src2/creaImageIOTreeAttributeDescriptor.cpp

   1 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3
   4
   5 #if defined(USE_GDCM)
   6 #include <gdcmGlobal.h>
   7 #include <gdcmDictSet.h>
   8 #endif
   9
  10 #if defined(USE_GDCM2)
  11 #include <gdcmGlobal.h>
  12 #include <gdcmDicts.h>
  13 #include <gdcmDict.h>
  14 #endif
  15
  16 #include <boost/algorithm/string/replace.hpp>
  17
  18 namespace creaImageIO
  19 {
  20
  21   namespace tree
  22   {
  23
  24     //========================================================================
  25     void AttributeDescriptor::CleanName(std::string& str) const
  26     {
  27       // quote must be doubled for SQL
  28       //    crea::Utils::Replace( str, "'", "''" );
  29       boost::algorithm::replace_all(str,"'","''");
  30       // Found strange strings which contained NULL char INSIDE string
  31       int i,size=str.size();
  32       for (i=0;i<size;++i)
  33         {
  34           if (str[i]==0)
  35             {
  36               str = str.substr(0,i);
  37               break;
  38             }
  39         }
  40     }
  41     //========================================================================
  42
  43     //=====================================================================
  44     // Ctor with key, name and flags
  45      AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(const std::string& key,
  46                                              const std::string& name,
  47                                              unsigned int flags)
  48       : mKey(key), mName(name), mGroup(0), mElement(0), mFlags(flags)
  49     {
  50
  51       CleanName(mName);
  52       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<key
  53                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  54       GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  55     }
  56
  57     //=====================================================================
  58
  59      //=====================================================================
  60    // Ctor with dicom group, elem and flags
  61     // The key is built as 'Dgroup_elem'
  62     // The user name is retreived from dicom dictionnary
  63     AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(unsigned short group,
  64                                              unsigned short element,
  65                                              unsigned int flags)
  66       : mGroup(group), mElement(element), mFlags(flags)
  67     {
  68
  69       //GDCM_NAME_SPACE::TagKey tag(group,element);
  70       char ctag[12];
  71       sprintf(ctag,"D%04x_%04x",group,element);
  72       mKey = ctag;
  73
  74       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<mKey
  75                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  76
  77 #if defined(USE_GDCM)
  78       // Retrieve the name from gdcm dict
  79       GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
  80         GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
  81         ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(mGroup,mElement);
  82
  83       if (entry)
  84         {
  85           mName = entry->GetName();
  86           CleanName(mName);
  87           GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  88         }
  89       else
  90         {
  91           GimmickMessage(1,"!! WARNING : tag '"<<mKey
  92                          <<"' is not in DICOM dictionnary ! "
  93                          <<"Considering it as a user attribute"
  94                          << std::endl);
  95           mName = "UNKNOWN";
  96           mGroup = mElement = 0;
  97         }
  98 #endif
  99
 100
 101
 102
 103 #if defined(USE_GDCM2)
 104       // Retrieve the name from gdcm dict
 105           gdcm::Dicts dicts;
 106           gdcm::DictEntry dictentry =  dicts.GetDictEntry(gdcm::Tag(mGroup, mElement));
 107
 108       mName = dictentry.GetName();
 109           if(!mName.empty())
 110           {
 111                   CleanName(mName);
 112                   GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
 113           }
 114       else
 115           {
 116                 GimmickMessage(1,"!! WARNING : tag '"<<mKey
 117                          <<"' is not in DICOM dictionnary ! "
 118                          <<"Considering it as a user attribute"
 119                          << std::endl);
 120                 mName = "UNKNOWN";
 121                 mGroup = mElement = 0;
 122                 }
 123 #endif
 124
 125     }
 126     //=====================================================================
 127
 128
 129     //=====================================================================
 130     /// Extracts group and element from a key of the form "Dgroup_elem"
 131     void AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(const std::string& key,
 132                                                           unsigned short& group,
 133                                                           unsigned short& elem)
 134     {
 135       group = elem = 0;
 136       if ( (key.size()==10) &&
 137            (key[0] == 'D') &&
 138            (key[5] == '_') )
 139           {
 140          sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 141           GimmickDebugMessage(3,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<key<<"' : "                     <<group<<"|"<<elem<<std::endl);
 142         }
 143       else
 144         {
 145           GimmickMessage(5,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<key<<"' : "
 146                          <<" not a DICOM key format"<<std::endl);
 147         }
 148       return;
 149     }
 150
 151         //=====================================================================
 152         /// test if the type is a date
 153         bool AttributeDescriptor::isDateEntry() const
 154         {
 155
 156                 bool btest = false;
 157                 // Retrieve the name from gdcm dict
 158 #if defined(USE_GDCM)
 159                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =     GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 160                 if(     entry != 0)
 161                 {
 162                         if( entry->GetVR().str() == "DA" )
 163                         {
 164                                 btest = true;
 165                         }
 166                 }
 167 #endif
 168 #if defined(USE_GDCM2)
 169          const gdcm::Global& g = gdcm::Global::GetInstance(); // sum of all knowledge !
