src2/creaImageIOGimmickView.cpp

   1 #include <creaImageIOGimmickView.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3 #include "boost/filesystem.hpp"
   4
   5 #include <gdcmSerieHelper.h>    // JPR
   6 #include <gdcmFile.h>           // JPR
   7 #include <vtkGdcmReader.h>      // JPR
   8 #include <gdcmDebug.h>
   9
  10 namespace fs = boost::filesystem;
  11
  12 namespace creaImageIO
  13 {
  14
  15         ///Class used to represent the actual state of the image selected and to perform comparisons on its values
  16   class ImageExtent
  17   {
  18   public:
  19     ImageExtent(const std::string& x, const std::string& y, const std::string& z, const std::string& t)
  20         {
  21            sscanf(x.c_str(),"%d",&mExtent[0]);
  22            sscanf(y.c_str(),"%d",&mExtent[1]);
  23            sscanf(z.c_str(),"%d",&mExtent[2]);
  24            sscanf(t.c_str(),"%d",&mExtent[3]);
  25            if(x==""){mExtent[0]=1;}
  26            if(y==""){mExtent[1]=1;}
  27            if(z==""){mExtent[2]=1;}
  28            if(t==""){mExtent[3]=1;}
  29
  30            if (mExtent[3]>1) mDim=4;
  31            else if (mExtent[2]>1) mDim=3;
  32            else if (mExtent[1]>1) mDim=2;
  33            else if (mExtent[0]>1) mDim=1;
  34            else mDim=0;
  35         }
  36
  37         ///Clears the extent
  38     void Clear() { mExtent[0] = mExtent[1] = mExtent[2] = mExtent[3] = 1; }
  39
  40         ///Returns true if the two extents are compatible
  41     bool IsCompatible( const ImageExtent& );
  42
  43         ///Adds the extent passed as a parameter to the current extent
  44     void Add ( const ImageExtent& );
  45
  46         ///Returns the ieth position of the extent
  47     int Get(int i) { return mExtent[i]; }
  48
  49         ///Returns the dimension of the current image
  50     void SetDimension(int dim) { mDim=dim; }
  51
  52         ///Returns the dimension of the current image
  53     int GetDimension() { return mDim; }
  54
  55   private:
  56     int mExtent[4];
  57     int mDim;
  58   };
  59
  60   //======================================================================
  61
  62   //======================================================================
  63   // CTor
  64   GimmickView::GimmickView(boost::shared_ptr<Gimmick> gimmick, int threads)
  65     : mGimmick(gimmick),
  66           mReader(threads)
  67   {
  68     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::GimmickView"
  69                         <<std::endl);
  70         // Anciently started the threads ...
  71     // Threads now automatically start at first image request
  72     //mReader.Start();
  73   }
  74   //======================================================================
  75
  76   //======================================================================
  77   /// Destructor
  78   GimmickView::~GimmickView()
  79   {
  80     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::~GimmickView"
  81                         <<std::endl);
  82   }
  83    //======================================================================
  84
  85   //======================================================================
  86   /// Initializes the view :
  87   /// Creates the TreeViews for all the TreeHandler of the Controller
  88   ///
  89   void GimmickView::Initialize()
  90   {
  91         mReaderStarted=false;
  92   }
  93   //======================================================================
  94
  95   //======================================================================
  96   /// Finalize
  97   void GimmickView::Finalize()
  98   {
  99   }
 100
 101   //======================================================================
 102
 103   //======================================================================
 104   /// Create the tree views
 105   void GimmickView::CreateTreeViews()
 106   {
 107     GimmickMessage(2,"Creating the tree views"<<std::endl);
 108     Gimmick::TreeHandlerMapType::const_iterator i;
 109     for (i = mGimmick->GetTreeHandlerMap().begin();
 110          i!= mGimmick->GetTreeHandlerMap().end();
 111          ++i)
 112       {
 113         this->CreateTreeView(i->second);
 114       }
 115   }
 116
 117   /// Create a tree view with a given name
 118   void GimmickView::CreateSingleTreeView(std::string &i_name)
 119   {
 120         this->CreateTreeView(mGimmick->GetTreeHandlerMap()[i_name]);
 121
 122   }
 123
 124   //======================================================================
 125
 126   //======================================================================
 127   /// Updates the TreeView of given name from level l to bottom
 128   /// (calls the virtual method TreeView::Update())
 129   void GimmickView::UpdateTreeViewLevel(const std::string& t, int l)
 130   {
 131     TreeViewMapType::iterator i;
 132     i = GetTreeViewMap().find(t);
 133     if ( i == GetTreeViewMap().end() )
 134       {
 135         GimmickError("INTERNAL ERROR : GimmickView::UpdateTreeView : '"
 136                      <<t<<"' is not in TreeViewMap");
 137       }
 138     i->second->UpdateLevel(l);
 139   }
 140
 141   //======================================================================
 142   /// Clears the status and begins a new selection process
 143   void GimmickView::ResetExtent()
 144   {
 145           if(mImageExtent!=0)
 146           {
 147                   mImageExtent.reset();
 148           }
 149           valid=true;
 150   }
 151
 152   //======================================================================
 153
 154   //======================================================================
 155   bool ImageExtent::IsCompatible(const ImageExtent& ie)
