src/gdcmPixelReadConvert.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmPixelReadConvert.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/16 11:37:03 $
   7   Version:   $Revision: 1.12 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //////////////////   TEMPORARY NOTE
  20 // look for "fixMem" and convert that to a member of this class
  21 // Removing the prefix fixMem and dealing with allocations should do the trick
  22 //
  23 // grep PixelReadConvert everywhere and clean up !
  24
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmHeader.h"
  27 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  28 #include "gdcmDocEntry.h"
  29 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  30 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  31
  32 #include <fstream>
  33 #include <stdio.h> //for sscanf
  34
  35 namespace gdcm
  36 {
  37 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  38
  39 // For JPEG 2000, body in file gdcmJpeg2000.cxx
  40 bool gdcm_read_JPEG2000_file (std::ifstream* fp, void* image_buffer);
  41
  42 #define JOCTET uint8_t
  43 // For JPEG 8 Bits, body in file gdcmJpeg8.cxx
  44 bool gdcm_read_JPEG_file8 (std::ifstream* fp, void* image_buffer);
  45 bool gdcm_read_JPEG_memory8    (const JOCTET* buffer, const size_t buflen,
  46                                 void* image_buffer,
  47                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  48 //
  49 // For JPEG 12 Bits, body in file gdcmJpeg12.cxx
  50 bool gdcm_read_JPEG_file12 (std::ifstream* fp, void* image_buffer);
  51 bool gdcm_read_JPEG_memory12   (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  52                                 void* image_buffer,
  53                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  54
  55 // For JPEG 16 Bits, body in file gdcmJpeg16.cxx
  56 // Beware this is misleading there is no 16bits DCT algorithm, only
  57 // jpeg lossless compression exist in 16bits.
  58 bool gdcm_read_JPEG_file16 (std::ifstream* fp, void* image_buffer);
  59 bool gdcm_read_JPEG_memory16   (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  60                                 void* image_buffer,
  61                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  62
  63
  64 //-----------------------------------------------------------------------------
  65 // Constructor / Destructor
  66 PixelReadConvert::PixelReadConvert()
  67 {
  68    RGB = 0;
  69    RGBSize = 0;
  70    Raw = 0;
  71    RawSize = 0;
  72    LutRGBA = 0;
  73    LutRedData = 0;
  74    LutGreenData = 0;
  75    LutBlueData =0;
  76 }
  77
  78 void PixelReadConvert::Squeeze()
  79 {
  80    if ( RGB )
  81    {
  82       delete [] RGB;
  83    }
  84    RGB = 0;
  85
  86    if ( Raw )
  87    {
  88       delete [] Raw;
  89    }
  90    Raw = 0;
  91
  92    if ( LutRGBA )
  93    {
  94       delete [] LutRGBA;
  95    }
  96    LutRGBA = 0;
  97 }
  98
  99 PixelReadConvert::~PixelReadConvert()
 100 {
 101    Squeeze();
 102 }
 103
 104 void PixelReadConvert::AllocateRGB()
 105 {
 106   if ( RGB ) {
 107      delete [] RGB;
 108   }
 109   RGB = new uint8_t[ RGBSize ];
 110 }
 111
 112 void PixelReadConvert::AllocateRaw()
 113 {
 114   if ( Raw ) {
 115      delete [] Raw;
 116   }
 117   Raw = new uint8_t[ RawSize ];
 118 }
 119
 120 /**
 121  * \brief Read from file a 12 bits per pixel image and decompress it
 122  *        into a 16 bits per pixel image.
 123  */
 124 void PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits( std::ifstream* fp )
 125                throw ( FormatError )
 126 {
 127    int nbPixels = XSize * YSize;
 128    uint16_t* localDecompres = (uint16_t*)Raw;
 129
 130    for( int p = 0; p < nbPixels; p += 2 )
 131    {
 132       uint8_t b0, b1, b2;
 133
 134       fp->read( (char*)&b0, 1);
 135       if ( fp->fail() || fp->eof() )//Fp->gcount() == 1
 136       {
 137          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 138                                 "Unfound first block" );
 139       }
 140
 141       fp->read( (char*)&b1, 1 );
 142       if ( fp->fail() || fp->eof())//Fp->gcount() == 1
 143       {
 144          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 145                                 "Unfound second block" );
 146       }
 147
 148       fp->read( (char*)&b2, 1 );
 149       if ( fp->fail() || fp->eof())//Fp->gcount() == 1
 150       {
 151          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 152                                 "Unfound second block" );
 153       }
 154
 155       // Two steps are necessary to please VC++
 156       //
 157       // 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]
 158       // 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]
 159       //                        A                     B                 D
 160       *localDecompres++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 161       //                        F                     C                 E
 162       *localDecompres++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 163
 164       /// \todo JPR Troubles expected on Big-Endian processors ?
 165    }
 166 }
 167
 168 /**
 169  * \brief     Try to deal with RLE 16 Bits.
 170  *            We assume the RLE has allready been parsed and loaded in
 171  *            Raw (through \ref ReadAndDecompressJPEGFile ).
 172  *            We here need to make 16 Bits Pixels from Low Byte and
 173  *            High Byte 'Planes'...(for what it may mean)
 174  * @return    Boolean
 175  */
 176 bool PixelReadConvert::DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( int NumberOfFrames )
 177 {
 178    size_t pixelNumber = XSize * YSize;
 179    size_t rawSize = XSize * YSize * NumberOfFrames;
 180
 181    // We assumed Raw contains the decoded RLE pixels but as
 182    // 8 bits per pixel. In order to convert those pixels to 16 bits
 183    // per pixel we cannot work in place within Raw and hence
 184    // we copy it in a safe place, say copyRaw.
