src/gdcmSerieHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmSerieHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/06/03 16:08:16 $
   7   Version:   $Revision: 1.9 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmSerieHelper.h"
  20 #include "gdcmDirList.h"
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmUtil.h"
  24
  25 #include <math.h>
  26 #include <vector>
  27 #include <algorithm>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31
  32 //-----------------------------------------------------------------------------
  33 // Constructor / Destructor
  34 /**
  35  * \brief   Constructor from a given SerieHelper
  36  */
  37 SerieHelper::SerieHelper()
  38 {
  39    // For all the File lists of the gdcm::Serie
  40    FileList *l = GetFirstCoherentFileList();
  41    while (l)
  42    {
  43       // For all the files of a File list
  44       for (FileList::iterator it  = l->begin();
  45                               it != l->end();
  46                             ++it)
  47       {
  48          delete *it;
  49       }
  50       l->clear();
  51       delete l;;
  52       l = GetNextCoherentFileList();
  53    }
  54 }
  55
  56 /**
  57  * \brief   Canonical destructor.
  58  */
  59 SerieHelper::~SerieHelper()
  60 {
  61    // For all the Coherent File lists of the gdcm::Serie
  62    FileList *l = GetFirstCoherentFileList();
  63    while (l)
  64    {
  65       // For all the files of a Coherent File list
  66       for (FileList::iterator it  = l->begin();
  67                               it != l->end();
  68                             ++it)
  69       {
  70          delete *it;
  71       }
  72       l->clear();
  73       delete l;
  74       l = GetNextCoherentFileList();
  75    }
  76 }
  77
  78 //-----------------------------------------------------------------------------
  79
  80 //-----------------------------------------------------------------------------
  81
  82 // Public
  83 /**
  84  * \brief add a gdcm::File to the list corresponding to its Serie UID
  85  * @param   filename Name of the file to deal with
  86  */
  87 void SerieHelper::AddFileName(std::string const &filename)
  88 {
  89    // Create a DICOM file
  90    File *header = new File( filename );
  91    if( header->IsReadable() )
  92    {
  93       int allrules = 1;
  94       // First step the user has defined s set of rules for the DICOM he is looking for
  95       // make sure the file correspond to his set of rules:
  96       for(SerieRestrictions::iterator it = Restrictions.begin();
  97           it != Restrictions.end();
  98           ++it)
  99       {
 100          const Rule &r = *it;
 101          const std::string s;// = header->GetEntryValue( r.first );
 102          if( !Util::DicomStringEqual(s, r.second.c_str()))
 103          {
 104            // Argh ! This rule is unmatch let's just quit
 105            allrules = 0;
 106            break;
 107          }
 108       }
 109       if( allrules ) // all rules are respected:
 110       {
 111          // Alright ! we have a found a DICOM that match the user expectation.
 112          // Let's add it !
 113
 114          // 0020 000e UI REL Series Instance UID
 115          const std::string &uid = header->GetEntryValue (0x0020, 0x000e);
 116          // if uid == GDCM_UNFOUND then consistently we should find GDCM_UNFOUND
 117          // no need here to do anything special
 118
 119          if ( CoherentFileListHT.count(uid) == 0 )
 120          {
 121             gdcmDebugMacro(" New Serie UID :[" << uid << "]");
 122             // create a std::list in 'uid' position
 123             CoherentFileListHT[uid] = new FileList;
 124          }
 125          // Current Serie UID and DICOM header seems to match add the file:
 126          CoherentFileListHT[uid]->push_back( header );
 127       }
 128       else
 129       {
 130          // at least one rule was unmatch we need to deallocate the file:
 131          delete header;
 132       }
 133    }
 134    else
 135    {
 136       gdcmWarningMacro("Could not read file: " << filename );
 137       delete header;
 138    }
 139 }
 140 /**
 141  * \brief add a rules for restricting a DICOM file to be in the serie we are
 142  * trying to find. For example you can select only the DICOM file from a
 143  * directory which would have a particular EchoTime==4.0.
