src/gdcmParser.h

   1 // gdcmParser.h
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #ifndef GDCMPARSER_H
   4 #define GDCMPARSER_H
   5
   6 #include "gdcmCommon.h"
   7 #include "gdcmVR.h"
   8 #include "gdcmTS.h"
   9 #include "gdcmException.h"
  10 #include "gdcmDictSet.h"
  11 #include "gdcmHeaderEntry.h"
  12
  13 #include <map>
  14 #include <list>       // for linking together *all* the Dicom Elements
  15
  16 //-----------------------------------------------------------------------------
  17 typedef std::string VRKey;
  18 typedef std::string VRAtr;
  19 typedef std::map<VRKey, VRAtr> VRHT;    // Value Representation Hash Table
  20
  21 typedef std::multimap<TagKey, gdcmHeaderEntry *> TagHeaderEntryHT;
  22 typedef std::pair<TagKey, gdcmHeaderEntry *> PairHT;
  23 typedef std::pair<TagHeaderEntryHT::iterator,TagHeaderEntryHT::iterator> IterHT;
  24
  25 typedef std::list<gdcmHeaderEntry *> ListTag; // for linking together the Elements
  26
  27 typedef std::string GroupKey;
  28 typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
  29
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31 /*
  32  * \defgroup gdcmParser
  33  * \brief used by both gdcmHeader and gdcmDicomDir
  34  */
  35 class GDCM_EXPORT gdcmParser
  36 {
  37 public:
  38    gdcmParser(bool exception_on_error  = false);
  39    gdcmParser(const char *filename,
  40               bool  exception_on_error = false,
  41               bool  enable_sequences   = false,
  42               bool  ignore_shadow      = false);
  43    virtual ~gdcmParser(void);
  44
  45 // Print
  46    /**
  47     * \ingroup gdcmParser
  48     * \brief   Sets the print level for the Dicom Header
  49     * \note    0 for Light Print; 1 for 'medium' Print, 2 for Heavy
  50     */
  51    void SetPrintLevel(int level) { printLevel = level; };
  52    virtual void PrintEntry   (std::ostream &os = std::cout);
  53    virtual void PrintPubDict (std::ostream &os = std::cout);
  54    virtual void PrintShaDict (std::ostream &os = std::cout);
  55
  56 // Standard values
  57    inline std::string GetFileName(void) {return filename;}
  58
  59 // Dictionnaries
  60    gdcmDict *GetPubDict(void);
  61    gdcmDict *GetShaDict(void);
  62    bool SetShaDict(gdcmDict *dict);
  63    bool SetShaDict(DictKey dictName);
  64
  65 // Informations contained in the parser
  66    virtual bool IsReadable(void);
  67    bool IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  68    bool IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  69    bool IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  70    bool IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void);
  71    FileType GetFileType(void);
  72
  73 // Entries
  74    /**
  75     * \ingroup gdcmHeader
  76     * \brief   returns a ref to the Dicom Header H table (multimap)
  77     * return the Dicom Header H table
  78     */
  79    inline TagHeaderEntryHT &GetEntry(void) { return tagHT; };
  80
  81    /**
  82     * \ingroup gdcmHeader
  83     * \brief   returns a ref to the Dicom Header chained list
  84     * return the Dicom Header chained list
  85     */
  86    inline ListTag &GetListEntry(void) { return listEntries; };
  87
  88 // Read (used in gdcmFile)
  89    FILE *OpenFile(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFileError);
  90    bool CloseFile(void);
  91
  92 // Write (used in gdcmFile)
  93    virtual bool Write(FILE *, FileType);
  94
  95    bool ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, guint16 Group, guint16 Elem);
  96    bool ReplaceOrCreateByNumber(     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
  97    bool ReplaceIfExistByNumber (     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
  98
  99 // System access
 100    inline int GetSwapCode(void) { return sw; }
 101    guint16 GetGrPixel(void) {return GrPixel;}
 102    guint16 GetNumPixel(void) {return NumPixel;}
 103
 104    guint16 SwapShort(guint16);   // needed by gdcmFile
 105    guint32 SwapLong(guint32);    // needed by gdcmFile
 106    guint16 UnswapShort(guint16); // needed by gdcmFile
 107    guint32 UnswapLong(guint32);  // needed by gdcmFile
 108
 109 protected:
 110 // Entry
 111    int CheckIfEntryExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ); // int !