 185
 186    uint8_t* copyRaw = new uint8_t[ rawSize * 2 ];
 187    memmove( copyRaw, Raw, rawSize * 2 );
 188
 189    uint8_t* x = Raw;
 190    uint8_t* a = copyRaw;
 191    uint8_t* b = a + pixelNumber;
 192
 193    for ( int i = 0; i < NumberOfFrames; i++ )
 194    {
 195       for ( unsigned int j = 0; j < pixelNumber; j++ )
 196       {
 197          *(x++) = *(b++);
 198          *(x++) = *(a++);
 199       }
 200    }
 201
 202    delete[] copyRaw;
 203
 204    /// \todo check that operator new []didn't fail, and sometimes return false
 205    return true;
 206 }
 207
 208 /**
 209  * \brief Implementation of the RLE decoding algorithm for decompressing
 210  *        a RLE fragment. [refer to PS 3.5-2003, section G.3.2 p 86]
 211  * @param subRaw Sub region of \ref Raw where the de
 212  *        decoded fragment should be placed.
 213  * @param fragmentSize The length of the binary fragment as found on the disk.
 214  * @param RawSegmentSize The expected length of the fragment ONCE
 215  *        Raw.
 216  * @param fp File Pointer: on entry the position should be the one of
 217  *        the fragment to be decoded.
 218  */
 219 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressRLEFragment( uint8_t* subRaw,
 220                                                  long fragmentSize,
 221                                                  long RawSegmentSize,
 222                                                  std::ifstream* fp )
 223 {
 224    int8_t count;
 225    long numberOfOutputBytes = 0;
 226    long numberOfReadBytes = 0;
 227
 228    while( numberOfOutputBytes < RawSegmentSize )
 229    {
 230       fp->read( (char*)&count, 1 );
 231       numberOfReadBytes += 1;
 232       if ( count >= 0 )
 233       // Note: count <= 127 comparison is always true due to limited range
 234       //       of data type int8_t [since the maximum of an exact width
 235       //       signed integer of width N is 2^(N-1) - 1, which for int8_t
 236       //       is 127].
 237       {
 238          fp->read( (char*)subRaw, count + 1);
 239          numberOfReadBytes   += count + 1;
 240          subRaw     += count + 1;
 241          numberOfOutputBytes += count + 1;
 242       }
 243       else
 244       {
 245          if ( ( count <= -1 ) && ( count >= -127 ) )
 246          {
 247             int8_t newByte;
 248             fp->read( (char*)&newByte, 1);
 249             numberOfReadBytes += 1;
 250             for( int i = 0; i < -count + 1; i++ )
 251             {
 252                subRaw[i] = newByte;
 253             }
 254             subRaw     += -count + 1;
 255             numberOfOutputBytes += -count + 1;
 256          }
 257       }
 258       // if count = 128 output nothing
 259
 260       if ( numberOfReadBytes > fragmentSize )
 261       {
 262          dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::ReadAndDecompressRLEFragment: we "
 263                         "read more bytes than the segment size.");
 264          return false;
 265       }
 266    }
 267    return true;
 268 }
 269
 270 /**
 271  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of 'Run Length Encoded'
 272  *            Dicom encapsulated file and decompress it.
 273  * @param     fp already open File Pointer
 274  *            at which the pixel data should be copied
 275  * @return    Boolean
 276  */
 277 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressRLEFile( std::ifstream* fp )
 278 {
 279    uint8_t* subRaw = Raw;
 280    long RawSegmentSize = XSize * YSize;
 281
 282    // Loop on the frame[s]
 283    for( RLEFramesInfo::RLEFrameList::iterator
 284         it  = RLEInfo->Frames.begin();
 285         it != RLEInfo->Frames.end();
 286       ++it )
 287    {
 288       // Loop on the fragments
 289       for( unsigned int k = 1; k <= (*it)->NumberFragments; k++ )
 290       {
 291          fp->seekg(  (*it)->Offset[k] , std::ios::beg );
 292          (void)ReadAndDecompressRLEFragment( subRaw,
 293                                              (*it)->Length[k],
 294                                              RawSegmentSize,
 295                                              fp );
 296          subRaw += RawSegmentSize;
 297       }
 298    }
 299
 300    if ( BitsAllocated == 16 )
 301    {
 302       // Try to deal with RLE 16 Bits
 303       (void)DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( ZSize );
 304    }
 305
 306    return true;
 307 }
 308
 309 /**
 310  * \brief Swap the bytes, according to \ref SwapCode.
