src2/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO
   7 {
   8
   9   //=====================================================================
  10   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
  11                                        const std::string& name,
  12                                        const std::string& extensions)
  13     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  14   {
  15     if (name.size() == 0)
  16       {
  17         SetName ( mReader->GetDescriptiveName() );
  18       }
  19     else
  20       {
  21         SetName ( name );
  22       }
  23     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  24                         <<std::endl);
  25
  26   }
  27   //=====================================================================
  28
  29   //=====================================================================
  30   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  31   {
  32     GimmickDebugMessage(5,"Destructing vtkImageReader : "<<GetName()
  33                         <<std::endl);
  34     mReader->Delete();
  35   }
  36   //=====================================================================
  37
  38   //=====================================================================
  39   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  40   {
  41     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  42     //<<" ::CanRead("<<filename<<")"
  43     //          <<std::endl;
  44     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  45   }
  46   //=====================================================================
  47
  48   //=====================================================================
  49   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  50   {
  51     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  52     //<<" ::Read("<<filename<<")"
  53     //          <<std::endl;
  54     vtkImageData* im = 0;
  55     try
  56       {
  57         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  58         mReader->Update();
  59         im = vtkImageData::New();
  60         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  61       }
  62     catch (...)
  63       {
  64         if (im!=0) im->Delete();
  65         im = 0;
  66       }
  67     return im;
  68   }
  69   //=====================================================================
  70
  71   //=====================================================================
  72   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  73                                const std::string& delimiters,
  74                                std::vector<std::string>& tokens)
  75   {
  76     // Skip delimiters at beginning.
  77     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  78     // Find first delimiter.
  79     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  80
  81     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  82       {
  83         // Found a token, add it to the vector.
  84         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  85         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  86         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  87         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  88         // Find next delimiter
  89         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  90       }
  91
  92     }
  93   //=====================================================================
  94
  95   //=====================================================================
  96   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  97   {
  98     std::string ext = mExtensions;
  99     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 100
 101     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 102   }
 103   //=====================================================================
 104
 105
 106
 107   //=====================================================================
 108   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 109                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 110   {
 111     //      std::cout << "VtkImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 112     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 113     // Get image dimensions
 114     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 115     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 116     mReader->Update(); //OpenFile();
 117     int ext[6];
 118     mReader->GetDataExtent(ext);
 119     // Columns
 120     char cols[128];
 121     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 122     // Rows
 123     char rows[128];
 124     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 125     // Planes
 126     char planes[128];
 127     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 128
 129
 130     //
 131     std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 132     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 133       {
 134         //        boost::filesystem::path full_path(filename);
 135         // std::string f = full_path.leaf();
 136         i->second = filename;
 137       }
 138     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 139       {
 140         boost::filesystem::path full_path(filename);
 141         std::string f = full_path.leaf();
 142         i->second = f;
 143       }
 144     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 145       {
 146         i->second = rows;
 147       }
 148     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 149       {
 150         i->second = cols;
 151       }
 152
 153     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 154       {
 155         i->second = planes;
 156       }
 157
 158     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 159   }
 160   //=====================================================================
 161
 162 } // namespace creaImageIO