src2/creaImageIOGimmickView.cpp

   1 #include <creaImageIOGimmickView.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3 #include "boost/filesystem.hpp"
   4
   5 #include <gdcmSerieHelper.h>    // JPR
   6 #include <gdcmFile.h>           // JPR
   7 #include <vtkGdcmReader.h>      // JPR
   8 #include <gdcmDebug.h>
   9
  10 namespace fs = boost::filesystem;
  11
  12 namespace creaImageIO
  13 {
  14
  15         ///Class used to represent the actual state of the image selected and to perform comparisons on its values
  16   class ImageExtent
  17   {
  18   public:
  19     ImageExtent(const std::string& x, const std::string& y, const std::string& z, const std::string& t)
  20         {
  21            sscanf(x.c_str(),"%d",&mExtent[0]);
  22            sscanf(y.c_str(),"%d",&mExtent[1]);
  23            sscanf(z.c_str(),"%d",&mExtent[2]);
  24            sscanf(t.c_str(),"%d",&mExtent[3]);
  25            if(x==""){mExtent[0]=1;}
  26            if(y==""){mExtent[1]=1;}
  27            if(z==""){mExtent[2]=1;}
  28            if(t==""){mExtent[3]=1;}
  29
  30            if (mExtent[3]>1) mDim=4;
  31            else if (mExtent[2]>1) mDim=3;
  32            else if (mExtent[1]>1) mDim=2;
  33            else if (mExtent[0]>1) mDim=1;
  34            else mDim=0;
  35         }
  36
  37         ///Clears the extent
  38     void Clear() { mExtent[0] = mExtent[1] = mExtent[2] = mExtent[3] = 1; }
  39
  40         ///Returns true if the two extents are compatible
  41     bool IsCompatible( const ImageExtent& );
  42
  43         ///Adds the extent passed as a parameter to the current extent
  44     void Add ( const ImageExtent& );
  45
  46         ///Returns the ieth position of the extent
  47     int Get(int i) { return mExtent[i]; }
  48
  49         ///Returns the dimension of the current image
  50     void SetDimension(int dim) { mDim=dim; }
  51
  52         ///Returns the dimension of the current image
  53     int GetDimension() { return mDim; }
  54
  55   private:
  56     int mExtent[4];
  57     int mDim;
  58   };
  59
  60   //======================================================================
  61
  62   //======================================================================
  63   // CTor
  64   GimmickView::GimmickView(boost::shared_ptr<Gimmick> gimmick, int threads)
  65     : mGimmick(gimmick),
  66           mReader(threads)
  67   {
  68     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::GimmickView"
  69                         <<std::endl);
  70         // Anciently started the threads ...
  71     // Threads now automatically start at first image request
  72     //mReader.Start();
  73   }
  74   //======================================================================
  75
  76   //======================================================================
  77   /// Destructor
  78   GimmickView::~GimmickView()
  79   {
  80     GimmickDebugMessage(1,"GimmickView::~GimmickView"
  81                         <<std::endl);
  82   }
  83    //======================================================================
  84
  85   //======================================================================
  86   /// Initializes the view :
  87   /// Creates the TreeViews for all the TreeHandler of the Controller
  88   ///
  89   void GimmickView::Initialize()
  90   {
  91         mReaderStarted=false;
  92   }
  93   //======================================================================
  94
  95   //======================================================================
  96   /// Finalize
  97   void GimmickView::Finalize()
  98   {
  99   }
 100
 101   //======================================================================
 102
 103   //======================================================================
 104   /// Create the tree views
 105   void GimmickView::CreateTreeViews()
 106   {
 107     GimmickMessage(2,"Creating the tree views"<<std::endl);
 108     Gimmick::TreeHandlerMapType::const_iterator i;
 109     for (i = mGimmick->GetTreeHandlerMap().begin();
 110          i!= mGimmick->GetTreeHandlerMap().end();
 111          ++i)
 112       {
 113         this->CreateTreeView(i->second);
 114       }
 115   }
 116
 117   /// Create a tree view with a given name
 118   void GimmickView::CreateSingleTreeView(std::string &i_name)
 119   {
 120         this->CreateTreeView(mGimmick->GetTreeHandlerMap()[i_name]);
 121
 122   }
 123
 124   //======================================================================
