src/gdcmPixelReadConvert.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmPixelReadConvert.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/07 22:03:30 $
   7   Version:   $Revision: 1.17 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //////////////////   TEMPORARY NOTE
  20 // look for "fixMem" and convert that to a member of this class
  21 // Removing the prefix fixMem and dealing with allocations should do the trick
  22 //
  23 // grep PixelReadConvert everywhere and clean up !
  24
  25 #include "gdcmDebug.h"
  26 #include "gdcmHeader.h"
  27 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  28 #include "gdcmDocEntry.h"
  29 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  30 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  31
  32 #include <fstream>
  33 #include <stdio.h> //for sscanf
  34
  35 namespace gdcm
  36 {
  37 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
  38
  39 // For JPEG 2000, body in file gdcmJpeg2000.cxx
  40 bool gdcm_read_JPEG2000_file (std::ifstream* fp, void* image_buffer);
  41
  42 #define JOCTET uint8_t
  43 // For JPEG 8 Bits, body in file gdcmJpeg8.cxx
  44 bool gdcm_read_JPEG_file8 (std::ifstream *fp, void *image_buffer);
  45 bool gdcm_read_JPEG_memory8    (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  46                                 void *image_buffer,
  47                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  48 //
  49 // For JPEG 12 Bits, body in file gdcmJpeg12.cxx
  50 bool gdcm_read_JPEG_file12 (std::ifstream *fp, void *image_buffer);
  51 bool gdcm_read_JPEG_memory12   (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  52                                 void *image_buffer,
  53                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  54
  55 // For JPEG 16 Bits, body in file gdcmJpeg16.cxx
  56 // Beware this is misleading there is no 16bits DCT algorithm, only
  57 // jpeg lossless compression exist in 16bits.
  58 bool gdcm_read_JPEG_file16 (std::ifstream *fp, void *image_buffer);
  59 bool gdcm_read_JPEG_memory16   (const JOCTET *buffer, const size_t buflen,
  60                                 void* image_buffer,
  61                                 size_t *howManyRead, size_t *howManyWritten);
  62
  63
  64 //-----------------------------------------------------------------------------
  65 // Constructor / Destructor
  66 PixelReadConvert::PixelReadConvert()
  67 {
  68    RGB = 0;
  69    RGBSize = 0;
  70    Raw = 0;
  71    RawSize = 0;
  72    LutRGBA = 0;
  73    LutRedData = 0;
  74    LutGreenData = 0;
  75    LutBlueData =0;
  76 }
  77
  78 void PixelReadConvert::Squeeze()
  79 {
  80    if ( RGB )
  81    {
  82       delete [] RGB;
  83    }
  84    RGB = 0;
  85
  86    if ( Raw )
  87    {
  88       delete [] Raw;
  89    }
  90    Raw = 0;
  91
  92    if ( LutRGBA )
  93    {
  94       delete [] LutRGBA;
  95    }
  96    LutRGBA = 0;
  97 }
  98
  99 PixelReadConvert::~PixelReadConvert()
 100 {
 101    Squeeze();
 102 }
 103
 104 void PixelReadConvert::AllocateRGB()
 105 {
 106   if ( RGB ) {
 107      delete [] RGB;
 108   }
 109   RGB = new uint8_t[ RGBSize ];
 110 }
 111
 112 void PixelReadConvert::AllocateRaw()
 113 {
 114   if ( Raw ) {
 115      delete [] Raw;
 116   }
 117   Raw = new uint8_t[ RawSize ];
 118 }
 119
 120 /**
 121  * \brief Read from file a 12 bits per pixel image and decompress it
 122  *        into a 16 bits per pixel image.
 123  */
 124 void PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits( std::ifstream *fp )
 125                throw ( FormatError )
 126 {
 127    int nbPixels = XSize * YSize;
 128    uint16_t* localDecompres = (uint16_t*)Raw;
 129
 130    for( int p = 0; p < nbPixels; p += 2 )
 131    {
 132       uint8_t b0, b1, b2;
 133
 134       fp->read( (char*)&b0, 1);
 135       if ( fp->fail() || fp->eof() )//Fp->gcount() == 1
 136       {
 137          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 138                                 "Unfound first block" );
 139       }
 140
 141       fp->read( (char*)&b1, 1 );
 142       if ( fp->fail() || fp->eof())//Fp->gcount() == 1
 143       {
 144          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 145                                 "Unfound second block" );
 146       }
 147
 148       fp->read( (char*)&b2, 1 );
 149       if ( fp->fail() || fp->eof())//Fp->gcount() == 1
 150       {
 151          throw FormatError( "PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits()",
 152                                 "Unfound second block" );
 153       }
 154
 155       // Two steps are necessary to please VC++
 156       //
 157       // 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]
 158       // 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]
 159       //                        A                     B                 D
 160       *localDecompres++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 161       //                        F                     C                 E
 162       *localDecompres++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 163
 164       /// \todo JPR Troubles expected on Big-Endian processors ?
 165    }
 166 }
 167
 168 /**
 169  * \brief     Try to deal with RLE 16 Bits.
 170  *            We assume the RLE has allready been parsed and loaded in
 171  *            Raw (through \ref ReadAndDecompressJPEGFile ).
 172  *            We here need to make 16 Bits Pixels from Low Byte and
 173  *            High Byte 'Planes'...(for what it may mean)
 174  * @return    Boolean
 175  */
 176 bool PixelReadConvert::DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( int NumberOfFrames )
 177 {
 178    size_t pixelNumber = XSize * YSize;
 179    size_t rawSize = XSize * YSize * NumberOfFrames;
 180
 181    // We assumed Raw contains the decoded RLE pixels but as
 182    // 8 bits per pixel. In order to convert those pixels to 16 bits
 183    // per pixel we cannot work in place within Raw and hence
 184    // we copy it in a safe place, say copyRaw.
