src/gdcmSQItem.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmSQItem.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:11 $
   7   Version:   $Revision: 1.85 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmSQItem.h"
  20 #include "gdcmSeqEntry.h"
  21 #include "gdcmGlobal.h"
  22 #include "gdcmDictSet.h"
  23 #include "gdcmUtil.h"
  24 #include "gdcmDebug.h"
  25
  26 #include <fstream>
  27
  28 namespace GDCM_NAME_SPACE
  29 {
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31 // Constructor / Destructor
  32 /**
  33  * \brief   Constructor from a given SQItem
  34  */
  35 SQItem::SQItem(int depthLevel )
  36           : DocEntrySet( )
  37 {
  38    SQDepthLevel = depthLevel;
  39    SQItemNumber = 0;
  40 }
  41
  42 /**
  43  * \brief   Canonical destructor.
  44  */
  45 SQItem::~SQItem()
  46 {
  47    ClearEntry();
  48 }
  49
  50 //-----------------------------------------------------------------------------
  51 // Public
  52 /*
  53  * \brief   canonical Writer
  54  * @param fp     file pointer to an already open file.
  55  * @param filetype type of the file (ACR, ImplicitVR, ExplicitVR, ...)
  56  */
  57 void SQItem::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
  58 {
  59    int j;
  60    uint16_t item[4] = { 0xfffe, 0xe000, 0xffff, 0xffff };
  61    uint16_t itemt[4]= { 0xfffe, 0xe00d, 0x0000, 0x0000 };
  62
  63     //we force the writting of an 'Item' Start Element
  64     // because we want to write the Item as a 'No Length' item
  65    for(j=0;j<4;++j)
  66    {
  67       binary_write( *fp, item[j]);  // fffe e000 ffff ffff
  68    }
  69
  70    for (ListDocEntry::iterator it = DocEntries.begin();
  71                                it != DocEntries.end();
  72                              ++it)
  73    {
  74       // we skip delimitors (start and end one) because
  75       // we force them as 'no length'
  76       if ( (*it)->GetGroup() == 0xfffe )
  77       {
  78          continue;
  79       }
  80
  81       // Fix in order to make some MR PHILIPS images e-film readable
  82       // see gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm:
  83       // we just *always* ignore spurious fffe|0000 tag !
  84       if ( (*it)->GetGroup() == 0xfffe && (*it)->GetElement() == 0x0000 )
  85       {
  86           break; // FIXME : break or continue; ?!?
  87                  // --> makes no difference since the only bugged file we have
  88                  // contains 'impossible tag' fffe|0000 in last position !
  89       }
  90
  91       (*it)->WriteContent(fp, filetype);
  92    }
  93
  94     //we force the writting of an 'Item Delimitation' item
  95     // because we wrote the Item as a 'no Length' item
  96    for(j=0;j<4;++j)
  97    {
  98       binary_write( *fp, itemt[j]);  // fffe e000 0000 0000
  99    }
 100 }
 101
 102 /**
 103  * \brief   Compute the full length of the SQItem (not only value length)
 104  *           depending on the VR.
 105  */
 106 uint32_t SQItem::ComputeFullLength()
 107 {
 108    uint32_t l = 8;  // Item Starter length
 109    for (ListDocEntry::iterator it = DocEntries.begin();
 110                                it != DocEntries.end();
 111                              ++it)
 112    {
 113       // we skip delimitors (start and end one) because
 114       // we force them as 'no length'
 115       if ( (*it)->GetGroup() == 0xfffe )
 116       {
 117          continue;
 118       }
 119       l += (*it)->ComputeFullLength();
 120    }
 121    l += 8; // 'Item Delimitation' item
 122    return l;
 123 }
 124
 125 /**
 126  * \brief   Inserts *in the right place* any Entry (Dicom Element)
 127  *          into the Sequence Item
 128  * @param entry Entry to add
 129  * @return always true
 130  */
 131 bool SQItem::AddEntry(DocEntry *entry)
 132 {
 133    if (DocEntries.empty() )
 134    {
 135       DocEntries.push_back(entry);
 136       entry->Register();
 137       return true;
 138    }
 139
 140    ListDocEntry::iterator insertSpot;
 141    ListDocEntry::iterator it = DocEntries.end();
 142    do
 143    {
 144       it--;
 145
 146       if ( (*it)->IsItemDelimitor() )
 147       {
 148          continue;
 149       }
 150       if ( (*it)->GetGroup() < entry->GetGroup() )
 151          break;
 152       else
 153          if ( (*it)->GetGroup() == entry->GetGroup() &&
 154               (*it)->GetElement() < entry->GetElement() )
 155             break;
 156    } while (it != DocEntries.begin() );
 157
 158    ++it;
 159    insertSpot = it;
 160    DocEntries.insert(insertSpot, entry);
 161    entry->Register();
 162    return true;
 163 }
 164
 165 /**
 166  * \brief   Clear the std::list from given entry AND delete the entry.
