src/gdcmParser.h

   1 // gdcmParser.h
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #ifndef GDCMPARSER_H
   4 #define GDCMPARSER_H
   5
   6 #include "gdcmCommon.h"
   7 #include "gdcmVR.h"
   8 #include "gdcmTS.h"
   9 #include "gdcmException.h"
  10 #include "gdcmDictSet.h"
  11 #include "gdcmHeaderEntry.h"
  12
  13 #include <map>
  14 #include <list>       // for linking together *all* the Dicom Elements
  15
  16 //-----------------------------------------------------------------------------
  17 typedef std::string VRKey;
  18 typedef std::string VRAtr;
  19 typedef std::map<VRKey, VRAtr> VRHT;    // Value Representation Hash Table
  20
  21 typedef std::multimap<TagKey, gdcmHeaderEntry *> TagHeaderEntryHT;
  22 typedef std::pair<TagKey, gdcmHeaderEntry *> PairHT;
  23 typedef std::pair<TagHeaderEntryHT::iterator,TagHeaderEntryHT::iterator> IterHT;
  24
  25 typedef std::list<gdcmHeaderEntry *> ListTag; // for linking together the Elements
  26
  27 typedef std::string GroupKey;
  28 typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
  29
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31 /*
  32  * \defgroup gdcmParser
  33  * \brief used by both gdcmHeader and gdcmDicomDir
  34  */
  35 class GDCM_EXPORT gdcmParser
  36 {
  37 public:
  38
  39 // Print
  40    /**
  41     * \ingroup gdcmParser
  42     * \brief   Sets the print level for the Dicom Header
  43     * \note    0 for Light Print; 1 for 'medium' Print, 2 for Heavy
  44     */
  45    void SetPrintLevel(int level)
  46       { printLevel = level; };
  47    /**
  48     * \ingroup gdcmParser
  49     * \brief   canonical Printer
  50     * \sa    SetPrintLevel
  51     */
  52    virtual void Print        (std::ostream &os = std::cout)
  53       {PrintEntry(os);};
  54    virtual void PrintEntry   (std::ostream &os = std::cout);
  55    virtual void PrintPubDict (std::ostream &os = std::cout);
  56    virtual void PrintShaDict (std::ostream &os = std::cout);
  57
  58 // Standard values
  59    /**
  60     * \ingroup gdcmParser
  61     * \brief   Gets the external File Name
  62     */
  63    inline std::string GetFileName(void)
  64       {return filename;}
  65
  66 // Dictionnaries
  67    gdcmDict *GetPubDict(void);
  68    gdcmDict *GetShaDict(void);
  69    bool SetShaDict(gdcmDict *dict);
  70    bool SetShaDict(DictKey dictName);
  71
  72 // Informations contained in the parser
  73    virtual bool IsReadable(void);
  74    bool IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  75    bool IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  76    bool IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void);
  77    bool IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void);
  78    FileType GetFileType(void);
  79
  80 // Entries
  81    /**
  82     * \ingroup gdcmHeader
  83     * \brief   returns a ref to the Dicom Header H table (multimap)
  84     * return the Dicom Header H table
  85     */
  86    inline TagHeaderEntryHT &GetEntry(void) { return tagHT; };
  87
  88    /**
  89     * \ingroup gdcmHeader
  90     * \brief   returns a ref to the Dicom Header chained list
  91     * return the Dicom Header chained list
  92     */
  93    inline ListTag &GetListEntry(void) { return listEntries; };
  94
  95 // Read (used in gdcmFile, gdcmDicomDir)
  96    FILE *OpenFile(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFileError);
  97    bool CloseFile(void);
  98
  99 // Write (used in gdcmFile, gdcmDicomDir)
 100    virtual bool Write(FILE *, FileType);
 101
 102    gdcmHeaderEntry * ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, guint16 Group, guint16 Elem);
 103    gdcmHeaderEntry * ReplaceOrCreateByNumber(     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
 104    bool ReplaceIfExistByNumber (     char  *Value, guint16 Group, guint16 Elem);
 105
 106 // System access
 107    /**
 108     * \ingroup gdcmHeader
 109     * \brief   returns the 'swap code'
 110     *          (Big Endian, Little Endian,
 111     *          Bad Big Endian, Bad Little Endian)
 112     *          according to the processor Endianity and what's written on disc
 113     * return
 114     */
 115    inline int GetSwapCode(void) { return sw; }
 116
 117    guint16 SwapShort(guint16);   // needed by gdcmFile
 118    guint32 SwapLong(guint32);    // needed by gdcmFile
 119    guint16 UnswapShort(guint16); // needed by gdcmFile
 120    guint32 UnswapLong(guint32);  // needed by gdcmFile
 121
 122 protected:
 123 // constructor and destructor are protected to forbid end user
 124 // to instanciate class gdcmParser
 125 // (only gdcmHeader and gdcmDicomDir are meaningfull)
 126    gdcmParser(bool exception_on_error  = false);
 127    gdcmParser(const char *inFilename,
 128               bool  exception_on_error = false,
 129               bool  enable_sequences   = false,
 130               bool  ignore_shadow      = false);
 131    virtual ~gdcmParser(void);
 132 // Entry
 133    int CheckIfEntryExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ); // int !
