src2/creaImageIORFImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIORFImageReader.h>
   2 #include <creaVtk.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO
   7 {
   8 #define HEADER_SIZE 19
   9
  10
  11   //=====================================================================
  12   RFImageReader::RFImageReader()
  13   {
  14     SetName("rf");
  15   }
  16   //=====================================================================
  17
  18   //=====================================================================
  19   RFImageReader::~RFImageReader()
  20   {
  21   }
  22   //=====================================================================
  23
  24   //=====================================================================
  25   struct rf_header
  26   {
  27     // frames, width, height
  28     int frame,width,height;
  29   };
  30   //=====================================================================
  31
  32
  33   //=====================================================================
  34   bool ReadHeader( FILE *rf_file, rf_header& h )
  35   {
  36     int *header=(int*)malloc(sizeof(int)*HEADER_SIZE);
  37     fread(header,sizeof(int),HEADER_SIZE,rf_file);
  38     h.frame  = header[1];
  39     h.height = header[2];
  40     h.width  = header[3];
  41     free(header);
  42     return true;
  43   }
  44   //=====================================================================
  45
  46   //=====================================================================
  47   bool RFImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  48   {
  49     bool ok = false;
  50     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
  51     if (rf_file)
  52       {
  53         rf_header h;
  54         ok = ReadHeader(rf_file,h);
  55         fclose(rf_file);
  56       }
  57     return ok;
  58   }
  59   //=====================================================================
  60
  61   //=====================================================================
  62   vtkImageData* RFImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  63   {
  64     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
  65     if (!rf_file) return false;
  66     rf_header h;
  67     if (!ReadHeader(rf_file,h))
  68       {
  69         fclose(rf_file);
  70         return 0;
  71       }
  72
  73     long im_size = h.height * h.width * h.frame;
  74     short* data = (short*)malloc(sizeof(short)*im_size);
  75
  76     long frame_size = h.height * h.width * sizeof(short);
  77     short* ptr = data;
  78     for (int k=0; k<h.frame; k++) {
  79       int frame_number;
  80       fread(&frame_number,sizeof(int),1,rf_file);
  81       fread(ptr,sizeof(short),frame_size,rf_file);
  82       ptr += frame_size;
  83     }
  84     fclose(rf_file);
  85
  86     //    std::cout << "NewVtkImageDataFromRaw" << std::endl;
  87     vtkImageData* im = crea::NewVtkImageDataFromRaw( data,
  88                                                      h.width,
  89                                                      h.height,
  90                                                      h.frame);
  91
  92     return im;
  93
  94     //    std::cout << "OK" << std::endl;
  95
  96   }
  97   //=====================================================================
  98
  99
 100   //=====================================================================
 101   void RFImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 102   {
 103     v.push_back("rf");
 104   }
 105   //=====================================================================
 106
 107
 108
 109   //=====================================================================
 110   void RFImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 111                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 112   {
 113     //      std::cout << "RFImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 114     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 115
 116
 117     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
 118     if (!rf_file) return;
 119     rf_header h;
 120     if (!ReadHeader(rf_file,h))
 121       {
 122         fclose(rf_file);
 123         return;
 124       }
 125     fclose(rf_file);
 126
 127     // Columns
 128     char cols[128];
 129     sprintf(cols,"%i",h.width);
 130     // Rows
 131     char rows[128];
 132     sprintf(rows,"%i",h.height);
 133     // Planes
 134     char planes[128];
 135     sprintf(planes,"%i",h.frame);
 136
 137
 138     //
 139     std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 140     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 141       {
 142         //        boost::filesystem::path full_path(filename);
 143         // std::string f = full_path.leaf();
 144         i->second = filename;
 145       }
 146     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 147       {
 148         boost::filesystem::path full_path(filename);
 149         std::string f = full_path.leaf();
 150         i->second = f;
 151       }
 152     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 153       {
 154         i->second = rows;
 155       }
 156     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 157       {
 158         i->second = cols;
 159       }
 160
 161     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 162       {
 163         i->second = planes;
 164       }
 165
 166    GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 167   }
 168   //=====================================================================
 169
 170 } // namespace creaImageIO