src/gdcmSerieHelper.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmSerieHelper.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/21 06:39:24 $
   7   Version:   $Revision: 1.15 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmSerieHelper.h"
  20 #include "gdcmDirList.h"
  21 #include "gdcmFile.h"
  22 #include "gdcmDictEntry.h" // for TranslateToKey
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25
  26 #include <math.h>
  27 #include <vector>
  28 #include <algorithm>
  29
  30 namespace gdcm
  31 {
  32
  33 //-----------------------------------------------------------------------------
  34 // Constructor / Destructor
  35 /**
  36  * \brief   Constructor from a given SerieHelper
  37  */
  38 SerieHelper::SerieHelper()
  39 {
  40    // For all the File lists of the gdcm::Serie
  41    FileList *l = GetFirstCoherentFileList();
  42    while (l)
  43    {
  44       // For all the files of a File list
  45       for (gdcm::FileList::iterator it  = l->begin();
  46                               it != l->end();
  47                             ++it)
  48       {
  49          delete *it;
  50       }
  51       l->clear();
  52       delete l;;
  53       l = GetNextCoherentFileList();
  54    }
  55 }
  56
  57 /**
  58  * \brief   Canonical destructor.
  59  */
  60 SerieHelper::~SerieHelper()
  61 {
  62    // For all the Coherent File lists of the gdcm::Serie
  63    FileList *l = GetFirstCoherentFileList();
  64    while (l)
  65    {
  66       // For all the files of a Coherent File list
  67       for (FileList::iterator it  = l->begin();
  68                               it != l->end();
  69                             ++it)
  70       {
  71          delete *it;
  72       }
  73       l->clear();
  74       delete l;
  75       l = GetNextCoherentFileList();
  76    }
  77 }
  78
  79 //-----------------------------------------------------------------------------
  80
  81 //-----------------------------------------------------------------------------
  82
  83 // Public
  84 /**
  85  * \brief add a gdcm::File to the list corresponding to its Serie UID
  86  * @param   filename Name of the file to deal with
  87  */
  88 void SerieHelper::AddFileName(std::string const &filename)
  89 {
  90    // Create a DICOM file
  91    File *header = new File ();
  92    header->SetLoadMode(LoadMode);
  93    header->SetFileName( filename );
  94    header->Load();
  95
  96    if ( header->IsReadable() )
  97    {
  98       int allrules = 1;
  99       // First step the user has defined a set of rules for the DICOM file
 100       // he is looking for.
 101       // make sure the file correspond to his set of rules:
 102
 103 /*
 104       for(SerieRestrictions::iterator it = Restrictions.begin();
 105           it != Restrictions.end();
 106           ++it)
 107       {
 108          const Rule &r = *it;
 109          // doesn't compile (no matching function...).
 110          const std::string s;// = header->GetEntryValue( r.first );
 111          if ( !Util::DicomStringEqual(s, r.second.c_str()) )
 112          {
 113            // Argh ! This rule is unmatch let's just quit
 114            allrules = 0;
 115            break;
 116          }
 117       }
 118 */
 119       // Just keep 'new style' for Rules
 120       std::string s;
 121       for(SerieExRestrictions::iterator it2 = ExRestrictions.begin();
 122           it2 != ExRestrictions.end();
 123           ++it2)
 124       {
 125          const ExRule &r = *it2;
 126          s = header->GetEntryValue( r.group, r.elem );
 127          if ( !Util::CompareDicomString(s, r.value.c_str(), r.op) )
 128          {
 129            // Argh ! This rule is unmatch let's just quit
 130            allrules = 0;
 131            break;
 132          }
 133       }
 134
 135       if ( allrules ) // all rules are respected:
 136       {
 137          // Allright ! we have a found a DICOM that match the user expectation.
 138          // Let's add it !
 139
 140          // 0020 000e UI REL Series Instance UID
 141          const std::string &uid = header->GetEntryValue (0x0020, 0x000e);
 142          // if uid == GDCM_UNFOUND then consistently we should find GDCM_UNFOUND
 143          // no need here to do anything special
 144
 145          if ( CoherentFileListHT.count(uid) == 0 )
 146          {
 147             gdcmDebugMacro(" New Serie UID :[" << uid << "]");
 148             // create a std::list in 'uid' position
 149             CoherentFileListHT[uid] = new FileList;
 150          }
 151          // Current Serie UID and DICOM header seems to match; add the file:
 152          CoherentFileListHT[uid]->push_back( header );
 153       }
 154       else
 155       {
 156          // at least one rule was unmatch we need to deallocate the file:
 157          delete header;
 158       }
 159    }
 160    else
 161    {
 162       gdcmWarningMacro("Could not read file: " << filename );
 163       delete header;
 164    }
 165 }
 166
 167 /**
 168  * \brief add a gdcm::File to the first (and supposed to be unique) list
 169  *        of the gdcm::SerieHelper.
