src/gdcmPixelReadConvert.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmPixelReadConvert.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/11 16:44:43 $
   7   Version:   $Revision: 1.21 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //////////////////   TEMPORARY NOTE
  20 // look for "fixMem" and convert that to a member of this class
  21 // Removing the prefix fixMem and dealing with allocations should do the trick
  22 //
  23 // grep PixelReadConvert everywhere and clean up !
  24
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmHeader.h"
  27 #include "gdcmGlobal.h"
  28 #include "gdcmTS.h"
  29 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  30 #include "gdcmDocEntry.h"
  31 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  32 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  33
  34 #include <fstream>
  35 #include <stdio.h> //for sscanf
  36
  37 namespace gdcm
  38 {
  39 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  40
  41 // For JPEG 2000, body in file gdcmJpeg2000.cxx
  42 bool gdcm_read_JPEG2000_file (std::ifstream* fp, void* image_buffer);
  43
  44 #define JOCTET uint8_t
  45 // For JPEG 8 Bits, body in file gdcmJpeg8.cxx
  46 bool gdcm_read_JPEG_file8 (std::ifstream *fp, void *image_buffer);
  47 bool gdcm_read_JPEG_memory8    (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  48                                 void *image_buffer,
  49                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  50 //
  51 // For JPEG 12 Bits, body in file gdcmJpeg12.cxx
  52 bool gdcm_read_JPEG_file12 (std::ifstream *fp, void *image_buffer);
  53 bool gdcm_read_JPEG_memory12   (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  54                                 void *image_buffer,
  55                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  56
  57 // For JPEG 16 Bits, body in file gdcmJpeg16.cxx
  58 // Beware this is misleading there is no 16bits DCT algorithm, only
  59 // jpeg lossless compression exist in 16bits.
  60 bool gdcm_read_JPEG_file16 (std::ifstream *fp, void *image_buffer);
  61 bool gdcm_read_JPEG_memory16   (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  62                                 void* image_buffer,
  63                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  64
  65
  66 //-----------------------------------------------------------------------------
  67 // Constructor / Destructor
  68 PixelReadConvert::PixelReadConvert()
  69 {
  70    RGB = 0;
  71    RGBSize = 0;
  72    Raw = 0;
  73    RawSize = 0;
  74    LutRGBA = 0;
  75    LutRedData = 0;
  76    LutGreenData = 0;
  77    LutBlueData =0;
  78 }
  79
  80 void PixelReadConvert::Squeeze()
  81 {
  82    if ( RGB )
  83    {
  84       delete [] RGB;
  85    }
  86    RGB = 0;
  87
  88    if ( Raw )
  89    {
  90       delete [] Raw;
  91    }
  92    Raw = 0;
  93
  94    if ( LutRGBA )
  95    {
  96       delete [] LutRGBA;
  97    }
  98    LutRGBA = 0;
  99 }
 100
 101 PixelReadConvert::~PixelReadConvert()
 102 {
 103    Squeeze();
 104 }
 105
 106 void PixelReadConvert::AllocateRGB()
 107 {
 108   if ( RGB ) {
 109      delete [] RGB;
 110   }
 111   RGB = new uint8_t[ RGBSize ];
 112 }
 113
 114 void PixelReadConvert::AllocateRaw()
 115 {
 116   if ( Raw ) {
 117      delete [] Raw;
 118   }
 119   Raw = new uint8_t[ RawSize ];
 120 }
 121
 122 /**
 123  * \brief Read from file a 12 bits per pixel image and decompress it
 124  *        into a 16 bits per pixel image.
 125  */
 126 void PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits( std::ifstream *fp )
 127                throw ( FormatError )
 128 {
 129    int nbPixels = XSize * YSize;
 130    uint16_t* localDecompres = (uint16_t*)Raw;
 131
 132    for( int p = 0; p < nbPixels; p += 2 )
 133    {
 134       uint8_t b0, b1, b2;
 135
 136       fp->read( (char*)&b0, 1);
 137       if ( fp->fail() || fp->eof() )//Fp->gcount() == 1
 138       {
 139          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 140                                 "Unfound first block" );
 141       }
 142
 143       fp->read( (char*)&b1, 1 );
 144       if ( fp->fail() || fp->eof())//Fp->gcount() == 1
 145       {
 146          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 147                                 "Unfound second block" );
 148       }
 149
 150       fp->read( (char*)&b2, 1 );
 151       if ( fp->fail() || fp->eof())//Fp->gcount() == 1
 152       {
 153          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 154                                 "Unfound second block" );
 155       }
 156
 157       // Two steps are necessary to please VC++
 158       //
 159       // 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]
 160       // 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]
 161       //                        A                     B                 D
 162       *localDecompres++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 163       //                        F                     C                 E
 164       *localDecompres++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 165
 166       /// \todo JPR Troubles expected on Big-Endian processors ?
 167    }
 168 }
 169
 170 /**
 171  * \brief     Try to deal with RLE 16 Bits.
 172  *            We assume the RLE has allready been parsed and loaded in
 173  *            Raw (through \ref ReadAndDecompressJPEGFile ).
 174  *            We here need to make 16 Bits Pixels from Low Byte and
 175  *            High Byte 'Planes'...(for what it may mean)
 176  * @return    Boolean
 177  */
 178 bool PixelReadConvert::DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( int NumberOfFrames )
 179 {
 180    size_t pixelNumber = XSize * YSize;
 181    size_t rawSize = XSize * YSize * NumberOfFrames;
 182
 183    // We assumed Raw contains the decoded RLE pixels but as
 184    // 8 bits per pixel. In order to convert those pixels to 16 bits
 185    // per pixel we cannot work in place within Raw and hence
 186    // we copy it in a safe place, say copyRaw.