 170          const gdcm::Dicts &dicts = g.GetDicts();
 171   const gdcm::Dict &dict = dicts.GetPublicDict(); // Part 6
 172
 173           if(mGroup != 0 && mElement != 0)
 174           {
 175                   gdcm::DictEntry dictentry =  dict.GetDictEntry(gdcm::Tag(GetGroup(), GetElement()));
 176                 if( gdcm::VR::GetVRString(dictentry.GetVR()) == "DA")
 177                 {
 178                                 btest = true;
 179                 }
 180           }
 181 #endif
 182                 return btest;
 183         }
 184
 185         //=====================================================================
 186         /// test if the type is a time
 187         bool AttributeDescriptor::isTimeEntry() const
 188         {
 189
 190                 bool btest = false;
 191 #if defined(USE_GDCM)
 192                 // Retrieve the name from gdcm dict
 193                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =     GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 194                 if(     entry != 0)
 195                 {
 196                         if( entry->GetVR().str() == "TM" )
 197                         {
 198                                 btest = true;
 199                         }
 200                 }
 201 #endif
 202
 203 #if defined(USE_GDCM2)
 204          const gdcm::Global& g = gdcm::Global::GetInstance(); // sum of all knowledge !
 205          const gdcm::Dicts &dicts = g.GetDicts();
 206   const gdcm::Dict &dict = dicts.GetPublicDict(); // Part 6
 207           if(mGroup != 0 && mElement != 0)
 208           {
 209                 gdcm::DictEntry dictentry =  dict.GetDictEntry(gdcm::Tag(mGroup, mElement));
 210                 if(gdcm::VR::GetVRString(dictentry.GetVR()) == "TM")
 211                 {
 212                                 btest = true;
 213                 }
 214           }
 215 #endif
 216
 217                 return btest;
 218         }
 219
 220
 221     //=====================================================================
 222         /// Decodes the type of the attribute
 223      void AttributeDescriptor::DecodeType(unsigned int& typ) const
 224           {
 225                  std::string type="";
 226 #if defined(USE_GDCM)
 227                   // Retrieve the name from gdcm dict
 228                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
 229                 GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
 230                 ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(GetGroup(),GetElement());
 231
 232                 if (entry==0)
 233                 {
 234                         typ = 2;
 235                         return;
 236                 }
 237                  type = entry->GetVR().str();
 238 #endif
 239 #if defined(USE_GDCM2)
 240          const gdcm::Global& g = gdcm::Global::GetInstance(); // sum of all knowledge !
 241          const gdcm::Dicts &dicts = g.GetDicts();
 242   const gdcm::Dict &dict = dicts.GetPublicDict(); // Part 6
 243           gdcm::DictEntry dictentry =  dict.GetDictEntry(gdcm::Tag(mGroup, mElement));
 244           type = gdcm::VR::GetVRString(dictentry.GetVR());
 245 #endif
 246
 247                 GimmickDebugMessage(3,"VR Value is "<<type<<"!"<<std::endl);
 248                 if(type=="AS" ||
 249                 type=="DA" ||
 250                 type=="FL" ||
 251                 type=="FD" ||
 252                 type=="IS" ||
 253                 type=="SL" ||
 254                 type=="SS" ||
 255                 type=="UI" ||
 256                 type=="US" ||
 257                 type=="SH")
 258                 {
 259                         // Numerical
 260                         typ = 1;
 261                 }
 262                 else
 263                 {
 264                         // String
 265                         typ = 2;
 266                 }
 267
 268           }
 269           //=====================================================================
 270
 271   } // EO namespace tree
 272
 273 } // EO namespace creaImageIO