 185
 186    uint8_t* copyRaw = new uint8_t[ rawSize * 2 ];
 187    memmove( copyRaw, Raw, rawSize * 2 );
 188
 189    uint8_t* x = Raw;
 190    uint8_t* a = copyRaw;
 191    uint8_t* b = a + pixelNumber;
 192
 193    for ( int i = 0; i < NumberOfFrames; i++ )
 194    {
 195       for ( unsigned int j = 0; j < pixelNumber; j++ )
 196       {
 197          *(x++) = *(b++);
 198          *(x++) = *(a++);
 199       }
 200    }
 201
 202    delete[] copyRaw;
 203
 204    /// \todo check that operator new []didn't fail, and sometimes return false
 205    return true;
 206 }
 207
 208 /**
 209  * \brief Implementation of the RLE decoding algorithm for decompressing
 210  *        a RLE fragment. [refer to PS 3.5-2003, section G.3.2 p 86]
 211  * @param subRaw Sub region of \ref Raw where the de
 212  *        decoded fragment should be placed.
 213  * @param fragmentSize The length of the binary fragment as found on the disk.
 214  * @param RawSegmentSize The expected length of the fragment ONCE
 215  *        Raw.
 216  * @param fp File Pointer: on entry the position should be the one of
 217  *        the fragment to be decoded.
 218  */
 219 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressRLEFragment( uint8_t *subRaw,
 220                                                  long fragmentSize,
 221                                                  long RawSegmentSize,
 222                                                  std::ifstream *fp )
 223 {
 224    int8_t count;
 225    long numberOfOutputBytes = 0;
 226    long numberOfReadBytes = 0;
 227
 228    while( numberOfOutputBytes < RawSegmentSize )
 229    {
 230       fp->read( (char*)&count, 1 );
 231       numberOfReadBytes += 1;
 232       if ( count >= 0 )
 233       // Note: count <= 127 comparison is always true due to limited range
 234       //       of data type int8_t [since the maximum of an exact width
 235       //       signed integer of width N is 2^(N-1) - 1, which for int8_t
 236       //       is 127].
 237       {
 238          fp->read( (char*)subRaw, count + 1);
 239          numberOfReadBytes   += count + 1;
 240          subRaw     += count + 1;
 241          numberOfOutputBytes += count + 1;
 242       }
 243       else
 244       {
 245          if ( ( count <= -1 ) && ( count >= -127 ) )
 246          {
 247             int8_t newByte;
 248             fp->read( (char*)&newByte, 1);
 249             numberOfReadBytes += 1;
 250             for( int i = 0; i < -count + 1; i++ )
 251             {
 252                subRaw[i] = newByte;
 253             }
 254             subRaw     += -count + 1;
 255             numberOfOutputBytes += -count + 1;
 256          }
 257       }
 258       // if count = 128 output nothing
 259
 260       if ( numberOfReadBytes > fragmentSize )
 261       {
 262          gdcmVerboseMacro( "Read more bytes than the segment size.");
 263          return false;
 264       }
 265    }
 266    return true;
 267 }
 268
 269 /**
 270  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of 'Run Length Encoded'
 271  *            Dicom encapsulated file and decompress it.
 272  * @param     fp already open File Pointer
 273  *            at which the pixel data should be copied
 274  * @return    Boolean
 275  */
 276 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressRLEFile( std::ifstream *fp )
 277 {
 278    uint8_t *subRaw = Raw;
 279    long RawSegmentSize = XSize * YSize;
 280
 281    // Loop on the frame[s]
 282    for( RLEFramesInfo::RLEFrameList::iterator
 283         it  = RLEInfo->Frames.begin();
 284         it != RLEInfo->Frames.end();
 285       ++it )
 286    {
 287       // Loop on the fragments
 288       for( unsigned int k = 1; k <= (*it)->NumberFragments; k++ )
 289       {
 290          fp->seekg(  (*it)->Offset[k] , std::ios::beg );
 291          (void)ReadAndDecompressRLEFragment( subRaw,
 292                                              (*it)->Length[k],
 293                                              RawSegmentSize,
 294                                              fp );
 295          subRaw += RawSegmentSize;
 296       }
 297    }
 298
 299    if ( BitsAllocated == 16 )
 300    {
 301       // Try to deal with RLE 16 Bits
 302       (void)DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( ZSize );
 303    }
 304
 305    return true;
 306 }
 307
 308 /**
 309  * \brief Swap the bytes, according to \ref SwapCode.