 125
 126   //======================================================================
 127   /// Updates the TreeView of given name from level l to bottom
 128   /// (calls the virtual method TreeView::Update())
 129   void GimmickView::UpdateTreeViewLevel(const std::string& t, int l)
 130   {
 131     TreeViewMapType::iterator i;
 132     i = GetTreeViewMap().find(t);
 133     if ( i == GetTreeViewMap().end() )
 134       {
 135         GimmickError("INTERNAL ERROR : GimmickView::UpdateTreeView : '"
 136                      <<t<<"' is not in TreeViewMap");
 137       }
 138     i->second->UpdateLevel(l);
 139   }
 140
 141   //======================================================================
 142   /// Clears the status and begins a new selection process
 143   void GimmickView::ResetExtent()
 144   {
 145           if(mImageExtent!=0)
 146           {
 147                   mImageExtent.reset();
 148           }
 149           valid=true;
 150   }
 151
 152   //======================================================================
 153
 154   //======================================================================
 155   bool ImageExtent::IsCompatible(const ImageExtent& ie)
 156   {
 157           bool compatible=true;
 158           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 159           if((*extent).Get(0)!=Get(0)
 160                  || (*extent).Get(1)!=Get(1))
 161           {
 162                   compatible=false;
 163           }
 164           return compatible;
 165   }
 166
 167   //======================================================================
 168
 169   //======================================================================
 170   void ImageExtent::Add(const ImageExtent& ie)
 171   {
 172           ImageExtent * extent= (ImageExtent*)&ie;
 173           mExtent[2]+=(*extent).Get(2);
 174           if(mExtent[2]>1)
 175           {
 176           SetDimension(3);
 177           }
 178   }
 179
 180   //======================================================================
 181   /// No selected image
 182   bool GimmickView::NoValidateSelected ()
 183   {
 184         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 185         std::string mMessage;
 186         mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 187         valid=false;
 188         modifyValidationSignal(valid);
 189         SetMessage(mMessage);
 190         return valid;
 191   }
 192
 193   //======================================================================
 194   ///Validates the dimension compliance of the images with the maximum and
 195   ///minimum given, and between their sizes
 196   bool GimmickView::ValidateSelected (tree::Node* sel, int min_dim, int max_dim)
 197   {
 198         GimmickDebugMessage(2,"Validating selected"<<std::endl);
 199         std::string mMessage;
 200
 201         if(sel==0)
 202         {
 203                 mMessage="Cannot have 0 images selected!";
 204                 valid=false;
 205         }
 206         else
 207         {
 208                 boost::shared_ptr<ImageExtent> ie=boost::shared_ptr<ImageExtent>(new ImageExtent((*sel).GetAttribute("D0028_0010"),
 209                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0011"),
 210                                                                         (*sel).GetAttribute("D0028_0012"),
 211                                                                         ""));
 212         if(mImageExtent==0)
 213         {
 214                 mImageExtent=ie;
 215                 if((mImageExtent->Get(min_dim-1)<2)||(mImageExtent->Get(max_dim)>1))
 216                 {
 217                         valid=false;
 218                 }
 219                 else
 220                 {
 221                         std::stringstream out;
 222                         out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 223                         mMessage = out.str();
 224                         mImageExtent->SetDimension(2);
 225                         valid=true;
 226                 }
 227         }
 228         else
 229         {
 230                 if(mImageExtent->IsCompatible(*ie))
 231                 {
 232                         if(mImageExtent->GetDimension()==max_dim && mImageExtent->Get(max_dim)>2)
 233                         {
 234                                 std::stringstream out;
 235                                 out<<"Cannot add this image to selection : would result in a "<<mImageExtent->GetDimension()+1<<"D image!";
