2240  */
2241 gdcmDictEntry *gdcmParser::GetDictEntryByName(std::string Name) 
2242 {
2243    gdcmDictEntry *found = (gdcmDictEntry *)0;
2244    if (!RefPubDict && !RefShaDict) 
2245    {
2246       dbg.Verbose(0, "gdcmParser::GetDictEntry",
2247                      "we SHOULD have a default dictionary");
2248    }
2249    if (RefPubDict) 
2250    {
2251       found = RefPubDict->GetDictEntryByName(Name);
2252       if (found)
2253          return found;
2254    }
2255    if (RefShaDict) 
2256    {
2257       found = RefShaDict->GetDictEntryByName(Name);
2258       if (found)
2259          return found;
2260    }
2261    return found;
2262 }
2263
2264 /**
2265  * \ingroup gdcmParser
2266  * \brief   Searches both the public and the shadow dictionary (when they
2267  *          exist) for the presence of the DictEntry with given
2268  *          group and element. The public dictionary has precedence on the
2269  *          shadow one.
2270  * @param   group   group of the searched DictEntry
2271  * @param   element element of the searched DictEntry
2272  * @return  Corresponding DictEntry when it exists, NULL otherwise.
2273  */
2274 gdcmDictEntry *gdcmParser::GetDictEntryByNumber(guint16 group,guint16 element) 
2275 {
2276    gdcmDictEntry *found = (gdcmDictEntry *)0;
2277    if (!RefPubDict && !RefShaDict) 
2278    {
2279       dbg.Verbose(0, "gdcmParser::GetDictEntry",
2280                      "we SHOULD have a default dictionary");
2281    }
2282    if (RefPubDict) 
2283    {
2284       found = RefPubDict->GetDictEntryByNumber(group, element);
2285       if (found)
2286          return found;
2287    }
2288    if (RefShaDict) 
2289    {
2290       found = RefShaDict->GetDictEntryByNumber(group, element);
2291       if (found)
2292          return found;
2293    }
2294    return found;
2295 }
2296
2297 /**
2298  * \ingroup gdcmParser
2299  * \brief   Read the next tag but WITHOUT loading it's value
2300  * @return  On succes the newly created HeaderEntry, NULL on failure.      
2301  */
2302 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::ReadNextHeaderEntry(void) {
2303    guint16 g,n;
2304    gdcmHeaderEntry *NewEntry;
2305    
2306    g = ReadInt16();
2307    n = ReadInt16();
2308       
2309    if (errno == 1)
2310       // We reached the EOF (or an error occured) therefore 
2311       // header parsing has to be considered as finished.
2312       return (gdcmHeaderEntry *)0;
2313
2314 /*  Pb : how to propagate the element length (used in SkipHeaderEntry)
2315 //       direct call to SkipBytes ?
2316    
2317    if (ignoreShadow == 1 && g%2 ==1)  //JPR
2318       // if user wants to skip shadow groups
2319       // and current element *is* a shadow element
2320       // we don't create anything
2321       return (gdcmHeaderEntry *)1; // to tell caller it's NOT finished
2322 */   
2323    NewEntry = NewHeaderEntryByNumber(g, n);
2324    FindHeaderEntryVR(NewEntry);
2325    FindHeaderEntryLength(NewEntry);
2326         
2327    if (errno == 1) {
2328       // Call it quits
2329       return NULL;
2330    }
2331    NewEntry->SetOffset(ftell(fp));  
2332    return NewEntry;
2333 }
2334
2335 /**
2336  * \ingroup gdcmParser
2337  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments. 
2338  *          Check for existence of dictionary entry, and build
2339  *          a default one when absent.