 167  * @param   entryToRemove Entry to remove AND delete.
 168  * @return true if the entry was found and removed; false otherwise
 169  */
 170 bool SQItem::RemoveEntry( DocEntry *entryToRemove )
 171 {
 172    for(ListDocEntry::iterator it = DocEntries.begin();
 173                               it != DocEntries.end();
 174                             ++it)
 175    {
 176       if ( *it == entryToRemove )
 177       {
 178          DocEntries.erase(it);
 179          gdcmDebugMacro( "One element erased: " << entryToRemove->GetKey() );
 180          entryToRemove->Unregister();
 181          return true;
 182       }
 183    }
 184    gdcmWarningMacro( "Entry not found: " << entryToRemove->GetKey() );
 185    return false ;
 186 }
 187
 188 /**
 189  * \brief  Remove all entry in the Sequence Item
 190  */
 191 void SQItem::ClearEntry()
 192 {
 193    for(ListDocEntry::iterator cc = DocEntries.begin();
 194                               cc != DocEntries.end();
 195                             ++cc)
 196    {
 197       (*cc)->Unregister();
 198    }
 199    DocEntries.clear();
 200 }
 201
 202 /**
 203  * \brief   Get the first Dicom entry while visiting the SQItem
 204  * \return  The first DocEntry if found, otherwhise 0
 205  */
 206 DocEntry *SQItem::GetFirstEntry()
 207 {
 208    ItDocEntries = DocEntries.begin();
 209    if ( ItDocEntries != DocEntries.end() )
 210       return *ItDocEntries;
 211    return 0;
 212 }
 213
 214 /**
 215  * \brief   Get the next Dicom entry while visiting the SQItem
 216  * \return  The next DocEntry if found, otherwhise NULL
 217  */
 218 DocEntry *SQItem::GetNextEntry()
 219 {
 220    ++ItDocEntries;
 221    if ( ItDocEntries != DocEntries.end() )
 222       return  *ItDocEntries;
 223    return NULL;
 224 }
 225
 226 /**
 227  * \brief   Gets a Dicom Element inside a SQ Item Entry
 228  * @param   group   Group number of the Entry
 229  * @param   elem  Element number of the Entry
 230  * @return Entry whose (group,elem) was passed. 0 if not found
 231  */
 232 DocEntry *SQItem::GetDocEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
 233 {
 234    for(ListDocEntry::iterator i =  DocEntries.begin();
 235                               i != DocEntries.end();
 236                             ++i)
 237    {
 238       if ( (*i)->GetGroup() == group && (*i)->GetElement() == elem )
 239          return *i;
 240    }
 241    return NULL;
 242 }
 243
 244 /**
 245  * \brief Copies all the attributes from an other DocEntrySet
 246  * @param set entry to copy from
 247  * @remarks The contained DocEntries a not copied, only referenced
 248  */
 249 void SQItem::Copy(DocEntrySet *set)
 250 {
 251    // Remove all previous entries
 252    ClearEntry();
 253
 254    DocEntrySet::Copy(set);
 255
 256    SQItem *sq = dynamic_cast<SQItem *>(set);
 257    if( sq )
 258    {
 259       SQDepthLevel = sq->SQDepthLevel;
 260       SQItemNumber = sq->SQItemNumber;
 261
 262       DocEntries = sq->DocEntries;
 263       for(ItDocEntries = DocEntries.begin();ItDocEntries != DocEntries.end();++ItDocEntries)
 264          (*ItDocEntries)->Register();
 265    }
 266 }
 267
 268 //-----------------------------------------------------------------------------
 269 // Protected
 270
 271 //-----------------------------------------------------------------------------
 272 // Private
 273
 274 //-----------------------------------------------------------------------------
 275 // Print
 276 /*
 277  * \brief   canonical Printer
 278  * @param os     Stream to print to.
 279  * @param indent Indentation string to be prepended during printing.
 280  */
 281 void SQItem::Print(std::ostream &os, std::string const &)
 282 {
 283    std::ostringstream s;
 284
 285    if (SQDepthLevel > 0)
 286    {
 287       for (int i = 0; i < SQDepthLevel; ++i)
 288       {
 289          s << "   | " ;
 290       }
 291    }
 292    os << s.str() << " --- SQItem number " << SQItemNumber  << std::endl;
 293    for (ListDocEntry::iterator i  = DocEntries.begin();
 294                                i != DocEntries.end();
 295                              ++i)
 296    {
 297       DocEntry *Entry = *i;
 298       bool PrintEndLine = true;
 299
 300       os << s.str();
 301       Entry->SetPrintLevel(PrintLevel);
 302       Entry->Print(os);
 303       if ( dynamic_cast<SeqEntry*>(Entry) )
 304       {
 305          PrintEndLine = false;
 306       }
 307       if (PrintEndLine)
 308       {
 309          os << std::endl;
 310       }
 311    }
 312 }
 313
 314 //-----------------------------------------------------------------------------
 315 } // end namespace gdcm