 187
 188    uint8_t* copyRaw = new uint8_t[ rawSize * 2 ];
 189    memmove( copyRaw, Raw, rawSize * 2 );
 190
 191    uint8_t* x = Raw;
 192    uint8_t* a = copyRaw;
 193    uint8_t* b = a + pixelNumber;
 194
 195    for ( int i = 0; i < NumberOfFrames; i++ )
 196    {
 197       for ( unsigned int j = 0; j < pixelNumber; j++ )
 198       {
 199          *(x++) = *(b++);
 200          *(x++) = *(a++);
 201       }
 202    }
 203
 204    delete[] copyRaw;
 205
 206    /// \todo check that operator new []didn't fail, and sometimes return false
 207    return true;
 208 }
 209
 210 /**
 211  * \brief Implementation of the RLE decoding algorithm for decompressing
 212  *        a RLE fragment. [refer to PS 3.5-2003, section G.3.2 p 86]
 213  * @param subRaw Sub region of \ref Raw where the de
 214  *        decoded fragment should be placed.
 215  * @param fragmentSize The length of the binary fragment as found on the disk.
 216  * @param RawSegmentSize The expected length of the fragment ONCE
 217  *        Raw.
 218  * @param fp File Pointer: on entry the position should be the one of
 219  *        the fragment to be decoded.
 220  */
 221 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressRLEFragment( uint8_t *subRaw,
 222                                                  long fragmentSize,
 223                                                  long RawSegmentSize,
 224                                                  std::ifstream *fp )
 225 {
 226    int8_t count;
 227    long numberOfOutputBytes = 0;
 228    long numberOfReadBytes = 0;
 229
 230    while( numberOfOutputBytes < RawSegmentSize )
 231    {
 232       fp->read( (char*)&count, 1 );
 233       numberOfReadBytes += 1;
 234       if ( count >= 0 )
 235       // Note: count <= 127 comparison is always true due to limited range
 236       //       of data type int8_t [since the maximum of an exact width
 237       //       signed integer of width N is 2^(N-1) - 1, which for int8_t
 238       //       is 127].
 239       {
 240          fp->read( (char*)subRaw, count + 1);
 241          numberOfReadBytes   += count + 1;
 242          subRaw     += count + 1;
 243          numberOfOutputBytes += count + 1;
 244       }
 245       else
 246       {
 247          if ( ( count <= -1 ) && ( count >= -127 ) )
 248          {
 249             int8_t newByte;
 250             fp->read( (char*)&newByte, 1);
 251             numberOfReadBytes += 1;
 252             for( int i = 0; i < -count + 1; i++ )
 253             {
 254                subRaw[i] = newByte;
 255             }
 256             subRaw     += -count + 1;
 257             numberOfOutputBytes += -count + 1;
 258          }
 259       }
 260       // if count = 128 output nothing
 261
 262       if ( numberOfReadBytes > fragmentSize )
 263       {
 264          gdcmVerboseMacro( "Read more bytes than the segment size.");
 265          return false;
 266       }
 267    }
 268    return true;
 269 }
 270
 271 /**
 272  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of 'Run Length Encoded'
 273  *            Dicom encapsulated file and decompress it.
 274  * @param     fp already open File Pointer
 275  *            at which the pixel data should be copied
 276  * @return    Boolean
 277  */
 278 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressRLEFile( std::ifstream *fp )
 279 {
 280    uint8_t *subRaw = Raw;
 281    long RawSegmentSize = XSize * YSize;
 282
 283    // Loop on the frame[s]
 284    for( RLEFramesInfo::RLEFrameList::iterator
 285         it  = RLEInfo->Frames.begin();
 286         it != RLEInfo->Frames.end();
 287       ++it )
 288    {
 289       // Loop on the fragments
 290       for( unsigned int k = 1; k <= (*it)->NumberFragments; k++ )
 291       {
 292          fp->seekg(  (*it)->Offset[k] , std::ios::beg );
 293          (void)ReadAndDecompressRLEFragment( subRaw,
 294                                              (*it)->Length[k],
 295                                              RawSegmentSize,
 296                                              fp );
 297          subRaw += RawSegmentSize;
 298       }
 299    }
 300
 301    if ( BitsAllocated == 16 )
 302    {
 303       // Try to deal with RLE 16 Bits
 304       (void)DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( ZSize );
 305    }
 306
 307    return true;
 308 }
 309
 310 /**
 311  * \brief Swap the bytes, according to \ref SwapCode.