2340  * @param   Name    Name of the underlying DictEntry
2341  */
2342 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewHeaderEntryByName(std::string Name) 
2343 {
2344    gdcmDictEntry *NewTag = GetDictEntryByName(Name);
2345    if (!NewTag)
2346       NewTag = NewVirtualDictEntry(0xffff, 0xffff, "LO", "Unknown", Name);
2347
2348    gdcmHeaderEntry* NewEntry = new gdcmHeaderEntry(NewTag);
2349    if (!NewEntry) 
2350    {
2351       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::ObtainHeaderEntryByName",
2352                   "failed to allocate gdcmHeaderEntry");
2353       return (gdcmHeaderEntry *)0;
2354    }
2355    return NewEntry;
2356 }  
2357
2358 /**
2359  * \ingroup gdcmParser
2360  * \brief   Request a new virtual dict entry to the dict set
2361  * @param   group  group   of the underlying DictEntry
2362  * @param   elem   element of the underlying DictEntry
2363  * @param   vr     VR of the underlying DictEntry
2364  * @param   fourth owner group
2365  * @param   name   english name
2366  */
2367 gdcmDictEntry *gdcmParser::NewVirtualDictEntry(guint16 group, guint16 element,
2368                                                std::string vr,
2369                                                std::string fourth,
2370                                                std::string name)
2371 {
2372    return gdcmGlobal::GetDicts()->NewVirtualDictEntry(group,element,vr,fourth,name);
2373 }
2374
2375 /**
2376  * \ingroup gdcmParser
2377  * \brief   Build a new Element Value from all the low level arguments. 
2378  *          Check for existence of dictionary entry, and build
2379  *          a default one when absent.
2380  * @param   Group group   of the underlying DictEntry
2381  * @param   Elem  element of the underlying DictEntry
2382  */
2383 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewHeaderEntryByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
2384 {
2385    // Find out if the tag we encountered is in the dictionaries:
2386    gdcmDictEntry *DictEntry = GetDictEntryByNumber(Group, Elem);
2387    if (!DictEntry)
2388       DictEntry = NewVirtualDictEntry(Group, Elem);
2389
2390    gdcmHeaderEntry *NewEntry = new gdcmHeaderEntry(DictEntry);
2391    if (!NewEntry) 
2392    {
2393       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::NewHeaderEntryByNumber",
2394                   "failed to allocate gdcmHeaderEntry");
2395       return NULL;
2396    }
2397    return NewEntry;
2398 }
2399
2400 // Never used; commented out, waiting for removal.
2401 /**
2402  * \ingroup gdcmParser
2403  * \brief   Small utility function that creates a new manually crafted
2404  *          (as opposed as read from the file) gdcmHeaderEntry with user
2405  *          specified name and adds it to the public tag hash table.
2406  * \note    A fake TagKey is generated so the PubDict can keep it's coherence.
2407  * @param   NewTagName The name to be given to this new tag.
2408  * @param   VR The Value Representation to be given to this new tag.
2409  * @return  The newly hand crafted Element Value.
2410  */
2411 //gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName, 
2412 //                                                           std::string VR) 
2413 //{
2414 //   gdcmHeaderEntry *NewEntry = NULL;
2415 //   guint32 StuffGroup = 0xffff;   // Group to be stuffed with additional info
2416 //   guint32 FreeElem = 0;
2417 //   gdcmDictEntry *DictEntry = NULL;
2418 //
2419 //   FreeElem = GenerateFreeTagKeyInGroup(StuffGroup);
2420 //   if (FreeElem == UINT32_MAX) 
2421 //   {
2422 //      dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::NewManualHeaderEntryToPubDict",
2423 //                     "Group 0xffff in Public Dict is full");
2424 //      return NULL;
2425 //   }
2426 //
2427 //   DictEntry = NewVirtualDictEntry(StuffGroup, FreeElem,
2428 //                                VR, "GDCM", NewTagName);
2429 //   NewEntry = new gdcmHeaderEntry(DictEntry);
2430 //   AddHeaderEntry(NewEntry);
2431 //   return NewEntry;
2432 //}
2433
2434 /**
2435  * \ingroup gdcmParser
2436  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
2437  *          in the TagHt dictionary.
2438  * @param   group The generated tag must belong to this group.  
2439  * @return  The element of tag with given group which is fee.
2440  */
2441 guint32 gdcmParser::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) 
2442 {
2443    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) 
2444    {
2445       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
2446       if (tagHT.count(key) == 0)
2447          return elem;
2448    }
2449    return UINT32_MAX;
2450 }
2451
2452 //-----------------------------------------------------------------------------