 311  */
 312 void PixelReadConvert::ConvertSwapZone()
 313 {
 314    unsigned int i;
 315
 316    if( BitsAllocated == 16 )
 317    {
 318       uint16_t* im16 = (uint16_t*)Raw;
 319       switch( SwapCode )
 320       {
 321          case 0:
 322          case 12:
 323          case 1234:
 324             break;
 325          case 21:
 326          case 3412:
 327          case 2143:
 328          case 4321:
 329             for( i = 0; i < RawSize / 2; i++ )
 330             {
 331                im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 332             }
 333             break;
 334          default:
 335             dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ConvertSwapZone: SwapCode value "
 336                             "(16 bits) not allowed." );
 337       }
 338    }
 339    else if( BitsAllocated == 32 )
 340    {
 341       uint32_t s32;
 342       uint16_t high;
 343       uint16_t low;
 344       uint32_t* im32 = (uint32_t*)Raw;
 345       switch ( SwapCode )
 346       {
 347          case 0:
 348          case 1234:
 349             break;
 350          case 4321:
 351             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 352             {
 353                low     = im32[i] & 0x0000ffff;  // 4321
 354                high    = im32[i] >> 16;
 355                high    = ( high >> 8 ) | ( high << 8 );
 356                low     = ( low  >> 8 ) | ( low  << 8 );
 357                s32     = low;
 358                im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
 359             }
 360             break;
 361          case 2143:
 362             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 363             {
 364                low     = im32[i] & 0x0000ffff;   // 2143
 365                high    = im32[i] >> 16;
 366                high    = ( high >> 8 ) | ( high << 8 );
 367                low     = ( low  >> 8 ) | ( low  << 8 );
 368                s32     = high;
 369                im32[i] = ( s32 << 16 ) | low;
 370             }
 371             break;
 372          case 3412:
 373             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 374             {
 375                low     = im32[i] & 0x0000ffff; // 3412
 376                high    = im32[i] >> 16;
 377                s32     = low;
 378                im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
 379             }
 380             break;
 381          default:
 382             dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ConvertSwapZone: SwapCode value "
 383                             "(32 bits) not allowed." );
 384       }
 385    }
 386 }
 387
 388 /**
 389  * \brief Deal with endianity i.e. re-arange bytes inside the integer
 390  */
 391 void PixelReadConvert::ConvertReorderEndianity()
 392 {
 393    if ( BitsAllocated != 8 )
 394    {
 395       ConvertSwapZone();
 396    }
 397
 398    // Special kludge in order to deal with xmedcon broken images:
 399    if (  ( BitsAllocated == 16 )
 400        && ( BitsStored < BitsAllocated )
 401        && ( ! PixelSign ) )
 402    {
 403       int l = (int)( RawSize / ( BitsAllocated / 8 ) );
 404       uint16_t *deb = (uint16_t *)Raw;
 405       for(int i = 0; i<l; i++)
 406       {
 407          if( *deb == 0xffff )
 408          {
 409            *deb = 0;
 410          }
 411          deb++;
 412       }
 413    }
 414 }
 415
 416
 417 /**
 418  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 419  *            file and decompress it. This funciton assumes that each
 420  *            jpeg fragment contains a whole frame (jpeg file).
 421  * @param     fp File Pointer
 422  * @return    Boolean
 423  */
 424 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFramesFromFile( std::ifstream* fp )
 425 {
 426    uint8_t* localRaw = Raw;
 427    // Loop on the fragment[s]
 428    for( JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator
 429         it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 430         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 431       ++it )
 432    {
 433       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 434
 435       if ( BitsStored == 8)
 436       {
 437          // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 438          if ( ! gdcm_read_JPEG_file8( fp, localRaw ) )
 439          {
 440             return false;
 441          }
 442       }
 443       else if ( BitsStored <= 12)
 444       {
 445          // Reading Fragment pixels
 446          if ( ! gdcm_read_JPEG_file12 ( fp, localRaw ) )
 447          {
 448             return false;
 449          }
 450       }
 451       else if ( BitsStored <= 16)
 452       {
 453          // Reading Fragment pixels
 454          if ( ! gdcm_read_JPEG_file16 ( fp, localRaw ) )
 455          {
 456             return false;
 457          }
 458          //assert( IsJPEGLossless );
 459       }
 460       else
 461       {
 462          // other JPEG lossy not supported
 463          dbg.Error("PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: unknown "
 464                    "jpeg lossy compression ");
 465          return false;
 466       }
 467
 468       // Advance to next free location in Raw
 469       // for next fragment decompression (if any)
 470       int length = XSize * YSize * SamplesPerPixel;
 471       int numberBytes = BitsAllocated / 8;
 472
 473       localRaw += length * numberBytes;
 474    }
 475    return true;
 476 }
 477
 478 /**
 479  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 480  *            file and decompress it. This function assumes that the dicom
 481  *            image is a single frame split into several JPEG fragments.
 482  *            Those fragments will be glued together into a memory buffer
 483  *            before being read.
 484  * @param     fp File Pointer
 485  * @return    Boolean
 486  */
 487 bool PixelReadConvert::
 488 ReadAndDecompressJPEGSingleFrameFragmentsFromFile( std::ifstream* fp )
 489 {
 490    // Loop on the fragment[s] to get total length
 491    size_t totalLength = 0;
 492    JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator it;
 493    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 494         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 495         ++it )
 496    {
 497       totalLength += (*it)->Length;
 498    }
 499
 500    // Concatenate the jpeg fragments into a local buffer
 501    JOCTET *buffer = new JOCTET [totalLength];
 502    JOCTET *p = buffer;
 503
 504    // Loop on the fragment[s]
 505    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 506         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 507         ++it )
 508    {
 509       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 510       size_t len = (*it)->Length;
 511       fp->read((char *)p,len);
 512       p += len;
 513    }
 514
 515    size_t howManyRead = 0;
 516    size_t howManyWritten = 0;
 517
 518    if ( BitsStored == 8)
 519    {
 520       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory8( buffer, totalLength, Raw,
 521                                      &howManyRead, &howManyWritten ) )
 522       {
 523          dbg.Error(
 524             "PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg8 "
 525             );
 526          delete [] buffer;
 527          return false;
 528       }
 529    }
 530    else if ( BitsStored <= 12)
 531    {
 532       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory12( buffer, totalLength, Raw,
 533                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 534       {
 535          dbg.Error(
 536             "PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg12 "
 537             );
 538             delete [] buffer;
 539             return false;
 540       }
 541    }
 542    else if ( BitsStored <= 16)
 543    {
 544
 545       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory16( buffer, totalLength, Raw,
 546                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 547       {
 548          dbg.Error(
 549             "PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg16 "
 550             );
 551          delete [] buffer;
 552          return false;
 553       }
 554    }
 555    else
 556    {
 557       // other JPEG lossy not supported
 558       dbg.Error("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: unknown "
 559                 "jpeg lossy compression ");
 560       delete [] buffer;
 561       return false;
 562    }
 563
 564    // free local buffer
 565    delete [] buffer;
 566
 567    return true;
 568 }
 569
 570 /**
 571  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 572  *            file and decompress it. This function handles the generic
 573  *            and complex case where the DICOM contains several frames,
 574  *            and some of the frames are possibly split into several JPEG
 575  *            fragments.
