src/gdcmPixelConvert.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmPixelConvert.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/10/08 17:02:53 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //////////////////   TEMPORARY NOT
  20 // look for "fixMem" and convert that to a member of this class
  21 // Removing the prefix fixMem and dealing with allocations should do the trick
  22 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  23
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25 #include "gdcmPixelConvert.h"
  26
  27
  28 //-----------------------------------------------------------------------------
  29 // Constructor / Destructor
  30 gdcmPixelConvert::gdcmPixelConvert()
  31 {
  32    RGB = 0;
  33    RGBSize = 0;
  34    Uncompressed = 0;
  35    UncompressedSize = 0;
  36 }
  37
  38 void gdcmPixelConvert::Squeeze()
  39 {
  40    if ( RGB ) {
  41       delete [] RGB;
  42    }
  43    if ( Uncompressed ) {
  44       delete [] Uncompressed;
  45    }
  46 }
  47
  48 gdcmPixelConvert::~gdcmPixelConvert()
  49 {
  50    Squeeze();
  51 }
  52
  53 void gdcmPixelConvert::AllocateRGB()
  54 {
  55   if ( RGB ) {
  56      delete [] RGB;
  57   }
  58   RGB = new uint8_t[RGBSize];
  59 }
  60
  61 void gdcmPixelConvert::AllocateUncompressed()
  62 {
  63   if ( Uncompressed ) {
  64      delete [] Uncompressed;
  65   }
  66   Uncompressed = new uint8_t[ UncompressedSize ];
  67 }
  68
  69 /**
  70  * \brief Read from file a 12 bits per pixel image and uncompress it
  71  *        into a 16 bits per pixel image.
  72  */
  73 void gdcmPixelConvert::ConvertDecompress12BitsTo16Bits(
  74                   uint8_t* pixelZone,
  75                   int sizeX,
  76                   int sizeY,
  77                   FILE* filePtr)
  78                throw ( gdcmFormatError )
  79 {
  80    int nbPixels = sizeX * sizeY;
  81    uint16_t* destination = (uint16_t*)pixelZone;
  82
  83    for( int p = 0; p < nbPixels; p += 2 )
  84    {
  85       uint8_t b0, b1, b2;
  86       size_t ItemRead;
  87
  88       ItemRead = fread( &b0, 1, 1, filePtr);
  89       if ( ItemRead != 1 )
  90       {
  91          throw gdcmFormatError( "gdcmFile::ConvertDecompress12BitsTo16Bits()",
  92                                 "Unfound first block" );
  93       }
  94
  95       ItemRead = fread( &b1, 1, 1, filePtr);
  96       if ( ItemRead != 1 )
  97       {
  98          throw gdcmFormatError( "gdcmFile::ConvertDecompress12BitsTo16Bits()",
  99                                 "Unfound second block" );
 100       }
 101
 102       ItemRead = fread( &b2, 1, 1, filePtr);
 103       if ( ItemRead != 1 )
 104       {
 105          throw gdcmFormatError( "gdcmFile::ConvertDecompress12BitsTo16Bits()",
 106                                 "Unfound second block" );
 107       }
 108
 109       // Two steps are necessary to please VC++
 110       //
 111       // 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]
 112       // 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]
 113       //                     A                     B                 D
 114       *destination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 115       //                     F                     C                 E
 116       *destination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 117
 118       /// \todo JPR Troubles expected on Big-Endian processors ?
 119    }
 120 }
 121
 122 /**
 123  * \brief Read from file an uncompressed image.
 124  */
 125 bool gdcmPixelConvert::ReadUncompressed( FILE* filePointer,
 126                                          size_t uncompressedSize,
 127                                          size_t expectedSize )
 128 {
 129    if ( expectedSize > uncompressedSize )
 130    {
 131       dbg.Verbose(0, "gdcmPixelConvert::ReadUncompressed: expectedSize"
 132                      "is bigger than it should");
 133       return false;
 134    }
 135    SetUncompressedSize( uncompressedSize );
 136    AllocateUncompressed();
 137    size_t ItemRead = fread( (void*)Uncompressed, expectedSize, 1, filePointer);
 138    if ( ItemRead != 1 )
 139    {
 140       return false;
 141    }
 142    return true;
 143 }
 144
 145 /**
 146  * \brief  Convert a Gray plane and ( Lut R, Lut G, Lut B ) into an
 147  *         RGB plane.
 148  * @return True on success.
 149  */
 150 bool gdcmPixelConvert::ConvertGrayAndLutToRGB( uint8_t *lutRGBA )
 151
 152 {
 153    /// We assume Uncompressed contains the decompressed gray plane
 154    /// and build the RGB image.
 155    SetRGBSize( UncompressedSize );
 156    AllocateRGB();
 157
 158 //aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
 159 //AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
 160 //COPY HERE THE CODE OF GetImageDataIntoVector
 161
 162    /// \todo check that operator new []didn't fail, and sometimes return false
 163    return true;
 164 }
 165
 166 /**
 167  * \brief     Try to deal with RLE 16 Bits.