 134    virtual std::string GetEntryByName    (std::string tagName);
 135    virtual std::string GetEntryVRByName  (std::string tagName);
 136    virtual std::string GetEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 137    virtual std::string GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element);
 138    virtual int     GetEntryLengthByNumber(guint16 group, guint16 element);
 139
 140    virtual bool SetEntryByName  (std::string content, std::string tagName);
 141    virtual bool SetEntryByNumber(std::string content,  guint16 group, guint16 element);
 142    virtual bool SetEntryLengthByNumber(guint32 length, guint16 group, guint16 element);
 143
 144    virtual size_t GetEntryOffsetByNumber  (guint16 Group, guint16 Elem);
 145    virtual void  *GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
 146    virtual void  *LoadEntryVoidArea       (guint16 Group, guint16 Element);
 147    virtual bool   SetEntryVoidAreaByNumber(void *a, guint16 Group, guint16 Elem);
 148
 149    virtual void UpdateShaEntries(void);
 150
 151 // Header entry
 152    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByNumber  (guint16 group, guint16 element);
 153    gdcmHeaderEntry *GetHeaderEntryByName    (std::string Name);
 154    IterHT           GetHeaderEntrySameNumber(guint16 group, guint16 element);
 155 // IterHT           GetHeaderEntrySameName  (std::string Name);
 156
 157    void LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry *);
 158
 159    void UpdateGroupLength(bool SkipSequence = false, FileType type = ImplicitVR);
 160    void WriteEntry(gdcmHeaderEntry *tag,FILE *_fp,FileType type);
 161    void WriteEntries(FILE *_fp,FileType type);
 162    void WriteEntriesDeprecated(FILE *_fp,FileType type); // JPR
 163
 164    void AddHeaderEntry       (gdcmHeaderEntry *);
 165
 166    /**
 167     * \ingroup gdcmParser
 168     * \brief   Set the external File Name
 169     */
 170    inline void SetFileName(char* fileName)
 171       {filename = fileName;}
 172
 173 // Variables
 174    /**
 175    * \brief File Pointer, open during Header parsing
 176    */
 177    FILE *fp;
 178    /**
 179    * \brief ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
 180    */
 181    FileType filetype;
 182
 183 /// after opening the file, we read HEADER_LENGTH_TO_READ bytes.
 184    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
 185 /// Elements whose value is longer than MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE are NOT loaded
 186    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
 187 /// Elements whose value is longer than  MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE are NOT printed
 188    static const unsigned int MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE;
 189
 190 protected:
 191    /**
 192    * \brief H Table (multimap), to provide fast access
 193    */
 194    TagHeaderEntryHT tagHT;
 195    /**
 196    * \brief chained list, to keep the 'spacial' ordering
 197    */
 198    ListTag listEntries;
 199    /**
 200    * \brief will be set 1 if user asks to 'go inside' the 'sequences' (VR = "SQ")
 201    */
 202    int enableSequences;
 203    /**
 204    * \brief amount of printed details for each Header Entry (Dicom Element)
 205    *  0 : the least
 206    */
 207    int printLevel;
 208
 209    /**
 210    * \brief For some ACR-NEMA images, it's *not* 7fe0 ...