 576  * @param     fp File Pointer
 577  * @return    Boolean
 578  */
 579 bool PixelReadConvert::
 580 ReadAndDecompressJPEGFragmentedFramesFromFile( std::ifstream* fp )
 581 {
 582    // Loop on the fragment[s] to get total length
 583    size_t totalLength = 0;
 584    JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator it;
 585    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 586         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 587         ++it )
 588    {
 589       totalLength += (*it)->Length;
 590    }
 591
 592    // Concatenate the jpeg fragments into a local buffer
 593    JOCTET *buffer = new JOCTET [totalLength];
 594    JOCTET *p = buffer;
 595
 596    // Loop on the fragment[s]
 597    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 598         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 599         ++it )
 600    {
 601       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 602       size_t len = (*it)->Length;
 603       fp->read((char *)p,len);
 604       p+=len;
 605    }
 606
 607    size_t howManyRead = 0;
 608    size_t howManyWritten = 0;
 609    size_t fragmentLength = 0;
 610
 611    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin() ;
 612         (it != JPEGInfo->Fragments.end()) && (howManyRead < totalLength);
 613         ++it )
 614    {
 615       fragmentLength += (*it)->Length;
 616
 617       if (howManyRead > fragmentLength) continue;
 618
 619       if ( BitsStored == 8)
 620       {
 621         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory8( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 622                                      Raw+howManyWritten,
 623                                      &howManyRead, &howManyWritten ) )
 624           {
 625             dbg.Error("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg8 ");
 626             delete [] buffer;
 627             return false;
 628           }
 629       }
 630       else if ( BitsStored <= 12)
 631       {
 632
 633         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory12( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 634                                       Raw+howManyWritten,
 635                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 636           {
 637             dbg.Error("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg12 ");
 638             delete [] buffer;
 639             return false;
 640          }
 641       }
 642       else if ( BitsStored <= 16)
 643       {
 644
 645         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory16( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 646                                       Raw+howManyWritten,
 647                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 648           {
 649             dbg.Error("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg16 ");
 650             delete [] buffer;
 651             return false;
 652           }
 653       }
 654       else
 655       {
 656          // other JPEG lossy not supported
 657          dbg.Error("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: unknown "
 658                    "jpeg lossy compression ");
 659          delete [] buffer;
 660          return false;
 661       }
 662
 663       if (howManyRead < fragmentLength)
 664          howManyRead = fragmentLength;
 665    }
 666
 667    // free local buffer
 668    delete [] buffer;
 669
 670    return true;
 671 }
 672
 673 /**
 674  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 675  *            file and decompress it.
 676  * @param     fp File Pointer
 677  * @return    Boolean
 678  */
 679 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile( std::ifstream* fp )
 680 {
 681    if ( IsJPEG2000 )
 682    {
 683       fp->seekg( (*JPEGInfo->Fragments.begin())->Offset, std::ios::beg);
 684       if ( ! gdcm_read_JPEG2000_file( fp,Raw ) )
 685          return false;
 686    }
 687
 688    if ( ( ZSize == 1 ) && ( JPEGInfo->Fragments.size() > 1 ) )
 689    {
 690       // we have one frame split into several fragments
 691       // we will pack those fragments into a single buffer and
 692       // read from it
 693       return ReadAndDecompressJPEGSingleFrameFragmentsFromFile( fp );
 694    }
 695    else if (JPEGInfo->Fragments.size() == (size_t)ZSize)
 696    {
 697       // suppose each fragment is a frame
 698       return ReadAndDecompressJPEGFramesFromFile( fp );
 699    }
 700    else
 701    {
 702       // The dicom image contains frames containing fragments of images
 703       // a more complex algorithm :-)
 704       return ReadAndDecompressJPEGFragmentedFramesFromFile( fp );
 705    }
 706 }
 707
 708 /**
 709  * \brief  Re-arrange the bits within the bytes.
 710  * @return Boolean
 711  */
 712 bool PixelReadConvert::ConvertReArrangeBits() throw ( FormatError )
 713 {
 714    if ( BitsStored != BitsAllocated )
 715    {
 716       int l = (int)( RawSize / ( BitsAllocated / 8 ) );
 717       if ( BitsAllocated == 16 )
 718       {
 719          uint16_t mask = 0xffff;
 720          mask = mask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
 721          uint16_t* deb = (uint16_t*)Raw;
 722          for(int i = 0; i<l; i++)
 723          {
 724             *deb = (*deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1)) & mask;
 725             deb++;
 726          }
 727       }
 728       else if ( BitsAllocated == 32 )
 729       {
 730          uint32_t mask = 0xffffffff;
 731          mask = mask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
 732          uint32_t* deb = (uint32_t*)Raw;
 733          for(int i = 0; i<l; i++)
 734          {
 735             *deb = (*deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1)) & mask;
 736             deb++;
 737          }
 738       }
 739       else
 740       {
 741          dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::ConvertReArrangeBits: weird image");
 742          throw FormatError( "PixelReadConvert::ConvertReArrangeBits()",
 743                                 "weird image !?" );
 744       }
 745    }
 746    return true;
 747 }
 748
 749 /**
 750  * \brief   Convert (Y plane, cB plane, cR plane) to RGB pixels
 751  * \warning Works on all the frames at a time
 752  */
 753 void PixelReadConvert::ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
 754 {
 755    uint8_t* localRaw = Raw;
 756    uint8_t* copyRaw = new uint8_t[ RawSize ];
 757    memmove( copyRaw, localRaw, RawSize );
 758
 759    // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 760    // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 761    // ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 762    // and be *very* affraid
 763    //
 764    int l        = XSize * YSize;
 765    int nbFrames = ZSize;
 766
 767    uint8_t* a = copyRaw;
 768    uint8_t* b = copyRaw + l;
 769    uint8_t* c = copyRaw + l + l;
 770    double R, G, B;
 771
 772    /// \todo : Replace by the 'well known' integer computation
 773    ///         counterpart. Refer to
 774    ///            http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 775    ///         for code optimisation.