 168  *            We assume the RLE has allready been parsed and loaded in
 169  *            Uncompressed (through \ref ReadAndUncompressRLE8Bits ).
 170  *            We here need to make 16 Bits Pixels from Low Byte and
 171  *            High Byte 'Planes'...(for what it may mean)
 172  * @return    Boolean
 173  */
 174 bool gdcmPixelConvert::UncompressRLE16BitsFromRLE8Bits(
 175                        int XSize,
 176                        int YSize,
 177                        int NumberOfFrames,
 178                        uint8_t* fixMemUncompressed )
 179 {
 180    size_t PixelNumber = XSize * YSize;
 181    size_t fixMemUncompressedSize = XSize * YSize * NumberOfFrames;
 182
 183    // We assumed Uncompressed contains the decoded RLE pixels but as
 184    // 8 bits per pixel. In order to convert those pixels to 16 bits
 185    // per pixel we cannot work in place within Uncompressed and hence
 186    // we copy Uncompressed in a safe place, say OldUncompressed.
 187
 188    uint8_t* OldUncompressed = new uint8_t[ fixMemUncompressedSize * 2 ];
 189    memmove( OldUncompressed, fixMemUncompressed, fixMemUncompressedSize * 2);
 190
 191    uint8_t* x = fixMemUncompressed;
 192    uint8_t* a = OldUncompressed;
 193    uint8_t* b = a + PixelNumber;
 194
 195    for ( int i = 0; i < NumberOfFrames; i++ )
 196    {
 197       for ( int j = 0; j < PixelNumber; j++ )
 198       {
 199          *(x++) = *(a++);
 200          *(x++) = *(b++);
 201       }
 202    }
 203
 204    delete[] OldUncompressed;
 205
 206    /// \todo check that operator new []didn't fail, and sometimes return false
 207    return true;
 208 }
 209
 210 /**
 211  * \brief Implementation of the RLE decoding algorithm for uncompressing
 212  *        a RLE fragment. [refer to PS 3.5-2003, section G.3.2 p 86]
 213  */
 214 bool gdcmPixelConvert::ReadAndUncompressRLEFragment( uint8_t* decodedZone,
 215                                                long fragmentSize,
 216                                                long uncompressedSegmentSize,
 217                                                FILE* fp )
 218 {
 219    int8_t count;
 220    long numberOfOutputBytes = 0;
 221    long numberOfReadBytes = 0;
 222
 223    while( numberOfOutputBytes < uncompressedSegmentSize )
 224    {
 225       fread( &count, 1, 1, fp );
 226       numberOfReadBytes += 1;
 227       if ( count >= 0 )
 228       // Note: count <= 127 comparison is always true due to limited range
 229       //       of data type int8_t [since the maximum of an exact width
 230       //       signed integer of width N is 2^(N-1) - 1, which for int8_t
 231       //       is 127].
 232       {
 233          fread( decodedZone, count + 1, 1, fp);
 234          numberOfReadBytes += count + 1;
 235          decodedZone         += count + 1;
 236          numberOfOutputBytes += count + 1;
 237       }
 238       else
 239       {
 240          if ( ( count <= -1 ) && ( count >= -127 ) )
 241          {
 242             int8_t newByte;
 243             fread( &newByte, 1, 1, fp);
 244             numberOfReadBytes += 1;
 245             for( int i = 0; i < -count + 1; i++ )
 246             {
 247                decodedZone[i] = newByte;
 248             }
 249             decodedZone         += -count + 1;
 250             numberOfOutputBytes += -count + 1;
 251          }
 252       }
 253       // if count = 128 output nothing
 254
 255       if ( numberOfReadBytes > fragmentSize )
 256       {
 257          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::gdcm_read_RLE_fragment: we read more "
 258                         "bytes than the segment size.");
 259          return false;
 260       }
 261    }
 262    return true;
 263 }
 264
 265 /**
 266  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of 'Run Length Encoded'
 267  *            Dicom encapsulated file and uncompress it.
