tools/clitkAffineTransform.ggo

   1 #File clitkAffineTransform.ggo
   2 package "clitkAffineTransform"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Resample with or without affine transform of 2D, 3D, 4D images or vector fields"
   5
   6 option "config"         - "Config file"                   string        no
   7 option "verbose"        v "Verbose"                       flag          off
   8
   9 section "I/O"
  10 option "input"          i "Input image filename"                                          string yes
  11 option "output"         o "Output image filename"                                         string yes
  12 option "like"           l "Resample output this image (size, spacing, origin, direction)" string no
  13 option "transform_grid" - "Apply affine transform to input grid for output's"             flag   off
  14
  15 section "Options"
  16 option "size"           - "New output size if different from input"     int     no      multiple
  17 option "spacing"        - "New output spacing if different from input"  double  no      multiple
  18 option "spacinglike"    - "New output spacing like this image"          string  no
  19 option "origin"         - "New output origin if different from input"   double  no      multiple
  20 option "direction"      - "New output direction if different from input" double no      multiple
  21 option "matrix"         m "Affine matrix (homogene) filename"           string  no
  22 option "elastix"        e "Read EulerTransform from elastix output file (combine if multiple)"  string  no
  23 option "rotate"         r "Rotation to apply (radians)"                 double  no      multiple
  24 option "translate"      t "Translation to apply (mm)"                   double  no      multiple
  25 option "pad"            - "Edge padding value"                          double  no      default="0.0"
  26 option "adaptive"               - "Adapt the size, spacing or the origin when one of the previous tag is on (use previous clitkResampleImage)" flag off
  27
  28 section "Interpolation"
  29 option "interp"         - "Interpolation: 0=NN, 1=Linear, 2=BSpline, 3=BLUT"    int     no  default="1"
  30 option "interpOrder"    - "Order if BLUT or BSpline (0-5)"                      int     no  default="3"
  31 option "interpSF"       - "Sampling factor if BLUT"                             int     no  default="20"
  32 option "interpVF"       - "Interpolation: 0=NN, 1=Linear, 2=BSpline, 3=BLUT"    int     no  default="1"
  33 option "interpVFOrder"  - "Order if BLUT or BSpline (0-5)"                      int     no  default="3"
  34 option "interpVFSF"     - "Sampling factor if BLUT"                             int     no  default="20"
  35
  36 section "Gaussian filtering"
  37 option "gauss" g "Apply gaussian filter before (sigma in mm) (default=0.0)" double no multiple
  38 option "autogauss" - "Apply gaussian filter before with auto sigma when downsampling (default=off)" flag off