 144  * This method is a user level, value is not required to be formatted as a DICOM
 145  * string
 146  */
 147 void SerieHelper::AddRestriction(TagKey const &key, std::string const &value)
 148 {
 149    Rule r;
 150    r.first = key;
 151    r.second = value;
 152    Restrictions.push_back( r );
 153 }
 154
 155 /**
 156  * \brief Sets the root Directory
 157  * @param   dir Name of the directory to deal with
 158  * @param recursive whether we want explore recursively the Directory
 159  */
 160 void SerieHelper::SetDirectory(std::string const &dir, bool recursive)
 161 {
 162    DirList dirList(dir, recursive); // OS specific
 163
 164    DirListType filenames_list = dirList.GetFilenames();
 165    for( DirListType::const_iterator it = filenames_list.begin();
 166         it != filenames_list.end(); ++it)
 167    {
 168       AddFileName( *it );
 169    }
 170 }
 171
 172 /**
 173  * \brief Sorts the given File List
 174  * \warning This could be implemented in a 'Strategy Pattern' approach
 175  *          But as I don't know how to do it, I leave it this way
 176  *          BTW, this is also a Strategy, I don't know this is the best approach :)
 177  */
 178 void SerieHelper::OrderFileList(FileList *coherentFileList)
 179 {
 180    if( ImagePositionPatientOrdering( coherentFileList ) )
 181    {
 182       return ;
 183    }
 184    else if( ImageNumberOrdering(coherentFileList ) )
 185    {
 186       return ;
 187    }
 188    else
 189    {
 190       FileNameOrdering(coherentFileList );
 191    }
 192 }
 193
 194 /**
 195  * \brief   Get the first List while visiting the CoherentFileListHT
 196  * @return  The first FileList if found, otherwhise NULL
 197  */
 198 FileList *SerieHelper::GetFirstCoherentFileList()
 199 {
 200    ItListHt = CoherentFileListHT.begin();
 201    if( ItListHt != CoherentFileListHT.end() )
 202       return ItListHt->second;
 203    return NULL;
 204 }
 205
 206 /**
 207  * \brief   Get the next List while visiting the CoherentFileListHT
 208  * \note : meaningfull only if GetFirstCoherentFileList already called
 209  * @return  The next FileList if found, otherwhise NULL
 210  */
 211 FileList *SerieHelper::GetNextCoherentFileList()
 212 {
 213    gdcmAssertMacro (ItListHt != CoherentFileListHT.end());
 214
 215    ++ItListHt;
 216    if ( ItListHt != CoherentFileListHT.end() )
 217       return ItListHt->second;
 218    return NULL;
 219 }
 220
 221 /**
 222  * \brief   Get the Coherent Files list according to its Serie UID
 223  * @param SerieUID SerieUID
 224  * \return  pointer to the Coherent Files list if found, otherwhise NULL
 225  */
 226 FileList *SerieHelper::GetCoherentFileList(std::string SerieUID)
 227 {
 228    if ( CoherentFileListHT.count(SerieUID) == 0 )
 229       return 0;
 230    return CoherentFileListHT[SerieUID];
 231 }
 232
 233 //-----------------------------------------------------------------------------
 234 // Protected
 235
 236 //-----------------------------------------------------------------------------
 237 // Private
 238 /**
 239  * \brief sorts the images, according to their Patient Position
 240  *  We may order, considering :
 241  *   -# Image Position Patient
 242  *   -# Image Number
 243  *   -# More to come :-)
 244  * WARNING : FileList = std::vector<File* >
 245  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 246  * @return false only if the header is bugged !
 247  */
 248 bool SerieHelper::ImagePositionPatientOrdering( FileList *fileList )
 249 //based on Jolinda's algorithm
 250 {
 251    //iop is calculated based on the file file
 252    float cosines[6];
 253    float normal[3];
 254    float ipp[3];
 255    float dist;
 256    float min = 0, max = 0;
 257    bool first = true;
 258    int n=0;
 259    std::vector<float> distlist;
 260
 261    //!\todo rewrite this for loop.
 262    for ( FileList::const_iterator
 263          it = fileList->begin();
 264          it != fileList->end(); ++it )
 265    {
 266       if( first )
 267       {
 268          (*it)->GetImageOrientationPatient( cosines );
 269
 270          // You only have to do this once for all slices in the volume. Next,
 271          // for each slice, calculate the distance along the slice normal
 272          // using the IPP tag ("dist" is initialized to zero before reading
 273          // the first slice) :
 274          normal[0] = cosines[1]*cosines[5] - cosines[2]*cosines[4];
 275          normal[1] = cosines[2]*cosines[3] - cosines[0]*cosines[5];
 276          normal[2] = cosines[0]*cosines[4] - cosines[1]*cosines[3];
 277
 278          ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 279          ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 280          ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 281
 282          dist = 0;
 283          for ( int i = 0; i < 3; ++i )
 284          {
 285             dist += normal[i]*ipp[i];
 286          }
 287
 288          distlist.push_back( dist );
 289
 290          max = min = dist;
 291          first = false;
 292       }
 293       else
 294       {
 295          ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 296          ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 297          ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 298
 299          dist = 0;
 300          for ( int i = 0; i < 3; ++i )
 301          {
 302             dist += normal[i]*ipp[i];
 303          }
 304
 305          distlist.push_back( dist );
 306
 307          min = (min < dist) ? min : dist;
 308          max = (max > dist) ? max : dist;
 309       }
 310       ++n;
 311    }
 312
 313    // Then I order the slices according to the value "dist". Finally, once
 314    // I've read in all the slices, I calculate the z-spacing as the difference
 315    // between the "dist" values for the first two slices.