 268  * @param     fp already open File Pointer
 269  * @param     image_buffer destination Address (in caller's memory space)
 270  *            at which the pixel data should be copied
 271  * @return    Boolean
 272  */
 273 bool gdcmPixelConvert::gdcm_read_RLE_file( void* image_buffer,
 274                                    int XSize,
 275                                    int YSize,
 276                                    int ZSize,
 277                                    int BitsAllocated,
 278                                    gdcmRLEFramesInfo* RLEInfo,
 279                                    FILE* fp )
 280 {
 281    uint8_t* im = (uint8_t*)image_buffer;
 282    long uncompressedSegmentSize = XSize * YSize;
 283
 284
 285    // Loop on the frame[s]
 286    for( gdcmRLEFramesInfo::RLEFrameList::iterator
 287         it  = RLEInfo->Frames.begin();
 288         it != RLEInfo->Frames.end();
 289       ++it )
 290    {
 291       // Loop on the fragments
 292       for( unsigned int k = 1; k <= (*it)->NumberFragments; k++ )
 293       {
 294          fseek( fp, (*it)->Offset[k] ,SEEK_SET);
 295          (void)gdcmPixelConvert::ReadAndUncompressRLEFragment(
 296                                  (uint8_t*) im, (*it)->Length[k],
 297                                  uncompressedSegmentSize, fp );
 298          im += uncompressedSegmentSize;
 299       }
 300    }
 301
 302    if ( BitsAllocated == 16 )
 303    {
 304       // Try to deal with RLE 16 Bits
 305       (void)gdcmPixelConvert::UncompressRLE16BitsFromRLE8Bits(
 306                                              XSize,
 307                                              YSize,
 308                                              ZSize,
 309                                              (uint8_t*) image_buffer);
 310    }
 311
 312    return true;
 313 }
 314
 315 /**
 316  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 317  * \warning not end user intended
 318  * @param   im area to deal with
 319  * @param   swap swap code
 320  * @param   lgr Area Length
 321  * @param   nb Pixels Bit number
 322  */
 323 void gdcmPixelConvert::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb)
 324 {
 325    int i;
 326
 327    if( nb == 16 )
 328    {
 329       uint16_t* im16 = (uint16_t*)im;
 330       switch( swap )
 331       {
 332          case 0:
 333          case 12:
 334          case 1234:
 335             break;
 336          case 21:
 337          case 3412:
 338          case 2143:
 339          case 4321:
 340             for(i=0; i < lgr/2; i++)
 341             {
 342                im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 343             }
 344             break;
 345          default:
 346             std::cout << "SWAP value (16 bits) not allowed :i" << swap <<
 347             std::endl;
 348       }
 349    }
 350    else if( nb == 32 )
 351    {
 352       uint32_t s32;
 353       uint16_t fort, faible;
 354       uint32_t* im32 = (uint32_t*)im;
 355       switch ( swap )
 356       {
 357          case 0:
 358          case 1234:
 359             break;
 360          case 4321:
 361             for(i = 0; i < lgr/4; i++)
 362             {
 363                faible  = im32[i] & 0x0000ffff;  // 4321
 364                fort    = im32[i] >> 16;
 365                fort    = ( fort >> 8   ) | ( fort << 8 );
 366                faible  = ( faible >> 8 ) | ( faible << 8);
 367                s32     = faible;
 368                im32[i] = ( s32 << 16 ) | fort;
 369             }
 370             break;
 371          case 2143:
 372             for(i = 0; i < lgr/4; i++)
 373             {
 374                faible  = im32[i] & 0x0000ffff;   // 2143
 375                fort    = im32[i] >> 16;
 376                fort    = ( fort >> 8 ) | ( fort << 8 );
 377                faible  = ( faible >> 8) | ( faible << 8);
 378                s32     = fort;
 379                im32[i] = ( s32 << 16 ) | faible;
 380             }
 381             break;
 382          case 3412:
 383             for(i = 0; i < lgr/4; i++)
 384             {
 385                faible  = im32[i] & 0x0000ffff; // 3412
 386                fort    = im32[i] >> 16;
 387                s32     = faible;
 388                im32[i] = ( s32 << 16 ) | fort;
 389             }
 390             break;
 391          default:
 392             std::cout << "SWAP value (32 bits) not allowed : " << swap <<
 393             std::endl;
 394       }
 395    }
 396 }
 397
 398
 399
 400 /**
 401  * \brief Deal with endianity i.e. re-arange bytes inside the integer
 402  */
 403 void gdcmPixelConvert::ConvertReorderEndianity( uint8_t* pixelZone,
 404                                         size_t imageDataSize,
 405                                         int numberBitsStored,
 406                                         int numberBitsAllocated,
 407                                         int swapCode,
 408                                         bool signedPixel)
 409 {
 410    if ( numberBitsAllocated != 8 )
 411    {
 412       SwapZone( pixelZone, swapCode, imageDataSize, numberBitsAllocated );
 413    }
 414
 415    // Special kludge in order to deal with xmedcon broken images:
 416    if (  ( numberBitsAllocated == 16 )
 417       && ( numberBitsStored < numberBitsAllocated )
 418       && ( ! signedPixel ) )
 419    {
 420       int l = (int)(imageDataSize / (numberBitsAllocated/8));
 421       uint16_t *deb = (uint16_t *)pixelZone;
 422       for(int i = 0; i<l; i++)
 423       {
 424          if( *deb == 0xffff )
 425          {
 426            *deb = 0;
 427          }
 428          deb++;
 429       }
 430    }
 431 }
 432