 170  * \warning : this method should be used by aware users only!
 171  *            User is supposed to know the files he want to deal with
 172  *           and consider them they belong to the same Serie
 173  *           (even if their Serie UID is different)
 174  *           user will probabely OrderFileList() this list (actually, ordering
 175  *           user choosen gdm::File is the sole interest of this method)
 176  *           Moreover, using vtkGdcmReader::SetCoherentFileList() will avoid
 177  *           vtkGdcmReader parsing twice the same files.
 178  *           *no* coherence check is performed, but those specified
 179  *           by SerieHelper::AddRestriction()
 180  * @param   header gdcm::File* of the file to deal with
 181  */
 182 void SerieHelper::AddGdcmFile(File *header)
 183 {
 184       int allrules = 1;
 185       // First step the user has defined a set of rules for the DICOM
 186       // he is looking for.
 187       // make sure the file correspond to his set of rules:
 188       for(SerieRestrictions::iterator it = Restrictions.begin();
 189           it != Restrictions.end();
 190           ++it)
 191       {
 192          const Rule &r = *it;
 193          const std::string s;// = header->GetEntryValue( r.first );
 194          if ( !Util::DicomStringEqual(s, r.second.c_str()) )
 195          {
 196            // Argh ! This rule is unmatch let's just quit
 197            allrules = 0;
 198            break;
 199          }
 200       }
 201       if ( allrules ) // all rules are respected:
 202       {
 203          // Allright ! we have a found a DICOM that match the user expectation.
 204          // Let's add it !
 205
 206          const std::string &uid = "0";
 207          // Serie UID of the gdcm::File* may be different.
 208          // User is supposed to know what he wants
 209
 210          if ( CoherentFileListHT.count(uid) == 0 )
 211          {
 212             gdcmDebugMacro(" New Serie UID :[" << uid << "]");
 213             // create a std::list in 'uid' position
 214             CoherentFileListHT[uid] = new FileList;
 215          }
 216          // Current Serie UID and DICOM header seems to match; add the file:
 217          CoherentFileListHT[uid]->push_back( header );
 218       }
 219          // Even if a rule was unmatch we don't deallocate the gdcm::File:
 220 }
 221
 222
 223 /**
 224  * \brief add a rules for restricting a DICOM file to be in the serie we are
 225  * trying to find. For example you can select only the DICOM file from a
 226  * directory which would have a particular EchoTime==4.0.
 227  * This method is a user level, value is not required to be formatted as a DICOM
 228  * string
 229  */
 230 void SerieHelper::AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
 231                                  std::string const &value, int op)
 232 {
 233    ExRule r;
 234    r.group = group;
 235    r.elem  = elem;
 236    r.value = value;
 237    r.op    = op;
 238    ExRestrictions.push_back( r );
 239 }
 240
 241 #ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 242 /**
 243  * \brief add a rules for restricting a DICOM file to be in the serie we are
 244  * trying to find. For example you can select only the DICOM file from a
 245  * directory which would have a particular EchoTime==4.0.
 246  * This method is a user level, value is not required to be formatted as a DICOM
 247  * string
 248  * @deprecated use : AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
 249  *                                 std::string const &value, int op);
 250  */
 251 void SerieHelper::AddRestriction(TagKey const &key, std::string const &value)
 252 {
 253    Rule r;
 254    r.first = key;
 255    r.second = value;
 256    Restrictions.push_back( r );
 257 }
 258 #endif
 259
 260 /**
 261  * \brief Sets the root Directory
 262  * @param   dir Name of the directory to deal with
 263  * @param recursive whether we want explore recursively the Directory
 264  */
 265 void SerieHelper::SetDirectory(std::string const &dir, bool recursive)
 266 {
 267    DirList dirList(dir, recursive); // OS specific
 268
 269    DirListType filenames_list = dirList.GetFilenames();
 270    for( DirListType::const_iterator it = filenames_list.begin();
 271         it != filenames_list.end(); ++it)
 272    {
 273       AddFileName( *it );
 274    }
 275 }
 276
 277 /**
 278  * \brief Sorts the given File List
 279  * \warning This could be implemented in a 'Strategy Pattern' approach
 280  *          But as I don't know how to do it, I leave it this way
 281  *          BTW, this is also a Strategy, I don't know this is the best approach :)
 282  */
 283 void SerieHelper::OrderFileList(FileList *coherentFileList)
 284 {
 285    if ( ImagePositionPatientOrdering( coherentFileList ) )
 286    {