 310  */
 311 void PixelReadConvert::ConvertSwapZone()
 312 {
 313    unsigned int i;
 314
 315    if( BitsAllocated == 16 )
 316    {
 317       uint16_t *im16 = (uint16_t*)Raw;
 318       switch( SwapCode )
 319       {
 320          case 0:
 321          case 12:
 322          case 1234:
 323             break;
 324          case 21:
 325          case 3412:
 326          case 2143:
 327          case 4321:
 328             for( i = 0; i < RawSize / 2; i++ )
 329             {
 330                im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 331             }
 332             break;
 333          default:
 334             gdcmVerboseMacro("SwapCode value (16 bits) not allowed.");
 335       }
 336    }
 337    else if( BitsAllocated == 32 )
 338    {
 339       uint32_t s32;
 340       uint16_t high;
 341       uint16_t low;
 342       uint32_t* im32 = (uint32_t*)Raw;
 343       switch ( SwapCode )
 344       {
 345          case 0:
 346          case 1234:
 347             break;
 348          case 4321:
 349             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 350             {
 351                low     = im32[i] & 0x0000ffff;  // 4321
 352                high    = im32[i] >> 16;
 353                high    = ( high >> 8 ) | ( high << 8 );
 354                low     = ( low  >> 8 ) | ( low  << 8 );
 355                s32     = low;
 356                im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
 357             }
 358             break;
 359          case 2143:
 360             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 361             {
 362                low     = im32[i] & 0x0000ffff;   // 2143
 363                high    = im32[i] >> 16;
 364                high    = ( high >> 8 ) | ( high << 8 );
 365                low     = ( low  >> 8 ) | ( low  << 8 );
 366                s32     = high;
 367                im32[i] = ( s32 << 16 ) | low;
 368             }
 369             break;
 370          case 3412:
 371             for( i = 0; i < RawSize / 4; i++ )
 372             {
 373                low     = im32[i] & 0x0000ffff; // 3412
 374                high    = im32[i] >> 16;
 375                s32     = low;
 376                im32[i] = ( s32 << 16 ) | high;
 377             }
 378             break;
 379          default:
 380             gdcmVerboseMacro("SwapCode value (32 bits) not allowed." );
 381       }
 382    }
 383 }
 384
 385 /**
 386  * \brief Deal with endianity i.e. re-arange bytes inside the integer
 387  */
 388 void PixelReadConvert::ConvertReorderEndianity()
 389 {
 390    if ( BitsAllocated != 8 )
 391    {
 392       ConvertSwapZone();
 393    }
 394
 395    // Special kludge in order to deal with xmedcon broken images:
 396    if (  ( BitsAllocated == 16 )
 397        && ( BitsStored < BitsAllocated )
 398        && ( ! PixelSign ) )
 399    {
 400       int l = (int)( RawSize / ( BitsAllocated / 8 ) );
 401       uint16_t *deb = (uint16_t *)Raw;
 402       for(int i = 0; i<l; i++)
 403       {
 404          if( *deb == 0xffff )
 405          {
 406            *deb = 0;
 407          }
 408          deb++;
 409       }
 410    }
 411 }
 412
 413
 414 /**
 415  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 416  *            file and decompress it. This funciton assumes that each
 417  *            jpeg fragment contains a whole frame (jpeg file).
 418  * @param     fp File Pointer
 419  * @return    Boolean
 420  */
 421 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFramesFromFile( std::ifstream *fp )
 422 {
 423    uint8_t *localRaw = Raw;
 424    // Loop on the fragment[s]
 425    for( JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator
 426         it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 427         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 428       ++it )
 429    {
 430       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 431
 432       if ( BitsStored == 8)
 433       {
 434          // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 435          if ( ! gdcm_read_JPEG_file8( fp, localRaw ) )
 436          {
 437             return false;
 438          }
 439       }
 440       else if ( BitsStored <= 12)
 441       {
 442          // Reading Fragment pixels
 443          if ( ! gdcm_read_JPEG_file12 ( fp, localRaw ) )
 444          {
 445             return false;
 446          }
 447       }
 448       else if ( BitsStored <= 16)
 449       {
 450          // Reading Fragment pixels
 451          if ( ! gdcm_read_JPEG_file16 ( fp, localRaw ) )
 452          {
 453             return false;
 454          }
 455          //assert( IsJPEGLossless );
 456       }
 457       else
 458       {
 459          // other JPEG lossy not supported
 460          gdcmErrorMacro("PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: unknown "
 461                    "jpeg lossy compression ");
 462          return false;
 463       }
 464
 465       // Advance to next free location in Raw
 466       // for next fragment decompression (if any)
 467       int length = XSize * YSize * SamplesPerPixel;
 468       int numberBytes = BitsAllocated / 8;
 469
 470       localRaw += length * numberBytes;
 471    }
 472    return true;
 473 }
 474
 475 /**
 476  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 477  *            file and decompress it. This function assumes that the dicom
 478  *            image is a single frame split into several JPEG fragments.
 479  *            Those fragments will be glued together into a memory buffer
 480  *            before being read.
 481  * @param     fp File Pointer
 482  * @return    Boolean
 483  */
 484 bool PixelReadConvert::
 485 ReadAndDecompressJPEGSingleFrameFragmentsFromFile( std::ifstream *fp )
 486 {
 487    // Loop on the fragment[s] to get total length
 488    size_t totalLength = 0;
 489    JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator it;
 490    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 491         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 492         ++it )
 493    {
 494       totalLength += (*it)->Length;
 495    }
 496
 497    // Concatenate the jpeg fragments into a local buffer
 498    JOCTET *buffer = new JOCTET [totalLength];
 499    JOCTET *p = buffer;
 500
 501    // Loop on the fragment[s]
 502    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 503         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 504         ++it )
 505    {
 506       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 507       size_t len = (*it)->Length;
 508       fp->read((char *)p,len);
 509       p += len;
 510    }
 511
 512    size_t howManyRead = 0;
 513    size_t howManyWritten = 0;
 514
 515    if ( BitsStored == 8)
 516    {
 517       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory8( buffer, totalLength, Raw,
 518                                      &howManyRead, &howManyWritten ) )
 519       {
 520          gdcmErrorMacro(
 521             "PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg8 "
 522             );
 523          delete [] buffer;
 524          return false;
 525       }
 526    }
 527    else if ( BitsStored <= 12)
 528    {
 529       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory12( buffer, totalLength, Raw,
 530                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 531       {
 532          gdcmErrorMacro(
 533             "PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg12 "
 534             );
 535             delete [] buffer;
 536             return false;
 537       }
 538    }
 539    else if ( BitsStored <= 16)
 540    {
 541
 542       if ( ! gdcm_read_JPEG_memory16( buffer, totalLength, Raw,
 543                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 544       {
 545          gdcmErrorMacro(
 546             "PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg16 "
 547             );
 548          delete [] buffer;
 549          return false;
 550       }
 551    }
 552    else
 553    {
 554       // other JPEG lossy not supported
 555       gdcmErrorMacro("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: unknown "
 556                 "jpeg lossy compression ");
 557       delete [] buffer;
 558       return false;
 559    }
 560
 561    // free local buffer
 562    delete [] buffer;
 563
 564    return true;
 565 }
 566
 567 /**
 568  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 569  *            file and decompress it. This function handles the generic
 570  *            and complex case where the DICOM contains several frames,
 571  *            and some of the frames are possibly split into several JPEG
 572  *            fragments.