 156   {
 157           bool compatible=true;
 158           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 159           if((*extent).Get(0)!=Get(0)
 160                  || (*extent).Get(1)!=Get(1))
 161           {
 162                   compatible=false;
 163           }
 164           return compatible;
 165   }
 166
 167   //======================================================================
 168
 169   //======================================================================
 170   void ImageExtent::Add(const ImageExtent& ie)
 171   {
 172           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 173           mExtent[2]+=(*extent).Get(2);
 174           if(mExtent[2]>1)
 175           {
 176           SetDimension(3);
 177           }
 178   }
 179
 180   //======================================================================
 181   /// No selected image
 182   bool GimmickView::NoValidateSelected ()
 183   {
 184         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 185         std::string mMessage;
 186         mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 187         valid=false;
 188         modifyValidationSignal(valid);
 189         SetMessage(mMessage);
 190         return valid;
 191   }
 192
 193   //======================================================================
 194   ///Validates the dimension compliance of the images with the maximum and
 195   ///minimum given, and between their sizes
 196   bool GimmickView::ValidateSelected (tree::Node* sel, int min_dim, int max_dim)
 197   {
 198         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 199         std::string mMessage;
 200
 201         if(sel==0)
 202         {
 203                 mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 204                 valid=false;
 205         }
 206         else
 207         {
 208                 boost::shared_ptr<ImageExtent> ie=boost::shared_ptr<ImageExtent>(new ImageExtent((*sel).GetAttribute("D0028_0010"),
 209                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0011"),
 210                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0012"),
 211                                                                         ""));
 212         if(mImageExtent==0)
 213         {
 214                 mImageExtent=ie;
 215                 if((mImageExtent->Get(min_dim-1)<2)||(mImageExtent->Get(max_dim)>1))
 216                 {
 217                         valid=false;
 218                 }
 219                 else
 220                 {
 221                         std::stringstream out;
 222                         out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 223                         mMessage = out.str();
 224                         mImageExtent->SetDimension(2);
 225                         valid=true;
 226                 }
 227         }
 228         else
 229         {
 230                 if(mImageExtent->IsCompatible(*ie))
 231                 {
 232                         if(mImageExtent->GetDimension()==max_dim && mImageExtent->Get(max_dim)>2)
 233                         {
 234                                 std::stringstream out;
 235                                 out<<"Cannot add this image to selection : would result in a "<<mImageExtent->GetDimension()+1<<"D image!";
 236                                 mMessage=out.str();
 237                                 valid=false;
 238                         }
 239                         else if(max_dim<3)
 240                         {
 241                                 std::stringstream out;
 242                                 out<<"Selecting "<<mImageExtent->GetDimension()<<"D images is not allowed !";
 243                                 mMessage=out.str();
 244                                 valid=false;
 245                         }
 246                         else if(min_dim==3 && (ie->Get(2)+mImageExtent->Get(2))<2)
 247                         {
 248                                 std::stringstream out;
 249                                 out << "Cannot build the selection as it would result in a ";
 250                                 out << mImageExtent->GetDimension();
 251                                 out << "D image, and the minimum is ";
 252                                 out << min_dim;
 253                                 out << "D!";
 254                                 mMessage=out.str();
 255                                 valid=false;
 256                         }
 257                         else
 258                         {
 259                                 mImageExtent->Add(*ie);
 260                                 std::stringstream out;
 261                                 out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 262                                 mMessage = out.str();
 263                         }
 264                 }
 265                 else
 266                 {
 267                         mMessage="The selected images are not compatible.";
 268                         valid=false;
 269                 }
 270           }
 271         }
 272
 273         modifyValidationSignal(valid);
 274         SetMessage(mMessage);
 275         return valid;
 276   }
 277
 278   //======================================================================
 279   void GimmickView::modifyValidationSignal(bool ivalid)
 280   {
 281           mValidationSignal(ivalid);
 282   }
 283
 284    //======================================================================
 285   ///Reads Images (Non Threaded)
 286 void GimmickView::ReadImagesNotThreaded(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 287 {
 288
 289 /* remember!