 776
 777    for ( int i = 0; i < nbFrames; i++ )
 778    {
 779       for ( int j = 0; j < l; j++ )
 780       {
 781          R = 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 782          G = 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 783          B = 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 784
 785          if (R < 0.0)   R = 0.0;
 786          if (G < 0.0)   G = 0.0;
 787          if (B < 0.0)   B = 0.0;
 788          if (R > 255.0) R = 255.0;
 789          if (G > 255.0) G = 255.0;
 790          if (B > 255.0) B = 255.0;
 791
 792          *(localRaw++) = (uint8_t)R;
 793          *(localRaw++) = (uint8_t)G;
 794          *(localRaw++) = (uint8_t)B;
 795          a++;
 796          b++;
 797          c++;
 798       }
 799    }
 800    delete[] copyRaw;
 801 }
 802
 803 /**
 804  * \brief   Convert (Red plane, Green plane, Blue plane) to RGB pixels
 805  * \warning Works on all the frames at a time
 806  */
 807 void PixelReadConvert::ConvertRGBPlanesToRGBPixels()
 808 {
 809    uint8_t* localRaw = Raw;
 810    uint8_t* copyRaw = new uint8_t[ RawSize ];
 811    memmove( copyRaw, localRaw, RawSize );
 812
 813    int l = XSize * YSize * ZSize;
 814
 815    uint8_t* a = copyRaw;
 816    uint8_t* b = copyRaw + l;
 817    uint8_t* c = copyRaw + l + l;
 818
 819    for (int j = 0; j < l; j++)
 820    {
 821       *(localRaw++) = *(a++);
 822       *(localRaw++) = *(b++);
 823       *(localRaw++) = *(c++);
 824    }
 825    delete[] copyRaw;
 826 }
 827
 828 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData( std::ifstream* fp )
 829 {
 830    // ComputeRawAndRGBSizes is already made by
 831    // ::GrabInformationsFromHeader. So, the structure sizes are
 832    // correct
 833    Squeeze();
 834
 835    //////////////////////////////////////////////////
 836    //// First stage: get our hands on the Pixel Data.
 837    if ( !fp )
 838    {
 839       dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData: "
 840                       "unavailable file pointer." );
 841       return false;
 842    }
 843
 844    fp->seekg( PixelOffset, std::ios::beg );
 845    if( fp->fail() || fp->eof()) //Fp->gcount() == 1
 846    {
 847       dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData: "
 848                       "unable to find PixelOffset in file." );
 849       return false;
 850    }
 851
 852    AllocateRaw();
 853
 854    //////////////////////////////////////////////////
 855    //// Second stage: read from disk dans decompress.
 856    if ( BitsAllocated == 12 )
 857    {
 858       ReadAndDecompress12BitsTo16Bits( fp);
 859    }
 860    else if ( IsRaw )
 861    {
 862       // This problem can be found when some obvious informations are found
 863       // after the field containing the image datas. In this case, these
 864       // bad datas are added to the size of the image (in the PixelDataLength
 865       // variable). But RawSize is the right size of the image !
 866       if( PixelDataLength != RawSize)
 867       {
 868          dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData: "
 869                       "Mismatch between PixelReadConvert and RawSize." );
 870       }
 871       if( PixelDataLength > RawSize)
 872       {
 873          fp->read( (char*)Raw, RawSize);
 874       }
 875       else
 876       {
 877          fp->read( (char*)Raw, PixelDataLength);
 878       }
 879
 880       if ( fp->fail() || fp->eof())//Fp->gcount() == 1
 881       {
 882          dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData: "
 883                          "reading of Raw pixel data failed." );
 884          return false;
 885       }
 886    }
 887    else if ( IsRLELossless )
 888    {
 889       if ( ! ReadAndDecompressRLEFile( fp ) )
 890       {
 891          dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData: "
 892                          "RLE decompressor failed." );
 893          return false;
 894       }
 895    }
 896    else
 897    {
 898       // Default case concerns JPEG family
 899       if ( ! ReadAndDecompressJPEGFile( fp ) )
 900       {
 901          dbg.Verbose( 0, "PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData: "
 902                          "JPEG decompressor failed." );
 903          return false;
 904       }
 905    }
 906
 907    ////////////////////////////////////////////
 908    //// Third stage: twigle the bytes and bits.
 909    ConvertReorderEndianity();
 910    ConvertReArrangeBits();
 911    ConvertHandleColor();
 912
 913    return true;
 914 }
 915
 916 void PixelReadConvert::ConvertHandleColor()
 917 {
 918    //////////////////////////////////
 919    // Deal with the color decoding i.e. handle:
 920    //   - R, G, B planes (as opposed to RGB pixels)
 921    //   - YBR (various) encodings.
 922    //   - LUT[s] (or "PALETTE COLOR").