 573  * @param     fp File Pointer
 574  * @return    Boolean
 575  */
 576 bool PixelReadConvert::
 577 ReadAndDecompressJPEGFragmentedFramesFromFile( std::ifstream *fp )
 578 {
 579    // Loop on the fragment[s] to get total length
 580    size_t totalLength = 0;
 581    JPEGFragmentsInfo::JPEGFragmentsList::iterator it;
 582    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 583         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 584         ++it )
 585    {
 586       totalLength += (*it)->Length;
 587    }
 588
 589    // Concatenate the jpeg fragments into a local buffer
 590    JOCTET *buffer = new JOCTET [totalLength];
 591    JOCTET *p = buffer;
 592
 593    // Loop on the fragment[s]
 594    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin();
 595         it != JPEGInfo->Fragments.end();
 596         ++it )
 597    {
 598       fp->seekg( (*it)->Offset, std::ios::beg);
 599       size_t len = (*it)->Length;
 600       fp->read((char *)p,len);
 601       p+=len;
 602    }
 603
 604    size_t howManyRead = 0;
 605    size_t howManyWritten = 0;
 606    size_t fragmentLength = 0;
 607
 608    for( it  = JPEGInfo->Fragments.begin() ;
 609         (it != JPEGInfo->Fragments.end()) && (howManyRead < totalLength);
 610         ++it )
 611    {
 612       fragmentLength += (*it)->Length;
 613
 614       if (howManyRead > fragmentLength) continue;
 615
 616       if ( BitsStored == 8)
 617       {
 618         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory8( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 619                                      Raw+howManyWritten,
 620                                      &howManyRead, &howManyWritten ) )
 621           {
 622             gdcmErrorMacro("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg8 ");
 623             delete [] buffer;
 624             return false;
 625           }
 626       }
 627       else if ( BitsStored <= 12)
 628       {
 629
 630         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory12( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 631                                       Raw+howManyWritten,
 632                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 633           {
 634             gdcmErrorMacro("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg12 ");
 635             delete [] buffer;
 636             return false;
 637          }
 638       }
 639       else if ( BitsStored <= 16)
 640       {
 641
 642         if ( ! gdcm_read_JPEG_memory16( buffer+howManyRead, totalLength-howManyRead,
 643                                       Raw+howManyWritten,
 644                                       &howManyRead, &howManyWritten ) )
 645           {
 646             gdcmErrorMacro("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: failed to read jpeg16 ");
 647             delete [] buffer;
 648             return false;
 649           }
 650       }
 651       else
 652       {
 653          // other JPEG lossy not supported
 654          gdcmErrorMacro("PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile: unknown "
 655                    "jpeg lossy compression ");
 656          delete [] buffer;
 657          return false;
 658       }
 659
 660       if (howManyRead < fragmentLength)
 661          howManyRead = fragmentLength;
 662    }
 663
 664    // free local buffer
 665    delete [] buffer;
 666
 667    return true;
 668 }
 669
 670 /**
 671  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of JPEG Dicom encapsulated
 672  *            file and decompress it.
 673  * @param     fp File Pointer
 674  * @return    Boolean
 675  */
 676 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile( std::ifstream *fp )
 677 {
 678    if ( IsJPEG2000 )
 679    {
 680       fp->seekg( (*JPEGInfo->Fragments.begin())->Offset, std::ios::beg);
 681       if ( ! gdcm_read_JPEG2000_file( fp,Raw ) )
 682          return false;
 683    }
 684
 685    if ( ( ZSize == 1 ) && ( JPEGInfo->Fragments.size() > 1 ) )
 686    {
 687       // we have one frame split into several fragments
 688       // we will pack those fragments into a single buffer and
 689       // read from it
 690       return ReadAndDecompressJPEGSingleFrameFragmentsFromFile( fp );
 691    }
 692    else if (JPEGInfo->Fragments.size() == (size_t)ZSize)
 693    {
 694       // suppose each fragment is a frame
 695       return ReadAndDecompressJPEGFramesFromFile( fp );
 696    }
 697    else
 698    {
 699       // The dicom image contains frames containing fragments of images
 700       // a more complex algorithm :-)
 701       return ReadAndDecompressJPEGFragmentedFramesFromFile( fp );
 702    }
 703 }
 704
 705 /**
 706  * \brief  Re-arrange the bits within the bytes.