 287       return ;
 288    }
 289    else if ( ImageNumberOrdering(coherentFileList ) )
 290    {
 291       return ;
 292    }
 293    else
 294    {
 295       FileNameOrdering(coherentFileList );
 296    }
 297 }
 298
 299 /**
 300  * \brief   Get the first List while visiting the CoherentFileListHT
 301  * @return  The first FileList if found, otherwhise NULL
 302  */
 303 FileList *SerieHelper::GetFirstCoherentFileList()
 304 {
 305    ItListHt = CoherentFileListHT.begin();
 306    if ( ItListHt != CoherentFileListHT.end() )
 307       return ItListHt->second;
 308    return NULL;
 309 }
 310
 311 /**
 312  * \brief   Get the next List while visiting the CoherentFileListHT
 313  * \note : meaningfull only if GetFirstCoherentFileList() already called
 314  * @return  The next FileList if found, otherwhise NULL
 315  */
 316 FileList *SerieHelper::GetNextCoherentFileList()
 317 {
 318    gdcmAssertMacro (ItListHt != CoherentFileListHT.end());
 319
 320    ++ItListHt;
 321    if ( ItListHt != CoherentFileListHT.end() )
 322       return ItListHt->second;
 323    return NULL;
 324 }
 325
 326 /**
 327  * \brief   Get the Coherent Files list according to its Serie UID
 328  * @param SerieUID SerieUID
 329  * \return  pointer to the Coherent Files list if found, otherwhise NULL
 330  */
 331 FileList *SerieHelper::GetCoherentFileList(std::string SerieUID)
 332 {
 333    if ( CoherentFileListHT.count(SerieUID) == 0 )
 334       return 0;
 335    return CoherentFileListHT[SerieUID];
 336 }
 337
 338 //-----------------------------------------------------------------------------
 339 // Protected
 340
 341 //-----------------------------------------------------------------------------
 342 // Private
 343 /**
 344  * \brief sorts the images, according to their Patient Position
 345  *  We may order, considering :
 346  *   -# Image Position Patient
 347  *   -# Image Number
 348  *   -# More to come :-)
 349  * WARNING : FileList = std::vector<File* >
 350  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 351  * @return false only if the header is bugged !
 352  */
 353 bool SerieHelper::ImagePositionPatientOrdering( FileList *fileList )
 354 //based on Jolinda Smith's algorithm
 355 {
 356    //iop is calculated based on the file file
 357    float cosines[6];
 358    float normal[3];
 359    float ipp[3];
 360    float dist;
 361    float min = 0, max = 0;
 362    bool first = true;
 363    int n=0;
 364    std::vector<float> distlist;
 365
 366    //!\todo rewrite this for loop.
 367    for ( FileList::const_iterator
 368          it = fileList->begin();
 369          it != fileList->end(); ++it )
 370    {
 371       if ( first )
 372       {
 373          (*it)->GetImageOrientationPatient( cosines );
 374
 375          // You only have to do this once for all slices in the volume. Next,
 376          // for each slice, calculate the distance along the slice normal
 377          // using the IPP tag ("dist" is initialized to zero before reading
 378          // the first slice) :
 379          normal[0] = cosines[1]*cosines[5] - cosines[2]*cosines[4];
 380          normal[1] = cosines[2]*cosines[3] - cosines[0]*cosines[5];
 381          normal[2] = cosines[0]*cosines[4] - cosines[1]*cosines[3];
 382
 383          ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 384          ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 385          ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 386
 387          dist = 0;
 388          for ( int i = 0; i < 3; ++i )
 389          {
 390             dist += normal[i]*ipp[i];
 391          }
 392
 393          distlist.push_back( dist );
 394
 395          max = min = dist;
 396          first = false;
 397       }
 398       else
 399       {
 400          ipp[0] = (*it)->GetXOrigin();
 401          ipp[1] = (*it)->GetYOrigin();
 402          ipp[2] = (*it)->GetZOrigin();
 403
 404          dist = 0;
 405          for ( int i = 0; i < 3; ++i )
 406          {
 407             dist += normal[i]*ipp[i];
 408          }
 409
 410          distlist.push_back( dist );
 411
 412          min = (min < dist) ? min : dist;
 413          max = (max > dist) ? max : dist;
 414       }
 415       ++n;
 416    }
 417
 418    // Then I order the slices according to the value "dist". Finally, once
 419    // I've read in all the slices, I calculate the z-spacing as the difference
 420    // between the "dist" values for the first two slices.
 421    FileVector CoherentFileVector(n);
 422    // CoherentFileVector.reserve( n );
 423    CoherentFileVector.resize( n );
 424    // gdcmAssertMacro( CoherentFileVector.capacity() >= n );
 425
 426    // Find out if min/max are coherent
 427    if ( min == max )
 428      {
 429      gdcmWarningMacro( "Looks like all images have the exact same image position."
