src2/creaImageIORFImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIORFImageReader.h>
   2 #include <creaVtk.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO
   7 {
   8 #define HEADER_SIZE 19
   9
  10   void read_header_rf_file(FILE *rf_file,int *w,int *h,int *n_frame)
  11   {
  12     int *header=(int*)malloc(sizeof(int)*HEADER_SIZE);
  13     fread(header,sizeof(int),HEADER_SIZE,rf_file);
  14     *n_frame=header[1];
  15     *w=header[2];
  16     *h=header[3];
  17     free(header);
  18   }
  19
  20   //=====================================================================
  21   RFImageReader::RFImageReader()
  22   {
  23     SetName("rf");
  24   }
  25   //=====================================================================
  26
  27   //=====================================================================
  28   RFImageReader::~RFImageReader()
  29   {
  30   }
  31   //=====================================================================
  32
  33   //=====================================================================
  34   struct rf_header
  35   {
  36     // frames, width, height
  37     int frame,width,height;
  38   };
  39   //=====================================================================
  40
  41
  42   //=====================================================================
  43   bool ReadHeader( FILE *rf_file, rf_header& h )
  44   {
  45     int *header=(int*)malloc(sizeof(int)*HEADER_SIZE);
  46     fread(header,sizeof(int),HEADER_SIZE,rf_file);
  47     h.frame = header[1];
  48     h.width = header[2];
  49     h.height = header[3];
  50     free(header);
  51     return true;
  52   }
  53   //=====================================================================
  54
  55   //=====================================================================
  56   bool RFImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  57   {
  58     bool ok = false;
  59     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
  60     if (rf_file)
  61       {
  62         rf_header h;
  63         ok = ReadHeader(rf_file,h);
  64       }
  65     fclose(rf_file);
  66     return ok;
  67   }
  68   //=====================================================================
  69
  70   //=====================================================================
  71   vtkImageData* RFImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  72   {
  73     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
  74     if (!rf_file) return false;
  75     rf_header h;
  76     if (!ReadHeader(rf_file,h))
  77       {
  78         fclose(rf_file);
  79         return 0;
  80       }
  81
  82     long im_size = h.height * h.width * h.frame;
  83     short* data = (short*)malloc(sizeof(short)*im_size);
  84
  85     long frame_size = h.height * h.width * sizeof(short);
  86     short* ptr = data;
  87     for (int k=0; k<h.frame; k++) {
  88       int frame_number;
  89       fread(&frame_number,sizeof(int),1,rf_file);
  90       fread(ptr,sizeof(short),frame_size,rf_file);
  91       ptr += frame_size;
  92     }
  93     fclose(rf_file);
  94
  95
  96     return crea::NewVtkImageDataFromRaw( data,
  97                                          im_size);
  98
  99   }
 100   //=====================================================================
 101
 102
 103   //=====================================================================
 104   void RFImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 105   {
 106     v.push_back("rf");
 107   }
 108   //=====================================================================
 109
 110
 111
 112   //=====================================================================
 113   void RFImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 114                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 115   {
 116     //      std::cout << "RFImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 117     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 118
 119
 120     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
 121     if (!rf_file) return;
 122     rf_header h;
 123     if (!ReadHeader(rf_file,h))
 124       {
 125         fclose(rf_file);
 126         return;
 127       }
 128     fclose(rf_file);
 129
 130     // Columns
 131     char cols[128];
 132     sprintf(cols,"%i",h.width);
 133     // Rows
 134     char rows[128];
 135     sprintf(rows,"%i",h.height);
 136     // Planes
 137     char planes[128];
 138     sprintf(planes,"%i",h.frame);
 139
 140
 141     //
 142     std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 143     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 144       {
 145         //        boost::filesystem::path full_path(filename);
 146         // std::string f = full_path.leaf();
 147         i->second = filename;
 148       }
 149     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 150       {
 151         boost::filesystem::path full_path(filename);
 152         std::string f = full_path.leaf();
 153         i->second = f;
 154       }
 155     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 156       {
 157         i->second = rows;
 158       }
 159     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 160       {
 161         i->second = cols;
 162       }
 163
 164     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 165       {
 166         i->second = planes;
 167       }
 168
 169    GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 170   }
 171   //=====================================================================
 172
 173 } // namespace creaImageIO