 707  * @return Boolean
 708  */
 709 bool PixelReadConvert::ConvertReArrangeBits() throw ( FormatError )
 710 {
 711    if ( BitsStored != BitsAllocated )
 712    {
 713       int l = (int)( RawSize / ( BitsAllocated / 8 ) );
 714       if ( BitsAllocated == 16 )
 715       {
 716          uint16_t mask = 0xffff;
 717          mask = mask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
 718          uint16_t* deb = (uint16_t*)Raw;
 719          for(int i = 0; i<l; i++)
 720          {
 721             *deb = (*deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1)) & mask;
 722             deb++;
 723          }
 724       }
 725       else if ( BitsAllocated == 32 )
 726       {
 727          uint32_t mask = 0xffffffff;
 728          mask = mask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
 729          uint32_t* deb = (uint32_t*)Raw;
 730          for(int i = 0; i<l; i++)
 731          {
 732             *deb = (*deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1)) & mask;
 733             deb++;
 734          }
 735       }
 736       else
 737       {
 738          gdcmVerboseMacro("Weird image");
 739          throw FormatError( "Weird image !?" );
 740       }
 741    }
 742    return true;
 743 }
 744
 745 /**
 746  * \brief   Convert (Y plane, cB plane, cR plane) to RGB pixels
 747  * \warning Works on all the frames at a time
 748  */
 749 void PixelReadConvert::ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
 750 {
 751    uint8_t *localRaw = Raw;
 752    uint8_t *copyRaw = new uint8_t[ RawSize ];
 753    memmove( copyRaw, localRaw, RawSize );
 754
 755    // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 756    // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 757    // ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 758    // and be *very* affraid
 759    //
 760    int l        = XSize * YSize;
 761    int nbFrames = ZSize;
 762
 763    uint8_t *a = copyRaw;
 764    uint8_t *b = copyRaw + l;
 765    uint8_t *c = copyRaw + l + l;
 766    double R, G, B;
 767
 768    /// \todo : Replace by the 'well known' integer computation
 769    ///         counterpart. Refer to
 770    ///            http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 771    ///         for code optimisation.
 772
 773    for ( int i = 0; i < nbFrames; i++ )
 774    {
 775       for ( int j = 0; j < l; j++ )
 776       {
 777          R = 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 778          G = 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 779          B = 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 780
 781          if (R < 0.0)   R = 0.0;
 782          if (G < 0.0)   G = 0.0;
 783          if (B < 0.0)   B = 0.0;
 784          if (R > 255.0) R = 255.0;
 785          if (G > 255.0) G = 255.0;
 786          if (B > 255.0) B = 255.0;
 787
 788          *(localRaw++) = (uint8_t)R;
 789          *(localRaw++) = (uint8_t)G;
 790          *(localRaw++) = (uint8_t)B;
 791          a++;
 792          b++;
 793          c++;
 794       }
 795    }
 796    delete[] copyRaw;
 797 }
 798
 799 /**
 800  * \brief   Convert (Red plane, Green plane, Blue plane) to RGB pixels
 801  * \warning Works on all the frames at a time
 802  */
 803 void PixelReadConvert::ConvertRGBPlanesToRGBPixels()
 804 {
 805    uint8_t *localRaw = Raw;
 806    uint8_t *copyRaw = new uint8_t[ RawSize ];
 807    memmove( copyRaw, localRaw, RawSize );
 808
 809    int l = XSize * YSize * ZSize;
 810
 811    uint8_t* a = copyRaw;
 812    uint8_t* b = copyRaw + l;
 813    uint8_t* c = copyRaw + l + l;
 814
 815    for (int j = 0; j < l; j++)
 816    {
 817       *(localRaw++) = *(a++);
 818       *(localRaw++) = *(b++);
 819       *(localRaw++) = *(c++);
 820    }
 821    delete[] copyRaw;
 822 }
 823
 824 bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData( std::ifstream *fp )
 825 {
 826    // ComputeRawAndRGBSizes is already made by
 827    // ::GrabInformationsFromHeader. So, the structure sizes are
 828    // correct
 829    Squeeze();
 830
 831    //////////////////////////////////////////////////
 832    //// First stage: get our hands on the Pixel Data.
 833    if ( !fp )
 834    {
 835       gdcmVerboseMacro( "Unavailable file pointer." );
 836       return false;
 837    }
 838
 839    fp->seekg( PixelOffset, std::ios::beg );
 840    if( fp->fail() || fp->eof())
 841    {
 842       gdcmVerboseMacro( "Unable to find PixelOffset in file." );
 843       return false;
 844    }
 845
 846    AllocateRaw();
 847
 848    //////////////////////////////////////////////////
 849    //// Second stage: read from disk dans decompress.
 850    if ( BitsAllocated == 12 )
 851    {
 852       ReadAndDecompress12BitsTo16Bits( fp);
 853    }
 854    else if ( IsRaw )
 855    {
 856       // This problem can be found when some obvious informations are found
 857       // after the field containing the image datas. In this case, these
 858       // bad datas are added to the size of the image (in the PixelDataLength
 859       // variable). But RawSize is the right size of the image !
 860       if( PixelDataLength != RawSize)
 861       {
 862          gdcmVerboseMacro( "Mismatch between PixelReadConvert and RawSize." );
 863       }
 864       if( PixelDataLength > RawSize)
 865       {
 866          fp->read( (char*)Raw, RawSize);
 867       }
 868       else
 869       {
 870          fp->read( (char*)Raw, PixelDataLength);
 871       }
 872
 873       if ( fp->fail() || fp->eof())
 874       {
 875          gdcmVerboseMacro( "Reading of Raw pixel data failed." );
 876          return false;
 877       }
 878    }
 879    else if ( IsRLELossless )
 880    {
 881       if ( ! ReadAndDecompressRLEFile( fp ) )
 882       {
 883          gdcmVerboseMacro( "RLE decompressor failed." );
 884          return false;
 885       }
 886    }
 887    else
 888    {
 889       // Default case concerns JPEG family
 890       if ( ! ReadAndDecompressJPEGFile( fp ) )
 891       {
 892          gdcmVerboseMacro( "JPEG decompressor failed." );
 893          return false;
 894       }
 895    }
 896
 897    ////////////////////////////////////////////
 898    //// Third stage: twigle the bytes and bits.
 899    ConvertReorderEndianity();
 900    ConvertReArrangeBits();
 901    ConvertHandleColor();
 902
 903    return true;
 904 }
 905
 906 void PixelReadConvert::ConvertHandleColor()
 907 {
 908    //////////////////////////////////
 909    // Deal with the color decoding i.e. handle:
 910    //   - R, G, B planes (as opposed to RGB pixels)
 911    //   - YBR (various) encodings.
