tests/image/MoriSegmentation.cxx

   1 #include "BaseFunctions.h"
   2 #include <itkImage.h>
   3 #include <fpa/Image/Mori.h>
   4
   5 // -------------------------------------------------------------------------
   6 const unsigned int Dim = 3;
   7 typedef short          TPixel;
   8 typedef unsigned short TLabel;
   9
  10 typedef itk::Image< TPixel, Dim > TInputImage;
  11 typedef itk::Image< TLabel, Dim > TLabelImage;
  12 typedef fpa::Image::Mori< TInputImage, TLabelImage > TFilter;
  13
  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 int main( int argc, char* argv[] )
  16 {
  17   // Get arguments
  18   if( argc < 8 + Dim )
  19   {
  20     std::cerr
  21       << "Usage: " << argv[ 0 ]
  22       << " input_image output_image output_levels"
  23       << " init_threshold end_threshold delta [index/point] seed"
  24       << std::endl;
  25     return( 1 );
  26
  27   } // fi
  28   std::string input_image_filename = argv[ 1 ];
  29   std::string output_image_filename = argv[ 2 ];
  30   std::string output_levels_filename = argv[ 3 ];
  31   TPixel init_threshold = std::atoi( argv[ 4 ] );
  32   TPixel end_threshold = std::atoi( argv[ 5 ] );
  33   TPixel delta = std::atoi( argv[ 6 ] );
  34   std::string seed_type = argv[ 7 ];
  35
  36   TInputImage::IndexType iseed;
  37   TInputImage::PointType pseed;
  38   for( unsigned int i = 0; i < Dim; ++i )
  39   {
  40     if( seed_type == "index" )
  41       iseed[ i ] = std::atoi( argv[ 8 + i ] );
  42     else
  43       pseed[ i ] = std::atof( argv[ 8 + i ] );
  44
  45   } // rof
  46
  47   // Create image
  48   TInputImage::Pointer input_image;
  49   std::string err0 =
  50     fpa::tests::image::Read( input_image, input_image_filename );
  51   if( err0 != "" ) std::cerr << err0 << std::endl;
  52
  53   // Prepare filter
  54   TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  55   filter->SetInput( input_image );
  56   if( seed_type == "index" )
  57     filter->SetSeed( iseed );
  58   else
  59     filter->SetSeed( pseed );
  60   filter->SetThresholds( init_threshold, end_threshold, delta );
  61   filter->SetInsideValue( 255 );
  62   filter->SetOutsideValue( 0 );
  63
  64   // Execute filter
  65   filter->Update( );
  66
  67   // Save results
  68   std::string err1 =
  69     fpa::tests::image::Write( filter->GetOutput( ), output_image_filename );
  70   std::string err2 =
  71     fpa::tests::image::Write( filter->GetOutputLevels( ), output_levels_filename );
  72   if( err1 != "" ) std::cerr << err1 << std::endl;
  73   if( err2 != "" ) std::cerr << err2 << std::endl;
  74
  75   return( 0 );
  76 }
  77
  78 // eof - $RCSfile$