 290
 291 #define GIMMICK_NO_IMAGE_SELECTION 0
 292 #define GIMMICK_2D_IMAGE_SELECTION 2
 293 #define GIMMICK_3D_IMAGE_SELECTION 3
 294 #define GIMMICK_4D_IMAGE_SELECTION 4
 295
 296 #define NATIVE 0
 297 #define _2D    2
 298 #define _3D    3
 299
 300 */
 301         // Create the output data
 302         if (im.size()==1)
 303         {
 304                 // O0.
 305         }
 306     else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 307         {
 308                 // Read the FIRST image to get info ... about all the other ones. ?!? // JPR
 309                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 310
 311                 if (dimension == 2)
 312                 {
 313                  // n3D
 314                     std::vector<std::string>::iterator it;
 315                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 316                         {
 317                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 318                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 319                                 s.push_back(out);
 320                         }
 321                 }
 322                 else if (dimension == 3)
 323                 {
 324                         // n*2D to 3D  :: --> NON ! Ca va tres bien pour du 2D+T (le ZSpacing, on s'en tape)
 325                         //                      // ne convient pas pour du n*2D a  lire comme un 3D
 326                         //                      // Il faut un gdcmSerieHelper !
 327                         vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 328                         out->CopyStructure(first);
 329                         out->SetScalarType(first->GetScalarType());
 330                         out->SetNumberOfScalarComponents(first->GetNumberOfScalarComponents());
 331                         int ext[6];
 332                         //first->GetExtent(ext);     // JPR
 333                         first->GetWholeExtent(ext);  // renvoie egalement 0,0 en Z // JPR
 334                                                      // Normal :
 335
 336                         if(ext[5] == 0)
 337                         {
 338                                 ext[5] = im.size()-1;
 339                         }
 340                         else
 341                         {
 342                                 ext[5] = ext[5] * im.size()-1; // to deal with multiframes - JPR
 343                         }
 344                         out->SetExtent(ext);
 345
 346                         // LG : TODO : Z Spacing  ?  // Voir + loin // JPR
 347
 348                         int dim[3];
 349                         first->GetDimensions(dim);
 350
 351                         out->SetDimensions(dim[0], dim[1], im.size() );
 352                         out->AllocateScalars();
 353                         out->Update();
 354
 355                         unsigned long imsize = dim[0] * dim[1];
 356                         imsize = imsize * dim[2] ;  // deal with multiframes // JPR
 357
 358
 359 //EED 03-11-2009
 360                         // differents formats char , short, etc...
 361                         // differents components 1..3  ex. jpg ->RGB 3
 362                         imsize = imsize * first->GetScalarSize() * first->GetNumberOfScalarComponents();
 363
 364
 365                         // Order the file name vector
 366
 367                         double spc[3];
 368                         out->GetSpacing(spc);
 369                         spc[2]=OrderTheFileNameVector(im);
 370                         out->SetSpacing(spc);
 371                         int slice = 0;
 372                         std::vector<std::string>::iterator it;
 373
 374                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 375                         {
 376                                 vtkImageData* cur = mReader.GetImage( (*it) );
 377                                 memcpy(out->GetScalarPointer(0,0,slice), cur->GetScalarPointer(0,0,0), imsize);
 378                                 slice++;
 379                         }
 380                         s.push_back(out);
 381
 382                 }  // dimension == 3
 383
 384         }  // size >1
 385
 386 }
 387   //======================================================================
 388
 389
 390 double GimmickView::OrderTheFileNameVector(std::vector<std::string> &im)
 391 {
 392         double spacing=1;
 393         typedef std::vector<GDCM_NAME_SPACE::File* > FileList;
 394         FileList fileVector;
 395         //GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 396         GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 397         std::vector<std::string> lstAux;
 398         std::vector<std::string>::iterator it;
 399         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 400         {
 401                 ///\TODO liberer les GDCM_NAME_SPACE::File a la fin!  // JPR
 402                 GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 403                 f->SetFileName(*it);
 404                 f->Load();
 405                 if (f->IsReadable())
 406                 {
 407                         fileVector.push_back(f);
 408                 } else {
 409                         lstAux.push_back(*it);
 410                 }
 411         } // for
 412
 413
 414         if ((fileVector.size()>1) && (sh->IsCoherent( &fileVector )))
 415         {
 416                         sh->OrderFileList(&fileVector);
 417                         spacing= sh->GetZSpacing();
 418                         im.clear();
 419                         int i;
 420                         for (i=0; i<fileVector.size(); i++)
 421                         {
 422                                 im.push_back( (fileVector[i])->GetFileName() );
 423                         }
 424                         for (i=0; i<lstAux.size(); i++)
 425                         {
 426                                 im.push_back( lstAux[i] );
 427                         }
 428         }else {
 429                 std::sort( im.begin(), im.end() );
 430         }
 431
 432    return spacing;
 433 }
 434
 435
 436 //======================================================================
 437
 438
 439 void GimmickView::ReadImagesNotThreadedInVector(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 440 {
 441         // Create the output data
 442         if (im.size()==1)
 443         {
 444                 // Only one image : give it
 445                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 446                 GimmickDebugMessage(3, "State Check: Full Filename: "
 447                                                 <<im.front()
 448                                                 <<std::endl);
 449                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(im.front()));
 450                 s.push_back( out );
 451         }
 452         else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 453         {
 454                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 455                 if (dimension == 2)
 456                 {
 457                  // n3D
 458                     std::vector<std::string>::iterator it;
 459                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 460                         {
 461                         std::cout << "----------------------------------------n3D" << std::endl;
 462                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 463                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 464                                 s.push_back(out);
 465                         }
 466                 }
 467                 else
 468                 {
 469                         // n2D to 3D // NO!
