src2/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO
   7 {
   8
   9   //=====================================================================
  10   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
  11                                        const std::string& name,
  12                                        const std::string& extensions)
  13     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  14   {
  15     if (name.size() == 0)
  16       {
  17         SetName ( mReader->GetDescriptiveName() );
  18       }
  19     else
  20       {
  21         SetName ( name );
  22       }
  23
  24
  25   }
  26   //=====================================================================
  27
  28   //=====================================================================
  29   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  30   {
  31     mReader->Delete();
  32   }
  33   //=====================================================================
  34
  35   //=====================================================================
  36   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  37   {
  38     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  39     //<<" ::CanRead("<<filename<<")"
  40     //          <<std::endl;
  41     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  42   }
  43   //=====================================================================
  44
  45   //=====================================================================
  46   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  47   {
  48     //      std::cout << "## Reader "<<GetName()
  49     //<<" ::Read("<<filename<<")"
  50     //          <<std::endl;
  51     vtkImageData* im = 0;
  52     try
  53       {
  54         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  55         mReader->Update();
  56         im = vtkImageData::New();
  57         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  58       }
  59     catch (...)
  60       {
  61         if (im!=0) im->Delete();
  62         im = 0;
  63       }
  64     return im;
  65   }
  66   //=====================================================================
  67
  68   //=====================================================================
  69   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  70                                const std::string& delimiters,
  71                                std::vector<std::string>& tokens)
  72   {
  73     // Skip delimiters at beginning.
  74     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  75     // Find first delimiter.
  76     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  77
  78     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  79       {
  80         // Found a token, add it to the vector.
  81         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  82         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  83         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  84         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  85         // Find next delimiter
  86         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  87       }
  88
  89     }
  90   //=====================================================================
  91
  92   //=====================================================================
  93   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  94   {
  95     std::string ext = mExtensions;
  96     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
  97
  98     SplitExtensionsString(ext," ",v);
  99   }
 100   //=====================================================================
 101
 102
 103
 104   //=====================================================================
 105   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 106                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 107   {
 108     //      std::cout << "VtkImageReader::ReadDicomInfo '"<<filename<<"'"<<std::endl;
 109     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 110     // Get image dimensions
 111     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 112     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 113     mReader->Update(); //OpenFile();
 114     int ext[6];
 115     mReader->GetDataExtent(ext);
 116     // Columns
 117     char cols[128];
 118     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 119     // Rows
 120     char rows[128];
 121     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 122     // Planes
 123     char planes[128];
 124     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 125
 126
 127     //
 128     std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 129     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 130       {
 131         //        boost::filesystem::path full_path(filename);
 132         // std::string f = full_path.leaf();
 133         i->second = filename;
 134       }
 135     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 136       {
 137         boost::filesystem::path full_path(filename);
 138         std::string f = full_path.leaf();
 139         i->second = f;
 140       }
 141     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 142       {
 143         i->second = rows;
 144       }
 145     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 146       {
 147         i->second = cols;
 148       }
 149
 150     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 151       {
 152         i->second = planes;
 153       }
 154
 155     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 156   }
 157   //=====================================================================
 158
 159 } // namespace creaImageIO