src/gdcmParser.h

   1 // gdcmParser.h
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #ifndef GDCMPARSER_H
   4 #define GDCMPARSER_H
   5
   6 #include "gdcmCommon.h"
   7 #include "gdcmVR.h"
   8 #include "gdcmTS.h"
   9 #include "gdcmException.h"
  10 #include "gdcmDictSet.h"
  11 #include "gdcmHeaderEntry.h"
  12
  13 #include <map>
  14 #include <list>       // for linking together *all* the Dicom Elements
  15
  16 //-----------------------------------------------------------------------------
  17 typedef std::string VRKey;
  18 typedef std::string VRAtr;
  19 typedef std::map<VRKey, VRAtr> VRHT;    // Value Representation Hash Table
  20
  21 typedef std::multimap<TagKey, gdcmHeaderEntry *> TagHeaderEntryHT;
  22 typedef std::pair<TagKey, gdcmHeaderEntry *> PairHT;
  23 typedef std::pair<TagHeaderEntryHT::iterator,TagHeaderEntryHT::iterator> IterHT;
  24
  25 typedef std::list<gdcmHeaderEntry *> ListTag; // for linking together the Elements
  26
  27 typedef std::string GroupKey;
  28 typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
  29
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31 /*
  32  * \defgroup gdcmParser
  33  * \brief used by both gdcmHeader and gdcmDicomDir
  34  */
  35 class GDCM_EXPORT gdcmParser
  36 {
  37 public:
  38    gdcmParser(bool exception_on_error  = false);
  39    gdcmParser(const char *inFilename,
  40               bool  exception_on_error = false,
  41               bool  enable_sequences   = false,
  42               bool  ignore_shadow      = false);
  43    virtual ~gdcmParser(void);
  44
  45 // Print
  46    /**
  47     * \ingroup gdcmParser
  48     * \brief   Sets the print level for the Dicom Header
  49     * \note    0 for Light Print; 1 for 'medium' Print, 2 for Heavy
  50     */
  51    void SetPrintLevel(int level)
  52       { printLevel = level; };
  53    /**
  54     * \ingroup gdcmParser
  55     * \brief   canonical Printer
  56     * \sa    SetPrintLevel
  57     */
  58    virtual void Print        (std::ostream &os = std::cout)
  59       {PrintEntry(os);};
  60    virtual void PrintEntry   (std::ostream &os = std::cout);
  61    virtual void PrintPubDict (std::ostream &os = std::cout);
  62    virtual void PrintShaDict (std::ostream &os = std::cout);
  63
  64 // Standard values
  65    /**
  66     * \ingroup gdcmParser
  67     * \brief   Gets the external File Name
  68     */
  69    inline std::string GetFileName(void)
  70       {return filename;}
  71
  72 // Dictionnaries
  73    gdcmDict *GetPubDict(void);
  74    gdcmDict *GetShaDict(void);
  75    bool SetShaDict(gdcmDict *dict);
  76    bool SetShaDict(DictKey dictName);
  77
  78 // Informations contained in the parser
  79    virtual bool IsReadable(void);
  80    bool IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  81    bool IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  82    bool IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  83    bool IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void);
  84    FileType GetFileType(void);
  85
  86 // Entries
  87    /**
  88     * \ingroup gdcmHeader
  89     * \brief   returns a ref to the Dicom Header H table (multimap)
  90     * return the Dicom Header H table
  91     */
  92    inline TagHeaderEntryHT &GetEntry(void) { return tagHT; };
  93
  94    /**
  95     * \ingroup gdcmHeader
  96     * \brief   returns a ref to the Dicom Header chained list
  97     * return the Dicom Header chained list
  98     */
  99    inline ListTag &GetListEntry(void) { return listEntries; };
 100
 101 // Read (used in gdcmFile, gdcmDicomDir)
 102    FILE *OpenFile(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFileError);
 103    bool CloseFile(void);
 104
 105 // Write (used in gdcmFile, gdcmDicomDir)
 106    virtual bool Write(FILE *, FileType);
 107
 108    bool ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, guint16 Group, guint16 Elem);
 109    bool ReplaceOrCreateByNumber(     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
 110    bool ReplaceIfExistByNumber (     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
 111
 112 // System access
 113    /**
 114     * \ingroup gdcmHeader
 115     * \brief   returns the 'swap code'
 116     *          (Big Endian, Little Endian,
 117     *          Bad Big Endian, Bad Little Endian)
 118     *          according to the processor Endianity and what's written on disc
 119     * return
 120     */
 121    inline int GetSwapCode(void) { return sw; }
 122
 123    guint16 SwapShort(guint16);   // needed by gdcmFile
 124    guint32 SwapLong(guint32);    // needed by gdcmFile
 125    guint16 UnswapShort(guint16); // needed by gdcmFile
 126    guint32 UnswapLong(guint32);  // needed by gdcmFile
 127
 128 protected:
 129 // Entry
 130    int CheckIfEntryExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ); // int !
