src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2 #include <gdcmFile.h>
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8
   9 namespace creaImageIO
  10 {
  11
  12   //=====================================================================
  13   DicomImageReader::DicomImageReader()
  14   {
  15     mReader = vtkGdcmReader::New();
  16     SetName ( "Dicom" );
  17   };
  18   //=====================================================================
  19
  20   //=====================================================================
  21   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  22   {
  23     mReader->Delete();
  24   }
  25   //=====================================================================
  26
  27   //=====================================================================
  28   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  29   {
  30     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  31     //<<" ::CanRead("<<filename<<")"
  32     //          <<std::endl;
  33     //      return true;
  34
  35
  36     //      GDCM_NAME_SPACE
  37     //  std::cout << "GDCM_NAME_SPACE = '" << STRINGIFY_SYMBOL(GDCM_NAME_SPACE)
  38     // << "'"
  39     // <<std::endl;
  40
  41     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  42     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  43     file->SetFileName(filename.c_str());
  44     file->Load();
  45     bool ok = file->IsReadable();
  46     file->Delete();
  47     return ok;
  48   }
  49   //=====================================================================
  50
  51   //=====================================================================
  52   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  53   {
  54     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  55     //<<" ::Read("<<filename<<")"
  56     //          <<std::endl;
  57
  58     vtkImageData* im = 0;
  59     try
  60       {
  61         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  62         mReader->Update();
  63         im = vtkImageData::New();
  64         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  65       }
  66     catch (...)
  67       {
  68         if (im!=0) im->Delete();
  69           im = 0;
  70       }
  71     return im;
  72   }
  73
  74   //=====================================================================
  75   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  76   {
  77     v.push_back("dcm");
  78     v.push_back("");
  79   }
  80   //=====================================================================
  81
  82   //========================================================================
  83   std::string irclean(const std::string& str)
  84   {
  85     if (str == "GDCM::Unfound")
  86       {
  87         return "";
  88       }
  89     if (str[str.size()-1]==' ')
  90       {
  91         return str.substr(0,str.size()-1);
  92       }
  93     if (str[str.size()-1]==0)
  94       {
  95         return str.substr(0,str.size()-1);
  96       }
  97
  98     return str;
  99   }
 100   //========================================================================
 101
 102   //=====================================================================
 103   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 104                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 105   {
 106     //    std::cout << "DicomImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 107     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 108                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 109
 110     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 111     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 112     file->SetFileName(filename.c_str());
 113     file->Load();
 114     if (file->IsReadable())
 115       {
 116
 117         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 118         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 119           {
 120             if ( i->first == "D0004_1500" )
 121               {
 122                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 123                 std::string f = full_path.leaf();
 124                 i->second = f;
 125               }
 126             else if ( i->first == "FullFileName" )
 127               {
 128                 i->second = filename;
 129               }
 130             else
 131               {
 132                 uint16_t gr;
 133                 uint16_t el;
 134                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 135                 //                GimmickMessage(2,"Key '"<<i->first<<"' : "<<gr<<"|"<<el
 136                 //                               <<std::endl);
 137                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 138                   {
 139                     std::string val = file->GetEntryString(gr,el);
 140                     i->second = irclean(val);
 141                     //                GimmickMessage(2,"Key '"<<i->first<<"' : "<<gr<<"|"<<el
 142                     //                               <<"="<<i->second<<std::endl);
 143                   }
 144               }
 145           }
 146       }
 147     file->Delete();
 148   }
 149
 150   //=====================================================================
 151
 152 } // namespace creaImageIO
 153