 236                                 mMessage=out.str();
 237                                 valid=false;
 238                         }
 239                         else if(max_dim<3)
 240                         {
 241                                 std::stringstream out;
 242                                 out<<"Selecting "<<mImageExtent->GetDimension()<<"D images is not allowed !";
 243                                 mMessage=out.str();
 244                                 valid=false;
 245                         }
 246                         else if(min_dim==3 && (ie->Get(2)+mImageExtent->Get(2))<2)
 247                         {
 248                                 std::stringstream out;
 249                                 out << "Cannot build the selection as it would result in a ";
 250                                 out << mImageExtent->GetDimension();
 251                                 out << "D image, and the minimum is ";
 252                                 out << min_dim;
 253                                 out << "D!";
 254                                 mMessage=out.str();
 255                                 valid=false;
 256                         }
 257                         else
 258                         {
 259                                 mImageExtent->Add(*ie);
 260                                 std::stringstream out;
 261                                 out << mImageExtent->GetDimension() << "D image " << mImageExtent->Get(0) << "x"<< mImageExtent->Get(1) << "x"<< mImageExtent->Get(2) <<" selected";
 262                                 mMessage = out.str();
 263                         }
 264                 }
 265                 else
 266                 {
 267                         mMessage="The selected images are not compatible.";
 268                         valid=false;
 269                 }
 270           }
 271         }
 272
 273         modifyValidationSignal(valid);
 274         SetMessage(mMessage);
 275         return valid;
 276   }
 277
 278   //======================================================================
 279   void GimmickView::modifyValidationSignal(bool ivalid)
 280   {
 281           mValidationSignal(ivalid);
 282   }
 283
 284    //======================================================================
 285   ///Reads Images (Non Threaded)
 286 void GimmickView::ReadImagesNotThreaded(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 287 {
 288
 289 /* remember!
 290
 291 #define GIMMICK_NO_IMAGE_SELECTION 0
 292 #define GIMMICK_2D_IMAGE_SELECTION 2
 293 #define GIMMICK_3D_IMAGE_SELECTION 3
 294 #define GIMMICK_4D_IMAGE_SELECTION 4
 295
 296 #define NATIVE 0
 297 #define _2D    2
 298 #define _3D    3
 299
 300 */
 301         // Create the output data
 302         if (im.size()==1)
 303         {
 304                 // Only one image : give it
 305                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 306                 GimmickDebugMessage(3, "State Check: Full Filename: "
 307                                         <<im.front()
 308                                         <<std::endl);
 309                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(im.front()));
 310                 s.push_back( out );
 311         }
 312         else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 313         {
 314                 // Read the FIRST image to get info ... about all the other ones. ?!? // JPR
 315                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 316
 317                 if (dimension == 2)
 318                 {
 319                  // n3D
 320                     std::vector<std::string>::iterator it;
 321                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 322                         {
 323                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 324                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 325                                 s.push_back(out);
 326                         }
 327                 }
 328                 else if (dimension == 3)
 329                 {
 330                         // n*2D to 3D  :: --> NON ! Ca va tres bien pour du 2D+T (le ZSpacing, on s'en tape)
 331                         //                      // ne convient pas pour du n*2D a  lire comme un 3D
 332                         //                      // Il faut un gdcmSerieHelper !
