src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2 #include <gdcmFile.h>
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9 #ifdef _DEBUG
  10 #define new DEBUG_NEW
  11 #endif
  12 namespace creaImageIO
  13 {
  14
  15   //=====================================================================
  16   DicomImageReader::DicomImageReader()
  17   {
  18     mReader = vtkGdcmReader::New();
  19     SetName ( "Dicom" );
  20   };
  21   //=====================================================================
  22
  23   //=====================================================================
  24   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  25   {
  26     mReader->Delete();
  27   }
  28   //=====================================================================
  29
  30   //=====================================================================
  31   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  32   {
  33     GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  34     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  35     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  36     file->SetFileName(filename.c_str());
  37     file->Load();
  38     bool ok = file->IsReadable();
  39         if(!ok)
  40         {
  41                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  42                 ok = doc->IsReadable();
  43         }
  44     file->Delete();
  45     return ok;
  46   }
  47   //=====================================================================
  48
  49   //=====================================================================
  50   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  51   {
  52     vtkImageData* im = 0;
  53     try
  54       {
  55         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  56         mReader->Update();
  57         im = vtkImageData::New();
  58         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  59       }
  60     catch (...)
  61       {
  62         if (im!=0) im->Delete();
  63           im = 0;
  64       }
  65     return im;
  66   }
  67
  68   //=====================================================================
  69   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  70   {
  71     v.push_back("dcm");
  72     v.push_back("");
  73   }
  74   //=====================================================================
  75
  76   //========================================================================
  77   std::string irclean(const std::string& str)
  78   {
  79     if (str == "GDCM::Unfound")
  80       {
  81         return "";
  82       }
  83     if (str[str.size()-1]==' ')
  84       {
  85         return str.substr(0,str.size()-1);
  86       }
  87     if (str[str.size()-1]==0)
  88       {
  89         return str.substr(0,str.size()-1);
  90       }
  91     return str;
  92   }
  93   //========================================================================
  94
  95   //=====================================================================
  96   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
  97                       std::map<std::string,std::string>& attr)
  98   {
  99     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 100                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 101
 102     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 103
 104     GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 105     doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 106     doc->SetFileName(filename.c_str());
 107     doc->Load();
 108     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 109     file->SetFileName(filename.c_str());
 110     file->Load();
 111     if (file->IsReadable() ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 112       {
 113         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 114         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 115           {
 116             if ( i->first == "D0004_1500" )
 117               {
 118                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 119                 std::string f = full_path.leaf();
 120                 i->second = f;
 121               }
 122             else if ( i->first == "FullFileName" )
 123               {
 124                 i->second = filename;
 125               }
 126                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 127               {
 128                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 129                           //find first separator
 130                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 131               }
 132             else
 133               {
 134                 uint16_t gr;
 135                 uint16_t el;
 136                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 137                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 138                   {
 139                     std::string val = file->GetEntryString(gr,el);
 140                     i->second = irclean(val);
 141                   }
 142               }
 143           }
 144       }
 145     file->Delete();
 146   }
 147
 148   //=====================================================================
 149
 150 } // namespace creaImageIO
 151