src/gdcmRLE.cxx

   1
   2 #include <stdio.h>
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include <ctype.h>              /* to declare isprint() */
   5
   6 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
   7
   8 static int _gdcm_read_RLE_fragment (char ** image_buffer,
   9                                     long lengthToDecode,
  10                                     long uncompressedSegmentSize,
  11                                     FILE* fp);
  12 // static because nothing but gdcm_read_RLE_file may call it
  13
  14 // ----------------------------------------------------------------------------
  15 /**
  16  * \ingroup   gdcmFile
  17  * \brief     Reads a 'Run Length Encoded' Dicom encapsulated file
  18  * @param     image_buffer destination Address (in caller's memory space)
  19  *            at which the pixel data should be copied
  20  *
  21  * @return    int acts as a Boolean
  22  */
  23
  24 // This is a debug version.
  25 // Forget the printf as they will be removed
  26 // as soon as the last Heuristics are checked
  27
  28 // pb with RLE 16 Bits :
  29
  30
  31 int
  32 gdcmFile::gdcm_read_RLE_file (void * image_buffer) {
  33    long fragmentBegining; // for ftell, fseek
  34    char * im = (char *)image_buffer;
  35
  36    long RleSegmentLength[15],fragmentLength,uncompressedSegmentSize;;
  37    long ftellRes, ln;
  38    guint32 nbRleSegments;
  39    guint32 RleSegmentOffsetTable[15];
  40    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
  41    uncompressedSegmentSize=GetXSize()*GetYSize();
  42    ftellRes=ftell(fp);
  43    // Basic Offset Table with Item Value
  44       // Item Tag
  45    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe):Basic Offset Table Item Tag Gr
  46    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000):Basic Offset Table Item Tag El
  47    if(GetSwapCode()) {
  48       ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
  49       ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
  50    }
  51       // Item Length
  52    ftellRes=ftell(fp);
  53    fread(&ln,4,1,fp);
  54    if(GetSwapCode())
  55       ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item Lentgh
  56    if (ln != 0) {
  57       // What is it used for ??
  58       char * BasicOffsetTableItemValue= (char *)malloc(ln+1);
  59       fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
  60       guint32 a;
  61       for (int i=0;i<ln;i+=4){
  62          a=str2num(&BasicOffsetTableItemValue[i],guint32);
  63       }
  64    }
  65
  66    ftellRes=ftell(fp);
  67    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
  68    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
  69    if(GetSwapCode()) {
  70       ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
  71       ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
  72    }
  73
  74    // while 'Sequence Delimiter Item' (fffe,e0dd) not found
  75    while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
  76    // Parse fragments of the current Fragment (Frame)
  77       ftellRes=ftell(fp);
  78       fread(&fragmentLength,4,1,fp);
  79       if(GetSwapCode())
  80          fragmentLength=SwapLong(fragmentLength);    // length
  81
  82           //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
  83
  84       fread(&nbRleSegments,4,1,fp);  // Reading : Number of RLE Segments
  85       if(GetSwapCode())
  86          nbRleSegments=SwapLong(nbRleSegments);
  87
  88       for(int k=1; k<=15; k++) { // Reading RLE Segments Offset Table
  89          ftellRes=ftell(fp);
  90          fread(&RleSegmentOffsetTable[k],4,1,fp);
  91          if(GetSwapCode())
  92             RleSegmentOffsetTable[k]=SwapLong(RleSegmentOffsetTable[k]);
  93       }
  94
  95       if (nbRleSegments>1) {
  96          for(int k=1; k<=nbRleSegments-1; k++) { // reading RLE Segments
  97             RleSegmentLength[k]=RleSegmentOffsetTable[k+1]-RleSegmentOffsetTable[k];
  98             ftellRes=ftell(fp);
  99             fragmentBegining=ftell(fp);
 100             _gdcm_read_RLE_fragment (&im, RleSegmentLength[k],uncompressedSegmentSize,fp);
 101             fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET);
 102             fseek(fp,RleSegmentLength[k],SEEK_CUR);
 103          }
 104       }
 105       RleSegmentLength[nbRleSegments] = fragmentLength - RleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
 106       ftellRes=ftell(fp);
 107       fragmentBegining=ftell(fp);
 108       _gdcm_read_RLE_fragment (&im, RleSegmentLength[nbRleSegments],uncompressedSegmentSize, fp);
 109       fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET);
 110       fseek(fp,RleSegmentLength[nbRleSegments],SEEK_CUR);
 111
 112       // end of scanning fragment pixels
 113
 114       ftellRes=ftell(fp);
 115       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 116       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 117       if(GetSwapCode()) {
 118          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 119          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 120       }
 121    }
 122
 123    if (GetBitsAllocated()==16) { // try to deal with RLE 16 Bits
 124
 125       im = (char *)image_buffer;
 126          //  need to make 16 Bits Pixels from Low Byte and Hight Byte 'Planes'
 127
 128       int l = GetXSize()*GetYSize();
 129       int nbFrames = GetZSize();
 130
 131       char * newDest = (char*) malloc(l*nbFrames*2);
 132       char *x  = newDest;
 133       char * a = (char *)image_buffer;
 134       char * b = a + l;
 135
 136       for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 137          for (int j=0;j<l; j++) {
 138             *(x++) = *(a++);
 139             *(x++) = *(b++);
 140          }
 141       }
 142       memmove(image_buffer,newDest,lgrTotale);
 143       free(newDest);
 144    }
 145
 146    return (1);
 147 }
 148
 149
 150  /* -------------------------------------------------------------------- */
 151  //
 152  // RLE LossLess Fragment
 153  //
 154  /* -------------------------------------------------------------------- */
 155
 156    // static because nothing but gdcm_read_RLE_file can call it
 157    // DO NOT doxygen !
 158
 159 static int
 160 _gdcm_read_RLE_fragment (char ** areaToRead,
 161                          long lengthToDecode,
 162                          long uncompressedSegmentSize,
 163                          FILE* fp) {
 164    long ftellRes;
 165    int count;
 166    long numberOfOutputBytes=0;
 167    char n, car;
 168    ftellRes =ftell(fp);
 169
 170    while(numberOfOutputBytes<uncompressedSegmentSize) {
 171
 172       ftellRes =ftell(fp);
 173       fread(&n,sizeof(char),1,fp);
 174       count=n;
 175       if (count >= 0 && count <= 127) {
 176          fread(*areaToRead,(count+1)*sizeof(char),1,fp);
 177          *areaToRead+=count+1;
 178          numberOfOutputBytes+=count+1;
 179       } else {
 180          if (count <= -1 && count >= -127) {
 181             fread(&car,sizeof(char),1,fp);
 182             for(int i=0; i<-count+1; i++) {
 183                (*areaToRead)[i]=car;
 184             }
 185             *areaToRead+=(-count+1);
 186             numberOfOutputBytes+=(-count+1);
 187          }
 188       }
 189       // if count = 128 output nothing (See : PS 3.5-2003 Page 86)
 190    }
 191    return 1;
 192 }