 912    //   - LUT[s] (or "PALETTE COLOR").
 913    //
 914    // The classification in the color decoding schema is based on the blending
 915    // of two Dicom tags values:
 916    // * "Photometric Interpretation" for which we have the cases:
 917    //  - [Photo A] MONOCHROME[1|2] pictures,
 918    //  - [Photo B] RGB or YBR_FULL_422 (which acts as RGB),
 919    //  - [Photo C] YBR_* (with the above exception of YBR_FULL_422)
 920    //  - [Photo D] "PALETTE COLOR" which indicates the presence of LUT[s].
 921    // * "Planar Configuration" for which we have the cases:
 922    //  - [Planar 0] 0 then Pixels are already RGB
 923    //  - [Planar 1] 1 then we have 3 planes : R, G, B,
 924    //  - [Planar 2] 2 then we have 1 gray Plane and 3 LUTs
 925    //
 926    // Now in theory, one could expect some coherence when blending the above
 927    // cases. For example we should not encounter files belonging at the
 928    // time to case [Planar 0] and case [Photo D].
 929    // Alas, this was only theory ! Because in practice some odd (read ill
 930    // formated Dicom) files (e.g. gdcmData/US-PAL-8-10x-echo.dcm) we encounter:
 931    //     - "Planar Configuration" = 0,
 932    //     - "Photometric Interpretation" = "PALETTE COLOR".
 933    // Hence gdcm shall use the folowing "heuristic" in order to be tolerant
 934    // towards Dicom-non-conformance files:
 935    //   << whatever the "Planar Configuration" value might be, a
 936    //      "Photometric Interpretation" set to "PALETTE COLOR" forces
 937    //      a LUT intervention >>
 938    //
 939    // Now we are left with the following handling of the cases:
 940    // - [Planar 0] OR  [Photo A] no color decoding (since respectively
 941    //       Pixels are already RGB and monochrome pictures have no color :),
 942    // - [Planar 1] AND [Photo B] handled with ConvertRGBPlanesToRGBPixels()
 943    // - [Planar 1] AND [Photo C] handled with ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
 944    // - [Planar 2] OR  [Photo D] requires LUT intervention.
 945
 946    if ( ! IsRawRGB() )
 947    {
 948       // [Planar 2] OR  [Photo D]: LUT intervention done outside
 949       return;
 950    }
 951
 952    if ( PlanarConfiguration == 1 )
 953    {
 954       if ( IsYBRFull )
 955       {
 956          // [Planar 1] AND [Photo C] (remember YBR_FULL_422 acts as RGB)
 957          ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels();
 958       }
 959       else
 960       {
 961          // [Planar 1] AND [Photo C]
 962          ConvertRGBPlanesToRGBPixels();
 963       }
 964       return;
 965    }
 966
 967    // When planarConf is 0, and RLELossless (forbidden by Dicom norm)
 968    // pixels need to be RGB-fied anyway
 969    if (IsRLELossless)
 970    {
 971      ConvertRGBPlanesToRGBPixels();
 972    }
 973    // In *normal *case, when planarConf is 0, pixels are already in RGB
 974 }
 975
 976 /**
 977  * \brief Predicate to know wether the image[s] (once Raw) is RGB.
 978  * \note See comments of \ref ConvertHandleColor
 979  */
 980 bool PixelReadConvert::IsRawRGB()
 981 {
 982    if (   IsMonochrome
 983        || PlanarConfiguration == 2
 984        || IsPaletteColor )
 985    {
 986       return false;
 987    }
 988    return true;
 989 }
 990
 991 void PixelReadConvert::ComputeRawAndRGBSizes()
 992 {
 993    int bitsAllocated = BitsAllocated;
 994    // Number of "Bits Allocated" is fixed to 16 when it's 12, since
 995    // in this case we will expand the image to 16 bits (see
 996    //    \ref ReadAndDecompress12BitsTo16Bits() )
 997    if (  BitsAllocated == 12 )
 998    {
 999       bitsAllocated = 16;
1000    }
1001
1002    RawSize =  XSize * YSize * ZSize
1003                      * ( bitsAllocated / 8 )
1004                      * SamplesPerPixel;
1005    if ( HasLUT )
1006    {
1007       RGBSize = 3 * RawSize;
1008    }
1009    else
1010    {
1011       RGBSize = RawSize;
1012    }
1013 }
1014
1015 void PixelReadConvert::GrabInformationsFromHeader( Header *header )
1016 {
1017    // Number of Bits Allocated for storing a Pixel is defaulted to 16
1018    // when absent from the header.
1019    BitsAllocated = header->GetBitsAllocated();
1020    if ( BitsAllocated == 0 )
1021    {
1022       BitsAllocated = 16;
1023    }
1024
1025    // Number of "Bits Stored" defaulted to number of "Bits Allocated"
1026    // when absent from the header.