 112    virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
 113    virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
 114    virtual std::string GetEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 115    virtual std::string GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element);
 116
 117    virtual bool SetEntryByName  (std::string content, std::string tagName);
 118    virtual bool SetEntryByNumber(std::string content, guint16 group, guint16 element);
 119    virtual bool SetEntryLengthByNumber(guint32 l, guint16 group, guint16 element);
 120
 121    virtual size_t GetEntryOffsetByNumber  (guint16 Group, guint16 Elem);
 122    virtual void  *GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
 123    virtual void  *LoadEntryVoidArea       (guint16 Group, guint16 Element);
 124    virtual bool   SetEntryVoidAreaByNumber(void *a, guint16 Group, guint16 Elem);
 125
 126    virtual void UpdateShaEntries(void);
 127
 128 // Header entry
 129    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 130    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByName    (std::string Name);
 131    IterHT           GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element);
 132 // IterHT           GetHeaderEntrySameName  (std::string Name);
 133
 134    void LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry *);
 135
 136    void UpdateGroupLength(bool SkipSequence = false, FileType type = ImplicitVR);
 137    void WriteEntries(FileType type, FILE *);
 138
 139 // Variables
 140    FILE *fp;
 141    FileType filetype; // ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
 142
 143    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
 144    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
 145    static const unsigned int MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE;
 146
 147 protected:
 148    TagHeaderEntryHT tagHT; // H Table (multimap), to provide fast access
 149    ListTag listEntries;    // chained list, to keep the 'spacial' ordering
 150
 151    int enableSequences;
 152    int printLevel;
 153
 154    // For some ACR-NEMA images, it's *not* 7fe0, 0010 ...
 155    guint16 GrPixel;
 156    guint16 NumPixel;
 157    // some files may contain icons; GrPixel,NumPixel appears several times
 158    // Let's remember how many times!
 159    int countGrPixel;
 160
 161 private:
 162    // Read
 163    bool ParseHeader(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFormatError);
 164
 165    void LoadHeaderEntries    (void);
 166    void LoadHeaderEntry      (gdcmHeaderEntry *);
 167    void AddHeaderEntry       (gdcmHeaderEntry *);
 168    void FindHeaderEntryLength(gdcmHeaderEntry *);
 169    void FindHeaderEntryVR    (gdcmHeaderEntry *);
 170    bool CheckHeaderEntryVR   (gdcmHeaderEntry *, VRKey);
 171
 172    std::string GetHeaderEntryValue  (gdcmHeaderEntry *);
 173    std::string GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *);
 174
 175    void SkipHeaderEntry          (gdcmHeaderEntry *);
 176    void FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *, guint32);
 177    bool IsHeaderEntryAnInteger   (gdcmHeaderEntry *);
 178
 179    guint32 FindHeaderEntryLengthOB(void);
 180
 181    guint16 ReadInt16(void);
 182    guint32 ReadInt32(void);
 183    void    SkipBytes(guint32);
 184
 185    void Initialise(void);
 186    bool CheckSwap(void);
 187    void SwitchSwapToBigEndian(void);
 188    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
 189    void SetMaxSizePrintEntry(long);
 190
 191    // DictEntry  related utilities
 192    gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
 193    gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
 194    gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group,
 195                                       guint16 element,
 196                                       std::string vr     = "Unknown",
 197                                       std::string fourth = "Unknown",
 198                                       std::string name   = "Unknown");
 199    gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(gdcmHeaderEntry *);
 200
 201    // HeaderEntry related utilities
 202    gdcmHeaderEntry *ReadNextHeaderEntry   (void);
 203    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByNumber(guint16 group,
 204                                            guint16 element);
 205    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByName  (std::string Name);
 206
 207
 208    // Deprecated (Not used) --> commented out
 209    //gdcmHeaderEntry *NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName,
 210    //                                               std::string VR);
 211    guint32 GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group);
 212
 213    // Refering underlying filename.
 214    std::string filename;
 215
 216    // Public dictionary used to parse this header
 217    gdcmDict *RefPubDict;
 218    // Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse this header
 219    gdcmDict *RefShaDict;
 220
 221    // = 1 if a gdcmHeaderEntry was added post parsing
 222    int wasUpdated;
 223
 224    // =1 if user wants to skip shadow groups while parsing (to save space)
 225    int ignoreShadow;
 226
 227    // Swap code e.g. little, big, bad-big, bad-little endian). Warning:
 228    // this code is not fixed during header parsing.
 229    int sw;
 230
 231    // Size treshold above which an element value will NOT be loaded in
 232    // memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
 233    // this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
 234    // when one considers the definition of the various VR contents).
 235    guint32 MaxSizeLoadEntry;
 236    // Size treshold above which an element value will NOT be *printed* in
 237    // order no to polute the screen output. By default,
 238    // this upper bound is fixed to 64 bytes.
 239    guint32 MaxSizePrintEntry;
 240
 241 };
 242
 243 //-----------------------------------------------------------------------------
 244 #endif