 312  */
 313 void PixelReadConvert::ConvertSwapZone()
 314 {
 315    unsigned int i;
 316
 317    if( BitsAllocated == 16 )
 318    {
 319       uint16_t *im16 = (uint16_t*)Raw;
 320       switch( SwapCode )
 321       {
 322          case 0:
 323          case 12:
 324          case 1234:
 325             break;
 326          case 21:
 327          case 3412:
 328          case 2143:
 329          case 4321:
 330             for( i = 0; i < RawSize / 2; i++ )
 331             {
 332                im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 333             }
 334             break;
 335          default:
 336             gdcmVerboseMacro("SwapCode value (16 bits) not allowed.");
 337       }
 338    }
 339    else if( BitsAllocated == 32 )
 340    {
 341       uint32_t s32;
 342       uint16_t high;
 343       uint16_t low;
 344       uint32_t* im32 = (uint32_t*)Raw;
 345       switch ( SwapCode )
 346       {
 347          case 0:
 348          case 1234:
 349             break;
 350          case 4321:
 351             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 352             {
 353                low     = im32[i] & 0x0000ffff;  // 4321
 354                high    = im32[i] >> 16;
 355                high    = ( high >> 8 ) | ( high << 8 );
 356                low     = ( low  >> 8 ) | ( low  << 8 );
 357                s32     = low;
 358                im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
 359             }
 360             break;
 361          case 2143:
 362             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 363             {
 364                low     = im32[i] & 0x0000ffff;   // 2143
 365                high    = im32[i] >> 16;
 366                high    = ( high >> 8 ) | ( high << 8 );
 367                low     = ( low  >> 8 ) | ( low  << 8 );
 368                s32     = high;
 369                im32[i] = ( s32 << 16 ) | low;
 370             }
 371             break;
 372          case 3412:
 373             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 374             {
 375                low     = im32[i] & 0x0000ffff; // 3412
 376                high    = im32[i] >> 16;
 377                s32     = low;
 378                im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
 379             }
 380             break;
 381          default:
 382             gdcmVerboseMacro("SwapCode value (32 bits) not allowed." );
 383       }
 384    }
 385 }
 386
 387 /**
 388  * \brief Deal with endianity i.e. re-arange bytes inside the integer
 389  */
 390 void PixelReadConvert::ConvertReorderEndianity()
 391 {
 392    if ( BitsAllocated != 8 )
 393    {
 394       ConvertSwapZone();
 395    }
 396
 397    // Special kludge in order to deal with xmedcon broken images:
 398    if (  ( BitsAllocated == 16 )
 399        && ( BitsStored < BitsAllocated )
 400        && ( ! PixelSign ) )
 401    {
 402       int l = (int)( RawSize / ( BitsAllocated / 8 ) );
 403       uint16_t *deb = (uint16_t *)Raw;
 404       for(int i = 0; i<l; i++)
 405       {
 406          if( *deb == 0xffff )
 407          {
 408            *deb = 0;
 409          }
 410          deb++;
 411       }
 412    }
 413 }
 414
 415
 416 /**
 417  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 418  *            file and decompress it. This funciton assumes that each
 419  *            jpeg fragment contains a whole frame (jpeg file).
 420  * @param     fp File Pointer
 421  * @return    Boolean
 422  */
 423 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFramesFromFile( std::ifstream *fp )
 424 {
 425    uint8_t *localRaw = Raw;
 426    // Loop on the fragment[s]
 427    for( JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator
 428         it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 429         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 430       ++it )
 431    {
 432       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 433
 434       if ( BitsStored == 8)
 435       {
 436          // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 437          if ( ! gdcm_read_JPEG_file8( fp, localRaw ) )
 438          {
 439             return false;
 440          }
 441       }
 442       else if ( BitsStored <= 12)
 443       {
 444          // Reading Fragment pixels
 445          if ( ! gdcm_read_JPEG_file12 ( fp, localRaw ) )
 446          {
 447             return false;
 448          }
 449       }
 450       else if ( BitsStored <= 16)
 451       {
 452          // Reading Fragment pixels
 453          if ( ! gdcm_read_JPEG_file16 ( fp, localRaw ) )
 454          {
 455             return false;
 456          }
 457          //gdcmAssertMacro( IsJPEGLossless );
 458       }
 459       else
 460       {
 461          // other JPEG lossy not supported
 462          gdcmErrorMacro( "Unknown jpeg lossy compression ");
 463          return false;
 464       }
 465
 466       // Advance to next free location in Raw
 467       // for next fragment decompression (if any)
 468       int length = XSize * YSize * SamplesPerPixel;
 469       int numberBytes = BitsAllocated / 8;
 470
 471       localRaw += length * numberBytes;
 472    }
 473    return true;
 474 }
 475
 476 /**
 477  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 478  *            file and decompress it. This function assumes that the dicom
 479  *            image is a single frame split into several JPEG fragments.
 480  *            Those fragments will be glued together into a memory buffer
 481  *            before being read.
 482  * @param     fp File Pointer
 483  * @return    Boolean
 484  */
 485 bool PixelReadConvert::
 486 ReadAndDecompressJPEGSingleFrameFragmentsFromFile( std::ifstream *fp )
 487 {
 488    // Loop on the fragment[s] to get total length
 489    size_t totalLength = 0;
 490    JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator it;
 491    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 492         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 493         ++it )
 494    {
 495       totalLength += (*it)->Length;
 496    }
 497
 498    // Concatenate the jpeg fragments into a local buffer
 499    JOCTET *buffer = new JOCTET [totalLength];
 500    JOCTET *p = buffer;
 501
 502    // Loop on the fragment[s]
 503    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 504         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 505         ++it )
 506    {
 507       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 508       size_t len = (*it)->Length;
 509       fp->read((char *)p,len);
 510       p += len;
 511    }
 512
 513    size_t howManyRead = 0;
 514    size_t howManyWritten = 0;
 515
 516    if ( BitsStored == 8)
 517    {
 518       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory8( buffer, totalLength, Raw,
 519                                      &howManyRead, &howManyWritten ) )
 520       {
 521          gdcmErrorMacro( "Failed to read jpeg8 ");
 522          delete [] buffer;
 523          return false;
 524       }
 525    }
 526    else if ( BitsStored <= 12)
 527    {
 528       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory12( buffer, totalLength, Raw,
 529                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 530       {
 531          gdcmErrorMacro( "Failed to read jpeg12 ");
 532             delete [] buffer;
 533             return false;
 534       }
 535    }
 536    else if ( BitsStored <= 16)
 537    {
 538
 539       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory16( buffer, totalLength, Raw,
 540                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 541       {
 542          gdcmErrorMacro( "Failed to read jpeg16 ");
 543          delete [] buffer;
 544          return false;
 545       }
 546    }
 547    else
 548    {
 549       // other JPEG lossy not supported
 550       gdcmErrorMacro( "Unknown jpeg lossy compression ");
 551       delete [] buffer;
 552       return false;
 553    }
 554
 555    // free local buffer
 556    delete [] buffer;
 557
 558    return true;
 559 }
 560
 561 /**
 562  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 563  *            file and decompress it. This function handles the generic
 564  *            and complex case where the DICOM contains several frames,
 565  *            and some of the frames are possibly split into several JPEG
 566  *            fragments.
