src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2 #include <gdcmFile.h>
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9 #ifdef _DEBUG
  10 #define new DEBUG_NEW
  11 #endif
  12 namespace creaImageIO
  13 {
  14
  15   //=====================================================================
  16   DicomImageReader::DicomImageReader()
  17   {
  18     mReader = vtkGdcmReader::New();
  19     SetName ( "Dicom" );
  20   };
  21   //=====================================================================
  22
  23   //=====================================================================
  24   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  25   {
  26     mReader->Delete();
  27   }
  28   //=====================================================================
  29
  30   //=====================================================================
  31   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  32   {
  33
  34         GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  35     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  36     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  37     file->SetFileName(filename.c_str());
  38     file->Load();
  39     bool ok = file->IsReadable();
  40         if(!ok)
  41         {
  42                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  43                 ok = doc->IsReadable();
  44         }
  45     file->Delete();
  46     return ok;
  47   }
  48   //=====================================================================
  49
  50   //=====================================================================
  51   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  52   {
  53
  54     vtkImageData* im = 0;
  55     try
  56       {
  57         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  58         mReader->Update();
  59         im = vtkImageData::New();
  60         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  61       }
  62     catch (...)
  63       {
  64         if (im!=0) im->Delete();
  65           im = 0;
  66       }
  67     return im;
  68   }
  69
  70   //=====================================================================
  71   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  72   {
  73     v.push_back("dcm");
  74     v.push_back("");
  75   }
  76   //=====================================================================
  77
  78   //========================================================================
  79   std::string irclean(const std::string& str)
  80   {
  81     if (str == "GDCM::Unfound")
  82       {
  83         return "";
  84       }
  85     if (str[str.size()-1]==' ')
  86       {
  87         return str.substr(0,str.size()-1);
  88       }
  89     if (str[str.size()-1]==0)
  90       {
  91         return str.substr(0,str.size()-1);
  92       }
  93
  94     return str;
  95   }
  96   //========================================================================
  97
  98   //=====================================================================
  99   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 100                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 101   {
 102
 103     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 104                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 105
 106         GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 107
 108         GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 109         doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 110     doc->SetFileName(filename.c_str());
 111     doc->Load();
 112     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 113     file->SetFileName(filename.c_str());
 114     file->Load();
 115     if (file->IsReadable() ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 116       {
 117
 118         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 119         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 120           {
 121             if ( i->first == "D0004_1500" )
 122               {
 123                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 124                 std::string f = full_path.leaf();
 125                 i->second = f;
 126               }
 127             else if ( i->first == "FullFileName" )
 128               {
 129                 i->second = filename;
 130               }
 131                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 132               {
 133                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 134                           //find first separator
 135                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 136               }
 137             else
 138               {
 139                 uint16_t gr;
 140                 uint16_t el;
 141                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 142                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 143                   {
 144                     std::string val = file->GetEntryString(gr,el);
 145                     i->second = irclean(val);
 146                   }
 147               }
 148           }
 149       }
 150     file->Delete();
 151   }
 152
 153   //=====================================================================
 154
 155 } // namespace creaImageIO
 156