 333                         vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 334                         out->CopyStructure(first);
 335                         out->SetScalarType(first->GetScalarType());
 336                         int ext[6];
 337                         //first->GetExtent(ext);     // JPR
 338                         first->GetWholeExtent(ext);  // renvoie egalement 0,0 en Z // JPR
 339                                                      // Normal :
 340
 341 std::cout <<"in GimmickView::ReadImagesNotThreaded GetWholeExtent ext =";
 342 for (int jjj=0;jjj<6;jjj++)
 343         std:cout << "   [" << jjj << "]=" << ext[jjj];
 344 std::cout << std::endl;
 345
 346                         if(ext[5] == 0)
 347                         {
 348                                 ext[5] = im.size()-1;
 349                         }
 350                         else
 351                         {
 352                                 ext[5] = ext[5] * im.size()-1; // to deal with multiframes - JPR
 353                         }
 354                         out->SetExtent(ext);
 355
 356                         // LG : TODO : Z Spacing  ?  // Voir + loin // JPR
 357
 358                         out->AllocateScalars();
 359
 360                         int dim[3];
 361                         first->GetDimensions(dim);
 362                         unsigned long imsize = dim[0] * dim[1];
 363                         imsize = imsize * dim[2] ;  // deal with multiframes // JPR
 364 //EED 03-11-2009
 365                         imsize = imsize * first->GetScalarSize();
 366
 367                         int slice = 0;
 368                         std::vector<std::string>::iterator it;
 369                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 370                         {
 371                                 vtkImageData* cur = mReader.GetImage( (*it));
 372                         //      void* src = cur->GetScalarPointer(0,0,0);
 373                         //      void* dst = out->GetScalarPointer(0,0,slice);
 374                                 memcpy(out->GetScalarPointer(0,0,slice), cur->GetScalarPointer(0,0,0), imsize);
 375
 376                                 slice++;
 377                         }
 378                         s.push_back(out);
 379                 }
 380 /**/
 381                 else  // ici, on traite le cas *vraiment* n*2D as 3D  // JPR
 382                 {
 383                         typedef std::vector<GDCM_NAME_SPACE::File* > FileList;
 384                         FileList fileVector;
 385                         //GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 386                         GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper *sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 387                         std::vector<std::string>::iterator it;
 388                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 389                         {
 390                         //std::cout << "avant Load ---------" << *it << std::endl;
 391
 392                         ///\TODO liberer les GDCM_NAME_SPACE::File a la fin!  // JPR
 393                                 GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
 394
 395                                 f->SetFileName(*it);
 396                                 f->Load();
 397                                 if (f->IsReadable())
 398                                         fileVector.push_back(f);
 399                                 else
 400                                         std::cout << "File [" <<  *it << "] not GDCM Readable; Skipped!" << std::endl;
 401                         }
 402
 403                         /*
 404                         for (int i=0; i<fileVector.size();i++)
 405                         {
 406                           std::cout << "avant tri ---------" << fileVector[i]->GetFileName() << std::endl;
 407                         }
 408                         */
 409                         if (!sh->IsCoherent(&fileVector))
 410                         {
 411                                 std::cout << "---------fileset is NOT coherent ?!?" << *it << std::endl;
 412                                 //return;
 413                         }
 414                         else
 415                         {
 416                                 sh->OrderFileList(&fileVector);
 417                         }
 418                         /*
 419                         for (int i=0; i<fileVector.size();i++)
 420                         {
 421                           std::cout << "apres tri ---------" << fileVector[i]->GetFileName() << std::endl;
 422                         }
 423                         */
 424                          vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
 425                          reader->SetCoherentFileList(&fileVector);
 426                          reader->Update();
 427                          s.push_back(reader->GetOutput());
 428                          reader->GetOutput()->Print(std::cout);
 429                 }
 430    /**/
 431         }
 432 }
 433   //======================================================================
 434
 435 void GimmickView::ReadImagesNotThreadedInVector(std::vector<vtkImageData*>& s, std::vector<std::string> im, int dimension)
 436 {
 437         // Create the output data
 438         if (im.size()==1)
 439         {
 440                 // Only one image : give it
 441                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 442                 GimmickDebugMessage(3, "State Check: Full Filename: "
 443                                                 <<im.front()
 444                                                 <<std::endl);
 445                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(im.front()));
 446                 s.push_back( out );
 447         }
 448         else if (im.size()>1) // Test inutile ? JPR
 449         {
 450                 vtkImageData* first = mReader.GetImage( im.front());
 451                 if (dimension == 2)
 452                 {
 453                  // n3D
 454                     std::vector<std::string>::iterator it;
 455                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 456                         {
 457                         std::cout << "----------------------------------------n3D" << std::endl;
 458                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 459                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 460                                 s.push_back(out);
 461                         }
 462                 }
 463                 else
 464                 {
 465                         // n2D to 3D // NO!