 567  * @param     fp File Pointer
 568  * @return    Boolean
 569  */
 570 bool PixelReadConvert::
 571 ReadAndDecompressJPEGFragmentedFramesFromFile( std::ifstream *fp )
 572 {
 573    // Loop on the fragment[s] to get total length
 574    size_t totalLength = 0;
 575    JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator it;
 576    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 577         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 578         ++it )
 579    {
 580       totalLength += (*it)->Length;
 581    }
 582
 583    // Concatenate the jpeg fragments into a local buffer
 584    JOCTET *buffer = new JOCTET [totalLength];
 585    JOCTET *p = buffer;
 586
 587    // Loop on the fragment[s]
 588    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 589         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 590         ++it )
 591    {
 592       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 593       size_t len = (*it)->Length;
 594       fp->read((char *)p,len);
 595       p+=len;
 596    }
 597
 598    size_t howManyRead = 0;
 599    size_t howManyWritten = 0;
 600    size_t fragmentLength = 0;
 601
 602    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin() ;
 603         (it != JPEGInfo->Fragments.end()) && (howManyRead < totalLength);
 604         ++it )
 605    {
 606       fragmentLength += (*it)->Length;
 607
 608       if (howManyRead > fragmentLength) continue;
 609
 610       if ( BitsStored == 8)
 611       {
 612         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory8( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 613                                      Raw+howManyWritten,
 614                                      &howManyRead, &howManyWritten ) )
 615           {
 616             gdcmErrorMacro( "Failed to read jpeg8");
 617             delete [] buffer;
 618             return false;
 619           }
 620       }
 621       else if ( BitsStored <= 12)
 622       {
 623
 624         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory12( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 625                                       Raw+howManyWritten,
 626                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 627           {
 628             gdcmErrorMacro( "Failed to read jpeg12");
 629             delete [] buffer;
 630             return false;
 631          }
 632       }
 633       else if ( BitsStored <= 16)
 634       {
 635
 636         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory16( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 637                                       Raw+howManyWritten,
 638                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 639           {
 640             gdcmErrorMacro( "Failed to read jpeg16 ");
 641             delete [] buffer;
 642             return false;
 643           }
 644       }
 645       else
 646       {
 647          // other JPEG lossy not supported
 648          gdcmErrorMacro( "Unknown jpeg lossy compression ");
 649          delete [] buffer;
 650          return false;
 651       }
 652
 653       if (howManyRead < fragmentLength)
 654          howManyRead = fragmentLength;
 655    }
 656
 657    // free local buffer
 658    delete [] buffer;
 659
 660    return true;
 661 }
 662
 663 /**
 664  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 665  *            file and decompress it.
 666  * @param     fp File Pointer
 667  * @return    Boolean
 668  */
 669 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile( std::ifstream *fp )
 670 {
 671    if ( IsJPEG2000 )
 672    {
 673       fp->seekg( (*JPEGInfo->Fragments.begin())->Offset, std::ios::beg);
 674       if ( ! gdcm_read_JPEG2000_file( fp,Raw ) )
 675          return false;
 676    }
 677
 678    if ( ( ZSize == 1 ) && ( JPEGInfo->Fragments.size() > 1 ) )
 679    {
 680       // we have one frame split into several fragments
 681       // we will pack those fragments into a single buffer and
 682       // read from it
 683       return ReadAndDecompressJPEGSingleFrameFragmentsFromFile( fp );
 684    }
 685    else if (JPEGInfo->Fragments.size() == (size_t)ZSize)
 686    {
 687       // suppose each fragment is a frame
 688       return ReadAndDecompressJPEGFramesFromFile( fp );
 689    }
 690    else
 691    {
 692       // The dicom image contains frames containing fragments of images
 693       // a more complex algorithm :-)
 694       return ReadAndDecompressJPEGFragmentedFramesFromFile( fp );
 695    }
 696 }
 697
 698 /**
 699  * \brief  Re-arrange the bits within the bytes.
 700  * @return Boolean
 701  */
 702 bool PixelReadConvert::ConvertReArrangeBits() throw ( FormatError )
 703 {
 704    if ( BitsStored != BitsAllocated )
 705    {
 706       int l = (int)( RawSize / ( BitsAllocated / 8 ) );
 707       if ( BitsAllocated == 16 )
 708       {
 709          uint16_t mask = 0xffff;
 710          mask = mask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
 711          uint16_t* deb = (uint16_t*)Raw;
 712          for(int i = 0; i<l; i++)
 713          {
 714             *deb = (*deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1)) & mask;
 715             deb++;
 716          }
 717       }
 718       else if ( BitsAllocated == 32 )
 719       {
 720          uint32_t mask = 0xffffffff;
 721          mask = mask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
 722          uint32_t* deb = (uint32_t*)Raw;
 723          for(int i = 0; i<l; i++)
 724          {
 725             *deb = (*deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1)) & mask;
 726             deb++;
 727          }
 728       }
 729       else
 730       {
 731          gdcmVerboseMacro("Weird image");
 732          throw FormatError( "Weird image !?" );
 733       }
 734    }
 735    return true;
 736 }
 737
 738 /**
 739  * \brief   Convert (Y plane, cB plane, cR plane) to RGB pixels
 740  * \warning Works on all the frames at a time
 741  */
 742 void PixelReadConvert::ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
 743 {
 744    uint8_t *localRaw = Raw;
 745    uint8_t *copyRaw = new uint8_t[ RawSize ];
 746    memmove( copyRaw, localRaw, RawSize );
 747
 748    // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 749    // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 750    // ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 751    // and be *very* affraid
 752    //
 753    int l        = XSize * YSize;
 754    int nbFrames = ZSize;
 755
 756    uint8_t *a = copyRaw;
 757    uint8_t *b = copyRaw + l;
 758    uint8_t *c = copyRaw + l + l;
 759    double R, G, B;
 760
 761    /// \todo : Replace by the 'well known' integer computation
 762    ///         counterpart. Refer to
 763    ///            http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 764    ///         for code optimisation.
