src/gdcmParser.h

   1 // gdcmParser.h
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #ifndef GDCMPARSER_H
   4 #define GDCMPARSER_H
   5
   6 #include "gdcmCommon.h"
   7 #include "gdcmVR.h"
   8 #include "gdcmTS.h"
   9 #include "gdcmException.h"
  10 #include "gdcmDictSet.h"
  11 #include "gdcmHeaderEntry.h"
  12
  13 #include <map>
  14 #include <list>       // for linking together *all* the Dicom Elements
  15
  16 //-----------------------------------------------------------------------------
  17 typedef std::string VRKey;
  18 typedef std::string VRAtr;
  19 typedef std::map<VRKey, VRAtr> VRHT;    // Value Representation Hash Table
  20
  21 typedef std::multimap<TagKey, gdcmHeaderEntry *> TagHeaderEntryHT;
  22 typedef std::pair<TagKey, gdcmHeaderEntry *> PairHT;
  23 typedef std::pair<TagHeaderEntryHT::iterator,TagHeaderEntryHT::iterator> IterHT;
  24
  25 typedef std::list<gdcmHeaderEntry *> ListTag; // for linking together the Elements
  26
  27 typedef std::string GroupKey;
  28 typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
  29
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31 /*
  32  * \defgroup gdcmParser
  33  * \brief used by both gdcmHeader and gdcmDicomDir
  34  */
  35 class GDCM_EXPORT gdcmParser
  36 {
  37 public:
  38    gdcmParser(bool exception_on_error  = false);
  39    gdcmParser(const char *filename,
  40               bool  exception_on_error = false,
  41               bool  enable_sequences   = false,
  42               bool  ignore_shadow      = false);
  43    virtual ~gdcmParser(void);
  44
  45 // Print
  46    /**
  47     * \ingroup gdcmParser
  48     * \brief   Sets the print level for the Dicom Header
  49     * \note    0 for Light Print; 1 for 'medium' Print, 2 for Heavy
  50     */
  51    void SetPrintLevel(int level) { printLevel = level; };
  52    virtual void Print        (std::ostream &os = std::cout) {PrintEntry(os);};
  53    virtual void PrintEntry   (std::ostream &os = std::cout);
  54    virtual void PrintPubDict (std::ostream &os = std::cout);
  55    virtual void PrintShaDict (std::ostream &os = std::cout);
  56
  57 // Standard values
  58    inline std::string GetFileName(void) {return filename;}
  59
  60 // Dictionnaries
  61    gdcmDict *GetPubDict(void);
  62    gdcmDict *GetShaDict(void);
  63    bool SetShaDict(gdcmDict *dict);
  64    bool SetShaDict(DictKey dictName);
  65
  66 // Informations contained in the parser
  67    virtual bool IsReadable(void);
  68    bool IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  69    bool IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  70    bool IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  71    bool IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void);
  72    FileType GetFileType(void);
  73
  74 // Entries
  75    /**
  76     * \ingroup gdcmHeader
  77     * \brief   returns a ref to the Dicom Header H table (multimap)
  78     * return the Dicom Header H table
  79     */
  80    inline TagHeaderEntryHT &GetEntry(void) { return tagHT; };
  81
  82    /**
  83     * \ingroup gdcmHeader
  84     * \brief   returns a ref to the Dicom Header chained list
  85     * return the Dicom Header chained list
  86     */
  87    inline ListTag &GetListEntry(void) { return listEntries; };
  88
  89 // Read (used in gdcmFile)
  90    FILE *OpenFile(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFileError);
  91    bool CloseFile(void);
  92
  93 // Write (used in gdcmFile)
  94    virtual bool Write(FILE *, FileType);
  95
  96    bool ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, guint16 Group, guint16 Elem);
  97    bool ReplaceOrCreateByNumber(     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
  98    bool ReplaceIfExistByNumber (     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
  99
 100 // System access
 101    inline int GetSwapCode(void) { return sw; }
 102    guint16 GetGrPixel(void)  {return GrPixel;}
 103    guint16 GetNumPixel(void) {return NumPixel;}
 104
 105    guint16 SwapShort(guint16);   // needed by gdcmFile
 106    guint32 SwapLong(guint32);    // needed by gdcmFile
 107    guint16 UnswapShort(guint16); // needed by gdcmFile
 108    guint32 UnswapLong(guint32);  // needed by gdcmFile
 109
 110 protected:
 111 // Entry
 112    int CheckIfEntryExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ); // int !