 430                        << "No PositionPatientOrdering sort performed" );
 431      return false;
 432      }
 433
 434    float step = (max - min)/(n - 1);
 435    int pos;
 436    n = 0;
 437
 438    //VC++ don't understand what scope is !! it -> it2
 439    for (FileList::const_iterator it2  = fileList->begin();
 440         it2 != fileList->end(); ++it2, ++n)
 441    {
 442       //2*n sort algo !!
 443       //Assumption: all files are present (no one missing)
 444       pos = (int)( fabs( (distlist[n]-min)/step) + .5 );
 445
 446       // a Dicom 'Serie' may contain scout views
 447       // and images may have differents directions
 448       // -> More than one may have the same 'pos'
 449       // Sorting has then NO meaning !
 450       if (CoherentFileVector[pos]==NULL)
 451          CoherentFileVector[pos] = *it2;
 452       else
 453       {
 454          gdcmWarningMacro( "At least 2 files with same position. No PositionPatientOrdering sort performed");
 455          return false;
 456       }
 457    }
 458
 459    fileList->clear();  // doesn't delete list elements, only nodes
 460
 461    //VC++ don't understand what scope is !! it -> it3
 462    for (FileVector::const_iterator it3  = CoherentFileVector.begin();
 463         it3 != CoherentFileVector.end(); ++it3)
 464    {
 465       fileList->push_back( *it3 );
 466    }
 467
 468    distlist.clear();
 469    CoherentFileVector.clear();
 470
 471    return true;
 472 }
 473
 474 bool SerieHelper::ImageNumberLessThan(File *file1, File *file2)
 475 {
 476   return file1->GetImageNumber() < file2->GetImageNumber();
 477 }
 478
 479 /**
 480  * \brief sorts the images, according to their Image Number
 481  * \note Works only on bona fide files  (i.e image number is a character string
 482  *                                      corresponding to an integer)
 483  *             within a bona fide serie (i.e image numbers are consecutive)
 484  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 485  * @return false if non bona fide stuff encountered
 486  */
 487 bool SerieHelper::ImageNumberOrdering(FileList *fileList)
 488 {
 489    int min, max, pos;
 490    int n = fileList->size();
 491
 492    FileList::const_iterator it = fileList->begin();
 493    min = max = (*it)->GetImageNumber();
 494
 495    for (; it != fileList->end(); ++it, ++n)
 496    {
 497       pos = (*it)->GetImageNumber();
 498       min = (min < pos) ? min : pos;
 499       max = (max > pos) ? max : pos;
 500    }
 501
 502    // Find out if image numbers are coherent (consecutive)
 503    if ( min == max || max == 0 || max >= (n+min) )
 504    {
 505       gdcmWarningMacro( " 'Image numbers' not coherent. No ImageNumberOrdering sort performed.");
 506       return false;
 507    }
 508    std::sort(fileList->begin(), fileList->end(), SerieHelper::ImageNumberLessThan );
 509
 510    return true;
 511 }
 512
 513 bool SerieHelper::FileNameLessThan(File *file1, File *file2)
 514 {
 515   return file1->GetFileName() < file2->GetFileName();
 516 }
 517
 518 /**
 519  * \brief sorts the images, according to their File Name
 520  * @param fileList Coherent File list (same Serie UID) to sort
 521  * @return false only if the header is bugged !
 522  */
 523 bool SerieHelper::FileNameOrdering(FileList *fileList)
 524 {
 525    std::sort(fileList->begin(), fileList->end(), SerieHelper::FileNameLessThan);
 526    return true;
 527 }
 528
 529 //-----------------------------------------------------------------------------
 530 // Print
 531 /**
 532  * \brief   Canonical printer.
 533  */
 534 void SerieHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &indent)
 535 {
 536    // For all the Coherent File lists of the gdcm::Serie
 537    CoherentFileListmap::iterator itl = CoherentFileListHT.begin();
 538    if ( itl == CoherentFileListHT.end() )
 539    {
 540       gdcmWarningMacro( "No Coherent File list found" );
 541       return;
 542    }
 543    while (itl != CoherentFileListHT.end())
 544    {
 545       os << "Serie UID :[" << itl->first << "]" << std::endl;
 546
 547       // For all the files of a Coherent File list
 548       for (FileList::iterator it =  (itl->second)->begin();
 549                                   it != (itl->second)->end();
 550                                 ++it)
 551       {
 552          os << indent << " --- " << (*it)->GetFileName() << std::endl;
 553       }
 554       ++itl;
 555    }
 556 }
 557
 558 //-----------------------------------------------------------------------------
 559 } // end namespace gdcm