 765
 766    for ( int i = 0; i < nbFrames; i++ )
 767    {
 768       for ( int j = 0; j < l; j++ )
 769       {
 770          R = 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 771          G = 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 772          B = 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 773
 774          if (R < 0.0)   R = 0.0;
 775          if (G < 0.0)   G = 0.0;
 776          if (B < 0.0)   B = 0.0;
 777          if (R > 255.0) R = 255.0;
 778          if (G > 255.0) G = 255.0;
 779          if (B > 255.0) B = 255.0;
 780
 781          *(localRaw++) = (uint8_t)R;
 782          *(localRaw++) = (uint8_t)G;
 783          *(localRaw++) = (uint8_t)B;
 784          a++;
 785          b++;
 786          c++;
 787       }
 788    }
 789    delete[] copyRaw;
 790 }
 791
 792 /**
 793  * \brief   Convert (Red plane, Green plane, Blue plane) to RGB pixels
 794  * \warning Works on all the frames at a time
 795  */
 796 void PixelReadConvert::ConvertRGBPlanesToRGBPixels()
 797 {
 798    uint8_t *localRaw = Raw;
 799    uint8_t *copyRaw = new uint8_t[ RawSize ];
 800    memmove( copyRaw, localRaw, RawSize );
 801
 802    int l = XSize * YSize * ZSize;
 803
 804    uint8_t* a = copyRaw;
 805    uint8_t* b = copyRaw + l;
 806    uint8_t* c = copyRaw + l + l;
 807
 808    for (int j = 0; j < l; j++)
 809    {
 810       *(localRaw++) = *(a++);
 811       *(localRaw++) = *(b++);
 812       *(localRaw++) = *(c++);
 813    }
 814    delete[] copyRaw;
 815 }
 816
 817 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData( std::ifstream *fp )
 818 {
 819    // ComputeRawAndRGBSizes is already made by
 820    // ::GrabInformationsFromHeader. So, the structure sizes are
 821    // correct
 822    Squeeze();
 823
 824    //////////////////////////////////////////////////
 825    //// First stage: get our hands on the Pixel Data.
 826    if ( !fp )
 827    {
 828       gdcmVerboseMacro( "Unavailable file pointer." );
 829       return false;
 830    }
 831
 832    fp->seekg( PixelOffset, std::ios::beg );
 833    if( fp->fail() || fp->eof())
 834    {
 835       gdcmVerboseMacro( "Unable to find PixelOffset in file." );
 836       return false;
 837    }
 838
 839    AllocateRaw();
 840
 841    //////////////////////////////////////////////////
 842    //// Second stage: read from disk dans decompress.
 843    if ( BitsAllocated == 12 )
 844    {
 845       ReadAndDecompress12BitsTo16Bits( fp);
 846    }
 847    else if ( IsRaw )
 848    {
 849       // This problem can be found when some obvious informations are found
 850       // after the field containing the image datas. In this case, these
 851       // bad datas are added to the size of the image (in the PixelDataLength
 852       // variable). But RawSize is the right size of the image !
 853       if( PixelDataLength != RawSize)
 854       {
 855          gdcmVerboseMacro( "Mismatch between PixelReadConvert and RawSize." );
 856       }
 857       if( PixelDataLength > RawSize)
 858       {
 859          fp->read( (char*)Raw, RawSize);
 860       }
 861       else
 862       {
 863          fp->read( (char*)Raw, PixelDataLength);
 864       }
 865
 866       if ( fp->fail() || fp->eof())
 867       {
 868          gdcmVerboseMacro( "Reading of Raw pixel data failed." );
 869          return false;
 870       }
 871    }
 872    else if ( IsRLELossless )
 873    {
 874       if ( ! ReadAndDecompressRLEFile( fp ) )
 875       {
 876          gdcmVerboseMacro( "RLE decompressor failed." );
 877          return false;
 878       }
 879    }
 880    else
 881    {
 882       // Default case concerns JPEG family
 883       if ( ! ReadAndDecompressJPEGFile( fp ) )
 884       {
 885          gdcmVerboseMacro( "JPEG decompressor failed." );
 886          return false;
 887       }
 888    }
 889
 890    ////////////////////////////////////////////
 891    //// Third stage: twigle the bytes and bits.
 892    ConvertReorderEndianity();
 893    ConvertReArrangeBits();
 894    ConvertHandleColor();
 895
 896    return true;
 897 }
 898
 899 void PixelReadConvert::ConvertHandleColor()
 900 {
 901    //////////////////////////////////
 902    // Deal with the color decoding i.e. handle:
 903    //   - R, G, B planes (as opposed to RGB pixels)
 904    //   - YBR (various) encodings.