 923    //
 924    // The classification in the color decoding schema is based on the blending
 925    // of two Dicom tags values:
 926    // * "Photometric Interpretation" for which we have the cases:
 927    //  - [Photo A] MONOCHROME[1|2] pictures,
 928    //  - [Photo B] RGB or YBR_FULL_422 (which acts as RGB),
 929    //  - [Photo C] YBR_* (with the above exception of YBR_FULL_422)
 930    //  - [Photo D] "PALETTE COLOR" which indicates the presence of LUT[s].
 931    // * "Planar Configuration" for which we have the cases:
 932    //  - [Planar 0] 0 then Pixels are already RGB
 933    //  - [Planar 1] 1 then we have 3 planes : R, G, B,
 934    //  - [Planar 2] 2 then we have 1 gray Plane and 3 LUTs
 935    //
 936    // Now in theory, one could expect some coherence when blending the above
 937    // cases. For example we should not encounter files belonging at the
 938    // time to case [Planar 0] and case [Photo D].
 939    // Alas, this was only theory ! Because in practice some odd (read ill
 940    // formated Dicom) files (e.g. gdcmData/US-PAL-8-10x-echo.dcm) we encounter:
 941    //     - "Planar Configuration" = 0,
 942    //     - "Photometric Interpretation" = "PALETTE COLOR".
 943    // Hence gdcm shall use the folowing "heuristic" in order to be tolerant
 944    // towards Dicom-non-conformance files:
 945    //   << whatever the "Planar Configuration" value might be, a
 946    //      "Photometric Interpretation" set to "PALETTE COLOR" forces
 947    //      a LUT intervention >>
 948    //
 949    // Now we are left with the following handling of the cases:
 950    // - [Planar 0] OR  [Photo A] no color decoding (since respectively
 951    //       Pixels are already RGB and monochrome pictures have no color :),
 952    // - [Planar 1] AND [Photo B] handled with ConvertRGBPlanesToRGBPixels()
 953    // - [Planar 1] AND [Photo C] handled with ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
 954    // - [Planar 2] OR  [Photo D] requires LUT intervention.
 955
 956    if ( ! IsRawRGB() )
 957    {
 958       // [Planar 2] OR  [Photo D]: LUT intervention done outside
 959       return;
 960    }
 961
 962    if ( PlanarConfiguration == 1 )
 963    {
 964       if ( IsYBRFull )
 965       {
 966          // [Planar 1] AND [Photo C] (remember YBR_FULL_422 acts as RGB)
 967          ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels();
 968       }
 969       else
 970       {
 971          // [Planar 1] AND [Photo C]
 972          ConvertRGBPlanesToRGBPixels();
 973       }
 974       return;
 975    }
 976
 977    // When planarConf is 0, and RLELossless (forbidden by Dicom norm)
 978    // pixels need to be RGB-fied anyway
 979    if (IsRLELossless)
 980    {
 981      ConvertRGBPlanesToRGBPixels();
 982    }
 983    // In *normal *case, when planarConf is 0, pixels are already in RGB
 984 }
 985
 986 /**
 987  * \brief Predicate to know wether the image[s] (once Raw) is RGB.
 988  * \note See comments of \ref ConvertHandleColor
 989  */
 990 bool PixelReadConvert::IsRawRGB()
 991 {
 992    if (   IsMonochrome
 993        || PlanarConfiguration == 2
 994        || IsPaletteColor )
 995    {
 996       return false;
 997    }
 998    return true;
 999 }
1000
1001 void PixelReadConvert::ComputeRawAndRGBSizes()
1002 {
1003    int bitsAllocated = BitsAllocated;
1004    // Number of "Bits Allocated" is fixed to 16 when it's 12, since
1005    // in this case we will expand the image to 16 bits (see
1006    //    \ref ReadAndDecompress12BitsTo16Bits() )
1007    if (  BitsAllocated == 12 )
1008    {
1009       bitsAllocated = 16;
1010    }
1011
1012    RawSize =  XSize * YSize * ZSize
1013                      * ( bitsAllocated / 8 )
1014                      * SamplesPerPixel;
1015    if ( HasLUT )
1016    {
1017       RGBSize = 3 * RawSize;
1018    }
1019    else
1020    {
1021       RGBSize = RawSize;
1022    }
1023 }
1024
1025 void PixelReadConvert::GrabInformationsFromHeader( Header* header )
1026 {
1027    // Number of Bits Allocated for storing a Pixel is defaulted to 16
1028    // when absent from the header.
1029    BitsAllocated = header->GetBitsAllocated();
1030    if ( BitsAllocated == 0 )
1031    {
1032       BitsAllocated = 16;
1033    }
1034
1035    // Number of "Bits Stored" defaulted to number of "Bits Allocated"
1036    // when absent from the header.
