tools/clitkAffineTransformGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkAffineTransformGenericFilter_h
  19 #define clitkAffineTransformGenericFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkAffineTransformGenericFilter.h
  23  * @author jefvdmb@gmail.com
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkAffineTransform_ggo.h"
  35 #include "clitkTransformUtilities.h"
  36 #include "clitkGenericInterpolator.h"
  37 #include "clitkGenericVectorInterpolator.h"
  38
  39 //itk include
  40 #include "itkLightObject.h"
  41 #include "itkAffineTransform.h"
  42 #include "itkResampleImageFilter.h"
  43 #include "itkVectorResampleImageFilter.h"
  44
  45
  46 namespace clitk
  47 {
  48
  49
  50   template<class args_info_type>
  51   class ITK_EXPORT AffineTransformGenericFilter : public itk::LightObject
  52   {
  53   public:
  54     //----------------------------------------
  55     // ITK
  56     //----------------------------------------
  57     typedef AffineTransformGenericFilter                   Self;
  58     typedef itk::LightObject                   Superclass;
  59     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  60     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  61
  62     // Method for creation through the object factory
  63     itkNewMacro(Self);
  64
  65     // Run-time type information (and related methods)
  66     itkTypeMacro( AffineTransformGenericFilter, LightObject );
  67
  68
  69     //----------------------------------------
  70     // Typedefs
  71     //----------------------------------------
  72
  73
  74     //----------------------------------------
  75     // Set & Get
  76     //----------------------------------------
  77     void SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  78     {
  79       m_ArgsInfo=a;
  80       m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  81       m_InputFileName=m_ArgsInfo.input_arg;
  82     }
  83
  84
  85     //----------------------------------------
  86     // Update
  87     //----------------------------------------
  88     void Update();
  89
  90   protected:
  91
  92     //----------------------------------------
  93     // Constructor & Destructor
  94     //----------------------------------------
  95     AffineTransformGenericFilter();
  96     ~AffineTransformGenericFilter() {};
  97
  98
  99     //----------------------------------------
 100     // Templated members
 101     //----------------------------------------
 102     template <unsigned int Dimension>  void UpdateWithDim(std::string PixelType, int Components);
 103     template <unsigned int Dimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndPixelType();
 104     template <unsigned int Dimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndVectorType();
 105
 106     template<unsigned int Dimension, class PixelType>
 107       typename itk::Matrix<double, Dimension+1, Dimension+1>
 108       createMatrixFromElastixFile(std::vector<std::string> & filename);
 109
 110     bool GetElastixValueFromTag(std::ifstream & is, std::string tag, std::string & value);
 111     void GetValuesFromValue(const std::string & s,
 112                             std::vector<std::string> & values);
 113
 114     //----------------------------------------
 115     // Data members
 116     //----------------------------------------
 117     args_info_type m_ArgsInfo;
 118     bool m_Verbose;
 119     std::string m_InputFileName;
 120
 121   };
 122
 123
 124 } // end namespace clitk
 125
 126 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 127 #include "clitkAffineTransformGenericFilter.txx"
 128 #endif
 129
 130 #endif // #define clitkAffineTransformGenericFilter_h