1027    BitsStored = header->GetBitsStored();
1028    if ( BitsStored == 0 )
1029    {
1030       BitsStored = BitsAllocated;
1031    }
1032
1033    // High Bit Position
1034    HighBitPosition = header->GetHighBitPosition();
1035    if ( HighBitPosition == 0 )
1036    {
1037       HighBitPosition = BitsAllocated - 1;
1038    }
1039
1040    XSize = header->GetXSize();
1041    YSize = header->GetYSize();
1042    ZSize = header->GetZSize();
1043    SamplesPerPixel = header->GetSamplesPerPixel();
1044    PixelSize = header->GetPixelSize();
1045    PixelSign = header->IsSignedPixelData();
1046    SwapCode  = header->GetSwapCode();
1047    TransferSyntaxType ts = header->GetTransferSyntax();
1048    IsRaw =
1049         ( ! header->IsDicomV3() )
1050      || ts == ImplicitVRLittleEndian
1051      || ts == ImplicitVRLittleEndianDLXGE
1052      || ts == ExplicitVRLittleEndian
1053      || ts == ExplicitVRBigEndian
1054      || ts == DeflatedExplicitVRLittleEndian;
1055    IsJPEG2000     = header->IsJPEG2000();
1056    IsJPEGLossless = header->IsJPEGLossless();
1057    IsRLELossless  =  ( ts == RLELossless );
1058    PixelOffset     = header->GetPixelOffset();
1059    PixelDataLength = header->GetPixelAreaLength();
1060    RLEInfo  = header->GetRLEInfo();
1061    JPEGInfo = header->GetJPEGInfo();
1062
1063    PlanarConfiguration = header->GetPlanarConfiguration();
1064    IsMonochrome = header->IsMonochrome();
1065    IsPaletteColor = header->IsPaletteColor();
1066    IsYBRFull = header->IsYBRFull();
1067
1068    /////////////////////////////////////////////////////////////////
1069    // LUT section:
1070    HasLUT = header->HasLUT();
1071    if ( HasLUT )
1072    {
1073       // Just in case some access to a Header element requires disk access.
1074       LutRedDescriptor   = header->GetEntryByNumber( 0x0028, 0x1101 );
1075       LutGreenDescriptor = header->GetEntryByNumber( 0x0028, 0x1102 );
1076       LutBlueDescriptor  = header->GetEntryByNumber( 0x0028, 0x1103 );
1077
1078       // Depending on the value of Document::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
1079       // [ refer to invocation of Document::SetMaxSizeLoadEntry() in
1080       // Document::Document() ], the loading of the value (content) of a
1081       // [Bin|Val]Entry occurence migth have been hindered (read simply NOT
1082       // loaded). Hence, we first try to obtain the LUTs data from the header
1083       // and when this fails we read the LUTs data directely from disk.
1084       /// \todo Reading a [Bin|Val]Entry directly from disk is a kludge.
1085       ///       We should NOT bypass the [Bin|Val]Entry class. Instead
1086       ///       an access to an UNLOADED content of a [Bin|Val]Entry occurence
1087       ///       (e.g. BinEntry::GetBinArea()) should force disk access from
1088       ///       within the [Bin|Val]Entry class itself. The only problem
1089       ///       is that the [Bin|Val]Entry is unaware of the FILE* is was
1090       ///       parsed from. Fix that. FIXME.
1091
1092       ////// Red round
1093       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1201);
1094       LutRedData = (uint8_t*)header->GetEntryBinAreaByNumber( 0x0028, 0x1201 );
1095       if ( ! LutRedData )
1096       {
1097          gdcmVerboseMacro( "Unable to read red LUT data" );
1098       }
1099
1100       ////// Green round:
1101       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1202);
1102       LutGreenData = (uint8_t*)header->GetEntryBinAreaByNumber(0x0028, 0x1202 );
1103       if ( ! LutGreenData)
1104       {
1105          gdcmVerboseMacro( "Unable to read green LUT data" );
1106       }
1107
1108       ////// Blue round:
1109       header->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1203);
1110       LutBlueData = (uint8_t*)header->GetEntryBinAreaByNumber( 0x0028, 0x1203 );
1111       if ( ! LutBlueData )
1112       {
1113          gdcmVerboseMacro( "Unable to read blue LUT data" );
1114       }
1115    }
1116
1117    ComputeRawAndRGBSizes();
1118 }
1119
1120 /**
1121  * \brief Build Red/Green/Blue/Alpha LUT from Header
1122  *         when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1123  *          and (0028,1101),(0028,1102),(0028,1102)
1124  *            - xxx Palette Color Lookup Table Descriptor - are found
1125  *          and (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202)
1126  *            - xxx Palette Color Lookup Table Data - are found
1127  * \warning does NOT deal with :
1128  *   0028 1100 Gray Lookup Table Descriptor (Retired)
1129  *   0028 1221 Segmented Red Palette Color Lookup Table Data
1130  *   0028 1222 Segmented Green Palette Color Lookup Table Data
1131  *   0028 1223 Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data
1132  *   no known Dicom reader deals with them :-(
1133  * @return a RGBA Lookup Table
1134  */
1135 void PixelReadConvert::BuildLUTRGBA()
1136 {
1137    if ( LutRGBA )
1138    {
1139       return;
1140    }
1141    // Not so easy : see
1142    // http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/limitations.html#Color%20Lookup%20Tables
1143
1144    if ( ! IsPaletteColor )
1145    {
1146       return;
1147    }
1148
1149    if (   LutRedDescriptor   == GDCM_UNFOUND
1150        || LutGreenDescriptor == GDCM_UNFOUND
1151        || LutBlueDescriptor  == GDCM_UNFOUND )
1152    {
1153       return;
1154    }
1155
1156    ////////////////////////////////////////////
1157    // Extract the info from the LUT descriptors
