src/gdcmRLE.cxx

   1
   2 #include <stdio.h>
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include <ctype.h>              /* to declare isprint() */
   5
   6 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
   7
   8 static int _gdcm_read_RLE_fragment (char ** image_buffer,
   9                                     long lengthToDecode,
  10                                     long uncompressedSegmentSize,
  11                                     FILE* fp);
  12 // static because nothing but gdcm_read_RLE_file may call it
  13
  14 #define DEBUG 0
  15 // Will be removed
  16
  17 // ----------------------------------------------------------------------------
  18 /**
  19  * \ingroup   gdcmFile
  20  * \brief     Reads a 'Run Length Encoded' Dicom encapsulated file
  21  * @param     image_buffer destination Address (in caller's memory space)
  22  *            at which the
  23  *            pixel data should be copied
  24  * @return    int acts as a Boolean
  25  */
  26
  27 // This is a debug version.
  28 // Forget the printf as they will be removed
  29 // as soon as the last Heuristics are checked
  30
  31 int
  32 gdcmFile::gdcm_read_RLE_file (void * image_buffer) {
  33    long fragmentBegining; // for ftell, fseek
  34    char * im = (char *)image_buffer;
  35    if (DEBUG)std::cout << "RLE image" << std::endl;
  36
  37    long RleSegmentLength[15],fragmentLength,uncompressedSegmentSize;;
  38    long ftellRes, ln;
  39    guint32 nbRleSegments;
  40    guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
  41    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  42    uncompressedSegmentSize=GetXSize()*GetYSize();
  43    if (DEBUG)printf("uncompressedSegmentSize %d\n",uncompressedSegmentSize);
  44    ftellRes=ftell(fp);
  45    // Basic Offset Table with Item Value
  46       // Item Tag
  47    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  48    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  49    if(GetSwapCode()) {
  50       ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
  51       ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
  52    }
  53    if (DEBUG)printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000): %04x,%04x\n",
  54           ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  55       // Item Length
  56    ftellRes=ftell(fp);
  57    fread(&ln,4,1,fp);
  58    if(GetSwapCode())
  59       ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
  60    if (DEBUG)printf("at %x : Basic Offset Table Item Lentgh (??) %d x(%08x)\n",
  61          ftellRes,ln,ln);
  62    if (ln != 0) {
  63       // What is it used for ??
  64       char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  65       fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  66       guint32 a;
  67       for (int i=0;i<ln;i+=4){
  68          a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  69         if (DEBUG)printf("      x(%08x)  %d\n",a,a);
  70       }
  71    }
  72
  73    ftellRes=ftell(fp);
  74    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
  75    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
  76    if(GetSwapCode()) {
  77       ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
  78       ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
  79    }
  80    if (DEBUG)printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
  81          ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
  82
  83    // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
  84    while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
  85    // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
  86       ftellRes=ftell(fp);
  87       fread(&fragmentLength,4,1,fp);
  88       if(GetSwapCode())
  89          fragmentLength=SwapLong(fragmentLength);    // length
  90       if (DEBUG)printf("      at %x : fragment length %d x(%08x)\n",
  91              ftellRes, fragmentLength,fragmentLength);
  92
  93           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
  94
  95       fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
  96       if(GetSwapCode())
  97          nbRleSegments=SwapLong(nbRleSegments);
  98          if (DEBUG)printf("         Nb of RLE Segments : %d\n",nbRleSegments);
  99
 100       for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
 101          ftellRes=ftell(fp);
 102          fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
 103          if(GetSwapCode())
 104             RleSegmentOffsetTable[k]=SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
 105          if (DEBUG)printf("        at : %x Offset Segment %d : %d (%x)\n",
 106                  ftellRes,k,RleSegmentOffsetTable[k],RleSegmentOffsetTable[k]);
 107       }
 108
 109       if (nbRleSegments>1) {
 110          for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) { // reading RLE Segments
 111             RleSegmentLength[k]=RleSegmentOffsetTable[k+1]-RleSegmentOffsetTable[k];
 112             ftellRes=ftell(fp);
 113             if (DEBUG)printf ("       (in) Segment %d : Length = %d  x(%x) Start at %x\n",
 114                                  k,RleSegmentLength[k],RleSegmentLength[k], ftellRes);
 115             fragmentBegining=ftell(fp);
 116             _gdcm_read_RLE_fragment (&im, RleSegmentLength[k],uncompressedSegmentSize,fp);
 117             fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET);
 118             fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 119          }
 120       }
 121       RleSegmentLength[nbRleSegments] = fragmentLength - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 122       ftellRes=ftell(fp);
 123       if (DEBUG)printf ("        (out)Segment %d : Length = %d  x(%x) Start at %x\n",
 124                        nbRleSegments,
 125                        RleSegmentLength[nbRleSegments],RleSegmentLength[nbRleSegments],
 126                        ftellRes);
 127       fragmentBegining=ftell(fp);
 128       _gdcm_read_RLE_fragment (&im, RleSegmentLength[nbRleSegments],uncompressedSegmentSize, fp);
 129       fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET);
 130       fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 131
 132       // end of scanning fragment pixels
 133
 134       ftellRes=ftell(fp);
 135       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 136       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 137       if(GetSwapCode()) {
 138          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 139          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 140       }
 141       if (DEBUG)printf ("at %x : ItemTag (should be fffe,e000 or e0dd): %04x,%04x\n",
 142             ftellRes,ItemTagGr,ItemTagEl );
 143    }
 144    return (1);
 145 }
 146
 147
 148  /* -------------------------------------------------------------------- */
 149  //
 150  // RLE LossLess Fragment
 151  //
 152  /* -------------------------------------------------------------------- */
 153
 154    // static because nothing but gdcm_read_RLE_file can call it
 155    // DO NOT doxygen !
 156
 157 static int
 158 _gdcm_read_RLE_fragment (char ** areaToRead,
 159                          long lengthToDecode,
 160                          long uncompressedSegmentSize,
 161                          FILE* fp) {
 162    long ftellRes;
 163    int count;
 164    long numberOfOutputBytes=0;
 165    char n, car;
 166    ftellRes =ftell(fp);
 167
 168    while(numberOfOutputBytes<uncompressedSegmentSize) {
 169
 170       ftellRes =ftell(fp);
 171       fread(&n,sizeof(char),1,fp);
 172       count=n;
 173       if (count >= 0 && count <= 127) {
 174          fread(*areaToRead,(count+1)*sizeof(char),1,fp);
 175          *areaToRead+=count+1;
 176          numberOfOutputBytes+=count+1;
 177       } else {
 178          if (count <= -1 && count >= -127) {
 179             fread(&car,sizeof(char),1,fp);
 180             for(int i=0; i<-count+1; i++) {
 181                (*areaToRead)[i]=car;
 182             }
 183             *areaToRead+=(-count+1);
 184             numberOfOutputBytes+=(-count+1);
 185          }
 186       }
 187       // if count = 128 output nothing (See : PS 3.5-2003 Page 86)
 188    }
 189    return 1;
 190 }