 905    //   - LUT[s] (or "PALETTE COLOR").
 906    //
 907    // The classification in the color decoding schema is based on the blending
 908    // of two Dicom tags values:
 909    // * "Photometric Interpretation" for which we have the cases:
 910    //  - [Photo A] MONOCHROME[1|2] pictures,
 911    //  - [Photo B] RGB or YBR_FULL_422 (which acts as RGB),
 912    //  - [Photo C] YBR_* (with the above exception of YBR_FULL_422)
 913    //  - [Photo D] "PALETTE COLOR" which indicates the presence of LUT[s].
 914    // * "Planar Configuration" for which we have the cases:
 915    //  - [Planar 0] 0 then Pixels are already RGB
 916    //  - [Planar 1] 1 then we have 3 planes : R, G, B,
 917    //  - [Planar 2] 2 then we have 1 gray Plane and 3 LUTs
 918    //
 919    // Now in theory, one could expect some coherence when blending the above
 920    // cases. For example we should not encounter files belonging at the
 921    // time to case [Planar 0] and case [Photo D].
 922    // Alas, this was only theory ! Because in practice some odd (read ill
 923    // formated Dicom) files (e.g. gdcmData/US-PAL-8-10x-echo.dcm) we encounter:
 924    //     - "Planar Configuration" = 0,
 925    //     - "Photometric Interpretation" = "PALETTE COLOR".
 926    // Hence gdcm shall use the folowing "heuristic" in order to be tolerant
 927    // towards Dicom-non-conformance files:
 928    //   << whatever the "Planar Configuration" value might be, a
 929    //      "Photometric Interpretation" set to "PALETTE COLOR" forces
 930    //      a LUT intervention >>
 931    //
 932    // Now we are left with the following handling of the cases:
 933    // - [Planar 0] OR  [Photo A] no color decoding (since respectively
 934    //       Pixels are already RGB and monochrome pictures have no color :),
 935    // - [Planar 1] AND [Photo B] handled with ConvertRGBPlanesToRGBPixels()
 936    // - [Planar 1] AND [Photo C] handled with ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
 937    // - [Planar 2] OR  [Photo D] requires LUT intervention.
 938
 939    if ( ! IsRawRGB() )
 940    {
 941       // [Planar 2] OR  [Photo D]: LUT intervention done outside
 942       return;
 943    }
 944
 945    if ( PlanarConfiguration == 1 )
 946    {
 947       if ( IsYBRFull )
 948       {
 949          // [Planar 1] AND [Photo C] (remember YBR_FULL_422 acts as RGB)
 950          ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels();
 951       }
 952       else
 953       {
 954          // [Planar 1] AND [Photo C]
 955          ConvertRGBPlanesToRGBPixels();
 956       }
 957       return;
 958    }
 959
 960    // When planarConf is 0, and RLELossless (forbidden by Dicom norm)
 961    // pixels need to be RGB-fied anyway
 962    if (IsRLELossless)
 963    {
 964      ConvertRGBPlanesToRGBPixels();
 965    }
 966    // In *normal *case, when planarConf is 0, pixels are already in RGB
 967 }
 968
 969 /**
 970  * \brief Predicate to know wether the image[s] (once Raw) is RGB.
 971  * \note See comments of \ref ConvertHandleColor
 972  */
 973 bool PixelReadConvert::IsRawRGB()
 974 {
 975    if (   IsMonochrome
 976        || PlanarConfiguration == 2
 977        || IsPaletteColor )
 978    {
 979       return false;
 980    }
 981    return true;
 982 }
 983
 984 void PixelReadConvert::ComputeRawAndRGBSizes()
 985 {
 986    int bitsAllocated = BitsAllocated;
 987    // Number of "Bits Allocated" is fixed to 16 when it's 12, since
 988    // in this case we will expand the image to 16 bits (see
 989    //    \ref ReadAndDecompress12BitsTo16Bits() )
 990    if (  BitsAllocated == 12 )
 991    {
 992       bitsAllocated = 16;
 993    }
 994
 995    RawSize =  XSize * YSize * ZSize
 996                      * ( bitsAllocated / 8 )
 997                      * SamplesPerPixel;
 998    if ( HasLUT )
 999    {
1000       RGBSize = 3 * RawSize;
1001    }
1002    else
1003    {
1004       RGBSize = RawSize;
1005    }
1006 }
1007
1008 void PixelReadConvert::GrabInformationsFromHeader( Header *header )
1009 {
1010    // Number of Bits Allocated for storing a Pixel is defaulted to 16
1011    // when absent from the header.
1012    BitsAllocated = header->GetBitsAllocated();
1013    if ( BitsAllocated == 0 )
1014    {
1015       BitsAllocated = 16;
1016    }
1017
1018    // Number of "Bits Stored" defaulted to number of "Bits Allocated"
1019    // when absent from the header.