1158    int lengthR;   // Red LUT length in Bytes
1159    int debR;      // Subscript of the first Lut Value
1160    int nbitsR;    // Lut item size (in Bits)
1161    int nbRead = sscanf( LutRedDescriptor.c_str(),
1162                         "%d\\%d\\%d",
1163                         &lengthR, &debR, &nbitsR );
1164    if( nbRead != 3 )
1165    {
1166       gdcmVerboseMacro( "Wrong red LUT descriptor" );
1167    }
1168
1169    int lengthG;  // Green LUT length in Bytes
1170    int debG;     // Subscript of the first Lut Value
1171    int nbitsG;   // Lut item size (in Bits)
1172    nbRead = sscanf( LutGreenDescriptor.c_str(),
1173                     "%d\\%d\\%d",
1174                     &lengthG, &debG, &nbitsG );
1175    if( nbRead != 3 )
1176    {
1177       gdcmVerboseMacro( "Wrong green LUT descriptor" );
1178    }
1179
1180    int lengthB;  // Blue LUT length in Bytes
1181    int debB;     // Subscript of the first Lut Value
1182    int nbitsB;   // Lut item size (in Bits)
1183    nbRead = sscanf( LutRedDescriptor.c_str(),
1184                     "%d\\%d\\%d",
1185                     &lengthB, &debB, &nbitsB );
1186    if( nbRead != 3 )
1187    {
1188       gdcmVerboseMacro( "Wrong blue LUT descriptor" );
1189    }
1190
1191    ////////////////////////////////////////////////////////
1192    if ( ( ! LutRedData ) || ( ! LutGreenData ) || ( ! LutBlueData ) )
1193    {
1194       return;
1195    }
1196
1197    ////////////////////////////////////////////////
1198    // forge the 4 * 8 Bits Red/Green/Blue/Alpha LUT
1199    LutRGBA = new uint8_t[ 1024 ]; // 256 * 4 (R, G, B, Alpha)
1200    if ( !LutRGBA )
1201    {
1202       return;
1203    }
1204    memset( LutRGBA, 0, 1024 );
1205
1206    int mult;
1207    if ( ( nbitsR == 16 ) && ( BitsAllocated == 8 ) )
1208    {
1209       // when LUT item size is different than pixel size
1210       mult = 2; // high byte must be = low byte
1211    }
1212    else
1213    {
1214       // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
1215       mult = 1;
1216    }
1217
1218    // if we get a black image, let's just remove the '+1'
1219    // from 'i*mult+1' and check again
1220    // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
1221    // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
1222    // and fix the code
1223    // We give up the checking to avoid some (useless ?)overhead
1224    // (optimistic asumption)
1225    int i;
1226    uint8_t* a = LutRGBA + 0;
1227    for( i=0; i < lengthR; ++i )
1228    {
1229       *a = LutRedData[i*mult+1];
1230       a += 4;
1231    }
1232
1233    a = LutRGBA + 1;
1234    for( i=0; i < lengthG; ++i)
1235    {
1236       *a = LutGreenData[i*mult+1];
1237       a += 4;
1238    }
1239
1240    a = LutRGBA + 2;
1241    for(i=0; i < lengthB; ++i)
1242    {
1243       *a = LutBlueData[i*mult+1];
1244       a += 4;
1245    }
1246
1247    a = LutRGBA + 3;
1248    for(i=0; i < 256; ++i)
1249    {
1250       *a = 1; // Alpha component
1251       a += 4;
1252    }
1253 }
1254
1255 /**
1256  * \brief Build the RGB image from the Raw imagage and the LUTs.
1257  */
1258 bool PixelReadConvert::BuildRGBImage()
1259 {
1260    if ( RGB )
1261    {
1262       // The job is already done.
1263       return true;
1264    }
1265
1266    if ( ! Raw )
1267    {
1268       // The job can't be done
1269       return false;
1270    }
1271
1272    BuildLUTRGBA();
1273    if ( ! LutRGBA )
1274    {
1275       // The job can't be done
1276       return false;
1277    }
1278
1279    // Build RGB Pixels
1280    AllocateRGB();
1281    uint8_t* localRGB = RGB;
1282    for (size_t i = 0; i < RawSize; ++i )
1283    {
1284       int j  = Raw[i] * 4;
1285       *localRGB++ = LutRGBA[j];
1286       *localRGB++ = LutRGBA[j+1];
1287       *localRGB++ = LutRGBA[j+2];
1288    }
1289    return true;
1290 }
1291
1292 /**
1293  * \brief        Print self.
1294  * @param os     Stream to print to.
1295  */
1296 void PixelReadConvert::Print( std::ostream &os )
1297 {
1298    Print("",os);
1299 }
1300
1301 /**
1302  * \brief        Print self.
1303  * @param indent Indentation string to be prepended during printing.
1304  * @param os     Stream to print to.
1305  */
1306 void PixelReadConvert::Print( std::string indent, std::ostream &os )
1307 {
1308    os << indent
1309       << "--- Pixel information -------------------------"
1310       << std::endl;
1311    os << indent
1312       << "Pixel Data: offset " << PixelOffset
1313       << " x(" << std::hex << PixelOffset << std::dec
1314       << ")   length " << PixelDataLength
1315       << " x(" << std::hex << PixelDataLength << std::dec
1316       << ")" << std::endl;
1317
1318    if ( IsRLELossless )
1319    {
1320       if ( RLEInfo )
1321       {
1322          RLEInfo->Print( indent, os );
1323       }
1324       else
1325       {
1326          gdcmVerboseMacro("Set as RLE file but NO RLEinfo present.");
1327       }
1328    }
1329
1330    if ( IsJPEG2000 || IsJPEGLossless )
1331    {
1332       if ( JPEGInfo )
1333       {
1334          JPEGInfo->Print( indent, os );
1335       }
1336       else
1337       {
1338          gdcmVerboseMacro("Set as JPEG file but NO JPEGinfo present.");
1339       }
1340    }
1341 }
1342
1343 } // end namespace gdcm
1344
1345 // NOTES on File internal calls
1346 // User
1347 // ---> GetImageData
1348 //     ---> GetImageDataIntoVector
1349 //        |---> GetImageDataIntoVectorRaw
1350 //        | lut intervention
1351 // User
1352 // ---> GetImageDataRaw
1353 //     ---> GetImageDataIntoVectorRaw
1354