 211    */
 212    guint16 GrPixel;
 213
 214    /**
 215    * \brief For some ACR-NEMA images, it's *not* 0010 ...
 216    */
 217    guint16 NumPixel;
 218    /**
 219    * \brief some files may contain icons; GrPixel,NumPixel appears several times
 220    * Let's remember how many times!
 221    */
 222    int countGrPixel;
 223    /**
 224    * \brief = true when the 'pixel Element' is reached during writting process
 225    */
 226    bool itsTimeToWritePixels;
 227
 228 private:
 229    // Read
 230    bool ParseHeader(bool exception_on_error = false) throw(gdcmFormatError);
 231
 232    void LoadHeaderEntries    (void);
 233    void LoadHeaderEntry      (gdcmHeaderEntry *);
 234    void FindHeaderEntryLength(gdcmHeaderEntry *);
 235    void FindHeaderEntryVR    (gdcmHeaderEntry *);
 236    bool CheckHeaderEntryVR   (gdcmHeaderEntry *, VRKey);
 237
 238    std::string GetHeaderEntryValue  (gdcmHeaderEntry *);
 239    std::string GetHeaderEntryUnvalue(gdcmHeaderEntry *);
 240
 241    void SkipHeaderEntry          (gdcmHeaderEntry *);
 242    void FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *, guint32);
 243    bool IsHeaderEntryAnInteger   (gdcmHeaderEntry *);
 244
 245    guint32 FindHeaderEntryLengthOB(void);
 246
 247    guint16 ReadInt16(void);
 248    guint32 ReadInt32(void);
 249    void    SkipBytes(guint32);
 250
 251    void Initialise(void);
 252    bool CheckSwap(void);
 253    void SwitchSwapToBigEndian(void);
 254    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
 255    void SetMaxSizePrintEntry(long);
 256
 257    // DictEntry  related utilities
 258    gdcmDictEntry *GetDictEntryByName  (std::string Name);
 259    gdcmDictEntry *GetDictEntryByNumber(guint16, guint16);
 260    gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(guint16 group,
 261                                       guint16 element,
 262                                       std::string vr     = "unkn",
 263                                       std::string fourth = "unkn",
 264                                       std::string name   = "unkn");
 265    //gdcmDictEntry *NewVirtualDictEntry(gdcmHeaderEntry *); // never defined
 266
 267    // HeaderEntry related utilities
 268
 269    gdcmHeaderEntry *ReadNextHeaderEntry   (void);
 270    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByNumber(guint16 group,
 271                                            guint16 element);
 272    gdcmHeaderEntry *NewHeaderEntryByName  (std::string Name);
 273
 274    // Deprecated (Not used) --> commented out
 275    //gdcmHeaderEntry *NewManualHeaderEntryToPubDict(std::string NewTagName,
 276    //                                               std::string VR);
 277
 278    guint32 GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group);
 279
 280    /**
 281    * \brief Refering underlying filename.
 282    */
 283    std::string filename;
 284
 285    /**
 286    * \brief Public dictionary used to parse this header
 287    */
 288    gdcmDict *RefPubDict;
 289
 290    /**
 291    * \brief Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse this header
 292    */
 293    gdcmDict *RefShaDict;
 294
 295    /**
 296    * \brief = 1 if a gdcmHeaderEntry was added post parsing
 297    */
 298    int wasUpdated;
 299
 300    /**
 301    * \brief =1 if user wants to skip shadow groups while parsing (to save space)
 302    */
 303    int ignoreShadow;
 304
 305    /**
 306    * \brief Swap code e.g. little, big, bad-big, bad-little endian).
 307    * \warning : this code is not fixed during header parsing.
 308    */
 309    int sw;
 310    /**
 311    * \brief Size threshold above which an element value will NOT be loaded in
 312    *       memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
 313    *       this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
 314    *       when one considers the definition of the various VR contents).
 315    */
 316    guint32 MaxSizeLoadEntry;
 317
 318    /**
 319    * \brief Size threshold above which an element value will NOT be *printed* in
 320    *        order no to polute the screen output.
 321    *        By default, this upper bound is fixed to 64 bytes.
 322    */
 323    guint32 MaxSizePrintEntry;
 324
 325 };
 326
 327 //-----------------------------------------------------------------------------
 328 #endif