1020    BitsStored = header->GetBitsStored();
1021    if ( BitsStored == 0 )
1022    {
1023       BitsStored = BitsAllocated;
1024    }
1025
1026    // High Bit Position
1027    HighBitPosition = header->GetHighBitPosition();
1028    if ( HighBitPosition == 0 )
1029    {
1030       HighBitPosition = BitsAllocated - 1;
1031    }
1032
1033    XSize = header->GetXSize();
1034    YSize = header->GetYSize();
1035    ZSize = header->GetZSize();
1036    SamplesPerPixel = header->GetSamplesPerPixel();
1037    PixelSize = header->GetPixelSize();
1038    PixelSign = header->IsSignedPixelData();
1039    SwapCode  = header->GetSwapCode();
1040    std::string ts = header->GetTransferSyntax();
1041    IsRaw =
1042         ( ! header->IsDicomV3() )
1043      || Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ImplicitVRLittleEndian
1044      || Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ImplicitVRLittleEndianDLXGE
1045      || Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ExplicitVRLittleEndian
1046      || Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ExplicitVRBigEndian
1047      || Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::DeflatedExplicitVRLittleEndian;
1048    IsJPEG2000     = Global::GetTS()->IsJPEG2000(ts);
1049    IsJPEGLossless = Global::GetTS()->IsJPEGLossless(ts);
1050    IsRLELossless  =  Global::GetTS()->IsRLELossless(ts);
1051    PixelOffset     = header->GetPixelOffset();
1052    PixelDataLength = header->GetPixelAreaLength();
1053    RLEInfo  = header->GetRLEInfo();
1054    JPEGInfo = header->GetJPEGInfo();
1055
1056    PlanarConfiguration = header->GetPlanarConfiguration();
1057    IsMonochrome = header->IsMonochrome();
1058    IsPaletteColor = header->IsPaletteColor();
1059    IsYBRFull = header->IsYBRFull();
1060
1061    /////////////////////////////////////////////////////////////////
1062    // LUT section:
1063    HasLUT = header->HasLUT();
1064    if ( HasLUT )
1065    {
1066       // Just in case some access to a Header element requires disk access.
1067       LutRedDescriptor   = header->GetEntry( 0x0028, 0x1101 );
1068       LutGreenDescriptor = header->GetEntry( 0x0028, 0x1102 );
1069       LutBlueDescriptor  = header->GetEntry( 0x0028, 0x1103 );
1070
1071       // Depending on the value of Document::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
1072       // [ refer to invocation of Document::SetMaxSizeLoadEntry() in
1073       // Document::Document() ], the loading of the value (content) of a
1074       // [Bin|Val]Entry occurence migth have been hindered (read simply NOT
1075       // loaded). Hence, we first try to obtain the LUTs data from the header
1076       // and when this fails we read the LUTs data directely from disk.
1077       /// \todo Reading a [Bin|Val]Entry directly from disk is a kludge.
1078       ///       We should NOT bypass the [Bin|Val]Entry class. Instead
1079       ///       an access to an UNLOADED content of a [Bin|Val]Entry occurence
1080       ///       (e.g. BinEntry::GetBinArea()) should force disk access from
1081       ///       within the [Bin|Val]Entry class itself. The only problem
1082       ///       is that the [Bin|Val]Entry is unaware of the FILE* is was
1083       ///       parsed from. Fix that. FIXME.
1084
1085       ////// Red round
1086       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1201);
1087       LutRedData = (uint8_t*)header->GetEntryBinArea( 0x0028, 0x1201 );
1088       if ( ! LutRedData )
1089       {
1090          gdcmVerboseMacro( "Unable to read red LUT data" );
1091       }
1092
1093       ////// Green round:
1094       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1202);
1095       LutGreenData = (uint8_t*)header->GetEntryBinArea(0x0028, 0x1202 );
1096       if ( ! LutGreenData)
1097       {
1098          gdcmVerboseMacro( "Unable to read green LUT data" );
1099       }
1100
1101       ////// Blue round:
1102       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1203);
1103       LutBlueData = (uint8_t*)header->GetEntryBinArea( 0x0028, 0x1203 );
1104       if ( ! LutBlueData )
1105       {
1106          gdcmVerboseMacro( "Unable to read blue LUT data" );
1107       }
1108    }
1109
1110    ComputeRawAndRGBSizes();
1111 }
1112
1113 /**
1114  * \brief Build Red/Green/Blue/Alpha LUT from Header
1115  *         when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1116  *          and (0028,1101),(0028,1102),(0028,1102)
1117  *            - xxx Palette Color Lookup Table Descriptor - are found
1118  *          and (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202)
1119  *            - xxx Palette Color Lookup Table Data - are found
1120  * \warning does NOT deal with :
1121  *   0028 1100 Gray Lookup Table Descriptor (Retired)
1122  *   0028 1221 Segmented Red Palette Color Lookup Table Data
1123  *   0028 1222 Segmented Green Palette Color Lookup Table Data
1124  *   0028 1223 Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data
1125  *   no known Dicom reader deals with them :-(
1126  * @return a RGBA Lookup Table
1127  */
1128 void PixelReadConvert::BuildLUTRGBA()
1129 {
1130    if ( LutRGBA )
1131    {
1132       return;
1133    }
1134    // Not so easy : see
1135    // http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/limitations.html#Color%20Lookup%20Tables
1136
1137    if ( ! IsPaletteColor )
1138    {
1139       return;
1140    }
1141
1142    if (   LutRedDescriptor   == GDCM_UNFOUND
1143        || LutGreenDescriptor == GDCM_UNFOUND
1144        || LutBlueDescriptor  == GDCM_UNFOUND )
1145    {
1146       return;
1147    }
1148
1149    ////////////////////////////////////////////
