src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2 #include <gdcmFile.h>
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9
  10 namespace creaImageIO
  11 {
  12
  13   //=====================================================================
  14   DicomImageReader::DicomImageReader()
  15   {
  16     mReader = vtkGdcmReader::New();
  17     SetName ( "Dicom" );
  18   };
  19   //=====================================================================
  20
  21   //=====================================================================
  22   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  23   {
  24     mReader->Delete();
  25   }
  26   //=====================================================================
  27
  28   //=====================================================================
  29   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  30   {
  31
  32         GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  33     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  34     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  35     file->SetFileName(filename.c_str());
  36     file->Load();
  37     bool ok = file->IsReadable();
  38         if(!ok)
  39         {
  40                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  41                 ok = doc->IsReadable();
  42         }
  43     file->Delete();
  44     return ok;
  45   }
  46   //=====================================================================
  47
  48   //=====================================================================
  49   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  50   {
  51
  52     vtkImageData* im = 0;
  53     try
  54       {
  55         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  56         mReader->Update();
  57         im = vtkImageData::New();
  58         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  59       }
  60     catch (...)
  61       {
  62         if (im!=0) im->Delete();
  63           im = 0;
  64       }
  65     return im;
  66   }
  67
  68   //=====================================================================
  69   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  70   {
  71     v.push_back("dcm");
  72     v.push_back("");
  73   }
  74   //=====================================================================
  75
  76   //========================================================================
  77   std::string irclean(const std::string& str)
  78   {
  79     if (str == "GDCM::Unfound")
  80       {
  81         return "";
  82       }
  83     if (str[str.size()-1]==' ')
  84       {
  85         return str.substr(0,str.size()-1);
  86       }
  87     if (str[str.size()-1]==0)
  88       {
  89         return str.substr(0,str.size()-1);
  90       }
  91
  92     return str;
  93   }
  94   //========================================================================
  95
  96   //=====================================================================
  97   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
  98                       std::map<std::string,std::string>& attr)
  99   {
 100
 101     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 102                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 103
 104         GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 105
 106         GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 107         doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 108     doc->SetFileName(filename.c_str());
 109     doc->Load();
 110     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 111     file->SetFileName(filename.c_str());
 112     file->Load();
 113     if (file->IsReadable() ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 114       {
 115
 116         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 117         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 118           {
 119             if ( i->first == "D0004_1500" )
 120               {
 121                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 122                 std::string f = full_path.leaf();
 123                 i->second = f;
 124               }
 125             else if ( i->first == "FullFileName" )
 126               {
 127                 i->second = filename;
 128               }
 129                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 130               {
 131                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 132                           //find first separator
 133                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 134               }
 135             else
 136               {
 137                 uint16_t gr;
 138                 uint16_t el;
 139                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 140                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 141                   {
 142                     std::string val = file->GetEntryString(gr,el);
 143                     i->second = irclean(val);
 144                   }
 145               }
 146           }
 147       }
 148     file->Delete();
 149   }
 150
 151   //=====================================================================
 152
 153 } // namespace creaImageIO
 154