 470                         // n *2D + T in a vector :
 471                         std::cout << "---------------------------------------- n *2D + T" << std::endl;
 472                         std::vector<std::string>::iterator it;
 473                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 474                         {
 475                         std::cout << "---------------------------------------- [" << *it << "]" << std::endl;
 476                                 //vtkImageData* out = mReader.GetImage( (*it));
 477                                 //s.push_back(out);
 478                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 479                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 480                                 s.push_back(out);
 481                         }
 482                 }
 483         }
 484 }
 485   //======================================================================
 486
 487   //======================================================================
 488   ///Requests the reading of an image
 489   void GimmickView::RequestReading(tree::Node* n,
 490           int prio, int selection_index, boost::shared_ptr<ImagePointerHolder> p)
 491   {
 492      if(!mReaderStarted)
 493      {
 494         mReader.Start();
 495         mReaderStarted=true;
 496       }
 497       ImageEventType t(n,selection_index);
 498       t.pointerHolder = p;
 499       mImageEventMap[n->GetAttribute("FullFileName")] = t;
 500       mReader.Request(this,n->GetAttribute("FullFileName"),prio);
 501   }
 502   //======================================================================
 503
 504   //======================================================================
 505   void GimmickView::
 506   OnMultiThreadImageReaderEvent(const std::string& filename,
 507                                 MultiThreadImageReaderUser::EventType e,
 508                                 vtkImageData* image)
 509   {
 510     GimmickDebugMessage(7,
 511                         "MultiThreadImageReader event : "<<e<<std::endl);
 512         if (e==ImageLoaded)
 513         {
 514                 if (filename.size()==0)
 515                 {
 516                   //What to do in this case?
 517                   /*
 518                         GimmickDebugMessage(5,
 519                                         "Pushing unknown image in queue"
 520                                         <<std::endl);
 521                         mImageEventQueue.push_back(ImageEventType(image));*/
 522                         return;
 523                 }
 524                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 525 //JCP 22-06-2009, test mImageEventMap.size() > 0
 526                 if(mImageEventMap.size()>0){
 527                         i = mImageEventMap.find(filename);
 528                         if (i!=mImageEventMap.end())
 529                         {
 530                                 GimmickDebugMessage(5,
 531                                                 "Putting image of file '"<<filename<<"' on pointer"
 532                                                 <<std::endl);
 533                                 ImageEventType ie(i->second);
 534                                 ie.image = image;
 535                                 ie.pointerHolder->Set(ie.image);
 536                                 //mImageEventMap.erase(i);
 537                         }
 538                 }
 539         }
 540         else if (e==Error)
 541         {
 542                 std::string mess="ERROR: MultiThreadImageReader: Cannot read image in file ";
 543                 mess+=filename;
 544                 mess+="\n";
 545                 GimmickMessage(1,mess);
 546                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 547                 i = mImageEventMap.find(filename);
 548                 if (i!=mImageEventMap.end())
 549                 {
 550                 ImageEventType ie(i->second);
 551                 ie.image = image;
 552                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 553                 //mImageEventMap.erase(i);
 554                 }
 555         }
 556
 557         else if (e==ImageUnloaded)
 558         {
 559                 std::string mess="Unloaded image in file ";
 560                 mess+=filename;
 561                 mess+="\n";
 562                 GimmickMessage(1,mess);
 563                                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 564                 i = mImageEventMap.find(filename);
 565                 if (i!=mImageEventMap.end())
 566                 {
 567                 ImageEventType ie(i->second);
 568                 ie.image = image;
 569                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 570                 //mImageEventMap.erase(i);
 571                 }
 572         }
 573   }
 574
 575   //====================================================================
 576
 577   //====================================================================
 578   void GimmickView::ConnectValidationObserver(ValidationCallbackType callback)
 579   {
 580     mValidationSignal.connect(callback);
 581   }
 582
 583 } // EO namespace creaImageIO
 584