1037    BitsStored = header->GetBitsStored();
1038    if ( BitsStored == 0 )
1039    {
1040       BitsStored = BitsAllocated;
1041    }
1042
1043    // High Bit Position
1044    HighBitPosition = header->GetHighBitPosition();
1045    if ( HighBitPosition == 0 )
1046    {
1047       HighBitPosition = BitsAllocated - 1;
1048    }
1049
1050    XSize = header->GetXSize();
1051    YSize = header->GetYSize();
1052    ZSize = header->GetZSize();
1053    SamplesPerPixel = header->GetSamplesPerPixel();
1054    PixelSize = header->GetPixelSize();
1055    PixelSign = header->IsSignedPixelData();
1056    SwapCode  = header->GetSwapCode();
1057    TransferSyntaxType ts = header->GetTransferSyntax();
1058    IsRaw =
1059         ( ! header->IsDicomV3() )
1060      || ts == ImplicitVRLittleEndian
1061      || ts == ImplicitVRLittleEndianDLXGE
1062      || ts == ExplicitVRLittleEndian
1063      || ts == ExplicitVRBigEndian
1064      || ts == DeflatedExplicitVRLittleEndian;
1065    IsJPEG2000     = header->IsJPEG2000();
1066    IsJPEGLossless = header->IsJPEGLossless();
1067    IsRLELossless  =  ( ts == RLELossless );
1068    PixelOffset     = header->GetPixelOffset();
1069    PixelDataLength = header->GetPixelAreaLength();
1070    RLEInfo  = header->GetRLEInfo();
1071    JPEGInfo = header->GetJPEGInfo();
1072
1073    PlanarConfiguration = header->GetPlanarConfiguration();
1074    IsMonochrome = header->IsMonochrome();
1075    IsPaletteColor = header->IsPaletteColor();
1076    IsYBRFull = header->IsYBRFull();
1077
1078    /////////////////////////////////////////////////////////////////
1079    // LUT section:
1080    HasLUT = header->HasLUT();
1081    if ( HasLUT )
1082    {
1083       // Just in case some access to a Header element requires disk access.
1084       // Note: gdcmDocument::Fp is leaved open after OpenFile.
1085       LutRedDescriptor   = header->GetEntryByNumber( 0x0028, 0x1101 );
1086       LutGreenDescriptor = header->GetEntryByNumber( 0x0028, 0x1102 );
1087       LutBlueDescriptor  = header->GetEntryByNumber( 0x0028, 0x1103 );
1088
1089       // Depending on the value of Document::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
1090       // [ refer to invocation of Document::SetMaxSizeLoadEntry() in
1091       // Document::Document() ], the loading of the value (content) of a
1092       // [Bin|Val]Entry occurence migth have been hindered (read simply NOT
1093       // loaded). Hence, we first try to obtain the LUTs data from the header
1094       // and when this fails we read the LUTs data directely from disk.
1095       /// \todo Reading a [Bin|Val]Entry directly from disk is a kludge.
1096       ///       We should NOT bypass the [Bin|Val]Entry class. Instead
1097       ///       an access to an UNLOADED content of a [Bin|Val]Entry occurence
1098       ///       (e.g. BinEntry::GetBinArea()) should force disk access from
1099       ///       within the [Bin|Val]Entry class itself. The only problem
1100       ///       is that the [Bin|Val]Entry is unaware of the FILE* is was
1101       ///       parsed from. Fix that. FIXME.
1102
1103       ////// Red round
1104       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1201);
1105       LutRedData = (uint8_t*)header->GetEntryBinAreaByNumber( 0x0028, 0x1201 );
1106       if ( ! LutRedData )
1107       {
1108          dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::GrabInformationsFromHeader: "
1109                          "unable to read red LUT data" );
1110       }
1111
1112       ////// Green round:
1113       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1202);
1114       LutGreenData = (uint8_t*)header->GetEntryBinAreaByNumber(0x0028, 0x1202 );
1115       if ( ! LutGreenData)
1116       {
1117          dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::GrabInformationsFromHeader: "
1118                         "unable to read green LUT data" );
1119       }
1120
1121       ////// Blue round:
1122       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1203);
1123       LutBlueData = (uint8_t*)header->GetEntryBinAreaByNumber( 0x0028, 0x1203 );
1124       if ( ! LutBlueData )
1125       {
1126          dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::GrabInformationsFromHeader: "
1127                         "unable to read blue LUT data" );
1128       }
1129    }
1130
1131    ComputeRawAndRGBSizes();
1132 }
1133
1134 /**
1135  * \brief Build Red/Green/Blue/Alpha LUT from Header
1136  *         when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1137  *          and (0028,1101),(0028,1102),(0028,1102)
1138  *            - xxx Palette Color Lookup Table Descriptor - are found
1139  *          and (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202)
1140  *            - xxx Palette Color Lookup Table Data - are found
1141  * \warning does NOT deal with :
1142  *   0028 1100 Gray Lookup Table Descriptor (Retired)
1143  *   0028 1221 Segmented Red Palette Color Lookup Table Data
1144  *   0028 1222 Segmented Green Palette Color Lookup Table Data
1145  *   0028 1223 Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data
1146  *   no known Dicom reader deals with them :-(
1147  * @return a RGBA Lookup Table
1148  */
1149 void PixelReadConvert::BuildLUTRGBA()
1150 {
1151    if ( LutRGBA )
1152    {
1153       return;
1154    }
1155    // Not so easy : see
1156    // http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/limitations.html#Color%20Lookup%20Tables
1157
1158    if ( ! IsPaletteColor )
1159    {
1160       return;
1161    }
1162
1163    if (   LutRedDescriptor   == GDCM_UNFOUND
1164        || LutGreenDescriptor == GDCM_UNFOUND
1165        || LutBlueDescriptor  == GDCM_UNFOUND )
1166    {
1167       return;
1168    }
1169
1170    ////////////////////////////////////////////
1171    // Extract the info from the LUT descriptors
