src2/creaImageIORFImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIORFImageReader.h>
   2 #include <creaVtk.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO
   7 {
   8 #define HEADER_SIZE 19
   9
  10
  11   //=====================================================================
  12   RFImageReader::RFImageReader()
  13   {
  14     SetName("rf");
  15   }
  16   //=====================================================================
  17
  18   //=====================================================================
  19   RFImageReader::~RFImageReader()
  20   {
  21   }
  22   //=====================================================================
  23
  24   //=====================================================================
  25   struct rf_header
  26   {
  27     // frames, width, height
  28     int frame,width,height;
  29   };
  30   //=====================================================================
  31
  32
  33   //=====================================================================
  34   bool ReadHeader( FILE *rf_file, rf_header& h )
  35   {
  36     int *header=(int*)malloc(sizeof(int)*HEADER_SIZE);
  37     fread(header,sizeof(int),HEADER_SIZE,rf_file);
  38     h.frame  = header[1];
  39     h.height = header[2];
  40     h.width = header[3];
  41     free(header);
  42     return true;
  43   }
  44   //=====================================================================
  45
  46   //=====================================================================
  47   bool RFImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  48   {
  49     bool ok = false;
  50     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
  51     if (rf_file)
  52       {
  53         rf_header h;
  54         ok = ReadHeader(rf_file,h);
  55         fclose(rf_file);
  56       }
  57     return ok;
  58   }
  59   //=====================================================================
  60
  61   //=====================================================================
  62   vtkImageData* RFImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  63   {
  64
  65           std::cout<<"RFImageReader reading "<<std::endl;
  66
  67     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
  68     if (!rf_file) return false;
  69     rf_header h;
  70     if (!ReadHeader(rf_file,h))
  71       {
  72         fclose(rf_file);
  73         return 0;
  74       }
  75
  76     long im_size = h.height * h.width * h.frame;
  77     short* data = (short*)malloc(sizeof(short)*im_size);
  78
  79     long frame_size = h.height * h.width;
  80     short* ptr = data;
  81     for (int k=0; k<h.frame; k++) {
  82       int frame_number;
  83       fread(&frame_number,sizeof(int),1,rf_file);
  84       fread(ptr,sizeof(short),frame_size,rf_file);
  85       ptr += frame_size;
  86     }
  87     fclose(rf_file);
  88
  89     //    std::cout << "NewVtkImageDataFromRaw" << std::endl;
  90     vtkImageData* im = crea::NewVtkImageDataFromRaw( data,
  91                                                      h.width,
  92                                                      h.height,
  93                                                      h.frame);
  94     return im;
  95
  96     //    std::cout << "OK" << std::endl;
  97
  98   }
  99   //=====================================================================
 100
 101
 102   //=====================================================================
 103   void RFImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 104   {
 105     v.push_back("rf");
 106   }
 107   //=====================================================================
 108
 109
 110
 111   //=====================================================================
 112   void RFImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 113                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 114   {
 115     //      std::cout << "RFImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 116     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 117
 118
 119     FILE *rf_file=fopen(filename.c_str(),"rb");
 120     if (!rf_file) return;
 121     rf_header h;
 122     if (!ReadHeader(rf_file,h))
 123       {
 124         fclose(rf_file);
 125         return;
 126       }
 127     fclose(rf_file);
 128
 129     // Columns
 130     char cols[128];
 131     sprintf(cols,"%i",h.width);
 132     // Rows
 133     char rows[128];
 134     sprintf(rows,"%i",h.height);
 135     // Planes
 136     char planes[128];
 137     sprintf(planes,"%i",h.frame);
 138
 139
 140     //
 141     std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 142     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 143       {
 144         //        boost::filesystem::path full_path(filename);
 145         // std::string f = full_path.leaf();
 146         i->second = filename;
 147       }
 148     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 149       {
 150         boost::filesystem::path full_path(filename);
 151         std::string f = full_path.leaf();
 152         i->second = f;
 153       }
 154     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 155       {
 156         i->second = rows;
 157       }
 158     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 159       {
 160         i->second = cols;
 161       }
 162
 163     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 164       {
 165         i->second = planes;
 166       }
 167
 168    GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 169   }
 170   //=====================================================================
 171
 172 } // namespace creaImageIO