tools/clitkAutoCropGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
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  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::AutoCropGenericFilter<ArgsInfoType>::AutoCropGenericFilter():
  24   ImageToImageGenericFilter<Self>("AutoCrop")
  25 {
  26   // Default values
  27   cmdline_parser_clitkAutoCrop_init(&mArgsInfo);
  28   //InitializeImageType<2>();
  29   InitializeImageType<3>();
  30   //InitializeImageType<4>();
  31 }
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 template<class ArgsInfoType>
  37 template<unsigned int Dim>
  38 void clitk::AutoCropGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  39 {
  40   //ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  42   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ushort);
  43   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  44   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uint);
  45  //  ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ulong);
  46   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  47   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 template<class ArgsInfoType>
  54 void clitk::AutoCropGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  55 {
  56   mArgsInfo=a;
  57   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  58   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  59   if (mArgsInfo.input_given)   this->AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  60   if (mArgsInfo.output_given)  this->AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template<class ArgsInfoType>
  69 template<class ImageType>
  70 void clitk::AutoCropGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  71 {
  72   // Reading input
  73   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  74
  75   // Create filter
  76   typedef clitk::AutoCropFilter<ImageType> FilterType;
  77   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  78
  79   // Set global Options
  80   filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BG_arg);
  81   filter->SetInput(input);
  82
  83   // Go !
  84   filter->Update();
  85
  86   // Write/Save results
  87   typename ImageType::Pointer output = filter->GetOutput();
  88   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
  89 }
  90 //--------------------------------------------------------------------
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