src2/creaImageIOTreeAttributeDescriptor.cpp

   1 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   2 #include <creaImageIOSystem.h>
   3
   4 #include <gdcmGlobal.h>
   5 #include <gdcmDictSet.h>
   6
   7 #include <boost/algorithm/string/replace.hpp>
   8
   9 namespace creaImageIO
  10 {
  11
  12   namespace tree
  13   {
  14
  15     //========================================================================
  16     void AttributeDescriptor::CleanName(std::string& str) const
  17     {
  18       // quote must be doubled for SQL
  19       //    crea::Utils::Replace( str, "'", "''" );
  20       boost::algorithm::replace_all(str,"'","''");
  21       // Found strange strings which contained NULL char INSIDE string
  22       int i,size=str.size();
  23       for (i=0;i<size;++i)
  24         {
  25           if (str[i]==0)
  26             {
  27               str = str.substr(0,i);
  28               break;
  29             }
  30         }
  31     }
  32     //========================================================================
  33
  34     //=====================================================================
  35     // Ctor with key, name and flags
  36      AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(const std::string& key,
  37                                              const std::string& name,
  38                                              unsigned int flags)
  39       : mKey(key), mName(name), mGroup(0), mElement(0), mFlags(flags)
  40     {
  41
  42       CleanName(mName);
  43       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<key
  44                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  45       GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  46           DecodeType();
  47     }
  48
  49     //=====================================================================
  50
  51      //=====================================================================
  52    // Ctor with dicom group, elem and flags
  53     // The key is built as 'Dgroup_elem'
  54     // The user name is retreived from dicom dictionnary
  55     AttributeDescriptor::AttributeDescriptor(unsigned short group,
  56                                              unsigned short element,
  57                                              unsigned int flags)
  58       : mGroup(group), mElement(element), mFlags(flags)
  59     {
  60
  61       //GDCM_NAME_SPACE::TagKey tag(group,element);
  62       char ctag[12];
  63       sprintf(ctag,"D%04x_%04x",group,element);
  64       mKey = ctag;
  65
  66       GimmickDebugMessage(3,"AttributeDescriptor : '"<<mKey
  67                           <<"' ["<<flags<<"]"<<std::endl);
  68
  69       // Retrieve the name from gdcm dict
  70       GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
  71         GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
  72         ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(mGroup,mElement);
  73
  74       if (entry)
  75         {
  76           mName = entry->GetName();
  77           CleanName(mName);
  78           DecodeType();
  79           GimmickDebugMessage(3,"='"<<mName<<"'"<<std::endl);
  80         }
  81       else
  82         {
  83           GimmickMessage(1,"!! WARNING : tag '"<<mKey
  84                          <<"' is not in DICOM dictionnary ! "
  85                          <<"Considering it as a user attribute"
  86                          << std::endl);
  87           mName = "UNKNOWN";
  88           mGroup = mElement = mType = 0;
  89           DecodeType();
  90         }
  91
  92     }
  93     //=====================================================================
  94
  95
  96     //=====================================================================
  97     /// Extracts group and element from a key of the form "Dgroup_elem"
  98     void AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(const std::string& key,
  99                                                           unsigned short& group,
 100                                                           unsigned short& elem)
 101     {
 102       group = elem = 0;
 103       if ( (key.size()==10) &&
 104            (key[0] == 'D') &&
 105            (key[5] == '_') )
 106         {
 107           std::string g = key.substr(1,4);
 108           sscanf(key.c_str(),"D %04x _ %04x ",&group,&elem);
 109           sscanf(g.c_str(),"%04x",&group);
 110           GimmickDebugMessage(3,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<g<<"' : "
 111                          <<group<<"|"<<elem<<std::endl);
 112         }
 113       else
 114         {
 115           GimmickMessage(5,"GetDicomGroupElementFromKey '"<<key<<"' : "
 116                          <<" not a DICOM key format"<<std::endl);
 117         }
 118       return;
 119     }
 120     //=====================================================================
 121         ///Decodes the type of attribute into the valid groups
 122         void AttributeDescriptor::DecodeType()
 123         {
 124                 // Retrieve the name from gdcm dict
 125                 GDCM_NAME_SPACE::DictEntry* entry =
 126                 GDCM_NAME_SPACE::Global::GetDicts()
 127                 ->GetDefaultPubDict()->GetEntry(mGroup,mElement);
 128
 129                 std::string type = entry->GetVR().str();
 130                 CleanName(type);
 131                 GimmickDebugMessage(3,"VR Value is "<<type<<"!"<<std::endl);
 132                 if(type=="AS" ||
 133                 type=="DA" ||
 134                 type=="FL" ||
 135                 type=="FD" ||
 136                 type=="IS" ||
 137                 type=="SL" ||
 138                 type=="SS" ||
 139                 type=="UI" ||
 140                 type=="US" ||
 141                 type=="SH")
 142                 {
 143                         mType=1;
 144                 }
 145                 else
 146                 {
 147                         mType=2;
 148                 }
 149
 150         }
 151
 152   } // EO namespace tree
 153
 154 } // EO namespace creaImageIO