src/gdcmSerieHelper.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmSerieHelper.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/29 15:07:16 $
   7   Version:   $Revision: 1.15 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMSERIEHELPER_H
  20 #define GDCMSERIEHELPER_H
  21
  22 #include "gdcmCommon.h"
  23 #include "gdcmDebug.h"  // for LEGACY
  24
  25 #include <vector>
  26 #include <iostream>
  27 #include <map>
  28
  29 namespace gdcm
  30 {
  31 class File;
  32 typedef std::vector<File* > FileList;
  33
  34 //-----------------------------------------------------------------------------
  35 /**
  36  * \brief
  37  * - This class should be used for a stack of 2D dicom images.
  38  *   It allows to explore (recursively or not) a directory and
  39  *   makes a set of 'Coherent Files' list (coherent : same Serie UID)
  40  *   It allows to sort any of the Coherent File list on the image position
  41  */
  42 class GDCM_EXPORT SerieHelper
  43 {
  44 public:
  45    typedef std::map<std::string, FileList *> CoherentFileListmap;
  46    typedef std::vector<File* > FileVector;
  47
  48    SerieHelper();
  49    ~SerieHelper();
  50    void Print(std::ostream &os = std::cout, std::string const &indent = "" );
  51
  52    /// \todo should return bool or throw error ?
  53    void AddFileName(std::string const &filename);
  54    void AddGdcmFile(File *header);
  55
  56    void SetDirectory(std::string const &dir, bool recursive=false);
  57    void OrderFileList(FileList *coherentFileList);
  58
  59    /// \brief Gets the FIRST *coherent* File List.
  60    ///        Deprecated; kept not to break the API
  61    /// \note Caller must call OrderFileList first
  62    /// @return the (first) *coherent* File List
  63    const FileList &GetFileList() { return *CoherentFileListHT.begin()->second; }
  64
  65    FileList *GetFirstCoherentFileList();
  66    FileList *GetNextCoherentFileList();
  67    FileList *GetCoherentFileList(std::string serieUID);
  68
  69    /// All the following allow user to restrict DICOM file to be part
  70    /// of a particular serie
  71    GDCM_LEGACY( void AddRestriction(TagKey const &key, std::string const &value) );
  72    void AddRestriction(uint16_t group, uint16_t elem,
  73                        std::string const &value, int op);
  74
  75 /**
  76  * \brief Sets the LoadMode as a boolean string.
  77  *        NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ
  78  ... (nothing more, right now)
  79  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
  80  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
  81  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
  82  * @param   mode Load mode to be used
  83  */
  84    void SetLoadMode (int mode) { LoadMode = mode; }
  85
  86 /// Brief User wants the files to be sorted Direct Order (default value)
  87    void SetSortOrderToDirect()  { DirectOrder = true;  }
  88
  89 /// Brief User wants the files to be sorted Reverse Order
  90    void SetSortOrderToReverse() { DirectOrder = false; }
  91
  92 private:
  93    bool ImagePositionPatientOrdering(FileList *coherentFileList);
  94    bool ImageNumberOrdering(FileList *coherentFileList);
  95    bool FileNameOrdering(FileList *coherentFileList);
  96
  97    static bool ImageNumberLessThan(File *file1, File *file2);
  98    static bool ImageNumberGreaterThan(File *file1, File *file2);
  99    static bool FileNameLessThan(File *file1, File *file2);
 100    static bool FileNameGreaterThan(File *file1, File *file2);
 101
 102 //Attributes:
 103    CoherentFileListmap CoherentFileListHT;
 104    CoherentFileListmap::iterator ItListHt;
 105
 106    typedef std::pair<TagKey, std::string> Rule;
 107    typedef std::vector<Rule> SerieRestrictions;
 108    SerieRestrictions Restrictions;
 109
 110    // New style for (extented) Rules (Moreover old one doesn't compile)
 111    typedef struct {
 112       uint16_t group;
 113       uint16_t elem;
 114       std::string value;
 115       int op;
 116    } ExRule;
 117    typedef std::vector<ExRule> SerieExRestrictions;
 118    SerieExRestrictions ExRestrictions;
 119
 120    /// \brief Bit string integer (each one considered as a boolean)
 121    ///        Bit 0 : Skip Sequences,    if possible
 122    ///        Bit 1 : Skip Shadow Groups if possible
 123    ///        Probabely, some more to add
 124    int LoadMode;
 125
 126    /// \brief whether we want to sort in direct order or not (reverse order).
 127    ///        To be used by aware user only
 128    bool DirectOrder;
 129 };
 130
 131 } // end namespace gdcm
 132
 133 //-----------------------------------------------------------------------------
 134 #endif