src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2 #include <gdcmFile.h>
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9
  10 namespace creaImageIO
  11 {
  12
  13   //=====================================================================
  14   DicomImageReader::DicomImageReader()
  15   {
  16     mReader = vtkGdcmReader::New();
  17     SetName ( "Dicom" );
  18   };
  19   //=====================================================================
  20
  21   //=====================================================================
  22   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  23   {
  24     mReader->Delete();
  25   }
  26   //=====================================================================
  27
  28   //=====================================================================
  29   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  30   {
  31     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  32     //<<" ::CanRead("<<filename<<")"
  33     //          <<std::endl;
  34     //      return true;
  35
  36
  37     //      GDCM_NAME_SPACE
  38     //  std::cout << "GDCM_NAME_SPACE = '" << STRINGIFY_SYMBOL(GDCM_NAME_SPACE)
  39     // << "'"
  40     // <<std::endl;
  41
  42     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  43     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  44     file->SetFileName(filename.c_str());
  45     file->Load();
  46     bool ok = file->IsReadable();
  47     file->Delete();
  48     return ok;
  49   }
  50   //=====================================================================
  51
  52   //=====================================================================
  53   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  54   {
  55     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  56     //<<" ::Read("<<filename<<")"
  57     //          <<std::endl;
  58
  59     vtkImageData* im = 0;
  60     try
  61       {
  62         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  63         mReader->Update();
  64         im = vtkImageData::New();
  65         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  66       }
  67     catch (...)
  68       {
  69         if (im!=0) im->Delete();
  70           im = 0;
  71       }
  72     return im;
  73   }
  74
  75   //=====================================================================
  76   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  77   {
  78     v.push_back("dcm");
  79     v.push_back("");
  80   }
  81   //=====================================================================
  82
  83   //========================================================================
  84   std::string irclean(const std::string& str)
  85   {
  86     if (str == "GDCM::Unfound")
  87       {
  88         return "";
  89       }
  90     if (str[str.size()-1]==' ')
  91       {
  92         return str.substr(0,str.size()-1);
  93       }
  94     if (str[str.size()-1]==0)
  95       {
  96         return str.substr(0,str.size()-1);
  97       }
  98
  99     return str;
 100   }
 101   //========================================================================
 102
 103   //=====================================================================
 104   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 105                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 106   {
 107     //    std::cout << "DicomImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 108     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 109                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 110
 111     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 112     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 113     file->SetFileName(filename.c_str());
 114     file->Load();
 115     if (file->IsReadable())
 116       {
 117
 118         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 119         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 120           {
 121             if ( i->first == "D0004_1500" )
 122               {
 123                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 124                 std::string f = full_path.leaf();
 125                 i->second = f;
 126               }
 127             else if ( i->first == "FullFileName" )
 128               {
 129                 i->second = filename;
 130               }
 131             else
 132               {
 133                 uint16_t gr;
 134                 uint16_t el;
 135                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 136                 //                GimmickMessage(2,"Key '"<<i->first<<"' : "<<gr<<"|"<<el
 137                 //                               <<std::endl);
 138                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 139                   {
 140                     std::string val = file->GetEntryString(gr,el);
 141                     i->second = irclean(val);
 142                     //                GimmickMessage(2,"Key '"<<i->first<<"' : "<<gr<<"|"<<el
 143                     //                               <<"="<<i->second<<std::endl);
 144                   }
 145               }
 146           }
 147       }
 148     file->Delete();
 149   }
 150
 151   //=====================================================================
 152
 153 } // namespace creaImageIO
 154