 316    FileVector CoherentFileVector(n);
 317    // CoherentFileVector.reserve( n );
 318    CoherentFileVector.resize( n );
 319    // gdcmAssertMacro( CoherentFileVector.capacity() >= n );
 320
 321    // Find out if min/max are coherent
 322    if( min == max )
 323      {
 324      gdcmWarningMacro( "Looks like all images have the exact same image position...");
 325      return false;
 326      }
 327
 328    float step = (max - min)/(n - 1);
 329    int pos;
 330    n = 0;
 331
 332    //VC++ don't understand what scope is !! it -> it2
 333    for (FileList::const_iterator it2  = fileList->begin();
 334         it2 != fileList->end(); ++it2, ++n)
 335    {
 336       //2*n sort algo !!
 337       //Assumption: all files are present (no one missing)
 338       pos = (int)( fabs( (distlist[n]-min)/step) + .5 );
 339
 340       // a Dicom 'Serie' may contain scout views
 341       // and images may have differents directions
 342       // -> More than one may have the same 'pos'
 343       // Sorting has then NO meaning !
 344       if (CoherentFileVector[pos]==NULL)
 345          CoherentFileVector[pos] = *it2;
 346       else
 347       {
 348          gdcmWarningMacro( "2 files same position");
 349          return false;
 350       }
 351    }
 352
 353    fileList->clear();  // doesn't delete list elements, only node
 354
 355    //VC++ don't understand what scope is !! it -> it3
 356    for (FileVector::const_iterator it3  = CoherentFileVector.begin();
 357         it3 != CoherentFileVector.end(); ++it3)
 358    {
 359       fileList->push_back( *it3 );
 360    }
 361
 362    distlist.clear();
 363    CoherentFileVector.clear();
 364
 365    return true;
 366 }
 367
 368 bool SerieHelper::ImageNumberLessThan(File *file1, File *file2)
 369 {
 370   return file1->GetImageNumber() < file2->GetImageNumber();
 371 }
 372
 373 /**
 374  * \brief sorts the images, according to their Image Number
 375  * \note Works only on bona fide files  (i.e image number is a character string
 376  *                                      corresponding to an integer)
 377  *             within a bona fide serie (i.e image numbers are consecutive)
 378  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 379  * @return false if non nona fide stuff encountered
 380  */
 381 bool SerieHelper::ImageNumberOrdering(FileList *fileList)
 382 {
 383    int min, max, pos;
 384    int n = fileList->size();
 385
 386    FileList::const_iterator it = fileList->begin();
 387    min = max = (*it)->GetImageNumber();
 388
 389    for (; it != fileList->end(); ++it, ++n)
 390    {
 391       pos = (*it)->GetImageNumber();
 392       min = (min < pos) ? min : pos;
 393       max = (max > pos) ? max : pos;
 394    }
 395
 396    // Find out if image numbers are coherent (consecutive)
 397    if( min == max || max == 0 || max >= (n+min))
 398       return false;
 399
 400    std::sort(fileList->begin(), fileList->end(), SerieHelper::ImageNumberLessThan );
 401
 402    return true;
 403 }
 404
 405 bool SerieHelper::FileNameLessThan(File *file1, File *file2)
 406 {
 407   return file1->GetFileName() < file2->GetFileName();
 408 }
 409
 410 /**
 411  * \brief sorts the images, according to their File Name
 412  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 413  * @return false only if the header is bugged !
 414  */
 415 bool SerieHelper::FileNameOrdering(FileList *fileList)
 416 {
 417    std::sort(fileList->begin(), fileList->end(), SerieHelper::FileNameLessThan);
 418    return true;
 419 }
 420
 421 //-----------------------------------------------------------------------------
 422 // Print
 423 /**
 424  * \brief   Canonical printer.
 425  */
 426 void SerieHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &indent)
 427 {
 428    // For all the Coherent File lists of the gdcm::Serie
 429    CoherentFileListmap::iterator itl = CoherentFileListHT.begin();
 430    if ( itl == CoherentFileListHT.end() )
 431    {
 432       gdcmWarningMacro( "No Coherent File list found" );
 433       return;
 434    }
 435    while (itl != CoherentFileListHT.end())
 436    {
 437       os << "Serie UID :[" << itl->first << "]" << std::endl;
 438
 439       // For all the files of a Coherent File list
 440       for (FileList::iterator it =  (itl->second)->begin();
 441                                   it != (itl->second)->end();
 442                                 ++it)
 443       {
 444          os << indent << " --- " << (*it)->GetFileName() << std::endl;
 445       }
 446       ++itl;
 447    }
 448 }
 449
 450 //-----------------------------------------------------------------------------
 451 } // end namespace gdcm