src/gdcmRLEFramesInfo.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmRLEFramesInfo.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:11 $
   7   Version:   $Revision: 1.22 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22
  23 #if defined(__BORLANDC__)
  24    #include <mem.h> // for memset
  25 #endif
  26
  27 namespace GDCM_NAME_SPACE
  28 {
  29 //-------------------------------------------------------------------------
  30 // Constructor / Destructor
  31 RLEFramesInfo::~RLEFramesInfo()
  32 {
  33    for(RLEFrameList::iterator it = Frames.begin(); it != Frames.end(); ++it)
  34    {
  35       delete (*it);
  36    }
  37    Frames.clear();
  38 }
  39
  40 //-----------------------------------------------------------------------------
  41 // Public
  42 void RLEFramesInfo::AddFrame(RLEFrame *frame)
  43 {
  44    Frames.push_back(frame);
  45 }
  46
  47 RLEFrame *RLEFramesInfo::GetFirstFrame()
  48 {
  49    ItFrames = Frames.begin();
  50    if (ItFrames != Frames.end())
  51       return  *ItFrames;
  52    return NULL;
  53 }
  54
  55 RLEFrame *RLEFramesInfo::GetNextFrame()
  56 {
  57    gdcmAssertMacro (ItFrames != Frames.end());
  58
  59    ++ItFrames;
  60    if (ItFrames != Frames.end())
  61       return  *ItFrames;
  62    return NULL;
  63 }
  64
  65 /**
  66  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of 'Run Length Encoded'
  67  *            Dicom encapsulated file and decompress it.
  68  * @param     fp already open File Pointer
  69  *            from which the pixel data should be read
  70  * @param raw raw
  71  * @param xSize x Size
  72  * @param ySize y Size
  73  * @param zSize z Size
  74  * @param tSize t Size
  75  * @param bitsAllocated Bits allocated
  76  * @return    Boolean
  77  */
  78 bool RLEFramesInfo::DecompressRLEFile( std::ifstream *fp , uint8_t *raw,
  79                                        int xSize, int ySize, int zSize,
  80                                        int tSize, int bitsAllocated )
  81 {
  82    uint8_t *subRaw = raw;
  83    long rawSegmentSize = xSize * ySize * tSize;
  84
  85    // Loop on the frame[s]
  86    for(RLEFrameList::iterator it = Frames.begin(); it != Frames.end(); ++it)
  87    {
  88       subRaw = (*it)->ReadAndDecompressRLEFrame( subRaw, rawSegmentSize, fp);
  89    }
  90
  91    if ( bitsAllocated == 16 )
  92    {
  93       // Try to deal with RLE 16 Bits
  94       ConvertRLE16BitsFromRLE8Bits( raw, xSize, ySize, zSize, tSize );
  95    }
  96
  97    return true;
  98 }
  99
 100 /**
 101  * \brief  We assume Raw contains the decoded RLE pixels but as
 102  *         8 bits per pixel. We convert those pixels to 16 bits
 103  *         per pixel.
 104  * @param raw raw
 105  * @param xSize x Size
 106  * @param ySize y Size
 107  * @param tSize t Size
 108  * @param numberOfFrames number of frames
 109  * @return    Boolean always true
 110  */
 111 bool RLEFramesInfo::ConvertRLE16BitsFromRLE8Bits(uint8_t *raw, int xSize,
 112                                                  int ySize, int tSize,
 113                                                  int numberOfFrames)
 114 {
 115    size_t pixelNumber = xSize * ySize * tSize;
 116    size_t rawSize     = pixelNumber * numberOfFrames * 2;
 117
 118    // We assumed Raw contains the decoded RLE pixels but as
 119    // 8 bits per pixel. In order to convert those pixels to 16 bits
 120    // per pixel we cannot work in place within Raw and hence
 121    // we copy it in a safe place, say copyRaw.
 122
 123    uint8_t *copyRaw = new uint8_t[rawSize];
 124    memmove( copyRaw, raw, rawSize );
 125
 126    uint8_t *x = raw;
 127    uint8_t *a;
 128    uint8_t *b;
 129
 130    // Warning : unckecked patch to see the behaviour on Big Endian Processors
 131
 132    if ( !Util::IsCurrentProcessorBigEndian() )
 133    {
 134       a = copyRaw;         // beginning of 'low bytes'
 135       b = a + pixelNumber; // beginning of 'hight bytes'
 136    }
 137    else
 138    {
 139       b = copyRaw;         // beginning of 'low bytes'
 140       a = b + pixelNumber; // beginning of 'hight bytes'
 141    }
 142
 143    // Re order bytes
 144    for ( int i = 0; i < numberOfFrames; i++ )
 145    {
 146       for ( unsigned int j = 0; j < pixelNumber; j++ )
 147       {
 148          *(x++) = *(b++);
 149          *(x++) = *(a++);
 150       }
 151    }
 152
 153    delete[] copyRaw;
 154
 155    return true;
 156 }
 157
 158 //-----------------------------------------------------------------------------
 159 // Protected
 160
 161 //-----------------------------------------------------------------------------
 162 // Private
 163
 164 //-----------------------------------------------------------------------------
 165 // Print
 166 /**
 167  * \brief        Print self.
 168  * @param indent Indentation string to be prepended during printing.
 169  * @param os     Stream to print to.
 170  */
 171 void RLEFramesInfo::Print( std::ostream &os, std::string indent )
 172 {
 173    os << std::endl;
 174    os << indent
 175       << "----------------- RLE frames --------------------------------"
 176       << std::endl;
 177    os << indent
 178       << "Total number of Frames : " << Frames.size()
 179       << std::endl;
 180    int frameNumber = 0;
 181    /// \todo : find an example, to know haow 3rd and 4th dimension
 182    ///         works together
 183    for(RLEFrameList::iterator it = Frames.begin(); it != Frames.end(); ++it)
 184    {
 185       os << indent
 186          << "   frame number :" << frameNumber++
 187          << std::endl;
 188       (*it)->Print( os, indent + "   " );
 189    }
 190 }
 191
 192 //-----------------------------------------------------------------------------
 193 } // end namespace gdcm