src2/creaImageIODicomImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader.h>
   2 #include <gdcmFile.h>
   3 #include <vtkGdcmReader.h>
   4 #include <creaImageIOSystem.h>
   5 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   6
   7 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   8 #include <vtkStringArray.h>
   9
  10 namespace creaImageIO
  11 {
  12
  13   //=====================================================================
  14   DicomImageReader::DicomImageReader()
  15   {
  16     mReader = vtkGdcmReader::New();
  17     SetName ( "Dicom" );
  18   };
  19   //=====================================================================
  20
  21   //=====================================================================
  22   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  23   {
  24     mReader->Delete();
  25   }
  26   //=====================================================================
  27
  28   //=====================================================================
  29   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  30   {
  31     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  32     //<<" ::CanRead("<<filename<<")"
  33     //          <<std::endl;
  34     //      return true;
  35
  36
  37     //      GDCM_NAME_SPACE
  38     //  std::cout << "GDCM_NAME_SPACE = '" << STRINGIFY_SYMBOL(GDCM_NAME_SPACE)
  39     // << "'"
  40     // <<std::endl;
  41
  42         GDCM_NAME_SPACE::Document*doc;
  43     GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  44     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
  45     file->SetFileName(filename.c_str());
  46     file->Load();
  47     bool ok = file->IsReadable();
  48         if(!ok)
  49         {
  50                 doc = (GDCM_NAME_SPACE::Document*)file;
  51                 ok = doc->IsReadable();
  52         }
  53     file->Delete();
  54     return ok;
  55   }
  56   //=====================================================================
  57
  58   //=====================================================================
  59   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  60   {
  61     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  62     //<<" ::Read("<<filename<<")"
  63     //          <<std::endl;
  64
  65     vtkImageData* im = 0;
  66     try
  67       {
  68         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  69         mReader->Update();
  70         im = vtkImageData::New();
  71         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  72       }
  73     catch (...)
  74       {
  75         if (im!=0) im->Delete();
  76           im = 0;
  77       }
  78     return im;
  79   }
  80
  81   //=====================================================================
  82   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  83   {
  84     v.push_back("dcm");
  85     v.push_back("");
  86   }
  87   //=====================================================================
  88
  89   //========================================================================
  90   std::string irclean(const std::string& str)
  91   {
  92     if (str == "GDCM::Unfound")
  93       {
  94         return "";
  95       }
  96     if (str[str.size()-1]==' ')
  97       {
  98         return str.substr(0,str.size()-1);
  99       }
 100     if (str[str.size()-1]==0)
 101       {
 102         return str.substr(0,str.size()-1);
 103       }
 104
 105     return str;
 106   }
 107   //========================================================================
 108
 109   //=====================================================================
 110   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 111                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 112   {
 113     //    std::cout << "DicomImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 114     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 115                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 116
 117         GDCM_NAME_SPACE::File* file = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 118
 119         GDCM_NAME_SPACE::Document *doc= GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 120         doc->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 121     doc->SetFileName(filename.c_str());
 122     doc->Load();
 123     file->SetLoadMode( GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 124     file->SetFileName(filename.c_str());
 125     file->Load();
 126     if (file->IsReadable() ||((GDCM_NAME_SPACE::Document*) file)->IsReadable())
 127       {
 128
 129         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 130         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 131           {
 132             if ( i->first == "D0004_1500" )
 133               {
 134                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 135                 std::string f = full_path.leaf();
 136                 i->second = f;
 137               }
 138             else if ( i->first == "FullFileName" )
 139               {
 140                 i->second = filename;
 141               }
 142                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 143               {
 144                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 145                           //find first separator
 146                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 147               }
 148             else
 149               {
 150                 uint16_t gr;
 151                 uint16_t el;
 152                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 153                 //                GimmickMessage(2,"Key '"<<i->first<<"' : "<<gr<<"|"<<el
 154                 //                               <<std::endl);
 155                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 156                   {
 157                     std::string val = file->GetEntryString(gr,el);
 158                     i->second = irclean(val);
 159                     //                GimmickMessage(2,"Key '"<<i->first<<"' : "<<gr<<"|"<<el
 160                     //                               <<"="<<i->second<<std::endl);
 161                   }
 162               }
 163           }
 164       }
 165     file->Delete();
 166   }
 167
 168   //=====================================================================
 169
 170 } // namespace creaImageIO
 171