src/gdcmRLE.cxx

   1 // gdcmRLE.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include <stdio.h>
   4 #include "gdcmFile.h"
   5 #include <ctype.h>              /* to declare isprint() */
   6
   7 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
   8
   9 //-----------------------------------------------------------------------------
  10 /**
  11  * \ingroup   gdcmFile
  12  * \brief     Reads a 'Run Length Encoded' Dicom encapsulated file
  13  * @param     fp already open File Pointer
  14  * @param     image_buffer destination Address (in caller's memory space)
  15  *            at which the pixel data should be copied
  16  *
  17  * @return    Boolean
  18  */
  19 bool gdcmFile::gdcm_read_RLE_file (FILE *fp,void * image_buffer) {
  20    long fragmentBegining; // for ftell, fseek
  21    char * im = (char *)image_buffer;
  22
  23    long RleSegmentLength[15],fragmentLength,uncompressedSegmentSize;;
  24    long ftellRes, ln;
  25    guint32 nbRleSegments;
  26    guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
  27    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  28    uncompressedSegmentSize=Header->GetXSize()*Header->GetYSize();
  29    ftellRes=ftell(fp);
  30    // Basic Offset Table with Item Value
  31       // Item Tag
  32    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  33    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  34    if(Header->GetSwapCode()) {
  35       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  36       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  37    }
  38       // Item Length
  39    ftellRes=ftell(fp);
  40    fread(&ln,4,1,fp);
  41    if(Header->GetSwapCode())
  42       ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
  43    if (ln != 0) {
  44       // What is it used for ??
  45       char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  46       fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  47       guint32 a;
  48       for (int i=0;i<ln;i+=4){
  49          a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  50       }
  51    }
  52
  53    ftellRes=ftell(fp);
  54    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
  55    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
  56    if(Header->GetSwapCode()) {
  57       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
  58       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
  59    }
  60
  61    // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
  62    while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
  63    // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
  64       ftellRes=ftell(fp);
  65       fread(&fragmentLength,4,1,fp);
  66       if(Header->GetSwapCode())
  67          fragmentLength=Header->SwapLong(fragmentLength);    // length
  68
  69           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
  70
  71       fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
  72       if(Header->GetSwapCode())
  73          nbRleSegments=Header->SwapLong(nbRleSegments);
  74
  75       for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
  76          ftellRes=ftell(fp);
  77          fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
  78          if(Header->GetSwapCode())
  79             RleSegmentOffsetTable[k]=Header->SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
  80       }
  81
  82       if (nbRleSegments>1) {
  83          for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) { // reading RLE Segments
  84             RleSegmentLength[k]=RleSegmentOffsetTable[k+1]-RleSegmentOffsetTable[k];
  85             ftellRes=ftell(fp);
  86             fragmentBegining=ftell(fp);
  87             gdcm_read_RLE_fragment (&im, RleSegmentLength[k],uncompressedSegmentSize,fp);
  88             fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET);
  89             fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
  90          }
  91       }
  92       RleSegmentLength[nbRleSegments] = fragmentLength - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
  93       ftellRes=ftell(fp);
  94       fragmentBegining=ftell(fp);
  95       gdcm_read_RLE_fragment (&im, RleSegmentLength[nbRleSegments],uncompressedSegmentSize, fp);
  96       fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET);
  97       fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
  98
  99       // end of scanning fragment pixels
 100
 101       ftellRes=ftell(fp);
 102       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 103       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 104       if(Header->GetSwapCode()) {
 105          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 106          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 107       }
 108    }
 109
 110    if (Header->GetBitsAllocated()==16) { // try to deal with RLE 16 Bits
 111
 112       im = (char *)image_buffer;
 113          //  need to make 16 Bits Pixels from Low Byte and Hight Byte 'Planes'
 114
 115       int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize();
 116       int nbFrames = Header->GetZSize();
 117
 118       char * newDest = (char*) malloc(l*nbFrames*2);
 119       char *x  = newDest;
 120       char * a = (char *)image_buffer;
 121       char * b = a + l;
 122
 123       for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 124          for (int j=0;j<l; j++) {
 125             *(x++) = *(a++);
 126             *(x++) = *(b++);
 127          }
 128       }
 129       memmove(image_buffer,newDest,lgrTotale);
 130       free(newDest);
 131    }
 132
 133    return(true);
 134 }
 135
 136
 137 // ----------------------------------------------------------------------------
 138 // RLE LossLess Fragment
 139 int gdcmFile::gdcm_read_RLE_fragment(char **areaToRead, long lengthToDecode,
 140                                      long uncompressedSegmentSize, FILE *fp) {
 141    long ftellRes;
 142    int count;
 143    long numberOfOutputBytes=0;
 144    char n, car;
 145    ftellRes =ftell(fp);
 146
 147    while(numberOfOutputBytes<uncompressedSegmentSize) {
 148       ftellRes =ftell(fp);
 149       fread(&n,sizeof(char),1,fp);
 150       count=n;
 151       if (count >= 0 && count <= 127) {
 152          fread(*areaToRead,(count+1)*sizeof(char),1,fp);
 153          *areaToRead+=count+1;
 154          numberOfOutputBytes+=count+1;
 155       } else {
 156          if (count <= -1 && count >= -127) {
 157             fread(&car,sizeof(char),1,fp);
 158             for(int i=0; i<-count+1; i++) {
 159                (*areaToRead)[i]=car;
 160             }
 161             *areaToRead+=(-count+1);
 162             numberOfOutputBytes+=(-count+1);
 163          }
 164       }
 165       // if count = 128 output nothing (See : PS 3.5-2003 Page 86)
 166    }
 167    return 1;
 168 }
 169
 170 // ----------------------------------------------------------------------------