tools/clitkAnisotropicDiffusionGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkAnisotropicDiffusionGenericFilter_cxx
  19 #define clitkAnisotropicDiffusionGenericFilter_cxx
  20
  21 #include "clitkAnisotropicDiffusionGenericFilter.h"
  22
  23 // itk include
  24 #include <itkGradientAnisotropicDiffusionImageFilter.h>
  25 #include <itkCurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter.h>
  26
  27 //#include <clitkCommon.h>
  28
  29 namespace clitk
  30 {
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 AnisotropicDiffusionGenericFilter::AnisotropicDiffusionGenericFilter():
  34   ImageToImageGenericFilter<Self>("AnisotropicDiffusion")
  35 {
  36   InitializeImageType<2>();
  37   InitializeImageType<3>();
  38   InitializeImageType<4>();
  39 }
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41
  42
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44 template<unsigned int Dim>
  45 void AnisotropicDiffusionGenericFilter::InitializeImageType()
  46 {
  47   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 void AnisotropicDiffusionGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  54 {
  55   mArgsInfo=a;
  56   if (mArgsInfo.verbose_given)
  57     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  58   if (mArgsInfo.imagetypes_given && mArgsInfo.imagetypes_flag)
  59     this->PrintAvailableImageTypes();
  60   if (mArgsInfo.input_given) {
  61     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  62   }
  63   if (mArgsInfo.output_given) {
  64     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  65   }
  66 }
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68
  69
  70 //--------------------------------------------------------------------
  71 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  72 //--------------------------------------------------------------------
  73 template<class InputImageType>
  74 void
  75 AnisotropicDiffusionGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  76 {
  77   // Reading input
  78   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  79
  80   // Filter
  81   typedef itk::CurvatureAnisotropicDiffusionImageFilter<InputImageType, InputImageType> CADIFType;
  82   typename CADIFType::Pointer cadFilter = CADIFType::New();
  83   typedef itk::GradientAnisotropicDiffusionImageFilter<InputImageType, InputImageType> GADIFType;
  84   typename GADIFType::Pointer gadFilter = GADIFType::New();
  85   switch(mArgsInfo.type_arg) {
  86   case type_arg_Gradient:
  87     gadFilter->SetInput(input);
  88     gadFilter->SetNumberOfIterations(mArgsInfo.niterations_arg);
  89     gadFilter->SetTimeStep(mArgsInfo.timestep_arg);
  90     gadFilter->SetConductanceParameter(mArgsInfo.conductance_arg);
  91     gadFilter->Update();
  92     this->template SetNextOutput<InputImageType>(gadFilter->GetOutput());
  93     break;
  94   case type_arg_Curvature:
  95     cadFilter->SetInput(input);
  96     cadFilter->SetNumberOfIterations(mArgsInfo.niterations_arg);
  97     cadFilter->SetTimeStep(mArgsInfo.timestep_arg);
  98     cadFilter->SetConductanceParameter(mArgsInfo.conductance_arg);
  99     cadFilter->Update();
 100     this->template SetNextOutput<InputImageType>(cadFilter->GetOutput());
 101     break;
 102   default:
 103     itkGenericExceptionMacro("Unhandled type");
 104     break;
 105   }
 106 }
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 }//end clitk
 111
 112 #endif  //#define clitkAnisotropicDiffusionGenericFilter_cxx