1172    int lengthR;   // Red LUT length in Bytes
1173    int debR;      // Subscript of the first Lut Value
1174    int nbitsR;    // Lut item size (in Bits)
1175    int nbRead = sscanf( LutRedDescriptor.c_str(),
1176                         "%d\\%d\\%d",
1177                         &lengthR, &debR, &nbitsR );
1178    if( nbRead != 3 )
1179    {
1180       dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::BuildLUTRGBA: wrong red LUT descriptor");
1181    }
1182
1183    int lengthG;  // Green LUT length in Bytes
1184    int debG;     // Subscript of the first Lut Value
1185    int nbitsG;   // Lut item size (in Bits)
1186    nbRead = sscanf( LutGreenDescriptor.c_str(),
1187                     "%d\\%d\\%d",
1188                     &lengthG, &debG, &nbitsG );
1189    if( nbRead != 3 )
1190    {
1191       dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::BuildLUTRGBA: wrong green LUT descriptor");
1192    }
1193
1194    int lengthB;  // Blue LUT length in Bytes
1195    int debB;     // Subscript of the first Lut Value
1196    int nbitsB;   // Lut item size (in Bits)
1197    nbRead = sscanf( LutRedDescriptor.c_str(),
1198                     "%d\\%d\\%d",
1199                     &lengthB, &debB, &nbitsB );
1200    if( nbRead != 3 )
1201    {
1202       dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::BuildLUTRGBA: wrong blue LUT descriptor");
1203    }
1204
1205    ////////////////////////////////////////////////////////
1206    if ( ( ! LutRedData ) || ( ! LutGreenData ) || ( ! LutBlueData ) )
1207    {
1208       return;
1209    }
1210
1211    ////////////////////////////////////////////////
1212    // forge the 4 * 8 Bits Red/Green/Blue/Alpha LUT
1213    LutRGBA = new uint8_t[ 1024 ]; // 256 * 4 (R, G, B, Alpha)
1214    if ( !LutRGBA )
1215    {
1216       return;
1217    }
1218    memset( LutRGBA, 0, 1024 );
1219
1220    int mult;
1221    if ( ( nbitsR == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
1222    {
1223       // when LUT item size is different than pixel size
1224       mult = 2; // high byte must be = low byte
1225    }
1226    else
1227    {
1228       // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
1229       mult = 1;
1230    }
1231
1232    // if we get a black image, let's just remove the '+1'
1233    // from 'i*mult+1' and check again
1234    // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
1235    // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
1236    // and fix the code
1237    // We give up the checking to avoid some (useless ?)overhead
1238    // (optimistic asumption)
1239    int i;
1240    uint8_t* a = LutRGBA + 0;
1241    for( i=0; i < lengthR; ++i )
1242    {
1243       *a = LutRedData[i*mult+1];
1244       a += 4;
1245    }
1246
1247    a = LutRGBA + 1;
1248    for( i=0; i < lengthG; ++i)
1249    {
1250       *a = LutGreenData[i*mult+1];
1251       a += 4;
1252    }
1253
1254    a = LutRGBA + 2;
1255    for(i=0; i < lengthB; ++i)
1256    {
1257       *a = LutBlueData[i*mult+1];
1258       a += 4;
1259    }
1260
1261    a = LutRGBA + 3;
1262    for(i=0; i < 256; ++i)
1263    {
1264       *a = 1; // Alpha component
1265       a += 4;
1266    }
1267 }
1268
1269 /**
1270  * \brief Build the RGB image from the Raw imagage and the LUTs.
1271  */
1272 bool PixelReadConvert::BuildRGBImage()
1273 {
1274    if ( RGB )
1275    {
1276       // The job is already done.
1277       return true;
1278    }
1279
1280    if ( ! Raw )
1281    {
1282       // The job can't be done
1283       return false;
1284    }
1285
1286    BuildLUTRGBA();
1287    if ( ! LutRGBA )
1288    {
1289       // The job can't be done
1290       return false;
1291    }
1292
1293    // Build RGB Pixels
1294    AllocateRGB();
1295    uint8_t* localRGB = RGB;
1296    for (size_t i = 0; i < RawSize; ++i )
1297    {
1298       int j  = Raw[i] * 4;
1299       *localRGB++ = LutRGBA[j];
1300       *localRGB++ = LutRGBA[j+1];
1301       *localRGB++ = LutRGBA[j+2];
1302    }
1303    return true;
1304 }
1305
1306 /**
1307  * \brief        Print self.
1308  * @param os     Stream to print to.
1309  */
1310 void PixelReadConvert::Print( std::ostream &os )
1311 {
1312    Print("",os);
1313 }
1314
1315 /**
1316  * \brief        Print self.
1317  * @param indent Indentation string to be prepended during printing.
1318  * @param os     Stream to print to.
1319  */
1320 void PixelReadConvert::Print( std::string indent, std::ostream &os )
1321 {
1322    os << indent
1323       << "--- Pixel information -------------------------"
1324       << std::endl;
1325    os << indent
1326       << "Pixel Data: offset " << PixelOffset
1327       << " x(" << std::hex << PixelOffset << std::dec
1328       << ")   length " << PixelDataLength
1329       << " x(" << std::hex << PixelDataLength << std::dec
1330       << ")" << std::endl;
1331
1332    if ( IsRLELossless )
1333    {
1334       if ( RLEInfo )
1335       {
1336          RLEInfo->Print( indent, os );
1337       }
1338       else
1339       {
1340          dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::Print: set as RLE file "
1341                         "but NO RLEinfo present.");
1342       }
1343    }
1344
1345    if ( IsJPEG2000 || IsJPEGLossless )
1346    {
1347       if ( JPEGInfo )
1348       {
1349          JPEGInfo->Print( indent, os );
1350       }
1351       else
1352       {
1353          dbg.Verbose(0, "PixelReadConvert::Print: set as JPEG file "
1354                         "but NO JPEGinfo present.");
1355       }
1356    }
1357 }
1358
1359 } // end namespace gdcm
1360
1361 // NOTES on File internal calls
1362 // User
1363 // ---> GetImageData
1364 //     ---> GetImageDataIntoVector
1365 //        |---> GetImageDataIntoVectorRaw
1366 //        | lut intervention
1367 // User
1368 // ---> GetImageDataRaw
1369 //     ---> GetImageDataIntoVectorRaw
1370