src/gdcmParser.h

   1 // gdcmParser.h
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #ifndef GDCMPARSER_H
   4 #define GDCMPARSER_H
   5
   6 #include "gdcmCommon.h"
   7
   8 #include "gdcmVR.h"
   9 #include "gdcmTS.h"
  10 #include "gdcmException.h"
  11 #include "gdcmDictSet.h"
  12 #include "gdcmHeaderEntry.h"
  13
  14 #include <map>
  15 #include <list>
  16
  17
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------------------
  20 typedef std::string VRKey;
  21 typedef std::string VRAtr;
  22 typedef std::map<VRKey, VRAtr> VRHT;    // Value Representation Hash Table
  23
  24 typedef std::multimap<TagKey, gdcmHeaderEntry *> TagHeaderEntryHT;
  25 typedef std::pair<TagKey, gdcmHeaderEntry *> PairHT;
  26 typedef std::pair<TagHeaderEntryHT::iterator,TagHeaderEntryHT::iterator> IterHT;
  27 /// for linking together the Elements
  28 typedef std::list<gdcmHeaderEntry *> ListTag;
  29
  30 typedef std::string GroupKey;
  31 typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
  32
  33 //-----------------------------------------------------------------------------
  34 /**
  35  * \brief used by both gdcmHeader and gdcmDicomDir
  36  */
  37 class GDCM_EXPORT gdcmParser
  38 {
  39 private:
  40    /// Public dictionary used to parse this header
  41    gdcmDict *RefPubDict;
  42
  43    /// Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse
  44    /// this header
  45    gdcmDict *RefShaDict;
  46
  47    /// Equals 1 if a gdcmHeaderEntry was added post parsing
  48    int wasUpdated;
  49
  50    /// Equals =1 if user wants to skip shadow groups while parsing
  51    /// (to save space)
  52    int ignoreShadow;
  53
  54    /// Size threshold above which an element value will NOT be loaded in
  55    /// memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
  56    /// this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
  57    /// when one considers the definition of the various VR contents).
  58    guint32 MaxSizeLoadEntry;
  59
  60    /// Size threshold above which an element value will NOT be *printed* in
  61    /// order no to polute the screen output. By default, this upper bound
  62    /// is fixed to 64 bytes.
  63    guint32 MaxSizePrintEntry;
  64
  65 protected:
  66    /// Refering underlying filename.
  67    std::string filename;
  68
  69    /// SWap code (e.g. Big Endian, Little Endian, Bad Big Endian,
  70    /// Bad Little Endian) according to the processor Endianity and
  71    /// what is written on disc.
  72    int sw;
  73
  74    /// File Pointer, opened during Header parsing.
  75    FILE *fp;
  76
  77    /// ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
  78    FileType filetype;
  79
  80    /// After opening the file, we read HEADER_LENGTH_TO_READ bytes.
  81    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
  82
  83    /// Elements whose value is longer than MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
  84    /// are NOT loaded.
  85    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
  86
  87    /// Elements whose value is longer than  MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE
  88    /// are NOT printed.
  89    static const unsigned int MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE;
  90
  91    /// Hash Table (multimap), to provide fast access
  92    TagHeaderEntryHT tagHT;
  93
  94    /// Chained list, to keep the 'spacial' ordering
  95    ListTag listEntries;
  96
  97    /// will be set 1 if user asks to 'go inside' the 'sequences' (VR = "SQ")
  98    int enableSequences;
  99
 100    /// Amount of printed details for each Header Entry (Dicom Element):
 101    /// 0 : stands for the least detail level.
 102    int printLevel;
 103
 104 public:
 105
 106
 107 // Print
 108    /// Canonical Printing method (see also gdcmParser::SetPrintLevel)
 109    virtual void Print        (std::ostream &os = std::cout)
 110       {PrintEntry(os);};
 111    virtual void PrintEntry      (std::ostream &os = std::cout);
 112    virtual void PrintEntryNoSQ  (std::ostream &os = std::cout);
 113    // the 2 following will be merged
 114    virtual void PrintEntryNiceSQ(std::ostream &os = std::cout);
 115    virtual void PrintPubDict (std::ostream &os = std::cout);
 116    virtual void PrintShaDict (std::ostream &os = std::cout);
 117
 118 // Dictionnaries
 119    gdcmDict *GetPubDict(void);
 120    gdcmDict *GetShaDict(void);
 121    bool SetShaDict(gdcmDict *dict);
 122    bool SetShaDict(DictKey dictName);
 123
 124 // Informations contained in the parser
 125    virtual bool IsReadable(void);
 126    bool IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
 127    bool IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
 128    bool IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
 129    bool IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void);
 130    FileType GetFileType(void);
 131
 132 // Read (used in gdcmFile, gdcmDicomDir)
 133    FILE *OpenFile(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFileError);
 134    bool CloseFile(void);
 135
 136 // Write (used in gdcmFile, gdcmDicomDir)
 137    virtual bool Write(FILE *, FileType);
 138    virtual void WriteEntryTagVRLength(gdcmHeaderEntry *tag,
 139                                        FILE *_fp, FileType type);
 140    virtual void WriteEntryValue(gdcmHeaderEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
 141    virtual bool WriteEntry(gdcmHeaderEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
 142    virtual bool WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
 143    void WriteEntriesDeprecated(FILE *_fp,FileType type); // JPR
 144
 145    gdcmHeaderEntry * ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value,
 146                                              guint16 Group, guint16 Elem);
 147    bool ReplaceIfExistByNumber (char *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
 148
 149 // System access
 150    guint16 SwapShort(guint16);   // needed by gdcmFile
 151    guint32 SwapLong(guint32);    // needed by gdcmFile
 152    guint16 UnswapShort(guint16); // needed by gdcmFile
 153    guint32 UnswapLong(guint32);  // needed by gdcmFile
 154
 155 protected:
 156    // Constructor and destructor are protected to forbid end user
 157    // to instanciate from this class gdcmParser (only gdcmHeader and
 158    // gdcmDicomDir are meaningfull).