1150    // Extract the info from the LUT descriptors
1151    int lengthR;   // Red LUT length in Bytes
1152    int debR;      // Subscript of the first Lut Value
1153    int nbitsR;    // Lut item size (in Bits)
1154    int nbRead = sscanf( LutRedDescriptor.c_str(),
1155                         "%d\\%d\\%d",
1156                         &lengthR, &debR, &nbitsR );
1157    if( nbRead != 3 )
1158    {
1159       gdcmVerboseMacro( "Wrong red LUT descriptor" );
1160    }
1161
1162    int lengthG;  // Green LUT length in Bytes
1163    int debG;     // Subscript of the first Lut Value
1164    int nbitsG;   // Lut item size (in Bits)
1165    nbRead = sscanf( LutGreenDescriptor.c_str(),
1166                     "%d\\%d\\%d",
1167                     &lengthG, &debG, &nbitsG );
1168    if( nbRead != 3 )
1169    {
1170       gdcmVerboseMacro( "Wrong green LUT descriptor" );
1171    }
1172
1173    int lengthB;  // Blue LUT length in Bytes
1174    int debB;     // Subscript of the first Lut Value
1175    int nbitsB;   // Lut item size (in Bits)
1176    nbRead = sscanf( LutRedDescriptor.c_str(),
1177                     "%d\\%d\\%d",
1178                     &lengthB, &debB, &nbitsB );
1179    if( nbRead != 3 )
1180    {
1181       gdcmVerboseMacro( "Wrong blue LUT descriptor" );
1182    }
1183
1184    ////////////////////////////////////////////////////////
1185    if ( ( ! LutRedData ) || ( ! LutGreenData ) || ( ! LutBlueData ) )
1186    {
1187       return;
1188    }
1189
1190    ////////////////////////////////////////////////
1191    // forge the 4 * 8 Bits Red/Green/Blue/Alpha LUT
1192    LutRGBA = new uint8_t[ 1024 ]; // 256 * 4 (R, G, B, Alpha)
1193    if ( !LutRGBA )
1194    {
1195       return;
1196    }
1197    memset( LutRGBA, 0, 1024 );
1198
1199    int mult;
1200    if ( ( nbitsR == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
1201    {
1202       // when LUT item size is different than pixel size
1203       mult = 2; // high byte must be = low byte
1204    }
1205    else
1206    {
1207       // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
1208       mult = 1;
1209    }
1210
1211    // if we get a black image, let's just remove the '+1'
1212    // from 'i*mult+1' and check again
1213    // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
1214    // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
1215    // and fix the code
1216    // We give up the checking to avoid some (useless ?)overhead
1217    // (optimistic asumption)
1218    int i;
1219    uint8_t* a = LutRGBA + 0;
1220    for( i=0; i < lengthR; ++i )
1221    {
1222       *a = LutRedData[i*mult+1];
1223       a += 4;
1224    }
1225
1226    a = LutRGBA + 1;
1227    for( i=0; i < lengthG; ++i)
1228    {
1229       *a = LutGreenData[i*mult+1];
1230       a += 4;
1231    }
1232
1233    a = LutRGBA + 2;
1234    for(i=0; i < lengthB; ++i)
1235    {
1236       *a = LutBlueData[i*mult+1];
1237       a += 4;
1238    }
1239
1240    a = LutRGBA + 3;
1241    for(i=0; i < 256; ++i)
1242    {
1243       *a = 1; // Alpha component
1244       a += 4;
1245    }
1246 }
1247
1248 /**
1249  * \brief Build the RGB image from the Raw imagage and the LUTs.
1250  */
1251 bool PixelReadConvert::BuildRGBImage()
1252 {
1253    if ( RGB )
1254    {
1255       // The job is already done.
1256       return true;
1257    }
1258
1259    if ( ! Raw )
1260    {
1261       // The job can't be done
1262       return false;
1263    }
1264
1265    BuildLUTRGBA();
1266    if ( ! LutRGBA )
1267    {
1268       // The job can't be done
1269       return false;
1270    }
1271
1272    // Build RGB Pixels
1273    AllocateRGB();
1274    uint8_t* localRGB = RGB;
1275    for (size_t i = 0; i < RawSize; ++i )
1276    {
1277       int j  = Raw[i] * 4;
1278       *localRGB++ = LutRGBA[j];
1279       *localRGB++ = LutRGBA[j+1];
1280       *localRGB++ = LutRGBA[j+2];
1281    }
1282    return true;
1283 }
1284
1285 /**
1286  * \brief        Print self.
1287  * @param os     Stream to print to.
1288  */
1289 void PixelReadConvert::Print( std::ostream &os )
1290 {
1291    Print("",os);
1292 }
1293
1294 /**
1295  * \brief        Print self.
1296  * @param indent Indentation string to be prepended during printing.
1297  * @param os     Stream to print to.
1298  */
1299 void PixelReadConvert::Print( std::string indent, std::ostream &os )
1300 {
1301    os << indent
1302       << "--- Pixel information -------------------------"
1303       << std::endl;
1304    os << indent
1305       << "Pixel Data: offset " << PixelOffset
1306       << " x(" << std::hex << PixelOffset << std::dec
1307       << ")   length " << PixelDataLength
1308       << " x(" << std::hex << PixelDataLength << std::dec
1309       << ")" << std::endl;
1310
1311    if ( IsRLELossless )
1312    {
1313       if ( RLEInfo )
1314       {
1315          RLEInfo->Print( indent, os );
1316       }
1317       else
1318       {
1319          gdcmVerboseMacro("Set as RLE file but NO RLEinfo present.");
1320       }
1321    }
1322
1323    if ( IsJPEG2000 || IsJPEGLossless )
1324    {
1325       if ( JPEGInfo )
1326       {
1327          JPEGInfo->Print( indent, os );
1328       }
1329       else
1330       {
1331          gdcmVerboseMacro("Set as JPEG file but NO JPEGinfo present.");
1332       }
1333    }
1334 }
1335
1336 } // end namespace gdcm
1337
1338 // NOTES on File internal calls
1339 // User
1340 // ---> GetImageData
1341 //     ---> GetImageDataIntoVector
1342 //        |---> GetImageDataIntoVectorRaw
1343 //        | lut intervention
1344 // User
1345 // ---> GetImageDataRaw
1346 //     ---> GetImageDataIntoVectorRaw
1347