src/gdcmRLEFramesInfo.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmRLEFramesInfo.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/31 05:24:21 $
   7   Version:   $Revision: 1.9 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21
  22 namespace gdcm
  23 {
  24
  25 RLEFramesInfo::~RLEFramesInfo()
  26 {
  27    for(RLEFrameList::iterator it = Frames.begin(); it != Frames.end(); ++it)
  28    {
  29       delete (*it);
  30    }
  31    Frames.clear();
  32 }
  33
  34 /**
  35  * \brief        Print self.
  36  * @param indent Indentation string to be prepended during printing.
  37  * @param os     Stream to print to.
  38  */
  39 void RLEFramesInfo::Print( std::ostream &os, std::string indent )
  40 {
  41    os << std::endl;
  42    os << indent
  43       << "----------------- RLE frames --------------------------------"
  44       << std::endl;
  45    os << indent
  46       << "Total number of Frames : " << Frames.size()
  47       << std::endl;
  48    int frameNumber = 0;
  49    for(RLEFrameList::iterator it = Frames.begin(); it != Frames.end(); ++it)
  50    {
  51       os << indent
  52          << "   frame number :" << frameNumber++
  53          << std::endl;
  54       (*it)->Print( os, indent + "   " );
  55    }
  56 }
  57
  58 void RLEFramesInfo::AddFrame(RLEFrame *frame)
  59 {
  60    Frames.push_back(frame);
  61 }
  62
  63 RLEFrame *RLEFramesInfo::GetFirstFrame()
  64 {
  65    ItFrames = Frames.begin();
  66    if (ItFrames != Frames.end())
  67       return  *ItFrames;
  68    return NULL;
  69 }
  70
  71 RLEFrame *RLEFramesInfo::GetNextFrame()
  72 {
  73    gdcmAssertMacro (ItFrames != Frames.end());
  74
  75    ++ItFrames;
  76    if (ItFrames != Frames.end())
  77       return  *ItFrames;
  78    return NULL;
  79 }
  80
  81 /**
  82  * \brief     Reads from disk the Pixel Data of 'Run Length Encoded'
  83  *            Dicom encapsulated file and decompress it.
  84  * @param     fp already open File Pointer
  85  *            at which the pixel data should be copied
  86  * @return    Boolean
  87  */
  88 bool RLEFramesInfo::ReadAndDecompressRLEFile( std::ifstream *fp , uint8_t *raw, int xSize, int ySize, int zSize, int bitsAllocated )
  89 {
  90    uint8_t *subRaw = raw;
  91    long RawSegmentSize = xSize * ySize;
  92
  93    // Loop on the frame[s]
  94    for(RLEFrameList::iterator it = Frames.begin(); it != Frames.end(); ++it)
  95    {
  96       // Loop on the fragments
  97       for( unsigned int k = 1; k <= (*it)->GetNumberOfFragments(); k++ )
  98       {
  99          fp->seekg((*it)->GetOffset(k),std::ios::beg);
 100          ReadAndDecompressRLEFragment(subRaw,
 101                                       (*it)->GetLength(k),
 102                                       RawSegmentSize,
 103                                       fp);
 104          subRaw += RawSegmentSize;
 105       }
 106    }
 107
 108    if ( bitsAllocated == 16 )
 109    {
 110       // Try to deal with RLE 16 Bits
 111       (void)DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( raw, xSize, ySize, zSize );
 112    }
 113
 114    return true;
 115 }
 116
 117 /**
 118  * \brief Implementation of the RLE decoding algorithm for decompressing
 119  *        a RLE fragment. [refer to PS 3.5-2003, section G.3.2 p 86]
 120  * @param subRaw Sub region of \ref Raw where the decoded fragment
 121  *        should be placed.
 122  * @param fragmentSize The length of the binary fragment as found on the disk.
 123  * @param RawSegmentSize The expected length of the fragment ONCE
 124  *        Raw.
 125  * @param fp File Pointer: on entry the position should be the one of
 126  *        the fragment to be decoded.
 127  */
 128 bool RLEFramesInfo::ReadAndDecompressRLEFragment( uint8_t *subRaw,
 129                                                  long fragmentSize,
 130                                                  long RawSegmentSize,
 131                                                  std::ifstream *fp )
 132 {
 133    int8_t count;
 134    long numberOfOutputBytes = 0;
 135    long numberOfReadBytes = 0;
 136
 137    while( numberOfOutputBytes < RawSegmentSize )
 138    {
 139       fp->read( (char*)&count, 1 );
 140       numberOfReadBytes += 1;
 141       if ( count >= 0 )
 142       // Note: count <= 127 comparison is always true due to limited range
 143       //       of data type int8_t [since the maximum of an exact width
 144       //       signed integer of width N is 2^(N-1) - 1, which for int8_t
 145       //       is 127].
 146       {
 147          fp->read( (char*)subRaw, count + 1);
 148          numberOfReadBytes   += count + 1;
 149          subRaw     += count + 1;
 150          numberOfOutputBytes += count + 1;
 151       }
 152       else
 153       {
 154          if ( count <= -1 && count >= -127 )
 155          {
 156             int8_t newByte;
 157             fp->read( (char*)&newByte, 1);
 158             numberOfReadBytes += 1;
 159             for( int i = 0; i < -count + 1; i++ )
 160             {
 161                subRaw[i] = newByte;
 162             }
 163             subRaw     += -count + 1;
 164             numberOfOutputBytes += -count + 1;
 165          }
 166       }
 167       // if count = 128 output nothing
 168
 169       if ( numberOfReadBytes > fragmentSize )
 170       {
 171          gdcmVerboseMacro( "Read more bytes than the segment size.");
 172          return false;
 173       }
 174    }
 175    return true;
 176 }
 177
 178 /**
 179  * \brief     Try to deal with RLE 16 Bits.
 180  *            We assume the RLE has already been parsed and loaded in
 181  *            Raw (through \ref ReadAndDecompressJPEGFile ).
 182  *            We here need to make 16 Bits Pixels from Low Byte and
 183  *            High Byte 'Planes'...(for what it may mean)
 184  * @return    Boolean
 185  */
 186 bool RLEFramesInfo::DecompressRLE16BitsFromRLE8Bits( uint8_t* raw, int xSize, int ySize,int numberOfFrames  )
 187 {
 188    size_t pixelNumber = xSize * ySize;
 189    size_t rawSize = xSize * ySize * numberOfFrames;
 190
 191    // We assumed Raw contains the decoded RLE pixels but as
 192    // 8 bits per pixel. In order to convert those pixels to 16 bits
 193    // per pixel we cannot work in place within Raw and hence
 194    // we copy it in a safe place, say copyRaw.
 195
 196    uint8_t* copyRaw = new uint8_t[rawSize * 2];
 197    memmove( copyRaw, raw, rawSize * 2 );
 198
 199    uint8_t* x = raw;
 200    uint8_t* a = copyRaw;
 201    uint8_t* b = a + pixelNumber;
 202
 203    for ( int i = 0; i < numberOfFrames; i++ )
 204    {
 205       for ( unsigned int j = 0; j < pixelNumber; j++ )
 206       {
 207          *(x++) = *(b++);
 208          *(x++) = *(a++);
 209       }
 210    }
 211
 212    delete[] copyRaw;
 213
 214    /// \todo check that operator new []didn't fail, and sometimes return false
 215    return true;
 216 }
 217
 218
 219 } // end namespace gdcm