 159    gdcmParser(bool exception_on_error  = false);
 160    gdcmParser(const char *inFilename,
 161               bool  exception_on_error = false,
 162               bool  enable_sequences   = false,
 163               bool  ignore_shadow      = false);
 164    virtual ~gdcmParser(void);
 165 // Entry
 166    int CheckIfEntryExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ); // int !
 167    virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
 168    virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
 169    virtual std::string GetEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 170    virtual std::string GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element);
 171    virtual int     GetEntryLengthByNumber(guint16 group, guint16 element);
 172
 173    virtual bool SetEntryByName  (std::string content, std::string tagName);
 174    virtual bool SetEntryByNumber(std::string content,
 175                                  guint16 group, guint16 element);
 176    virtual bool SetEntryLengthByNumber(guint32 length,
 177                                  guint16 group, guint16 element);
 178
 179    virtual size_t GetEntryOffsetByNumber  (guint16 Group, guint16 Elem);
 180    virtual void  *GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
 181    virtual void  *LoadEntryVoidArea       (guint16 Group, guint16 Element);
 182    virtual bool   SetEntryVoidAreaByNumber(void *a, guint16 Group, guint16 Elem);
 183
 184    virtual void UpdateShaEntries(void);
 185
 186 // Header entry
 187    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 188    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByName    (std::string Name);
 189    IterHT           GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element);
 190 // IterHT           GetHeaderEntrySameName  (std::string Name);
 191
 192    void LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry *);
 193
 194    void UpdateGroupLength(bool SkipSequence = false,
 195                           FileType type = ImplicitVR);
 196
 197    void AddHeaderEntry       (gdcmHeaderEntry *);
 198
 199
 200 private:
 201    // Read
 202    bool ParseHeader(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFormatError);
 203
 204    void LoadHeaderEntries    (void);
 205    void LoadHeaderEntry      (gdcmHeaderEntry *);
 206    void FindHeaderEntryLength(gdcmHeaderEntry *);
 207    void FindHeaderEntryVR    (gdcmHeaderEntry *);
 208    bool CheckHeaderEntryVR   (gdcmHeaderEntry *, VRKey);
 209
 210    std::string GetHeaderEntryValue  (gdcmHeaderEntry *);
 211    std::string GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *);
 212
 213    void SkipHeaderEntry          (gdcmHeaderEntry *);
 214    void FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *, guint32);
 215    bool IsHeaderEntryAnInteger   (gdcmHeaderEntry *);
 216
 217    guint32 FindHeaderEntryLengthOB(void);
 218
 219    guint16 ReadInt16(void);
 220    guint32 ReadInt32(void);
 221    void    SkipBytes(guint32);
 222
 223    void Initialise(void);
 224    bool CheckSwap(void);
 225    void SwitchSwapToBigEndian(void);
 226    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
 227    void SetMaxSizePrintEntry(long);
 228
 229    // DictEntry  related utilities
 230    gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
 231    gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
 232    gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group,
 233                                       guint16 element,
 234                                       std::string vr     = "unkn",
 235                                       std::string fourth = "unkn",
 236                                       std::string name   = "unkn");
 237    //gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(gdcmHeaderEntry *); // never defined
 238
 239    // HeaderEntry related utilities
 240
 241    gdcmHeaderEntry *ReadNextHeaderEntry   (void);
 242    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByNumber(guint16 group,
 243                                            guint16 element);
 244    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByName  (std::string Name);
 245
 246    // Deprecated (Not used) --> commented out
 247    //gdcmHeaderEntry *NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName,
 248    //                                               std::string VR);
 249
 250    guint32 GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group);
 251
 252 public:
 253 // Accessors:
 254    /// Accessor to \ref printLevel
 255    void SetPrintLevel(int level) { printLevel = level; };
 256
 257    /// Accessor to \ref filename
 258    inline std::string GetFileName(void) {return filename;}
 259
 260    /// Accessor to \ref filename
 261    inline void SetFileName(char* fileName) {filename = fileName;}
 262
 263    /// Accessor to \ref gdcmParser::tagHT
 264    inline TagHeaderEntryHT &GetEntry(void) { return tagHT; };
 265
 266    /// Accessor to \ref gdcmParser::listEntries
 267    inline ListTag &GetListEntry(void) { return listEntries; };
 268
 269    /// 'Swap code' accessor (see \ref sw )
 270    inline int GetSwapCode(void) { return sw; }
 271 };
 272
 273 //-----------------------------------------------------------------------------
 274 #endif