src2/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
   2 #include <vtkImageReader2.h>
   3 #include <creaImageIOSystem.h>
   4 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   5
   6 namespace creaImageIO
   7 {
   8
   9   //=====================================================================
  10   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
  11                                        const std::string& name,
  12                                        const std::string& extensions)
  13     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  14   {
  15     if (name.size() == 0)
  16       {
  17         SetName ( mReader->GetDescriptiveName() );
  18       }
  19     else
  20       {
  21         SetName ( name );
  22       }
  23     GimmickDebugMessage(5,"Constructing vtkImageReader : "<<GetName()
  24                         <<std::endl);
  25
  26   }
  27   //=====================================================================
  28
  29   //=====================================================================
  30   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  31   {
  32     GimmickDebugMessage(5,"Destructing vtkImageReader : "<<GetName()
  33                         <<std::endl);
  34     mReader->Delete();
  35   }
  36   //=====================================================================
  37
  38   //=====================================================================
  39   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  40   {
  41     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  42   }
  43   //=====================================================================
  44
  45   //=====================================================================
  46   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  47   {
  48     vtkImageData* im = 0;
  49     try
  50       {
  51         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  52         mReader->Update();
  53         im = vtkImageData::New();
  54         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  55       }
  56     catch (...)
  57       {
  58         if (im!=0) im->Delete();
  59         im = 0;
  60       }
  61     return im;
  62   }
  63   //=====================================================================
  64
  65   //=====================================================================
  66   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
  67                                const std::string& delimiters,
  68                                std::vector<std::string>& tokens)
  69   {
  70     // Skip delimiters at beginning.
  71     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
  72     // Find first delimiter.
  73     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  74
  75     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
  76       {
  77         // Found a token, add it to the vector.
  78         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
  79         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
  80         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
  81         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
  82         // Find next delimiter
  83         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
  84       }
  85
  86     }
  87   //=====================================================================
  88
  89   //=====================================================================
  90   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  91   {
  92     std::string ext = mExtensions;
  93     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
  94
  95     SplitExtensionsString(ext," ",v);
  96   }
  97   //=====================================================================
  98
  99
 100
 101   //=====================================================================
 102   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 103                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 104   {
 105     GimmickMessage(2,"Reading attributes from '"<<filename<<std::endl);
 106     // Get image dimensions
 107     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 108     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 109     mReader->Update(); //OpenFile();
 110     int ext[6];
 111     mReader->GetDataExtent(ext);
 112     // Columns
 113     char cols[128];
 114     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 115     // Rows
 116     char rows[128];
 117     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 118     // Planes
 119     char planes[128];
 120     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 121
 122         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 123     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 124       {
 125         i->second = filename;
 126       }
 127     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 128       {
 129         boost::filesystem::path full_path(filename);
 130         std::string f = full_path.leaf();
 131         i->second = f;
 132       }
 133     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 134       {
 135         i->second = rows;
 136       }
 137     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 138       {
 139         i->second = cols;
 140       }
 141
 142     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 143       {
 144                 i->second = planes;
 145       }
 146           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 147       {
 148          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 149                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 150           }
 151
 152     GimmickMessage(2,"Attributes map:"<<std::endl<<attr<<std::endl);
 153   }
 154   //=====================================================================
 155
 156 } // namespace creaImageIO