 466                         // n *2D + T in a vector :
 467                         std::cout << "---------------------------------------- n *2D + T" << std::endl;
 468                         std::vector<std::string>::iterator it;
 469                         for (it=im.begin(); it!=im.end(); ++it)
 470                         {
 471                         std::cout << "---------------------------------------- [" << *it << "]" << std::endl;
 472                                 //vtkImageData* out = mReader.GetImage( (*it));
 473                                 //s.push_back(out);
 474                                 vtkImageData* out = vtkImageData::New();
 475                                 out->ShallowCopy(mReader.GetImage(*it));
 476                                 s.push_back(out);
 477                         }
 478                 }
 479         }
 480 }
 481   //======================================================================
 482
 483   //======================================================================
 484   ///Requests the reading of an image
 485   void GimmickView::RequestReading(tree::Node* n,
 486           int prio, int selection_index, boost::shared_ptr<ImagePointerHolder> p)
 487   {
 488      if(!mReaderStarted)
 489      {
 490         mReader.Start();
 491         mReaderStarted=true;
 492       }
 493       ImageEventType t(n,selection_index);
 494       t.pointerHolder = p;
 495       mImageEventMap[n->GetAttribute("FullFileName")] = t;
 496       mReader.Request(this,n->GetAttribute("FullFileName"),prio);
 497   }
 498   //======================================================================
 499
 500   //======================================================================
 501   void GimmickView::
 502   OnMultiThreadImageReaderEvent(const std::string& filename,
 503                                 MultiThreadImageReaderUser::EventType e,
 504                                 vtkImageData* image)
 505   {
 506     GimmickDebugMessage(7,
 507                         "MultiThreadImageReader event : "<<e<<std::endl);
 508         if (e==ImageLoaded)
 509         {
 510                 if (filename.size()==0)
 511                 {
 512                   //What to do in this case?
 513                   /*
 514                         GimmickDebugMessage(5,
 515                                         "Pushing unknown image in queue"
 516                                         <<std::endl);
 517                         mImageEventQueue.push_back(ImageEventType(image));*/
 518                         return;
 519                 }
 520                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 521 //JCP 22-06-2009, test mImageEventMap.size() > 0
 522                 if(mImageEventMap.size()>0){
 523                         i = mImageEventMap.find(filename);
 524                         if (i!=mImageEventMap.end())
 525                         {
 526                                 GimmickDebugMessage(5,
 527                                                 "Putting image of file '"<<filename<<"' on pointer"
 528                                                 <<std::endl);
 529                                 ImageEventType ie(i->second);
 530                                 ie.image = image;
 531                                 ie.pointerHolder->Set(ie.image);
 532                                 //mImageEventMap.erase(i);
 533                         }
 534                 }
 535         }
 536         else if (e==Error)
 537         {
 538                 std::string mess="ERROR: MultiThreadImageReader: Cannot read image in file ";
 539                 mess+=filename;
 540                 mess+="\n";
 541                 GimmickMessage(1,mess);
 542                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 543                 i = mImageEventMap.find(filename);
 544                 if (i!=mImageEventMap.end())
 545                 {
 546                 ImageEventType ie(i->second);
 547                 ie.image = image;
 548                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 549                 //mImageEventMap.erase(i);
 550                 }
 551         }
 552
 553         else if (e==ImageUnloaded)
 554         {
 555                 std::string mess="Unloaded image in file ";
 556                 mess+=filename;
 557                 mess+="\n";
 558                 GimmickMessage(1,mess);
 559                                 ImageEventTypeMap::iterator i;
 560                 i = mImageEventMap.find(filename);
 561                 if (i!=mImageEventMap.end())
 562                 {
 563                 ImageEventType ie(i->second);
 564                 ie.image = image;
 565                 ie.pointerHolder->Set(GetDefaultImage());
 566                 //mImageEventMap.erase(i);
 567                 }
 568         }
 569   }
 570
 571   //====================================================================
 572
 573   //====================================================================
 574   void GimmickView::ConnectValidationObserver(ValidationCallbackType callback)
 575   {
 576     mValidationSignal.connect(callback);
 577   }
 578
 579 } // EO namespace creaImageIO
 580