 131    virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
 132    virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
 133    virtual std::string GetEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 134    virtual std::string GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element);
 135    virtual int     GetEntryLengthByNumber(guint16 group, guint16 element);
 136
 137    virtual bool SetEntryByName  (std::string content, std::string tagName);
 138    virtual bool SetEntryByNumber(std::string content,  guint16 group, guint16 element);
 139    virtual bool SetEntryLengthByNumber(guint32 length, guint16 group, guint16 element);
 140
 141    virtual size_t GetEntryOffsetByNumber  (guint16 Group, guint16 Elem);
 142    virtual void  *GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
 143    virtual void  *LoadEntryVoidArea       (guint16 Group, guint16 Element);
 144    virtual bool   SetEntryVoidAreaByNumber(void *a, guint16 Group, guint16 Elem);
 145
 146    virtual void UpdateShaEntries(void);
 147
 148 // Header entry
 149    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 150    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByName    (std::string Name);
 151    IterHT           GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element);
 152 // IterHT           GetHeaderEntrySameName  (std::string Name);
 153
 154    void LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry *);
 155
 156    void UpdateGroupLength(bool SkipSequence = false, FileType type = ImplicitVR);
 157    void WriteEntry(gdcmHeaderEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
 158    void WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
 159    void WriteEntriesDeprecated(FILE *_fp,FileType type); // JPR
 160
 161    void AddHeaderEntry       (gdcmHeaderEntry *);
 162
 163 // Variables
 164    /**
 165    * \brief File Pointer, open during Header parsing
 166    */
 167    FILE *fp;
 168    /**
 169    * \brief ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
 170    */
 171    FileType filetype;
 172
 173    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
 174    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
 175    static const unsigned int MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE;
 176
 177 protected:
 178    /**
 179    * \brief H Table (multimap), to provide fast access
 180    */
 181    TagHeaderEntryHT tagHT;
 182    /**
 183    * \brief chained list, to keep the 'spacial' ordering
 184    */
 185    ListTag listEntries;
 186    /**
 187    * \brief will be set 1 if user asks to 'go inside' the 'sequences' (VR = "SQ")
 188    */
 189    int enableSequences;
 190    /**
 191    * \brief amount of printed details for each Header Entry (Dicom Element)
 192    *  0 : the least
 193    */
 194    int printLevel;
 195
 196    /**
 197    * \brief For some ACR-NEMA images, it's *not* 7fe0 ...
 198    */
 199    guint16 GrPixel;
 200
 201    /**
 202    * \brief For some ACR-NEMA images, it's *not* 0010 ...
 203    */
 204    guint16 NumPixel;
 205    /**
 206    * \brief some files may contain icons; GrPixel,NumPixel appears several times
 207    * Let's remember how many times!
 208    */
 209    int countGrPixel;
 210    /**
 211    * \brief = true when the 'pixel Element' is reached during writting process
 212    */
 213    bool itsTimeToWritePixels;
 214
 215 private:
 216    // Read
 217    bool ParseHeader(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFormatError);
 218
 219    void LoadHeaderEntries    (void);
 220    void LoadHeaderEntry      (gdcmHeaderEntry *);
 221    void FindHeaderEntryLength(gdcmHeaderEntry *);
 222    void FindHeaderEntryVR    (gdcmHeaderEntry *);
 223    bool CheckHeaderEntryVR   (gdcmHeaderEntry *, VRKey);
 224
 225    std::string GetHeaderEntryValue  (gdcmHeaderEntry *);
 226    std::string GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *);
 227
 228    void SkipHeaderEntry          (gdcmHeaderEntry *);
 229    void FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *, guint32);
 230    bool IsHeaderEntryAnInteger   (gdcmHeaderEntry *);
 231
 232    guint32 FindHeaderEntryLengthOB(void);
 233
 234    guint16 ReadInt16(void);
 235    guint32 ReadInt32(void);
 236    void    SkipBytes(guint32);
 237
 238    void Initialise(void);
 239    bool CheckSwap(void);
 240    void SwitchSwapToBigEndian(void);
 241    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
 242    void SetMaxSizePrintEntry(long);
 243
 244    // DictEntry  related utilities
 245    gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
 246    gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
 247    gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group,
 248                                       guint16 element,
 249                                       std::string vr     = "unkn",
 250                                       std::string fourth = "unkn",
 251                                       std::string name   = "unkn");
 252    //gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(gdcmHeaderEntry *); // never defined
 253
 254    // HeaderEntry related utilities
 255
 256    gdcmHeaderEntry *ReadNextHeaderEntry   (void);
 257    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByNumber(guint16 group,
 258                                            guint16 element);
 259    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByName  (std::string Name);
 260
 261
 262    // Deprecated (Not used) --> commented out
 263    //gdcmHeaderEntry *NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName,
 264    //                                                  std::string VR);
 265
 266    guint32 GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group);
 267
 268    /**
 269    * \brief Refering underlying filename.
 270    */
 271    std::string filename;
 272
 273    /**
 274    * \brief Public dictionary used to parse this header
 275    */
 276    gdcmDict *RefPubDict;
 277
 278    /**
 279    * \brief Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse this header
 280    */
 281    gdcmDict *RefShaDict;
 282
 283    /**
 284    * \brief = 1 if a gdcmHeaderEntry was added post parsing
 285    */
 286    int wasUpdated;
 287
 288    /**
 289    * \brief =1 if user wants to skip shadow groups while parsing (to save space)
 290    */
 291    int ignoreShadow;
 292
 293    /**
 294    * \brief Swap code e.g. little, big, bad-big, bad-little endian).
 295    * \warning : this code is not fixed during header parsing.
 296    */
 297    int sw;
 298    /**
 299    * \brief Size treshold above which an element value will NOT be loaded in
 300    *       memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
 301    *       this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
 302    * when one considers the definition of the various VR contents).
 303    */
 304    guint32 MaxSizeLoadEntry;
 305
 306    /**
 307    * \brief Size treshold above which an element value will NOT be *printed* in
 308    *        order no to polute the screen output.
 309    *        By default, this upper bound is fixed to 64 bytes.
 310    */
 311    guint32 MaxSizePrintEntry;
 312
 313 };
 314
 315 //-----------------------------------------------------------------------------
 316 #endif