 113    virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
 114    virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
 115    virtual std::string GetEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 116    virtual std::string GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element);
 117
 118    virtual bool SetEntryByName  (std::string content, std::string tagName);
 119    virtual bool SetEntryByNumber(std::string content, guint16 group, guint16 element);
 120    virtual bool SetEntryLengthByNumber(guint32 l, guint16 group, guint16 element);
 121
 122    virtual size_t GetEntryOffsetByNumber  (guint16 Group, guint16 Elem);
 123    virtual void  *GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
 124    virtual void  *LoadEntryVoidArea       (guint16 Group, guint16 Element);
 125    virtual bool   SetEntryVoidAreaByNumber(void *a, guint16 Group, guint16 Elem);
 126
 127    virtual void UpdateShaEntries(void);
 128
 129 // Header entry
 130    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 131    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByName    (std::string Name);
 132    IterHT           GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element);
 133 // IterHT           GetHeaderEntrySameName  (std::string Name);
 134
 135    void LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry *);
 136
 137    void UpdateGroupLength(bool SkipSequence = false, FileType type = ImplicitVR);
 138    void WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
 139
 140 // Variables
 141    FILE *fp;
 142    FileType filetype; // ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
 143
 144    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
 145    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
 146    static const unsigned int MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE;
 147
 148 protected:
 149    TagHeaderEntryHT tagHT; // H Table (multimap), to provide fast access
 150    ListTag listEntries;    // chained list, to keep the 'spacial' ordering
 151
 152    int enableSequences;
 153    int printLevel;
 154
 155    // For some ACR-NEMA images, it's *not* 7fe0, 0010 ...
 156    guint16 GrPixel;
 157    guint16 NumPixel;
 158    // some files may contain icons; GrPixel,NumPixel appears several times
 159    // Let's remember how many times!
 160    int countGrPixel;
 161
 162 private:
 163    // Read
 164    bool ParseHeader(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFormatError);
 165
 166    void LoadHeaderEntries    (void);
 167    void LoadHeaderEntry      (gdcmHeaderEntry *);
 168    void AddHeaderEntry       (gdcmHeaderEntry *);
 169    void FindHeaderEntryLength(gdcmHeaderEntry *);
 170    void FindHeaderEntryVR    (gdcmHeaderEntry *);
 171    bool CheckHeaderEntryVR   (gdcmHeaderEntry *, VRKey);
 172
 173    std::string GetHeaderEntryValue  (gdcmHeaderEntry *);
 174    std::string GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *);
 175
 176    void SkipHeaderEntry          (gdcmHeaderEntry *);
 177    void FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *, guint32);
 178    bool IsHeaderEntryAnInteger   (gdcmHeaderEntry *);
 179
 180    guint32 FindHeaderEntryLengthOB(void);
 181
 182    guint16 ReadInt16(void);
 183    guint32 ReadInt32(void);
 184    void    SkipBytes(guint32);
 185
 186    void Initialise(void);
 187    bool CheckSwap(void);
 188    void SwitchSwapToBigEndian(void);
 189    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
 190    void SetMaxSizePrintEntry(long);
 191
 192    // DictEntry  related utilities
 193    gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
 194    gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
 195    gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group,
 196                                       guint16 element,
 197                                       std::string vr     = "unkn",
 198                                       std::string fourth = "unkn",
 199                                       std::string name   = "unkn");
 200    gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(gdcmHeaderEntry *);
 201
 202    // HeaderEntry related utilities
 203    gdcmHeaderEntry *ReadNextHeaderEntry   (void);
 204    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByNumber(guint16 group,
 205                                            guint16 element);
 206    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByName  (std::string Name);
 207
 208
 209    // Deprecated (Not used) --> commented out
 210    //gdcmHeaderEntry *NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName,
 211    //                                               std::string VR);
 212    guint32 GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group);
 213
 214    // Refering underlying filename.
 215    std::string filename;
 216
 217    // Public dictionary used to parse this header
 218    gdcmDict *RefPubDict;
 219    // Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse this header
 220    gdcmDict *RefShaDict;
 221
 222    // = 1 if a gdcmHeaderEntry was added post parsing
 223    int wasUpdated;
 224
 225    // =1 if user wants to skip shadow groups while parsing (to save space)
 226    int ignoreShadow;
 227
 228    // Swap code e.g. little, big, bad-big, bad-little endian). Warning:
 229    // this code is not fixed during header parsing.
 230    int sw;
 231
 232    // Size treshold above which an element value will NOT be loaded in
 233    // memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
 234    // this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
 235    // when one considers the definition of the various VR contents).
 236    guint32 MaxSizeLoadEntry;
 237    // Size treshold above which an element value will NOT be *printed* in
 238    // order no to polute the screen output. By default,
 239    // this upper bound is fixed to 64 bytes.
 240    guint32 MaxSizePrintEntry;
 241
 242 };
 243
 244 //-----------------------------------------------------------------------------
 245 #endif